피고가 2012. 3. 5. 원고에 대하여 한 등록면허세 556,700,420원의 부과처분 중 371,109,240원(가산세 109,382,290원 포함)을 초과하는 부분, 지방교육세 102,690,970원의 부과처분 중 68,456,150원(가산세 14,261,950원 포함)을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 원고의 나머지 항소를 기각한다.

3. 소송총비용 중 70%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

가. 원고는 2006. 11. 13. ‘부동산개발업’ 및 ‘부동산개발업에 관련되는 모든 부대사업’을 영위할 목적으로 본점 소재지를 서울 중구 (주소 3 생략)으로 하여 설립되었다.

나. 원고는 2007. 1. 30. 본점 소재지를 인천 연수구 (주소 4 생략)으로 이전하였다가 2010. 3. 12. 인천 연수구 (주소 1 생략)(이하 ‘송도동 본점’이라 한다)으로 각 이전하고 등기를 마친 후, 다시 2011. 4. 15. 인천 남동구 (주소 2 생략)(이하 ‘구월동 본점’이라 한다)으로 재이전하고 등기를 마쳤다.

다. 피고는 원고의 본점이 수도권정비계획법 제6조 및 같은 법 시행령 제9조 [별표1]에 따른 과밀억제권역(이하 ‘대도시’라 한다) 밖에 있는 송도동 주1) 본점 에서 대도시 내인 구월동 본점으로 이전되었고, 이는 구 지방세법(2015. 7. 24. 법률 제13427호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제28조 제2항 제2호 에 따라 법인의 설립으로 간주된다는 이유로 2012. 3. 5. 구 지방세법 제28조 제2항 의 중과세를 적용하여 등록면허세 735,209,210원, 지방교육세 135,619,340원을 부과하였다.

라. 원고는 위 처분에 불복하여 2012. 5. 31. 조세심판청구를 제기하였는데, 조세심판원은 2015. 8. 10. 원고가 진행하는 사업 중 대중골프장 신축 사업이 구 지방세법 제28조 제2항 단서, 구 지방세법 시행령(2013. 3. 23. 대통령령 제24425호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제44조 , 제26조 제1항 제1호 에서 정하고 있는 중과세 제외 업종인 사회기반시설사업 중 체육시설에 해당한다는 이유로 원고의 사업부지 면적 중에서 체육시설이 차지하는 비율에 해당하는 24.28%를 중과세 대상에서 제외하고 과세표준 및 세액을 경정하도록 하는 결정을 하였다.

마. 이에 피고는 2015. 8. 20. 위 조세심판원의 결정에 따라 등록면허세를 556,700,420원, 지방교육세를 102,690,970원으로 감액 경정하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법여부

가. 원고의 주장

(1) 구 지방세법 제28조 제2항 단서, 구 지방세법 시행령 제44조 , 제26조 제1항 제3호 는 구 주택법(2012. 1. 26. 법률 제11243호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조 에 따라 국토해양부장관에게 등록한 주택건설사업을 영위하는 경우에는 중과세의 적용이 제외되는 것으로 규정하고 있다. 그런데 원고는 구 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법(2013. 3. 23. 법률 제11690호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 경제자유구역법’이라 한다) 제9조 에 따른 경제자유구역개발사업 실시계획의 승인을 받았는바, 같은 법 제11조 제1항 제39호 에 따르면 위 실시계획의 승인을 받은 경우 구 주택법 제16조 의 사업계획의 승인을 받은 것으로 의제되고, 한편 구 주택법 제16조 는 구 주택법 제9조 의 주택건설사업 등록한 것을 전제로 한 규정이므로, 결국 원고는 구 주택법 제16조 의 사업계획승인 의제에 의하여 구 주택법 제9조 의 주택건설사업 등록을 한 것으로 볼 수 있다.

(2) 가사 그렇지 않다고 하더라도, 원고는 구월동 본점으로 이전하기 이전에 이미 구 주택법 제9조 의 주택건설사업 등록에 필요한 모든 요건을 갖추고 있었을 뿐만 아니라, 지식경제부장관이 원고에 대하여 인천경제자유구역 송도지구(6·8공구)(이하 ‘송도랜드마크시티’라 한다) 개발사업을 승인하는 과정에서 주택건설사업 등록 심사권자인 국토해양부장관과도 수차례 협의를 거쳤으므로, 원고는 이 사건 처분 당시 실질적으로 구 주택법 제9조 에 따른 주택건설사업 등록을 한 것과 같은 지위에 있다고 보아야 한다.

(3) 대도시 밖에 있는 법인의 본점이나 주사무소를 대도시로 전입하는 경우를 법인의 설립으로 의제하여 등록면허세를 중과하도록 하는 구 지방세법 제28조 제2항 을 적용하는 경우, 같은 법 제30조 제2항 에 의하여 기존에 납부한 등록면허세 만큼을 공제하여야 하는데, 이 사건 부과처분의 세액은 원고가 기존에 납부한 등록면허세를 공제하지 아니하였으므로 위법하다.

(4) 원고에게는 이 사건 부가가치세의 신고·납부의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있으므로, 이 사건 부과처분 중 적어도 가산세 부분은 위법하다.

나. 관련 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 인정사실

㈎ 원고는 2007. 8. 27. 인천광역시 및 인천경제자유구역청과 송도랜드마크시티를 공동으로 개발하기로 하는 개발협약을 체결하였다.

㈏ 재정경제부장관은 2008. 1. 4. 인천경제자유구역 송도지구 개발계획 변경 승인 고시(재정경제부고시 제2008-1호)를 통하여 원고를 송도랜드마크시티 개발사업의 시행자로 지정하였다.

㈐ 지식경제부장관은 2010. 5. 11. 아래와 같은 내용을 포함하고 있는 송도지구 개발계획변경 및 실시계획을 승인하였다(지식경제부고시 제2010-99호).

㈑ 원고는 2012. 2. 17. 주택법 제9조 에 따른 주택건설사업 등록을 하였고, 2012. 3. 21. 본점을 인천 연수구 (주소 5 생략)으로 이전하고 등기를 마쳤다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4, 5, 6, 10호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

(2) 판단

㈎ 경제자유구역개발사업 실시계획의 승인으로 주택건설사업 등록이 의제되는지 여부

관련 법령 및 위 인정사실에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 구 경제자유구역법 제9조 에 따른 경제자유구역개발사업 실시계획 승인을 받음으로써 같은 법 제11조 제1항 제39호 에 따라 구 주택법 제16조 의 사업계획 승인을 받은 것으로 의제된다고 하더라도 대도시 중과세 제외 업종인 구 주택법 제9조 의 주택건설사업 등록을 한 것으로 볼 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

① 주된 인·허가에 관한 사항을 규정하고 있는 갑 법률에서 주된 인·허가가 있으면 을 법률에 의한 인·허가를 받은 것으로 의제한다는 규정을 둔 경우에는, 주된 인·허가가 있으면 을 법률에 의한 인·허가가 있는 것으로 보는데 그치는 것이고, 그에서 더 나아가 을 법률에 의하여 인·허가를 받았음을 전제로 한 을 법률의 모든 규정들까지 적용되는 것은 아닌바( 대법원 2004. 7. 22. 선고 2004다19715 판결 , 대법원 2015. 4. 23. 선고 2013두11338 판결 등 참조), 구 경제자유구역법 제11조 제1항 은 같은 법 제9조 에 따라 실시계획의 승인을 받은 경우 구 주택법 제16조 의 사업계획 승인을 받은 것으로 본다고 규정하고 있을 뿐, 구 주택법 제9조 의 주택건설사업 등록을 한 것으로 본다고 규정하고 있지 않다. 오히려 구 주택법은 주택건설사업의 등록 기준과 결격사유, 등록말소 등에 관하여 별도로 규정하고 있고( 제9조 내지 제13조 ), 같은 법 제9조 에 따라 주택건설사업 등록을 한 자는 “등록사업자”로( 제10조 ), 같은 법 제16조 에 따라 사업계획의 승인을 받은 자는 “사업주체”로 구별하여 지칭하고 있으며( 제2조 제7호 다목 ), 같은 법 제14조 는 “ 제13조 에 따라 등록말소 또는 영업정지 처분을 받은 등록사업자는 그 처분 전에 제16조 에 따른 사업계획승인을 받은 사업은 계속 수행할 수 있다.”라고 사업계획의 승인을 받은 사업주체에 대해서도 주택건설사업 등록을 말소할 수 있는 것으로 정하고 있는 등 구 주택법은 주택건설사업의 등록과 주택건설사업계획의 승인을 다른 차원의 개념으로 명확히 구별하여 규정하고 있다.

그리고 지식경제부 장관이 원고에 대하여 이 사건 실시계획을 승인하는 과정에서 구 경제자유구역법 제11조 제2항 에 따라 주택법 제16조 의 주택건설 사업계획승인권자(국토해양부 장관)와 협의를 하였다고 하더라도, 주택법 제9조 의 주택건설사업등록에 필요한 관계서류를 제출받아 주택건설사업등록 요건에 관한 부분까지 협의(내지 심사)하였다고 볼 만한 증거도 없다.

② 구 주택법 시행규칙 제9조 , 별지 제12호 서식에서 사업계획의 승인신청서에 등록번호를 기재하도록 정하고 있다고 하더라도 이는 구 주택법 제9조 에 따라 주택건설사업 등록을 마친 등록사업자가 같은 법 제16조 에 따른 사업계획 승인 신청을 하는 경우에 적용되는 절차일 뿐이고, 이를 근거로 거꾸로 구 주택법 제16조 에 따른 사업계획 승인을 받은 경우 당연히 구 주택법 제9조 의 주택건설사업 등록을 한 것으로 의제된다고 해석할 수는 없다.

③ 구 경제자유구역법 제15조 는 국가 및 지방자치단체가 원고와 같은 지위에 있는 개발사업 시행자에 대하여 조세특례제한법, 관세법, 지방세특례제한법에서 정하는 바에 따라 등록면허세 등의 조세를 감면할 수 있도록 정하고 있기는 하나, 막상 조세특례제한법, 관세법, 지방세특례제한법은 구 경제자유구역법에 따른 개발사업 시행자에 대하여 등록면허세를 감면하는 규정을 별도로 두고 있지 않다. 특히 구 지방세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11138호로 개정되기 전의 것) 제54조 제3항 , 제58조 제2항 , 제60조 제3항 은 관광진흥법에 따른 호텔업 등에 대하여 구 주택법 제28조 제2항 의 중과세를 적용하지 않는 것으로 정하고 있으면서도 구 경제자유구역법에 따른 개발사업 시행자는 여기에 포함시키고 있지 않다.

㈏ 사실상 원고가 구 주택법 제9조 의 주택건설사업등록자의 지위를 취득한 것으로 볼 수 있는지 여부

관련 법령과 위 인정사실, 갑 제7 내지 9호증의 각 기재에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 설령 원고가 구월동 본점 이전 당시 구 주택법 제9조 의 주택건설사업 등록에 필요한 요건을 모두 갖추고 있었다고 하더라도 실제로 국토해양부에 주택건설사업 등록을 하지 않은 이상 구 지방세법 시행령 제26조 제1항 제3호 에서 규정한 중과세 예외 업종인 국토해양부에 등록된 주택건설사업에 해당한다고 할 수 없다.

① 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는바( 대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 ), 구 지방세법 시행령 제26조 제1항 제3호 는 주택법 제9조 에 따라 국토해양부에 ‘등록된 주택건설사업’을 중과 예외 업종으로 정하고 있으므로, 합리적 이유 없이 위 주택건설사업에 국토해양부에 등록되지 않은 실질적 주택건설사업이 포함된다고 확장하여 해석해서는 안 된다.

② 이와 달리 주택건설사업 등록에 필요한 요건을 갖춘 자는 국토해양부에 등록을 하지 않더라도 구 지방세법 시행령 제26조 제1항 제3호 에 따라 중과세 예외에 해당한다고 해석하게 되면, 과세관청이 주택건설사업을 하는 자에게 구 지방세법 제28조 제2항 에 따른 중과세를 하고자 하는 경우 해당 건설사업자가 국토해양부에 주택건설사업 등록을 하지 않고 있더라도 주택건설사업 등록에 필요한 요건을 갖추고 있는지 여부를 실질적으로 심사하여야 하는 부담으로 인하여 과세요건에 관한 획일적 판단이 어려워짐으로써 공평과세 및 법적 안정성을 해할 우려가 있다.

③ 따라서 원고가 주택건설사업 등록이 가능한 규모의 주택건설사업(25,564세대)과 대지조성사업(5,829,446㎡)에 관하여 구 경제자유구역법에 따른 실시계획 승인을 받았고, 그 과정에서 주택법 제16조 의 사업계획승인과 관련된 협의가 이루어졌으며, 구월동 본점으로 이전한 때로부터 10개월 후에 주택건설사업 등록을 마쳤다는 사정만으로 원고가 구월동 본점 이전 등기 당시에 실제로 국토해양부에 주택건설사업 등록을 마친 것과 동등한 것으로 평가할 수 없다.

㈐ 기납부 등록면허세가 공제되어야 하는지 여부

살피건대, 구 지방세법 제28조 제2항 제1호 는 대도시에서 법인을 설립하거나 자본을 증가시키는 경우 일반 표준세율의 3배에 해당하는 중과세율로 등록면허세를 신고·납부하도록 규정하고 있고, 제2호 는 대도시 밖에 있는 법인의 본점이나 주사무소를 대도시로 전입하는 경우에도 이를 법인의 설립으로 의제하여 등록면허세를 중과하도록 규정하고 있는바, 이는 대도시 과밀억제를 방지하기 위한 하나의 방편으로 대도시에서의 법인 설립이나 자본 증가에 대하여 일반등록면허세에 비하여 중과세를 하는 한편, 대도시 밖에서 설립된 기존 법인이 대도시로 이전하는 경우에도 법인의 설립과 동일하게 보아 중과세하겠다는 취지라고 볼 수 있다. 그런데 원래 법인에 대한 등록면허세는 그 성격상 법인의 설립이나 자본 또는 출자 증가를 과세요건으로 하는 것이므로, 대도시 밖에 본점이나 주사무소를 가지고 있던 기존 법인이 대도시로 이전하는 것에 대하여 구 지방세법 제28조 제2항 제2호 에 따라 마치 법인의 설립에 해당하는 등록면허세를 또다시 납부하도록 하면 그 이전에 대도시 밖에서 법인을 설립하거나 자본을 증가하면서 이미 납부한 등록면허세액에 관하여 이중납부의 문제가 생길 수 있다. 이에 구 지방세법 제30조 제2항 은 ‘등록면허세 과세물건을 등록한 후에 해당 과세물건이 제28조 제2항 에 따른 세율의 적용이 되었을 때에는 제28조 제2항 에 따른 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 공제한 금액을 세액으로 하여 신고·납부하도록’ 규정함으로써 법인의 대도시 이전의 경우에는 그 이전에 기납부한 등록면허세를 공제하도록 하고 있다.

이 사건의 경우, 갑 제1, 4호증의 각 기재에 의하면 원고는 2006년 설립 이후 원고의 자본금 증가분에 대하여 일반 표준세율(0.4%)로 산정된 등록면허세를 모두 납부하였는데 이 사건 처분의 부과세액 산정에는 그와 같이 기납부된 등록면허세가 공제되지 아니한 사실을 인정할 수 있으므로, 이를 포함시켜 세액을 산정한 이 사건 처분은 아래 공제액의 범위 내에서 위법하다고 할 것이어서, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

나아가 원고에게 부과되어야 할 정당세액의 범위에 관하여 보건대, 원고가 대도시지역인 구월동으로 본점을 이전하기 전에 법인의 설립 및 증자에 관하여 이미 등록면허세로 합계 190,400,000원을 납부하였고, 구월동 본점 이전 시 등록면허세로 75,000원을 추가 납부한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 중과세 제외대상인 체육시설업 비율 24.28%를 제외하여 산정한 정당세액은 별지 정당세액 계산 표 기재와 같이 등록면허세 371,109,240원(가산세 109,382,290원 포함), 지방교육세 68,456,150원(가산세 14,261,950원 포함)이 됨이 계산상 명백하다.

㈑ 원고에게 가산세 관련 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는지 여부

살피건대, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는 것이고, 다만 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다( 대법원 2003. 12. 11. 선고 2002두4761 판결 등 참조)고 할 것인바, 위 다.(1)항에서 인정한 사실관계를 종합하여 보면, 이 사건 처분의 과세금액에 일부 오류가 있었다는 점만으로는 원고에게 납세의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어렵고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

라. 소결

결국 이 사건 처분 중 등록면허세 371,109,240원(가산세 109,382,290원 포함), 지방교육세 68,456,150원(가산세 14,261,950원 포함)을 초과하는 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구 중 등록면허세 371,109,240원(가산세 109,382,290원 포함), 지방교육세 102,690,970원(가산세 14,261,950원 포함)을 각 초과하는 부분에 관한 이 사건 처분에 대한 취소청구는 이유 있어 이를 일부 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 기각하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로 원고의 항소를 일부 받아들여 제1심 판결을 일부 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[별지 생략]

주1) 송도동 본점은 과밀억제권역이 아니고, 송도동 본점이나 구월동 본점 모두 ‘산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률’을 적용받는 산업단지에 해당하지 않는다.