2. 피고가 2009. 1. 2. 원고에 대하여 한 양도소득세 31,828,830원의 부과처분을 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑제1호증의 1 내지 5, 갑제2, 3, 5호증, 을제1, 2, 3호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

가. 원고는 2004. 3. 9. 서울 마포구 AA동 378의 7 대지 274.4㎡ 및 그 지상 건물 687.04㎡(주택 191.83㎡와 상가 495.21㎡로 이루어져 있다. 이하 위 대지 및 건물을 '이 사건 토지 및 건물'이라 하고, 그 중 주택 및 그 대지 부분을 '이 사건 주택 부분', 상가 및 그 부지 부분을 '이 사건 상가 부분'이라 한다)를 일괄하여 대금 1,460,000,000 원에 취득하여 보유하고 있다가 2008. 2. 29. 이 사건 토지 및 건물을 일괄하여 대금 1,580,000,000원에 제3자에게 양도하였다.

나. 원고는 이 사건 토지와 건물 중 이 사건 주택 부분은 1세대 1주택에 해당하여 비과세 대상이라는 이유로 그 부분을 제외하고 양도가액을 1,130,486,403원, 취득가액 을 1,052,335,792원으로 계산하여 피고에게 양도소득세 4,490,250원을 자진신고ㆍ납부하였다.

다. 피고는 이 사건 토지 및 건물에 대한 실지거래가액을 조사한 후 토지 및 건물이 함께 양도됨에 따라 비과세대상인 이 사건 주택 부분과 과세대상인 이 사건 상가 부분 의 각 양도가액의 구분이 불분명하다는 이유로, 소득세법 제100조 제2항에 따라 상가 토지에 대하여는 개별공시지가를, 상가건물에 대하여는 국세청장의 건물고시가격을, 주택에 대하여는 개별주택가격을 각 적용하여 양도가액 및 취득가액을 안분계산한 뒤 1세대 1주택으로 비과세대상인 이 사건 주택 부분을 제외한 이 사건 상가 부분의 양도가액을 1,188,499,846원, 취득가액을 917,261,167원으로 산정하여 2009. 1. 2. 원고에게 양도소득세 70,521,680원을 추가로 부과ㆍ고지하였다.

라. 그 후 피고는 2009. 1. 23. 위 양도가액이 1,083,601,886원으로 변경되어야 하는 등 계산상 오류가 있다는 이유로 별지1. 안분계산내역의 기재와 같이 이 사건 토지 및 건물의 실지취득가액 및 실지양도가액을 다시 산정하여 안분계산한 뒤 종전 양도소득 세 70,521,680원에서 38,692,850원을 감액 경정하는 처분을 하였다(위와 같이 감액 경정되고 남은 31,828,830원의 양도소득세 부과처분을 '이 사건 처분'이라 한다).

2. 이사건처분의적법여부

가. 원고의주장

(1) 소득세법 제100조 제2항의 규정은 이 사건 토지와 건물이 모두 과세대상이 되면서 함께 취득하거나 양도되어 그 가액의 구분이 불분명한 때에 한정하여 적용되어야 하고, 또한 피고가 비과세대상과 과세대상의 취득 및 양도가액을 구분하기 위하여 위 소득세법 제100조 제2항을 유추적용하여 안분계산한 결과 이 사건 상가 부분만의 양도차익이 166,340,719원으로 계산되어 이 사건 토지 및 건물의 전체 양도차익 120,000,000원을 초과하는 등 실제 거래내용과 어긋나고 이는 실질적 조세법률주의와 과잉금지의 원칙 등에 비추어 부당하므로 결국 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 이 사건의 경우에도 소득세법 제100조 제2항을 유추적용할 수 있다고 하더라도 위와 같이 현저하게 불합리한 결과가 발생하지 않도록 비과세대상인 주택 부분에서 발생한 양도차손을 통산하거나 주택 부분에 대하여 개별주택가격 대신 기준시가를 적용하는 등의 절차를 통하여 이러한 불합리를 제거하여야 함에도 이를 거치지 아니한 채 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령의 기재와 같다.

다. 판단

(1) 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제100조 제2항, 제99조 제1항, 소득세법시행령(2008. 2. 22. 대통령령 제20618호로 개정되기 전의 것) 제166조 제6항, 부가가치세법시행령 제48조의 2 제4항 단서에 의하면, 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 그 가액의 구분이 불분명한 때에는 토지는 소득세법 제99조 제1항 제1호 가목에 의한 개별공사지가, 건물은 소득세법 제99조 제1항 제1호 나목에 의한 건물고시가격, 주택은 소득세법 제99조 제1항 제1호 라목에 의한 개별주택가격에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산하도록 규정하고 있고, 한편 양도소득금액을 계산함에 있어서 양도차손이 발생한 자산이 있는 경우에는 소득세법 제102조 제2항에 의하여 당해 자산 외의 다른 자산에서 발생한 양도소득금액에서 그 양도차손을 공제하도록 함으로써 납세자가 실제로 취득한 양도차익에 부합하는 과세가 이루어지도록 규정하고 있다.

(2) 한편 이 사건 토지와 건물의 경우에는 일괄하여 취득 및 양도가 이루어졌으나 그 중 이 사건 주택 부분은 비과세대상이고 나머지 이 사건 상가 부분만이 과세대상이 되는 특정이 있는바, 이 때 함께 취득 및 양도된 토지와 건물의 가액의 구분이 불분명하므로 양도소득세를 부과하기 위해서는 내부적으로 이를 구분하여 상가 부분의 양도가액을 특정할 필요가 있다. 그러함에도 소득세법에서는 이와 같은 경우를 상정하여 안분계산방법 등을 따로 규정하고 있지 아니하다. 이러한 경우 과연 앞서 본 바와 같이 소득세법 제100조 제2항 등에서 규정하고 있는 안분계산방식을 적용할 수 있는지가 문제이다.

살피건대, 조세법규의 해석은 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석 하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만(대법원 1994. 2. 22. 선고 92누18603 판결 등 참조), 이와 같이 엄격해석의 원칙을 견지하더라도 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해하지 않는 범위 내에서 입법의 동기, 취지 및 목적과 사회 통념에 따른 목적론적 해석을 하는 것은 불가피하고 또한 필요한 것이며, 특히 과세요건이 명확한 반면 단지 그 계산방법이 명확하지 않거나 존재하지 않는 경우에는 목적론적 해석을 하여도 법적 안정성 및 예측가능성이나 납세자의 이익을 해치지는 않는다고 할 것이다.

그러나 이 사건의 경우, 앞서 든 각 증거와 관계법령의 각 규정에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 이 사건 주택 부분의 기준시가인 개별주택가격을 살펴보면 취득 당시 309,412,501원에서 양도 당시 356,000,000원으로 46,587,499원이 증가하였음에도, 피고가 소득세법 제100조 제2항을 적용하여 이 사건 상가 부분의 개별공시지가 등을 기준시가로 삼아 안분계산을 한 결과 이 사건 주택 부분의 실지거래가액이 취득 당시 542,738,833원에서 양도 당시 496,398,114원으로 오히려 46,340,719원이 감소한 것으로 산정된 점, ② 이러한 가액산정 결과는 이 사건 상가 부분의 기준시가가 취득 당시 522,925,680원에서 양도 당시 777,122,760원으로 대폭 상승한 것에 비하여 이 사건 주택 부분의 기준시가가 상대적으로 작게 증가한 사정에 기인하는바, 피고가 이를 감안하지 않은 채 이 사건 상가 및 주택 부분의 각 취득 및 양도거래가액을 산정하는 바람에 이 사건 상가 부분만의 양도차익이 166,340,719원으로 실지거래가액에 따른 전체 양도차익 120,000,000원보다 더 많게 되는 불합리한 결과가 초래된 점, ③ 이 사건 주택 부분의 기준시가인 개별주택가격이 취득 당시에 비하여 양도 당시 소폭이나마 증가한 이상 이 사건 상가 및 주택 부분의 전체 양도차익 120,000,000원에는 이러한 주택 부분의 가격상승으로 인하여 발생한 양도차익이 당연히 포함되어 있음에도(개별주택가격이 46,587,499원 정도 증가한 것은 결코 적은 금액은 아니지만 이 사건 상가 부분에 비하여 상대적으로 상승폭이 작다는 것인바, 이처럼 개별주택가격이 상승하였음에도 오히려 양도차손이 발생하게끔 저가로 양도한다는 것은 매우 이례적이 다) 소득세법 제100조 제2항 소정의 안분계산 방법으로는 이를 제대로 반영할 수 없는 점, ④ 소득세법 제100조 제2항의 안분계산 방법은 토지와 건물이 모두 과세대상인 경우를 전제로 하는 것인바, 함께 취득 및 양도된 토지 또는 건물 중 어느 한 쪽에서 양도차손이 발생하는 때에는 소득세법 제102조 제2항을 통하여 당해 자산 외에 다른 자산의 양도소득금액에서 그 양도차손을 공제함으로써 실질적인 과세가 이루어지도록 규정하고 있으나, 이 사건과 같이 과세대상과 비과세대상이 함께 취득 및 양도된 경우에는 비과세대상인 자산에서 사실상 양도차손이 발생하더라도 이를 적절히 공제할 수 있는 방법이 없게 되어(소득세법 제102조 제2항은 해당 자산이 과세대상으로 양도차익 또는 양도차손이 산정되는 것을 전제로 하는 규정으로 양도차익 또는 양도차손을 계산할 수 없는 비과세대상인 자산의 경우에까지 적용할 수 있다고 보기 어려울 뿐만 아니라 그 적용 결과가 법적 안정성 및 예측가능성이나 납세자의 이익을 해치지 않는다고 단정하기도 어렵다) 함께 취득 및 양도되는 자산의 일부가 비과세대상인 경우가 과세대상이 되는 경우에 비하여 오히려 과다한 세금을 부담하는 결과가 초래되는바 이는 비과세제도를 둔 목적과 취지에 비추어 쉽게 수긍하기 어려운 점 등을 종합하여 보면, 이 사건과 같이 비과세대상인 주택이 포함되어 있는 경우에까지 소득세법 제100조 제 2항을 유추적용하여 안분계산한 것이 실제 거래내용에 부합하지 아니하는 불합리한 결과를 가져오는 이상 이를 함부로 유추적용해서는 안된다고 할 것이므로, 결국 소득세법 제100조 제2항을 유추적용하여 과세한 이 사건 처분은 위법함을 면하지 못한다.

따라서 이 사건 처분은 원고의 나머지 주장에 관하여 더 나아가 살필 필요 없이 위법하므로 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구를 인용하여야 할 것이다.

3. 결론

그렇다면 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 이를 취소하고 원고의 청구를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.