부가가치세법 제12조면세

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 원고에게 한 2014. 10. 1.자, ① 2009년도 2기분 부가가치세 24,172,420원(가산세 8,619,434원 포함)의 부과처분, ② 2010년도 1기분 부가가치세 175,627,720원(가산세 117,193,046원 포함)의 부과처분, ③ 2010년도 2기분 부가가치세 250,314,920원(가산세 91,595,402원 포함)의 부과처분, ④ 2011년도 1기분 부가가치세 472,807,960원(가산세 171,259,141원 포함)의 부과처분, ⑤ 2011년도 2기분 부가가치세 42,036,920원(가산세 6,407,800원 포함)의 부과처분을 각 취소한다.

가. 원고는 2011. 5. 25. 기금 및 지방비 합계 약 100억 원을 들여 ○○시 ○○로 000 지상에 수영장, 헬스장, 에어로빅장, 다목적 체육관 등을 주요시설로 하는 ○○국민체육센터(이하 '이 사건 체육센터'라 한다)를 준공하고 원고 소유로 등기한 후, 2011. 10. 10. 이 사건 체육센터를 개관하였다.

나. 원고는 2011. 9. 15. 위탁자를 ○○시장, 수탁자를 ○○시생활체육회(이하 '이 사건 체육회'라 한다)로 하여 구 공유재산 및 물품 관리법(2015. 1. 20. 법률 제13017호로 개정되기 전의 것) 제27조에 따라 이 사건 체육회와 '○○국민체육센터 운영・관리의 위・수탁 협약'(이하 '이 사건 협약'이라 한다)을 체결하고, 이 사건 체육회에 이 사건 체육센터의 관리를 위탁하였다(이하 '이 사건 위탁운영'이라 한다).

다. 이 사건 협약에 따르면 이 사건 체육센터의 운영으로 수익이 발생할 경우 AA시장과 이 사건 체육회가 30:70의 비율로 수익을 분배하고, 손실이 발생할 경우 AA시장이 이 사건 체육회에 연간 손실예상액을 기준으로 한 금액을 시설운영 손실금 지원 금액 명목으로 지급하기로 되어 있다.

라. 원고는 피고에 대하여 이 사건 체육센터의 시설투자에 관한 매입세액을 공제하여 부가가치세를 환급하여 줄 것을 내용으로 하는 경정청구를 하였고, 그 결과 2012. 2. 22. 피고로부터 668,000,000원을 환급받았다.

마. ○○지방국세청장은 2014. 1.경 실시한 피고에 대한 종합감사에서 원고의 이 사건 위탁운영은 무상임대 용역에 해당하여 부동산 임대업으로 볼 수 없으므로 피고에게 이 사건 체육센터의 시설투자에 관한 부가가치세 매입세액을 불공제하도록 시정요구하였고, 피고는 2014. 10. 1. 위 시정요구에 따라 원고에 대하여 원고의 이 사건 체육센터의 시설투자에 관한 매입세액을 불공제하고 초과환급신고 가산세 및 납부・환급불성실 가산세를 가산하여 ① 2009년도 2기분 부가가치세 24,172,420원(가산세 8,619,434원 포함), ② 2010년도 1기분 부가가치세 175,627,720원(가산세 117,193,046원 포함), ③ 2010년도 2기분 부가가치세 250,314,920원(가산세 91,595,402원 포함), ④ 2011년도 1기분 부가가치세 472,807,960원(가산세 171,259,141원 포함), ⑤ 2011년도 2기분 부가가치세 42,036,920원(가산세 6,407,800원 포함) 등 합계 964,959,940원을 경정・고지하였다(이하 위 각 부가가치세 부과처분을 통틀어 '이 사건 각 처분'이라 한다).

바. 원고는 2014. 11. 3. 이 사건 각 처분에 불복하여 국세청에 국세심사청구를 하였으나, 국세청은 2015. 2. 3. 원고의 청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증(가지번호가 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

① 이 사건 위탁운영은 이 사건 체육센터의 운영으로 수익이 발생할 경우 AA시장과 이 사건 체육회가 30:70의 비율로 수익을 배분하도록 되어 있어 대가성이 있으므로 무상임대용역이라 볼 수 없고, ② 이 사건 위탁운영을 부가가치세법상 매입세액 공제의 대상이 되는 부동산 임대업으로 보지 않을 근거가 없으며, ③ 원고는 부가가치세법 제12조 제2항 단서에 따른 특수관계인인 이 사건 체육회에 사업용 부동산 임대용역을 공급한 것이므로, 이 사건 위탁운영은 부가가치세법상 매입세액 공제 대상인 부동산 임대용역에 해당하여 이 사건 체육센터의 시설투자에 관한 매입세액을 공제하여야 함에도, 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 부과한 이 사건 각 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

또한 이 사건 각 처분은 사업의 포괄양도양수의 경우 양도자가 공제받은 부가가치세 매입세액은 불공제하지 않는 것 등과 비교해 볼 때 현저히 불공정하여 공평과세의 원칙에 어긋난다.

이 사건 각 처분 중 가산세 부분은 피고가 원고의 환급신청에 대하여 법률의 명확한 해석을 통하여 환급결정을 하지 않았다면 발생하지 않았을 것이므로 원고에게 의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는바, 이 사건 각 처분 중 적어도 가산세 부분은 부당하여 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 이 사건 위탁운영이 대가를 받는 부동산 임대용역의 공급에 해당하는지 여부

1) 구 부가가치세법(2011. 12. 31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조는 제1항 제1호에서 '영리목적의 유무에 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자'인 사업자를 부가가치세 납세의무자로 규정하고 있고, 제2항에서 그 납세의무자에는 국가나 지방자치단체를 포함한다고 규정하고 있다. 한편 구 부가가치세법 제7조 제3항은 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다고 규정하고 있고, 제12조 제1항 제18호는 '대통령령으로 정하는 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역에 대하여는 부가가치세를 면제한다'고 규정하고 있으며, 구 부가가치세법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제38조는 구 부가가치세법 제12조 제1항 제18호에서 대통령령으로 정하는 것 이란 '부동산 임대업' 등 그 각 호의 재화 또는 용역을 제외한 것을 말한다고 규정하고 있다.

또한 구 부가가치세법 제17조 제2항 제6호에서는 매입세액 불공제 대상으로 '부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)'을 규정하고 있다.

따라서 국가나 지방자치단체가 어느 단체에 시설의 관리 등을 위탁하여 이를 사용・수익하게 하고 그 단체가 자신의 명의와 계산으로 제3자에게 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 해당 시설을 목적물로 하여 그 단체에 부동산 임대용역을 공급한 것으로 보아야 할 것이나, 이처럼 국가나 지방자치단체가 부동산 임대용역을 공급함에 있어서 그 대가를 받지 않고 해당 시설을 무상으로 사용・수익하도록 한 경우에는 이를 과세사업으로 볼 수 없어 부가가치세가 면제되고, 관련 매입세액은 공제되지 아니한다(대법원 2017. 7. 11. 선고 2015두48754 판결 참조).

2) 앞선 인정사실에 갑 제1, 3 내지 8호증, 을 제8호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 볼 때, 원고는 이 사건 체육회에 이 사건 체육센터의 관리 및 운영을 위탁하면서 이를 무상으로 사용・수익하도록 하였으므로 대가를 받지 않은 용역의 공급으로 부가가치세 과세대상에 해당하지 않고, 따라서 이 사건 체육센터의 시설투자와 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제받을 수 없다.

① 원고는 시민들의 건강 증진과 생활체육 욕구 충족에 기여하고 삶의 질 향상에 도움을 주려는 목적으로 이 사건 체육센터를 건립하였고, 이러한 원고의 사업목적을 달성하기 위하여 이 사건 체육회에 이 사건 체육센터의 관리・운영을 위탁하였다.

② 이 사건 체육센터의 신축비용은 전적으로 원고가 부담하였고, 이 사건 위탁운영과 관련하여서도 원고는 이 사건 체육회로부터 별도로 대부료나 임대료를 지급받지 않았다.

③ 이 사건 협약에 이 사건 체육센터의 운영으로 수익이 발생할 경우 그 30%를 원고에게 분배한다는 규정이 있기는 하나, 원고가 내부적으로 작성한 검토보고서에 의하면 원고가 이 사건 체육센터의 관리・운영을 이 사건 체육회에 위탁하게 된 것은 대규모 적자가 확실히 예상되는 상황에서 직영보다는 위탁운영이 적자 폭을 다소나마 줄일 수 있을 것으로 판단하였기 때문으로 당초부터 원고는 실질적인 수익의 분배를 예정하고 있지 않았다.

④ 실제로 원고는 이 사건 체육회에 시설운영 손실금 지원 금액 명목으로, 이 사건 체육센터의 개관 시부터 2012. 9.경까지 240,200,000원, 2012. 10.경부터 2013. 9.경까지는 264,220,000원을 지급하였고, 위 기간 동안 이 사건 체육센터의 운영수입은 위 손실금 지원에도 불구하고 2011. 1.경부터 2012. 9.경까지 41,841,000원의 손실, 2012. 10.경부터 2013. 9.경까지는 17,720,000원의 손실이 발생하였다.

⑤ 이 사건 체육회가 이 사건 각 처분의 과세기간 경과 후 이 사건 체육센터의 위탁운영으로 2014년 1,135,646원, 2015년 9,231,116원, 2016년 4,659836원의 수익을 올려 형식상으로는 위 수익 중 30%를 원고에게 지급한 것으로 보이기는 하나, 이는 이 사건 체육회가 원고로부터 2014년 270,642,000원, 2015년 299,659,300원, 2016년 300,000,000원의 손실지원금을 각 지급받은 결과로 보여 원고에게 이 사건 위탁운영으로 인한 실질적인 대가로서 경제적 수익이 분배되었다고 보기도 어렵다.

3) 따라서 이 사건 위탁운영이 원고의 대가성 있는 부동산 임대업의 일환으로 이루어진 것으로서 부가가치세 과세대상에 해당함을 전제로 하는 원고의 주장은 모두 이유 없다(원고는, 원고가 특수관계인인 이 사건 체육회에 사업용 부동산의 임대용역을 공급한 것이므로 이 경우 부가가치세법 제12조 제2항 단서에 따라 용역의 공급에 해당한다고도 주장하나, 위 단서 규정은 이 사건 각 처분의 과세기간 이후인 2012. 1. 1.부터 시행된 것으로서 이 사건에 적용될 수 없을 뿐만 아니라 이 사건 체육회는 원고와는 엄연히 법적・경제적으로 독립된 사경제 주체로서 단지 원고로부터 손실금 지원을 받는다는 사정만으로 이 사건 체육회가 소득세법 시행령 제98조 제1항 또는 법인세법 시행령 제87조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당한다고 보기는 어렵다).

라. 공평과세원칙 위배 여부

원고의 주장과 같이 사업의 포괄양도양수의 경우 양도자가 공제받은 부가가치세 매입세액은 불공제하지 않는 등 다른 사례에서 피고가 매입세액 공제를 인정하고 있다 하더라도, 이 사건은 사업의 포괄양도양수 등의 경우와는 사안을 달리하는 것일 뿐만 아니라 앞서 본 법리에 비추어 보더라도 피고가 이 사건 각 처분으로 원고를 다른 납세의무자와 비교하여 불리하게 차별하였다고 할 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 아니한다.

마. 가산세 부과의 당부

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고・납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의・과실을 고려하지 않고, 법령의 부지나 착오 등은 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않는바(대법원 2004. 6. 24. 선고 2002두10780 판결, 대법원 2011. 5. 13. 선고 2008두12986 판결, 대법원 2017. 3. 30. 선고 2016두64760 판결 등 참조), 원고의 부가가치세 환급 경정청구에 따라 피고가 원고에게 부가가치세를 환급하여 주었다고 할지라도, 이는 원고의 법령의 부지나 착오에 기한 경정청구에 따른 것이므로 원고가 부가가치세 신고・납부의무를 위반하여 초과환급신고를 한 것에 대하여 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.