2. 피고가 2010. 12. 1. 원고에게 한,

가. 2005 사업연도 법인세 OOOO원(가산세 포함)의 부과처분, 2006 사업연도 법인세 OOOO원(가산세 포함)의 부과처분, 2007 사업연도 법인세 OOOO원(가산세 포함)의 부과처분 중 OOOO원을 초과하는 부분,

나. 2005년 2기 부가가치세 OOOO원(가산세 포함)의 부과처분 중 OOOO원을 초과하는 부분, 2006년 1기 부가가치세 OOOO원(가산세 포함)의 부과처분, 2006년 2기 부가가치세 OOOO원(가산세 포함)의 부과처분 중 OOOO원을 초과하는 부분, 2007년 1기 부가가치세 OOOO원(가산세 포함)의 부과처분, 2007년 2기 부가가치세 OOOO원(가산세 포함)의 부과처분 중 OOOO원을 초과하는 부분,

다. 2005, 2006, 2007 사업연도 소득금액변동통지를 각 취소한다.

3. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

4. 소송비용 중 1/3은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2010. 12. 1. 원고에게 한 별지 처분내역 기재 각 법인세 및 부가가치세 부과처분, 소득금액변동통지를 각 취소한다.

가. 원고는 1969. 6. 19. 설립되어 일반택시운송사업을 영위하여 왔다. 홍BB은 2004. 10. 23.부터 현재까지 원고의 대표이사로 재직하고 있다.

"나. 피고는 2010. 7. 26.부터 2010. 9. 17.까지 원고에 대한 법인세 통합조사를 실시하고, ① 2005 내지 2009 사업연도 초과운송수입금 OOOO원(2005년 OOOO원, 2006년 OOOO원, 2007년 OOOO원, 2008년 OOOO원, 2009년 OOOO원)은 매출누락으로 보아 익금에 산입하고, 그 귀속자인 택시기사의 근로소득으로 보아 손금산입하고, ② LPG 연료비 매입분 중 택시기사가 지급한 LPG 사용량에 대한 매입액 OOOO원(2005년 OOOO원, 2006년 OOOO원, 2007년 OOOO원, 2008년 OOOO원, 2009년 OOOO원)은 매입세액 공제를 부인하고, ③ LPG 매입분 총 원가에 산입한 OOOO원(2005년 OOOO원, 2006년 OOOO원, 2007년 OOOO원)은 손금불산입 하고, ④ 도급제 기사에 대한 인건비 OOOO원(2007년 OOOO원, 2008년 OOOO원, 2009년 OOOO원)은 손금불산입하였다. 이에 따라 피고는 2010. 12. 1. 원고에게 별지 처분내역 중당초 세액란' 기재와 같이 각 법인세 및 부가가치세를 부과・고지하고(각 가산세 포함), 손금불산입한 ③, ④항 기재 금액의 귀속이 불분명하다고 보아 원고 대표이사인 홍BB에 대한 상여로 소득처분한 후 원고에게 별지 처분내역과 같이 소득금액변동통지를 하였다.", "다. 원고는 이에 불복하여 2011. 2. 28. 청구취지에 ① 2005, 2006 사업연도 법인세 부과처분, ② 2005년 2기부터 2007년 2기까지의 부가가치세 부과처분, ③ 2005 사업연도 소득금액변동통지"의 취소를 구하는 심판청구서를 제출하였다. 원고는 2012. 4. 16. 조세심판원으로부터 2007 사업연도 법인세 부과처분, 2006, 2007 사업연도 소득금액 변동통지에 관한 부분을 포함하여(2008년 2기 부가가치세라고 기재되어 있으나, OOOO원은 2007년 2기 부가가치세액이므로, 오기로 보인다),2005 사업연도 중 택시기사 김CC 외 82명에게 OOOO원, 직원 박DD 외 4명에게 OOOO원을 퇴직금으로 지급하였는지 여부'를 재조사하여 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구를 기각한다 는 결정을 받았다.",라. 이에 따라 피고는 2012. 5. 18.부터 2012. 6. 20까지 재조사를 실시하고, 2012. 6. 27. 임직원 76명에 대한 퇴직금 OOOO원을 손금으로 산입하여 2005 사업연도 법인세 OOOO원을 감액경정 하였다.

마. 원고는 2012. 7. 16 이 법원에 ① 2005, 2006, 2007 사업연도 법인세 부과처분, ② 2005년 2기부터 2007년 2기까지의 부가가치세 부과처분, ③ 2005, 2006, 2007 사업연도 소득금액변동통지의 취소 를 구하는 소를 제기하였다. 그 후 원고는 2013. 1. 10. 이 법원에 ① 2008, 2009 사업연도 법인세 부과처분, ② 2008년 1기부터 2009년 2기까지의 부가가치세 부과처분, ③ 2008, 2009 사업연도 소득금액변동통지의 취소 부분을 추가하는 청구취지변경서를 제출하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증(가지번호 포함), 을 제1 내지 4호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 본안전 항변에 관한 판단

가. 본안전 항변

심판청구서의 청구취지에 기재되지 아니한 2007, 2008, 2009 사업연도 법인세 부과처분, 2008년 1기부터 2009년 2기까지의 부가가치세 부과처분, 2006 내지 2009 사업연도 소득금액변동통지의 취소부분은 전심절차를 거치지 않아 부적법하다.

또한 2013. 1. 10자 청구취지 변경서에 의하여 추가된 ① 2008, 2009 사업연도 법인세 부과처분, ② 2008년 1기부터 2009년 2기까지의 부가가치세 부과처분, ③ 2008, 2009 사업연도 소득금액변통통지의 취소 부분은 제소기간 도과로 부적법하다.

나. 판단

(1) 조세행정에 있어서 2개 이상의 같은 목적의 행정처분이 단계적・발전적 과정에서 이루어진 것으로서 서로 내용상 관련이 있다든지, 세무소송 계속 중에 그 대상인 과세처분을 과세관청이 변경하였는데 위법사유기 공통된다든지, 통일한 행정처분에 의하여 수인이 동일한 의무를 부담하게 되는 경우에 선행처분에 대하여 또는 그 납세의무자들 중 1인이 적법한 전심절차를 거친 때와 같이, 과세관청과 국세심판원으로 하여금 기본적 사실관계와 법률문제에 대하여 다시 판단할 수 있는 기회를 부여하였을 뿐더러 납세의무자로 하여금 굳이 또 전심절차를 거치게 하는 것이 가혹하다고 보이는 등 정당한 사유가 있는 때에는 납세의무자가 전심절차를 거치지 아니하고도 과세처분의 취소를 청구하는 행정소송을 제기할 수 있다(대법원 200l. 6. 12. 선고 99두8930 판결 참조).

그러나 법인세나 부가가치세 등과 같이 일정한 기간을 과세단위로 하는 세목에 있어서 과세기간을 달리하는 과세처분은 각기 독립한 별개의 처분으로서, 그 과세표준의 발생원인 및 발생연도가 달라 추상적으로 볼 때 처분에 대한 다툼의 내용도 서로 다를 가능성이 있으므로 다시 전심절차를1거쳐야 한다(대법원 1996. 2. 23 선고 95누12057 판결 참조). 또한, 청구취지변경에 의한 제소기간은 특별한 사정이 없는 한 청구취지변경서 제출일을 기준으로 판단하여야 한다.

(2) 위 인정사실에 의하면, 2013. 1. 10.자 청구취지 변경서에 의하여 추가된 ① 2008, 2009 사업연도 법인세 부과처분,② 2008년 1기부터 2009년 2기까지의 부가가치세 부과처분, ③ 2008, 2009 사업연도 소득금액변동통지의 취소"부분은 역수상 심판 결정 송달일로부터 90일이 경과하였음이 명백하므로, 제소기간이 도과하였다.

한편, 조세심판원결정에 의하면, 심판청구서의 청구취지에 기재되지 아니한 2007 사업연도 법인세 부과체분 2006, 2007 사업연도 소득금액변동통지에 관하여 판단이 되었는바, 행정심판법 제28조는 심판청구를 서면으로 하도록 규정하고 있고, 제29조는 청구변경의 경우 청구변경신청서를 제출하도록 되어 있는 점, 행정심판청구서 중 별지 목록에 의하면 2007 사업연도 법인세, 2006, 2007 사업연도 소득금액변동통지에 관한 부분이 기재되어 있는 점, LPG 연료비 손금 산입 및 인건비 손금 산입에 관한 쟁점이 동일한 점, 조세심판원은 심판청구가 있거나 청구취지변경이 있는 것으로 보아 판단한 것으로 보이는 점 등을 고려할 때, 행정심판결정 주문과 같이 이 부분도 적법하게 심판대상이 되었다고 봄이 타당하다.

" (3) 따라서 ① 2008, 2009 사업연도 법인세 부과처분, ② 2008년 1기부터 2009년 2기까지의 부가가치세 부과처분, ③ 2008, 2009 사업연도 소득금액변통통지의 취소 부분은 부적법하다{이하 이 부분을 제외한 나머지 법인세(2005 사업연도 법인세는 감액 된 OOOO원) 등을이 사건 각 처분' 이라 한다}.",3 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 법인세 및 소득금액변동통지에 관하여

(가) 도급제 기사는 원고에게 고용되어, OOOO원의 급여를 받았으므로, 손금에 산입 되어야 한다.

(나) 초과운송수입금을 (원고의 매출로 인정한다면 택시기사가 지급한 LGP 연료비 중 원가에 산입한 OOOO원은 운송원가로 손금에 산입 되어야 한다.

(2) 부가가치세에 관하여

초과운송수입금을 원고의 매출로 인정한다면, 초과운송에 사용된 LPG 연료비는 매입세액으로 공제되어야 한다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

" (1) 피고는2007. 9. 11.까지 LPG 보조금 지급내역(도급제)'(을 제7호증의 1)을 근거로 여기에 기재된 택시기사들을 도급제 기사로 보아 이들에 대한 인건비를 손금불산입 하였다.", " (2) ① 2007년: 강EE, 외 8명, ② 2008년 고FF 외 11명, ③ 2009년: 김GG외 4명이 각 도급제 기사로 기재되어 있다(이하이 사건 기사들'이라 한다).", (3) 이 사건 기사들은 각 해당연도에 노동조합에 가입되어 있었다.

(4) 원고의 2006년도 임금협정서의 내용은 아래와 같다.

제1조(기본방침)

① 임금제도는 정액급여 임금제도와 성과급 제도로 한다. 각 사업장별 월과 1일의 기준운송수입금액과 임금은 각 단위사업현장의 현행에서 기준운송수입금은 1일 OOOO원을 인상하고, 임금은 기본급 월 OOOO원을 인상하며, 근로 장려금으로 주간 및 월간 합계 OOOO원을 지급한다.

(가) 정액급여 임금

월정액급여 산정을 위한 월 기준운송수입금에 지급하는 임금을 말한다.

(나) 성과급

월정액급여 산정을 위한 기준 운송수입금액 초과금액이 발생할 시 초과금액에 대하여 노사가 6:4로 배분한 금액을 말한다. 이하 생략.

② 운송수입금 납입관리

(가) 노사합의에 의거 정액입금제도 할 수 있다. 다만, 소정근로시간 내의 영업에 따른 운송수입금 전액을 납입관리하는 것을 원칙으로 한다.

③ 회사는 소정의 근로시간 이외 초과근로를 강요할 수도 없고, 근로자의 근로제공의무도 없다. 따라서 근로자는 소정근로시간 이내에 정액급여신정을 위한 기준운송수입금 납입을 하여 책임을 다했을 경우 소정근로시간에 구매 없이 근로제공의 의무가 완수된 것으로 규정하고, 차량을 근로자가 자의적 사용(개인적인 목적으로 운행하는 행위)운행하다가 간혹 수입금이 발생하였더라도 회사는 납입을 강요할 수 없으며, 이는 근로자의 자의적인 개인수입으로서 회사는 관리 및 지배가 불가능 할 뿐만 아니라, 수납을 강요할 때에는 사용자측에서 부당행위를 강요하는 행위로서 회사는 이와 같은 행위를 해서는 아니된다. 단, 장거리운행(손님을 승차하고 영업한 경우) 등을 비롯한 심야 또는 새벽에 다음 순번 교대자 수송을 위해 운행하는 등 기타 부득이한 사유와 특수한 경우에는 문책하지 아니하나, 간혹 이 때 발생할 수 있는 수입금액은 회사가 확인할 수도 없고, 또한 기록 장치에 표시되었다고 하더라도 그 금액은 회사가 확인할 수도 없을 뿐만 아니라, 이를 수납할 경우는 제정상 위반행위이며, 또한 관리 및 지배 불가능수입금으로 규정하고 운전자 개인수입으로 직접 귀속하며 퇴직금 산정의 기초가 되는 평균임금에 산정하지 아니하며, 근로자는 일체의 근로의 대가로 청구하지 못한다.

제2조(적용범위)

이 협정은 원고의 노동조합에 가입한 조합원에 한하여 적용된다.

제4조(근로시간)

② 노사는 택시사업장의 근로가 순항식(도로를 배회하며 손님을 맞음) 영업형태이므로, 초과근로 여부를 측정하기 어려운 택시운송사업의 특수성을 고려하여 정하여진 근로시간 이외의 시간에 대하여는 운행여부에 상관없이 당해 근로자의 사용(私用)의 시간으로 하고, 초과(연장)근로시간으로 인정하지 않는다.

제7조(성실근로의무)

② 승무한 운전자는 영업으로부터 받은 운행기록 장치에 기록된 운송수입금의 전액을 회사에 납부하여야 하며, 운송수입금을 임의로 사용(유용)한 경우와 운행기록장치 출력기록상 운행상태가 불량한 경우 및 불성실 영업행위(부당요금징수, 메타기 미사용, 메타기 조작 및 파손, 승객으로부터 민원 발생자)가 있을 경우와 1일 소정근로시간 미달 등은 1차 경고하고, 그래도 재차 개전의 정이 없을 경우 단체협약에 따라 징계위원회에 회부하여 징계할 수 있다.

제8조(결근통보)

① 운전자가 질병 또는 부상, 기타 부득이한 사유로 결근하고자 할 때에는 시업 24시간 전에 서면으로 신청한 후 회사의 승인을 반드시 득하여야 한다.

제14조(기본급)

① 기본급은 월 203시간, 1일 6%,(6시간 40분)을 기준하여 산정하고, 이에는 주휴수당이 포함된 것으로 하며 근무자 전원에게 지급한다. 이하 생략.

제17조(성과급의 정의)

성과급은 승객의 안전수송과 서비스에 대한 의욕을 고취시키고 성실근로를 장려하기 위한 목적에서 월정액급여 산정을 위한 기준운송수입금 실적에 따라 운전자에게 지급하는 성과급을 말한다.

제20조(연료공급)

회사는 차량 연료 전량을 지급함을 원칙으로 한다.

다만, 근로자의 피로방지와 정상적인 영업활동과 무관한 연료 소비분 및 통상적이며 객관적으로 납득 할 수 없는 연료수비분에 대하여는 제외로 하고 기태에 대하여는 단체협약에 의한다.

(5) 원고는 이 사건 기사들로부터 이력서 등 취업에 필요한 서류를 제출받아 아래와 같이 근로계약서를 작성하고 김HH, 이II를 제외한 기사들에 대한 근로자 명부를 작성하였다.

<근로계약서>

제1조(기본방침)

사용자와 근로자 쌍방은 택시요금 미터기에 의한 운송수입금과 운행으로 발생한 모든 수입금을 회사가 전액관리하고, 이에 따른 성과급식 월급제를 실시한다.

제2조(근로시간 및 휴무일)

1일 2교대, 주・야 격주근무를 원칙으로 하되, 1일 1교대 격일제근무도 할 수 있다.

① 근로시간은 1일 6시간 40분 1주일에 40시간을 기본 근로시간으로 하되, 당사자 간 합의에 의하여 1주일에 10시간 한도로 연장근무를 할 수 있으며, 이 연장근무는 기본근로시간을 제외한 3시간 20분은 휴게시간으로 운전자가 자유롭게 사용한다.

② 택시가업장의 근로가 순항식(도로상을 배회하며 승객을 맞음) 영업형태이므로 초과근로를 인정하기 어려운 점을 고려해 회사의 승인이 없는 근로시간에 대하여는 초과 근로시간으로 인정하지 않는다.

제3조(근로일수 및 휴무일)

① 1일 2교대를 원칙으로 월간 배차일보에 의거 주간 13일, 야간 13일, 월26일을 만근으로 한다.

② 휴무일은 월간 배차일보에 의거 반드시 회사에서 지정한 승무편성표에 의한다.

제4조(임금체계와 구분)

① 운전자의 임금은 정기급여(기본급, 제수당, 상여금)와 부과급여로 한다.

② 임금산정 내역은 별표 #1 임금산정표에 의거 적용한다.

제5조(월임금 지급방법)

정액월급제

1일 기준 입금액 OOOO원, 26일 승무시 월정금액 OOOO원(출고일 3년차 이상 경과차량)과 1일 기준 입금액 OOOO원, 월정금액 OOOO원(출고일 3년차 미만 및 A/T 차량)으로 하고, 1일 초과 또는 미달 승무시 1일 OOOO원 또는 OOOO원을 가감하여 산정한다.

(단, 위 월정금액이 OOOO원인 경우 일일 주간 OOOO원, 야간 OOOO원, 위 월정금액이 OOOO원인 경우 일일 주간 OOOO원, 야간 OOOO원으로 구분하여 입금할 수 있다.)

제6조(연료공급 LPG)

회사는 1일 2교대를 원칙으로 하며 노사합의에 의하여 1일 1교대(격일제)를 할 수 있으며, 월 650ℓ (1일 25ℓ x 26일)를 지급하며, 근로자는 시업 전 회사에서 25ℓ의 연료표를 교부받아 반드시 지정 충전소에서 사용하고 종업 후 당일 운행기록일보에 부착하여 운송수입금과 함께 제출한다. (단, 그 이상의 초과 사용한 연료에 대하여는 현행과 동일하게 지정 충전소에서 카드로 선충전하고, 그 해당 금원을 회사에 운송수입금과 함께 입금시킨다.

지정주유소의 이용을 월 20일 이상 주유하고, 회사지급 초과 사용한 연료에 대하여 LPG 보조금 수령시 본인에게 지급한다. 운행한 기록이 확인되고, 월2회 이상 주유하지 않았을 시와 23일 이하 주유 및 월간 기준 사용 유량미달 시에는 대상에서 제외한다.

(6) 이JJ, 문KK, 박LL, 서MM, 주NN, 서PP, 강EE은 원고에게 아래와 같은 취업각서를 작성해 주었다.

귀사에 택시운전기사로 취업함에 있어서 취업규칙 및 제규정과 단체협약이 정한 의무사항 및 지시사항을 성실히 준수함은 물론 본인이 제출한 서류 중 허위사실이 발견되었을 경우에는 해임조치를 하여도 하등의 이의 없음을 서약하고, 공익의 택시운행에 있어서는 과속과 난폭운전, 주차위반, 오물투기, 버스전용차로위반, 승차거부, 부담요금징수, 타도영업 등의 각종 질서위반 및 법규위반도 않겠으며, 불친절과 부당한 영업으로 인한 민원에 대하여는 전적으로 책임을 다할 것과 운행 중 교통사고를 초래하였을 경우, 사규에 의하여 처분하여도 무방하다.

1. 운송수입금은 근무 당일 전액을 회사에 소입한다.

2. 월 26일 만근, 기준 운송수입금은 일 OOOO원, 월 OOOO원으로 정한다.

3. 회사는 위 2항의 월 기준금을 공제한 나머지 금액은 정액급여와 퇴직금을 포함한 제수당으로 4대 보험 본인부담금을 공제하고 지급한다.

4. 사용연료는 기준금을 제외한 지급액에서 공제하고 지급한다.

5. 사적으로 운행을 하지 않아 운송수입금이 발생되지 않았다 해도 위 2항의 월 기준금액은 회사에 입금하여야 한다.

8. 더 이상 위 약정을 유지할 수 없을 경우, 월 기준금을 일할정산한다.

(7) 서PP은 2008. 8. 2 원고에게 아래와 같이 합의약정서를 작성해 주었다.

상기 본인은 원고의 운전기사로 취업함에 있어 여객자동차 운수사업법에 의한 전액관리제를 철저히 준수 이행할 것을 고지받았으므로 그 내용을 잘 숙지하고 있으나, 자유의사 및 본인 개인사정에 의거 원고와 OOOO년 OO월 OO일부터 OOOO년 OO월 OO일까지 1년이 도래되는 1주일 전까지 적용기간으로 하는 개별근로계약 합의각서에 서명날인하고, 책임수납액 이상의 초과금액은 전액 본인의 수입으로 하여 향후 어떠한 이유로도 회사에 금전적 요구를 하지 않을 것임을 서약한다.

(8) 한편 김GG 외 7명은 원고에게 아래와 같은 합의각서를 작성해 주었다.

" (9) 이 사건 기사들 중 강EE 외 13명에 대하여는 기본급 및 각종 수당 등의 지급내역이 기재된개인별 월 임금대장'이 작성되었다.", (10) 원고는 이 사건 기사들을 포함한 소속 기사들에 대한 배차일지를 작성하여 관리하였다.

(11) 원고는 이 사건 기사들에 대한 4대 보험료를 납부하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제31, 33, 35 내지 38호증(가지번호 포함), 을 제4호증, 제7호증의 1의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 인건비에 관하여

" 위 인정사실에 의하면, 피고가2007. 9. 11.까지 LPG 보조금 지급내역(도급제)' (을 제7호증의 1)에 기재된 기사들을 도급제 기사로 판단하여 인건비를 손금불산입한 사실, 이 사건 기사들 중 일부가 책임수납액 이상의 초과금액은 전액 본인의 수입으로 한다 는 합의각서를 작성한 사실은 인정된다.", " 그러나도급제'라는 기재가 있더라도, 어떤 의미의 도급인지는 근로계약서의 내용, 지휘, 감독관계, 임금지급형태 퉁 다양한 요소를 고려하여 파악하여야 하고, 단지도급제'라는 기재만으로 일반적으로 말하는자신의 계산과 책임으로 운영하는 도급제기사'라고 단정하기 어렵다. 오히려, ① 원고는 근로시간 6시간 40분을 기준으로 한 기준운송수입금을 넘는 초과운송수입금은 전액 기사들의 몫으로 하여 지급하기로 하되, 이와 별도로 월 임금을 지급하기로 약정한 점(임금협정상 원고는 초과운송수입금을 6:4의 비율로 정산하여 성과급을 지급하도록 되어 있다), ② 원고는 이 사건 기사들로 부터 이력서 등 취업에 필요한 서류를 제출받아 근로계약서를 작성하였고, 안전운전 등을 내용으로 하는 각서를 제출받아 택시를 운전하게 한 점, ③ 이 사건 기사들은 택시운송수입금 전액관리제의 취지에 따라 당일 운송수입금 전액을 원고에 납부하고, 납입금 및 4대 보험료 등을 공제한 나머지를 수령한 점, ④ 원고는 근로계약에 따라 이 사건 기사들에게 하루 25ℓ의 LPG 가스에 해당하는 연료비를 지급한 점, ⑤ 이 사건 기사들은 원고의 노동조합에 가입되어 있었고, 임금협정상 윌 근무일수를 적용받았으며, 결근시 미리 원고의 승인을 받은 점, ⑥ 피고는 이 사건 각 처분 당시 이 사건 기사들을 원고의 근로자로 보아 초과운송수입금을 기사들의 근로소득으로 보아 손금산입 하였고, 조세심판원도 기사들의 고용관계를 전제로 판단한 점 등을 고려할 때, 이 사건 기사들은 원고에게 고용된 근로자로 봄이 타당하고, 피고의 주장과 같이 자기의 책임과 계산으로 영업을 영위하는 독립된 사엽자(도급제 기사)라고 보기 어려우므로, 인건비는 손금산입 되어야 한다.", (2) 초과운송수입금에 관하여

이 사건 기사들은 앞에서 본 바와 같이 원고의 근로자인 점, 운송회사가 그 소속 운전사들에게 매월 실제 근로일수에 따른 일정액을 지급하는 이외에 그 근로형태의 특수성과 계산의 편의 등을 고려하여 하루의 운송수입금 중 회사에 납입하는 일정액의 사납금을 공제한 잔액을 그 운전사 개인의 수입으로 하여 자유로운 처분에 맡겨 왔다면, 위와 같은 운전사 개인의 수입으로 되는 부분 또한 그 성격으로 보아 근로의 대가인 임금에 해당한다고 보아야 하는 점(대법원 2007. 7. 12 선고 2005다25113 판결 참조), 임금협정상 원고는 운송수입금 전액을 납부받고, 초과운송수입금 중 일부를 성과급으로 지급하기로 하되, 이와 별도로 월 임금을 지급하기로 약정한 점 등을 고려할 때, 초과운송수입금은 원고에게 귀속되었다가 임금의 형태로 이 사건 기사들에게 그 중 일부가 지급된 것으로 봄이 타당하다.

(3) 초과운송에 사용된 LPG 연료비에 관하여

" (가) 법인세법 제19조 제2항은 원칙적으로 손비는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다 고 규정하고 있다. 여기에서 말하는일반적으로 용인되는 통상적'인 비용이라 함은 납세의무자와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황 아래에서는 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 의미하고, 그러한 비용에 해당하는지 여부는 지출의 경위와 목적, 형태, 액수, 효과 등을 종합적으로 고려하여 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 .2009. 11. 12. 선고 2007두12422 판결 참조).", " 한편 현행 부가가치세 과세방법은 원칙적으로 사업자의 자기생산 부가가치에 대해서만 과세가 이루어지도록 하기 위하여 납부세액 산출방식에 있어 자기생산 부가가치와 매입 부가가치를 합한 금액을 공급가액으로 하고, 이에 대하여 징수할 매출세액에서 매입 부가가치에 대하여 지출된 매입세액을 공제하도록 하는 기본적 구조를 채택하고 있다. 이러한 구조 하에서 부가가치세법(2007. 12. 31. 법률 제8826호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조는 매출세액에서 공제하는 매입세액에 관하여 제1항에서자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될' 재화 또는 용역의 공급이나 수입에 대한 세액에 해당하는 이상 그 전부를 공제하도록 규정함으로써 그 기준을 사업 관련성에 두고 있으며, 같은 조 제2항 제2호에서 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 들고 있는사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액'은 부가가치세의 원리상 당연히 매출세액에서 공제될 수 없는 경우를 규정하고 있는 것으로 이해된다. 따라서 사업 관련성이 없는 지출에 대한 매입세액은 부가가치세법 제17조 제1항, 제2항 제2호에 의하여 매출세액에서 공제될 수 없고, 여기에서 사업 관련성의 유무는 지출의 목적과 경위, 사업의 내용 등에 비추어 그 지출이 사업의 수행에 필요한 것이었는지를 살펴 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2012. 7. 26 선고 2010두12552 판결 참조).", " (나) 돌이켜 이 사건을 보건대, 원고는 초과운송으로 초과운송수입금 상당의 이익을 얻게 된 점(임금협정상 6:4 비율로 배분하도록 되어 있다), 초과운송수입금이 원고에게 귀속된 이상(피고는 초과운송수입금을 매출로 보아 익금에 산입 하였다), 초과운송에 사용된 LPG 연료비도 그에 대응하는 비용으로 인정하는 것이 합리적인 점, 원고는 초과운송수입금에서 초과된 LPG 연료비를 공제함으로써 기사들에게 초과운송에 사용된 LPG 연료비를 부담하게 하였으나, 동액 상당만큼 초과운송수입금에서 공제되어 비용을 부담한 것과 통일한 결과가 되는 점, 초과운송수입금은 LPG 연료비를 공제하고 지급되어 일종의 성과급으로 볼 수 있는 점, 초과운송수입금도 일단 원고에게 입금 되었다가 정산되어 다시 지급되는 등 원고가 초과운송수입금을 관리한 점, 근로계약서 (제6조)에 의하면, 초과운송에 사용된 LPG 연료비도 지정 충전소에서 카드로 선충전하도록 되어 있는 점 등을 고려할 때, 초과운송에 사용된 LPG 연료비는 원고의 초과운송수입을 얻기 위한 것으로사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것'에 해당하고, 그에 대한 매입세액은사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액'에 해당한다고 봄이 타당하다.", (다) 따라서 초과운송에 사용된 LPG 연료비가 손금 또는 매입세액에 해당하지 않음을 전제로 한 이 사건 각 처분은 위법하다.

(4) 정당한 세액

① 2007 사업연도 이 사건 기사들에 대한 인건비 및 초과운송에 사용된 LPG 연료비를 손금에 산입하여 정당한 법인세액을 계산하면, 2005 사업연도 법인세 OOOO원, 2006 사업연도 법인세 OOOO원, 2007 사업연도 법인세 OOOO원이고, ② 초과운송에 사용된 LPG 연료비를 매입세액으로 인정하여 정당한 부가가치세액을 계산하면, 2005년 2기 부가가치세 OOOO원, 2006년 1기 부가가치세 OOOO원, 2006년 2기 부가가치세 OOOO원, 2007년 1기 부가가치세 OOOO원, 2007년 2기 부가가치세 OOOO원이며, ③ 2005, 2006, 2007 사업연도 소득금액변동통지금액은 전부 OOOO원이 된다.

따라서 피고가 2010. 12. 1. 원고에게 한, ① 2005 사업연도 법인세 OOOO원(가산세 포함)의 부과처분, 2006 사업연도 법인세 OOOO원(가산세 포함)의 부과처분, 2007 사업연도 법인세 OOOO원(가산세 포함)의 부과처분 중 OOOO원을 초과하는 부분, ② 2005년 2기 부가가치세 OOOO원(가산세 포함)의 부과처분 중 OOOO원을 초과하는 부분, 2006년 1기 부가가치세 OOOO원(가산세 포함)의 부과처분, 2006년 2기 부가가치세 OOOO원(가산세 포함)의 부과처분 중 OOOO원을 초과하는 부분, 2007년 1기 부가가치세 OOOO원(가산세 포함)의 부과처분, 2007 년 2기 부가가치세 OOOO원(가산세 포함)의 부과처분 중 OOOO원을 초과하는 부분, ③ 2005, 2006, 2007 사업연도 소득금액변동통지는 각 취소되어야 한다.

4.결론

그렇다면 ① 이 사건 소 중 2008, 2009 사업연도 법인세 부과처분, 2008년 1기부터 2009년 2기까지의 부가가치세 부과처분, 2008, 2009 사업연도 소득금액변동통지의 취소부분은 부적법하므로 이를 각 각하하고, ② 나머지 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하며, 일부 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.