성립에 다툼이 없는 갑제1호증(납세고지서 겸 영수증서), 을제1호증의 1(양도소득세결정결의서), 2(양도소득금액결정결의서), 을제2호증(공장이전감면 신청에 대한 신공장시공통보여부), 을제3호증의 1(86년도분양도소득결정결의서), 2(조사서), 3(재산제세과세자료전통보), 을제4호증의 1(86년귀속소득세과세표준확정신고 및 자진납부계산서), 2(86년귀속확정신고소득금액계산명세서), 3(양도소득세액감면신청서), 4(토지 및 건물양도차익계산명세)의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 원고가 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ번지에서 2년이상 가동한 염색공장(대지 2637.4평방미터 및 건물 1331.3평방미터, 이하 이 사건 구공장이라 한다)을 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 소재 ㅇㅇ염색공단확장 지구로 이전할 목적으로 위 공장운용에 직접 이용되는 그 대지와 건물을 1986. 6. 29.에 양도하였다하여 1987. 1. 6. 에 피고에게 소득세법 제106조 , 제6조제2항 의 규정에 따라 양도소득세의 감면신청을 하여 피고로부터 면제결정을 받았던 사실, 그런데 피고는 이 사건 구공장의 양도일을 그 공장의 대지 및 건물에 대한 등기부상 소유권이전등기일인 1986. 7. 28.로 보고 당시 시행된 소득세법시행령(1986. 6. 30. 대통령령 제11940호로 개정) 제18조제5항 에 의하여 구공장의 양도일로부터 1년 이내에 신고장을 시공하지 아니하였다는 이유로 1988. 6. 20. 청구인에 대하여 이미 면제받은 1986년 귀속분 양도소득세 및 그 방위세를 별지 세액산출명세서 기재와 같이 산출하여 양도소득세를 금27,526,370원으로 그 방위세를 금5,004,790원으로 결정하여 부과고지(이하 이 사건 과세처분이라 한다)한 사실을 인정할 수 있고 달리 반증이 없다.

2. 원고의 주장과 판단

원고는, ㅇㅇ시ㅇㅇ구 ㅇㅇ번지에서 ㅇㅇ염직이란 상호로 이 사건 구공장을 경영하여오다가 이를 ㅇㅇ염색공단확장 지구로 이전하기 위하여 1986. 5. 29. 소외 유ㅇㅇ에게 그 공장대지 및 건물을 대금273,000,000원에 매도하고 같은 해 6. 29. 까지 그 대금을 모두 지급 받은 후 소유권이전등기는 매수인이 지정하는 사람 앞으로 하여 주기로 한 특약에 따라 같은해 7. 28. 에 위 유ㅇㅇ의 지정에 따라 소외 ㅇㅇ염직주식회사 앞으로 경료하였고, 한편 이 사건 구공장의 양도 당시에 시행된 소득세법시행령 제18조제3항 은 법 제6조제2항제2호 의 규정에 의하여 양도소득에 대한 소득세의 면제를 받은 자가 정당한 사유 없이 1년 이내에 시공하지 아니하거나 그 시공일로부터 2년내에 그 시설을 준공하지 아니한 때에는 그 면제받은 소득세를 즉시 추징한다 라고 규정되어 있는 바, 원고는 공해방지를 위해 염색공장을 한 곳에 집중시키기로 한 정부의 방침에 따라 ㅇㅇ염색공단으로 입주하기로 한 후 공단관리법의 규정에 의하여 입주계약을 체결하고 1986. 4. 10.부터 1987. 5. 15. 까지 7차례에 걸쳐 도합 금121,550,000원의 부지매입대금까지 납부하였으나 위 공단에서 실수요자인 원고에게 그 부지를 지연분양한 관계로 원고로서는 부득이 이 사건 구공장을 양도한지 1년내에 신공장을 시공하지 못하였을 뿐인데, 피고는 원고가 구공장의 양도일로부터 1년 이내에 신공장을 시공하지 못한데 대하여 위와 같은 정당한 사유가 있음에도 불구하고 이 사건 구공장의 실제의 양도일인 1986. 5. 29. 당시의 법령에 의하지 아니하고 위 대지 및 건물에 대한 등기부상 소유권이전등기일자가 1986. 7. 28. 로 되어 있음을 이유로 그 때에 이 사건 구공장이 양도된 것으로 보고 이전등기 당시의 법령에 따라 이미 면제된 위 양도소득세 및 방위세를 부과한 것은 이 사건 구공장의 양도일을 잘못 인정한 나머지 구소득세법 시행령 소정의 구공장 양도일로부터 1년 이내에 신공장을 시공하지 못한데 대한 정당한 사유 가 있음에도 이를 간과한 위법을 범하였다할 것이어서 피고의 이 사건 과세처분은 취소되어야 한다고 주장한다.

소득세법(1988. 12. 26. 법률 제4019호로 개정되기 전의 것) 제6조제2항 은 양도소득금액에 다음 각호의 소득이 있는 때에는 제1항의 규정을 준용하여 계산한 소득세를 면제한다 라고 규정한 다음 같은항 제2호에서 대통령령이 정하는 바에 의하여 2년이상 계속하여 가동한 공장을 이전할 목적으로 대통령령이 정하는 범위안의 토지와 건물을 양도함으로 인하여 발생하는 소득 을 면제대상소득의 하나로 들고 있는바, 위 규정을 받아 1986. 6. 30. 이전에 시행된 당시의 소득세법시행령 제18조제3항(즉 1986. 6. 30. 대통령령 제11940호로 개정되기 이전의 것) 은 법 제6조제2항제2호 의 규정에 의하여 양도소득에 대한 소득세의 면제를 받은 자가 정당한 사유 없이 1년 내에 시공하지 아니하거나 그 시공일로부터 2년내에 그 시설을 준공하지 아니한 때에는 그 면제받은 소득세를 즉시 추징하다 라고 규정하여 정당한 사유가 있는 경우에는 구공장의 양도일로부터 1년내 시공의 제한을 받지 아니하고, 시공일로부터 2년내 준공의 제한을 받지 아니하는 것으로 되어 있다.

그러나 위 시행령 제18조 의 규정은 1986. 6. 30. 전문이 개정되었는데 그 개정된 시행령 (1986. 6. 30. 대통령령 제11940호, 그 시행일은 부칙 제1조 에 의하여 위 영이 공포된 1986. 6. 30.이다) 제18조제5항 에 구공장을 먼저 양도하고 공장을 이전함로써 제4항의 규정에 의하여 양도소득에 대한 소득세의 면제를 받은 자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 면제받은 소득세(제3호의 경우에는 제2항에 의하여 부과하는 세액을 말한다)를 즉시 추징한다 고 하면서 그 제1호에서 공장을 신설하는 경우 구공장의 양도일로부터 1년 이내에 시공하지 아니하거나 시공일로부터 2년이내에 준공하여 사업을 개시하지 아니하는 때 라고 규정하여 개정전 시행령에 규정하였던 정당한 사유라는 문구를 삭제하였는바, 한편 그 부칙 제3조 에는 제18조 의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다. 다만, 이 영 시행 당시 구공장은 양도하였으나 신공장으로 이전하지 아니한 경우 제18조 의 개정규정을 적용받는 것이유리한 때에는 이를 선택하여 적용 받을 수 있다 고 규정하고 있으므로, 위 각 규정에 의하면 이 사건 구공장의 양도일이 위 시행일인 1986. 6. 30. 이전일 경우에는 개정전의 시행령 제18조제3항 의 규정을 적용하여 구공장의 양도일로부터 1년내에 신공장을 시공하지 아니하거나 시공일로부터 2년내에 준공하지 아니한 정당한 사유의 유무를 밝혀 면제된 양도소득세의 추징여부를 결정하여야 할 것이고, 그 양도일이 1986. 6. 30. 이후일 경우에는 개정시행령 제18조제5항 의 규정을 적용하여 구공장의 양도일로부터 1년내에 신공장을 시공하지 아니하거나 시공일로부터 2년내에 준공하여 사업을 개시하지 아니한 때에는 그 사유를 불문하고 면제된 양도소득세를 추징하여야 할 것이라 볼 것인데, 이 사건에서 구공장의 양도일 이란 그 양도계약을 체결할 당시를 말한다고 할 것인바, 그러므로 나아가 이 사건 구공장의 양도일에 관하여 보건대 성립에 다툼이 없는 을제6,7호증의 각2(각 등기부등본), 을제8,14호증의 각 1(각 부동산매매계약서), 을제14호증의2(부동산의 표시), 3(첨부목록), 증인 조ㅇㅇ의 증언에 의하여 진정성립이 인정되는 을제15호증의 1내지6(총계정원장 및 출금전표)의 각 기재와 위 증인의 증언에 변론의 전취지를 종합하면, 원고는 이 사건 구공장의 대지 및 건물을 1986. 7. 19. 소외 ㅇㅇ염직 주식회사에게 금243,000,000원에 매도하면서 계약금 27,000,000원을 같은 날, 중도금 45,000,000원을 같은해 7. 30., 잔금은 같은해 8. 5.에 지급 받기로 하는 매매계약을 체결한 후 같은날 계약금 27,000,000원, 같은해 7. 30. 중도금 45,000,000원을 각 지급 받고 잔금은 같은 해 8. 25. 까지 모두 지급 받았으며, 그 소유권이전등기는 중도금 지급전인 같은해 7. 28.에 같은날 매매를 원인으로 하여 위 소외회사 앞으로 경료해준 사실을 인정할 수 있고, 이에 반하여 위 매매일이 1986. 5. 29. 이라는 원고의 주장에 부합하는 갑제6호증(부동산매매계약서)의 기재와 증인 한ㅇㅇ, 유ㅇㅇ의 각 증언은 앞서든 증거에 비추어 믿지 아니하고 달리 반증이 없으므로, 위 인정 사실에 의하면 이 사건 구공장의 양도일은 위 매매계약일인 1986. 7. 19. 이라 할 것이니 위 구공장 대지 및 건물의 양도로 인하여 생긴 소득에 대하여 면제 받은 양도소득세의 추징여부를 결정함에 있어서 적용할 법규는 위 개정된 소득세법시행령 제18조제5항 이라 할 것이므로, 원고가 이 사건 구공장의 양도일로부터 1년이내에 신공장을 시공하지 아니하였고 시공일로부터 2년이내에 신공장을 준공하여 사업을 개시하지 아니한 점에 대하여는 다투지 아니하는 이 사건에 있어서는 위 개정된 시행령 소정의 기한내에 신공장을 시공 또는 준공하지 못한데에 대한 정당한 사유의 유무에 관하여는 판단할 필요없이 그 면제받은 양도소득세를 추징한 피고의 이 사건 과세처분은 적법하다 할 것이므로 결국 원고의 위 주장은 이유 없다 할 것이다.

3. 결론

그렇다면 이 사건 과세처분이 위법하다하여 그 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하고 소송비용은 패소자인 원고의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.

1990. 6. 13.

심급 사건

참조조문