소송대리인 법무법인(유한) 서울센트럴

담당변호사 김종형

소송대리인 법무법인 화현

담당변호사 이응주, 김윤기

소송수행자 박준형

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 1/2은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

가. 원고는 B대학교 치과대학 치의학과 교수로서, B대학교 산학협력단이 교육과학기술부장관(정부조직법 개정으로, 교육과학기술부는 2013. 3. 23. 교육부와 미래창 조과학부로 변경되었고, 미래창조과학부는 2017. 7. 26. 과학기술정보통신부로 변경되었다. 이하 변경 전후를 구분하지 않고 '과학기술정부통신부' 또는 '피고'라 한다)으로부터 연구개발사업의 수행을 위임받은 재단법인 한국연구재단(이하 '한국연구재단'이라 한다)과 사이에 아래 참여과제 현황 등 표 기재와 같이 체결한 연구개발사업(이하 '이 사건 연구개발사업'이라 한다)의 주관연구책임자로 참여하였다.

나. 한국연구재단은 2016년 이 사건 연구개발사업에 대한 연구비 집행 관련 특정감사를 실시하여 주관책임연구자인 원고가 이 사건 연구개발사업에 참여한 연구원들에게 지급해야 할 인건비를 공동관리의 방법으로 용도외 사용하였다고 판단하였고, 피고는 2016. 11. 15. 위 특정감사 결과를 토대로 '원고가 이 사건 연구개발사업에 참여한 연구원들에게 인건비 수급 전용 계좌를 신규개설하게 한 후, 통장, 비밀번호 및 체크카드를 자신에게 제출하도록 하여 직접 일괄 관리하고, 인건비 재분배, 대학교 기부금 납부 등의 용도로 부당하게 집행하였음'을 처분의 원인이 되는 사실로 하여, 이에 대한 제재조치로 과학기술기본법 제11조의2 및 미래창조과학부 소관 과학기술분야 연구개발사업 처리규정 제45조에 따라, 원고에 대하여 5년간 국가연구개발사업의 참여제한처분을, B대학교 산학협력단에 대하여 아래 환수처분액 등 표 기재와 346,188,640원(용도외 사용금액 341,454,480원 + 제재부가금 43,734,160원)의 사업비 환수처분을 각 사전통지하였다.

[원고의 참여과제 현황 및 환수처분액] /> * 연구용도 외로 사용한 금액이 1억 원 미만인 경우, 연구용도 외 사용금액의 20% 제재부가금 부여(2014. 11. 29. 이후 협약과제에 적용된다)다. 원고는 공동관리한 금액의 대부분을 실제로 학생 인건비로 사용하고 일부 용도 외 사용금액은 연구를 진행하기 위해 부득이하게 사용할 수밖에 없는 것이었으므로 이를 용도외 사용으로 보는 것은 부적절하다는 점 등을 들어 이의신청을 하였으나, 피고는 인건비 27,628,400원이 공동관리 되지 않았다는 점만 받아들여, 2017. 3. 13. B대학교 산학협력단에 대하여 318,560,240원(= 용도외 사용금액 313,826,080원 + 제재부가금 4,734,160원)의 사업비 환수처분(이하 '이 사건 환수처분'이라 한다)을, 2017. 3. 22. 원고에 대하여 5년간 국가연구개발사업의 참여제한처분(이하 '이 사건 참여제한처 분'이라 하고, '이 사건 환수처분'과 '이 사건 참여제한처분'을 통틀어 '이 사건 각 처분'이라 한다)을 하였다.

라. B대학교 산학협력단장은 이 사건 환수처분에 따른 후속조치로 2017. 3. 17. 원고에게 환수처분액 318,560,240원을 2017. 3. 31.까지 한국연구재단의 예금계좌에 입금한 뒤 그 결과를 회신할 것을 요청하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 본안전항변에 관한 판단

가. 피고 주장의 요지

이 사건 환수처분은 B대학교 산학협력단장에 대한 것이므로 원고는 이 사건 환수처분의 상대방이 아니어서 위 처분의 위법성을 다툴 원고적격이 없다.

나, 판단

1) 각종 국가연구개발사업의 운영과 관리에 관한 사항을 통합 규율하는 구 과학기술기본법(2015. 6. 22. 법률 제13339호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은 제11조 제2항에서 '정부는 국가연구개발사업을 추진할 때에는 다음 각 호에 따라 수행하여야 한 다'고 규정하면서, 각 호로 정부는 연구기관과 연구자에게 최상의 연구환경을 조성하는 등 연구개발 역량을 높이기 위한 지원을 강화하여야 하고(제2호), 정부가 국가연구개발 사업 관련 제도나 규정을 마련할 경우 연구기관과 연구자의 자율성을 최우선으로 고려하여야 한다(제3호)는 등의 내용을 규정하고 있다.

2) 또한, 구 과학기술기본법의 위임에 따라 국가연구개발사업 시행의 세부 사항을 규율하는 구 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정(2015. 8. 24. 대통령령 제26500호로 개정되기 전의 것, 이하 '국가연구개발사업 관리규정'이라 한다)은 제7조에서 대학 등 주관연구기관에 속한 연구자가 신청한 연구개발과제에 대한 심사를 거쳐 연구개발비 지원 대상을 선정하도록 하고, 제9조에서 위와 같이 선정된 과제에 대하여 중앙행정기관의 장 또는 그로부터 업무위탁을 받은 전문기관의 장과 주관연구기관의 장 사이에 사업 협약을 체결하여 연구개발비를 지원하도록 하며, 제12조에서 중앙행정기관의 장이 출연한 연구개발비를 주관연구기관의 장에게 지급하여 이를 관리 · 집행하도록 하고, 제11조에서 중앙행정기관의 장은 '주관연구기관 또는 참여기업의 중대한 협약 위반으로 인하여 연구개발을 계속 수행하기가 곤란한 경우(제2호)' 등의 사유가 발생하였을 때에는 협약으로 정하는 바에 따라 협약을 해약할 수 있도록 하면서(제1항), 특히 주관연구기관 등의 귀책사유 등을 이유로 한 협약 해약의 경우에는 출연금의 전부 또는 일부 회수 및 관련자에 대한 국가연구개발사업 참여제한 조치를 할 수 있도록(제3항) 규정하고 있다.

3) 이러한 과학기술기본법령의 입법 취지 및 규정 내용 등과 아울러 ① 과학기술 기본법령의 해석상 국가가 국가연구개발사업의 주관연구기관인 대학에 연구개발비를 출연하는 것은, 연구 중심 대학의 육성은 물론 그와 별도로 대학에 소속된 연구 인력의 역량 강화에도 그 목적이 있다고 보이는 점, ② 기본적으로 국가연구개발사업에 대한 연구개발비의 지원은 대학에 소속된 일정한 연구단위로 신청한 연구개발과제에 대한 것이지 그 소속 대학을 기준으로 한 것은 아닌 점, ③ 대학 또는 대학의 산학협력단은 연구개발비의 공식적 지원 대상이자 그 관리·집행의 대외적 주체로서 협약 당사자로 되어 있을 뿐 협약으로 인한 실질적 이해관계는 해당 연구개발과제의 수행주체인 연구팀에 귀속되는바, 실제로 이 사건 환수처분에 따른 후속조치로 B대학교 산학협 력단장이 원고로 하여금 환수처분금액을 직접 한국연구재단에 입금 처리하도록 한 점, ④ 과학기술기본법령상 연구개발비의 회수조치는 행정청이 우월적 지위에서 하는 행정처분에 해당하므로 이에 대하여 실질적으로 책임을 져야하는 연구자 등은 적어도 그 이해관계를 대변하는 주관연구책임자를 통해서 사업비 환수처분의 효력을 다툴 개별적 직접적·구체적 이해관계가 있다고 보이는 점, 5 만약 주관연구책임자인 원고에게 위와 같은 이해관계가 존재하지 않는다고 본다면 원고는 B대학교 산학협력단이 사업비 환수처분의 적법 여부를 다투어 주지 않는 이상 그 처분에 따른 불이익을 그저 감수할 수밖에 없게 되는 점 등에 비추어 보면, 국가연구개발사업의 주관연구책임자인 원고는 이 사건 환수처분의 효력을 다툴 법률상 이익이 있다고 봄이 타당하다.

4) 따라서 피고의 본안전항변은 이유 없다.

3. 처분의 적법 여부에 관한 판단

가. 원고 주장의 요지

1) 관계 법령 어디에도 연구비 공동관리 자체만으로도 용도외 사용으로 본다고 하는 규정이 없고, 공동관리 자체를 용도외 부당사용으로 해석할 수는 없으므로 이를 전제로 한 피고의 이 사건 각 처분은 처분의 법적 근거가 없어 위법하다.

2) 원고가 연구비 중 일부를 공동관리비로 운영한 것은 연구원들의 안정적인 생활을 돕기 위한 것으로 공동관리한 돈이 실제로 연구원들에 대한 인건비로 대부분 지급되거나 결과적으로 연구와 관련된 비용에 사용되었다. 원고는 이 사건 연구개발사업의 연구과제들을 모두 성실하게 수행 완료하였고, 치의학 분야에서 상당한 연구업적을 쌓고 있다. 사정이 이러함에도 사실상 원고로 하여금 연구비 전액을 환수하도록 명하고 원고에게 5년 동안 국가연구개발사업에 참여할 수 없도록 한 이 사건 각 처분은 재량권을 일탈·남용하고, 비례의 원칙(과잉금지의 원칙)에도 어긋나는 것이어서 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 처분사유 인정 여부에 관한 판단

국가연구개발사업 관리규정 제12조 제5항 [별표2] 비고 제2항은 '대학의 학생연구원에게 지급되는 인건비는 연구책임자가 공동관리해서는 안 된다'라고 규정하고 있다. 이 사건 연구개발사업의 연구과제(이하 '이 사건 연구과제'라 한다)에 관한 연구책임자인 원고는과제에관하여피고로부터지급받은연구개발비중인건비가이사건연구과제에 직접 참여하는 학생연구원들에게 지급되어 귀속되도록 관리할 책임이 있으므로, 위 인건비가 학생연구원들에게 직접 귀속되지 아니하고 연구실의 공동경비 등으로 사용되게 하였다면 이는 연구개발비를 용도 외로 사용한 경우에 해당한다. 또한 인건비를 공동관리하는 것은 국가연구개발사업 관리규정이 금지하고 있는 행위에 해당하여 사후적·결과적으로 그 공동관리된 돈이 학생연구원에게 지급되었는지 여부를 불문하고 그 공동관리 자체가 용도에 어긋나는 사용에 해당한다고 보아야 한다.이 사안의 경우 원고가 이 사건 연구과제에 참여한 학생연구원들에게 지급된 인건비 중 일부를 공동관리하면서 연구실 공동경비 등으로 집행하여 연구비를 용도 외로 사용한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 각 처분사유는 인정되고, 이에 반하는 원고의 주장은 이유 없다.

라. 재량권 일탈·남용 또는 비례의 원칙 위반 여부에 관한 판단

1) 이 사건 환수처분에 관하여

앞서 인정한 사실에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 이 사건 환수처분으로 달성하고자 하는 공익에 비하여 B대학교 산학협력단 또는 원고가 입게 되는 불이익이 크지 아니하므로 이 사건 환수처분이 재량권을 일탈·남용하였다거나 비례의 원칙에 위배된다고 보기 어려우므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

가) 국가연구개발사업 관리규정 제12조에 따라 주관연구기관에 지급되는 연구개발비는 과학기술을 혁신하고 국가경쟁력을 강화함으로써 국민경제의 발전을 도모하고 국민의 삶의 질을 높이며 인류사회의 발전에 이바지하기 위한 국가연구개발사업을 지원하기 위해 지급되는 것으로서, 그 지급 목적과 용도에 따라 적정하게 지출되도록 할 공익이 크다. 또한 국가연구개발사업을 수행하는 자가 지급된 연구비를 용도 외로 사용하는 것은 국가연구개발사업의 부실로 이어질 염려가 크므로 이를 엄격히 금지할 필요성도 인정된다.

나) 이 사건 환수처분은 이 사건 연구과제에 관하여 B대학교 산학협력단에 지급된 연구비 중 원고가 목적 외로 사용한 부분을 환수하는 것으로서 연구비를 목적외로 사용하는 것에 대하여 제재를 가하고 향후 국가연구개발사업을 수행하는 B대학교 산학협력단과 같은 기관이 연구비를 지급된 목적과 용도에 맞게 사용하도록 하는 데에 적절한 수단이 된다.

다) 이 사건 환수처분은 이 사건 연구과제에 관하여 지급된 인건비 중 공동관리된 부분에 국한하여 이를 환수하는 것을 내용으로 하고 있으므로, 이로 인하여 원고가 입게 되는 불이익은 위와 같은 공익 목적을 달성하기 위하여 필요한 최소한의 정도에 국한되는 것으로 보인다.

라) 국가연구개발사업 관리규정 제27조 제10항 [별표5]에 따르면, 연구개발비를 사용용도 외의 용도로 사용한 경우에는 해당 연도 출연금 전액 이내의 환수 처분이 가능하도록 규정되어 있으므로 출연금의 전액 이내에서 환수를 명하는 이 사건 환수처분은 제재처분의 기준에도 부합한다.

마) 원고는 공동관리하는 인건비 계좌를 직접 관리한 것으로 보이는바, 이는 인건비 집행의 공정성·적정성에 대한 통제가능성을 원천적으로 차단함으로써 연구원으로 하여금 인건비를 공동관리하게 하는 경우보다 인건비 부정사용의 가능성이 훨씬 높다.

2) 이 사건 참여제한처분에 관하여

앞서 인정한 사실 및 갑 제6 내지 15호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 이 사건 참여제한 처분은 이로써 달성하고자 하는 공익에 비하여 이로 인하여 원고가 입게 되는 불이익이 지나치게 크다고 보이므로 재량권을 일탈·남용한 것으로서 위법하다.

가) 구 과학기술기본법 제11조의2 제1항에 따른 참여제한처분은 역량 있는 주관연구기관 또는 연구책임자를 일정 기간 국가연구개발사업에서 배제하는 것으로서 과학 기술혁신을 통해 국가경쟁력을 강화하여 국민경제 발전을 도모하고자 하는 구 과학기술기본법의 궁극적인 목적을 저해할 우려가 있으므로, 참여제한 여부 및 그 기간 등을 정함에 있어서는 행정청의 신중한 판단이 요구된다.

나) 국가연구개발사업 관리규정이 인건비의 공동관리를 금지하는 취지는 책임연 구원인 교수가 우월한 지위에서 인건비를 공동관리하여 이를 다른 용도로 전용함으로써 연구원에게 지급되어야 하는 인건비를 본래의 용도로 사용하지 않게 되어 연구원의 최소한의 경제적 기반을 무너뜨리고 연구의욕을 저하시키는 것을 방지하는 데 있다.

그런데 원고가 공동관리를 한 돈의 상당 부분이 연구실 소속 학생들의 급여 및 공동경비 등 연구학생들을 위하여 사용되었고, 원고가 공동관리를 통하여 인건비를 횡령하거나 유용하는 등 개인적인 이익을 취한 것은 드러난 바 없다.

다) 원고는 이 사건 연구과제에 대하여 정상적으로 연구를 진행하여 그 연구목적을 달성한 것으로 보인다. 원고는 2014년부터 이 사건 각 처분 무렵까지 국제학술지에 80여 편의 연구논문을 게재한 것으로 보이고, 이러한 연구실적으로 보건복지부장관상 등을 수상하기도 하였으며, 2007년에는 기초치의학 분야의 세계 인명사전에 등재되기도 하였다. 이처럼 상당한 연구 성과를 이루고 있는 원고를 5년간 국가연구개발사업에서 배제하게 되면 장기간 연구에 매진한 원고 개인에게도 지나치게 가혹할 뿐만 아니라 해당 연구 분야에 관한 활동이 위축되어 과학기술발전을 위한 기반을 조성하여 과학기술을 혁신하고 국가경쟁력을 강화하려는 과학기술기본법령이 달성하려는 목적에도 반할 우려가 있다.

라) 피고는 이 사건 참여제한처분의 처분근거로 구 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정(2016. 7. 22. 대통령령 제27369호로 개정되기 전의 것) 제27조 제1항 제5호 라목을 적시하고 있고(갑 제2호증), 위 규정 제27조 제1항 제5호는 연구개발비를 용도 외에 사용한 경우 참여제한 기간에 대하여 정하면서 가목 내지 다목에서 용도 외 사용 금액이 해당 연도 연구개발비에서 차지하는 비율에 따라 그 기간을 '3년 이내'에서부터 '5년 이내'로 정하되, 라목에서 용도 외 사용금액에 학생인건비가 포함된 경우에는 사용 금액이 해당 연도 연구개발비에서 차지하는 비율과 상관없이 일률적으로 '5 년'으로 정하고 있다. 그러나 위 규정 제27조 제1항 제5호 라목은 2015. 8. 24. 신설된 것으로 부칙 <대통령령 제26500호, 2015. 8. 24.) 제5조에 따라 2015. 8. 24. 이후 협약을 체결하는 연구개발과제에 참여한 기관이나 연구책임자 등부터 적용되므로 이 사건에는 적용되지 않는다.

마) 위와 같은 사정들을 고려하여 보면 이 사건 연구과제의 인건비를 목적 외로 사용한 것에 대한 제재 및 향후 재발 방지를 위하여 B대학교 산학협력단에 대한 사업비 환수처분과 더불어 원고에 대하여 관계 법령에서 정한 가장 긴 기간인 5년까지 연구참여제한 처분을 할 필요성은 크지 않아 보인다.

마. 소결론

따라서 이 사건 환수처분은 적법하나, 이 사건 참여제한처분은 재량권을 일탈·남용한 처분으로서 위법하므로 취소되어야 한다.

4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

판사김선아

판사최선재

심급 사건

참조조문