2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 2004. 6. 17. 서울 중랑구 OO동 000 답 439㎡ 및 같은 동 000 답 242㎡， 같은 동 00 답 300㎡(이하 '이 사건 종전농지'라고 한다)를 취득하여 보유하고 있던 중 2009. 9. 1. 에스에이치공사에게 위 OO동 000 및 00 번지 토지를 2009. 8. 11.자 수용을 원인으로 양도하였고， 2009. 10. 7. 한국철도시설공단에게 위 OO동 000 번지 토지를 2009. 10. 6.자 공공용지의 협의 취득을 원인으로 양도하였다.

나. 그 후 원고는 2009. 11. 12. 포천시 이동면 OO리 000 같은 리 000， 같은 리 000 번지 토지를 대토농지로 취득하였다.

다. 원고는 2009. 12. 4. 이 사건 종전농지에 대한 양도가액을 000원， 취득가액을 000원， 기타 필요경비(성토공사비)를 000원으로 각 계산하여 양도차액을 산정한 다음 농지대토에 따른 양도소득세 감면세액을 000원으로 하여 양도소득세를 신고・납부하였다.

라. 이에 대하여 피고는， 원고가 이 사건 종전농지를 3년 이상 자경하였다고 보기 어렵다는 이유로 농지대토에 따른 양도소득세 감면을 부인하는 한편， 조세제한특례법 (2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것， 이하 같다) 제77조의 공익사업용토지 등에 대한 양도소득세의 감면 규정을 적용하고 원고가 필요경비로 신고한 성토공사비 000원 중 000원은 객관적인 자료에 의해 확인되지 않는다는 이유로 필요경비로 인정하지 아니하여， 2011. 3. 1. 원고에게 이 사건 종전농지에 대한 2009년 귀속 양도소득세 000원 및 농어촌특별세 000원을 경정・고지하였다.

마. 원고는 이에 불복하여 2011. 6. 10. 이의신청을 하였고， 중부지방국세청장은 2011. 8. 25. 국세심사위원회의 심의를 거쳐 서울 중랑구 OO동 00 답 300㎡ 및 같은 동 000 답 242㎡의 양도가액 000원 중 000원은 채권으로 양도대금을 수령하였다는 이유로 이 부분에 대한 양도소득세 감면을 100분의 25로 적용하여 양도소득세를 경정하라는 취지의 결정을 하였으며， 이에 따라 피고는 이 사건 종 전농지에 대한 양도소득세를 000원으로， 농어촌특별세를 000원으로 각 경정・고지(이하 '이 사건 처분'이라고 한다)하였다.

바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2011. 11. 23. 조세심판원에 심판청구를 하였으 나， 조세심판원은 2012. 4. 13. 위 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실， 갑 제1 내지 3호증， 을 제1， 11호증(가지번호 포함)의 각 기재， 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 ① 이 사건 종전농지를 3년 이상 직접 자경하였으므로 조세특레제한법 제70조에 의하여 양도소득세가 감면되어야 하고，② 이 사건 종전농지를 농지로 이용하기 위하여 성토공사를 하고 이에 대한 대금으로 000원을 지급하였으므로 원고가 지출한 성토공사비는 필요경비로 인정되어야 한다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 원고의 제①주장에 대한 판단

조세특례제한법 제70조 제1항， 조세특례제한법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것) 제67조 제1항， 제2항， 제3항 제1호에 의하면， 3년 이 상 종전의 농지소재지에 거주하면서 직접 경작한 자가 종전 농지의 양도일부터 1년 ( 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 에 따른 협의매수・수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 2년) 내에 다른 농지를 취득하여 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우로서， 새로 취득하는 농지의 면적이 양도 하는 농지의 면적의 2분의 1이상이거나 그 가액이 양도하는 농지의 가액의 3분의 1이상인 경우에는 농지의 대토로 인하여 발생하는 양도소득에 대하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고 있다. 조세특례제한법상 농지의 대토에 대하여 양도소득세를 감면하는 규정의 취지는 농지의 자유로운 대체를 보장함으로써 자경 농민을 보호하고 농업을 장려하기 위한 것이므로， 그 감면의 대상은 자경 농가가 취득하여 경작하던 농지를 '경작상의 필요'로 대토하기 위한 경우로 제한하여 해석하여야 한다. 따라서 농지 대토에 따른 양도소득세 감면대상에 해당하기 위해서는 ① 종전 토지 및 새로 취득하는 토지가 농지여야 하고，② 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면 서 직접 경작하고 이에 더하여 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 직접 경작하여야 하며，③ 종전 토지의 양도일로부터 1년(수용 등의 경우에는 2년) 이내에 그 거주와 경작을 시작하여야 하고，④ 종전 토지의 양도일과 새로 취득하는 토지의 취득일 사이의 기간이 1년(수용 등의 경우에는 2년) 이내이어야 하며，⑤ 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 1/2 이상이거나 그 가액이 양도하는 농지의 가액의 1/3 이상이어야 한다. 여기서 농지의 '직접 경작'이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 뜻한다. 또한， 원고가 경작상의 필요에 의한 농지의 대토로 인하여 발생하는 소득에 대하여 양도소득세를 감면받기 위해서 는 위 요건사실을 모두 입증하여야 한다. 살피건대， 갑 제4， 6， 11호증의 각 기재에 의하면 원고가 2009년경 이 사건 종 전농지에서 열무， 오이， 가지， 옥수수 등을 경작한 사실은 인정되나， 갑 제4， 6， 13， 14 호증， 을 제2， 4 내지 8호증(가지번호 포함)의 각 기재 및 영상에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면， 원고의 주장에 부합하는 듯한 갑 제5호증의1， 2의 각 기재 및 증인 현LL의 증언은 믿기 어렵고， 갑 제6， 8， 10， 11， 12， 21호증(가지번호 포함)의 각 기재 및 영상만으로는 원고가 이 사건 종전농지를 3 년 이상 직접 자경하였다는 점을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 원고의 제①주장은 이유 없다.

① 원고는 2001. 5. 1.부터 서울 중랑구 OO동 000 OO상가에서 'HH기획아이콘'이라는 상호로 문구・교구 소매업을 영위하고 있으며， 수입금액이 2004년 000원，2005년 000원，2006년 000원，2007년 000원， 2008년 000원， 2009년 000원에 이르는 등 이 사건 종전농지를 취득한 이후에도 계속하여 위 사업체의 수입금액이 증가하는 추세에 있었던 점

② 분할 전 OO동 00번지 토지의 일부는 2000. 6.경부터 위 토지가 수용될 때까지 합판， 목재의 도소매업을 영위하는 KK건업의 야적장 진입로로 사용된 점

③ 원고는 2007. 4. 1.부터 2009. 4. 1.까지 II공업이라는 상호로 제조업을 운영하던 설JJ에게 분할 전 OO동 00 번지의 토지 중 100평3)을 임대하였고， 설JJ은 위 기간 동안 위 토지를 II공업의 사업장으로 사용한 점

④ 이 사건 종전농지에 대한 2006. 5. 3.자 및 2007. 11. 15.자， 2008. 11. 11.자 항공사진에 의하면 이 사건 종전농지가 위 항공사진을 촬영할 당시 농지로 이용되고 있지 않았던 것으로 보이고(즉， 이 사건 종전농지의 인근에서 농지로 이용되고 있는 토지는 항공사진상 밭의 고랑 등이 선명하게 보이나， 이 사건 종전농지에서는 농지로 이용되고 있다고 볼만한 흔적이 발견되지 않는다)， 2009. 11. 21.자 항공사진에서만 이 사건 종전농지의 일부가 농지로 이용되고 있는 것으로 나타나는 점

⑤ 이 사건 종전농지의 수용에 따른 지장물 보상금 내역에 농작물에 대한 보상 내역이 전혀 없는 점

⑥ 농지원부(갑 제11호증)에는 2009. 7. 2. 현재 원고가 이 사건 종전농지를 자경하고 있는 것으로 기재되어 있으나， 위 농지원부는 2009. 7. 3.에 최초로 작성이 되었고， 위 농지원부의 기재만으로는 원고가 이 사건 종전농지를 3년 이상 자경하였다고 인정하기에 부족한 점

➆ 원고가 이 사건 종전농지를 자경하였다는 사실을 뒷받침하는 증거라고 주장하며 제출한 '농지 경작사실 현지확인 조사결과 복명서'(갑 제6호증)에는 조사당시인 2009. 7. 3.경 원고가 이 사건 종전농지에서 열무， 오이， 옥수수， 상추 등을 경작하고 있다고 기재되어 있으나， 이는 조사시점에 원고가 이 사건 종전농지를 자경하고 있다 는 사실만을 나타낼 뿐이고，위 증거만으로 원고가 3년 이상 이 사건 종전농지를 직접 경작한 사실을 인정하기에는 부족한 점

➇ 오히려 위 복명서의 조사결과에 "KK건업의 직원에게 문의한 결과 작년까지 공사 자재를 쌓아 놓던 곳에 2009. 1.부터 농지소유자인 원고가 직접 개간하여 주2-3회 정도 농지를 방문하여 지속적으로 채소를 경작하고 있음을 확인함"으로 기재되어 있는 점에 비추어 볼 때 2009년 이전에는 이 사건 종전농지가 농지로 사용되지 않고 있었다고 보이는 점

⑨ KK건업의 운영자였던 권PP은 원고가 2008년 상반기에 이 사건 종전농지를 성토하였고 성토공사가 끝난 뒤 KK건업과 II공업이 사용하던 토지를 제외한 나머지 토지에서 옥수수， 가지， 채소 등을 재배한 적이 있다는 취지의 확인서를 작성하였는바， 위 확인서의 기재 내용에 의하더라도 원고가 이 사건 종전농지를 3년 이상 직접 자경하였다고 보기 어려운 점

(2) 원고의 제②주장에 대한 판단

양도자산의 필요경비에 산입되는 자본적 지출은 당해 양도자산의 용도변경・개 량 또는 이용의 편의를 위하여 지출한 비용 등을 말하고(소득세법 제97조 및 같은 법 시행령 제163조 등 참조)， 또 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 과세관청에게 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나， 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리하고 그 기초자료도 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 필요경비를 입 증케 하는 것이 합리적인 경우에는 입증의 필요를 납세의무자에게 돌려야 한다(대법원 2004. 9. 23. 선고 2002두1588 판결， 대법원 2007. 10. 26. 선고 2006두16137 판결 등 참조). 살피건대， 갑 제4호증， 을 제3， 12호증의 각 기재에 의하면 이 사건 종전농지의 일부에 성토공사가 이루어진 사실은 인정되나， 을 제2. 3. 10. 12호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면 원고의 주장에 부합하는 듯한 갑 제5호증의1， 2의 각 기재 및 증인 현LL의 증언은 믿기 어렵고， 갑 제7 내지 9， 15 내지 18호증(가지번호 포함)의 각 기재만으로는 원고가 이 사건 종전 농지에 대한 성토비용으로 000원을 지출하였다는 점을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 원고의 제②주장 역시 이유 없다.

① 원고와 주식회사 MM건설(이하 'MM건설'이라고 한다)은 2008. 11. 1. 원고가 MM건설에게 이 사건 종전농지에 대한 토사매립공사를 000원에 도급주기로 하는 내용의 계약(이하 '이 사건 공사계약'이라고 한다)을 체결하였으나， MM건설의 대표이사였던 연NN은 2010. 10. 6. 마포세무서에서 있었던 조사에 출석하여 임PP로부터 2009. 9.경 MM건설 명의로 된 견적서와 공사계약서의 작성을 부탁받고 이 사건 공사계약서를 작성해 주었을 뿐이고， 이 사건 종전농지에 방문한 적도 없으며， 실제로 공사를 진행한 적도 없고 이와 관련된 공사대금을 받은 적도 없다고 진술한 점

② MM건설은 2008. 12. 31. 직권 폐업 처리된 법인으로서， 이 사건 공사계약과 관련하여 부가가치세 및 법인세를 신고한 적도 없는 점

③ 원고가 이 사건 종전농지의 성토공사와 관련된 대금의 지급에 대하여 금융 거래내역 등 객관적인 입증자료를 제출하지 못하고 있는 점

3. 결론

그렇다면， 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.