2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2015. 6. 8. 원고에 대하여 한 2010년 1기분 부가가치세 976,345,770원(가산세포함) 및 2010년 2기분 부가가치세 844,336,440원(가산세 포함)의 각 부과처분을 모두 취소한다.

가. 원고는 경기 ○○군 ○○면 ○○리 000-0 외 5필지에 계열사 직원들의 교육과 훈련 등을 위한 연수원 시설을 운영하여 오던 중, 원고 소유의 같은 리 000-1 및 000-21 토지(이하 '이 사건 토지'라 한다)에 연수원 시설을 추가로 신축하기로 계획하였다. 그런데 이 사건 토지는 환경부 고시인 '팔당・대청호 상수원 수질보전 구역지정 및 특별종합대책'에 따라 해당 지역에 6개월 이상 거주하는 자만이 건물을 신축할 수있는 공법상 제한이 있는 토지였다.

나. CCC, DDD은 이 사건 토지 인근에서 6개월 이상 거주하여 왔던 자인데, 2007. 4. 1. CCC 명의의, 2008. 10. 20. DDD 명의의 각 사업자등록이 마쳐졌고, 2008. 10. 21. CCC, DDD과 원고의 계열사인 주식회사 EEEE(이하 'EEEE'라 한다)와 사이에 이 사건 토지 위에 연수원 시설 2개동(이하 '이 사건 건물'이라 한다)을 신축하는 내용의 공사도급계약이 체결되었다. EEEE는 그 무렵부터 이 사건 건물의 신축 공사에 착수하였고, 2008. 10. 21.부터 2012. 12. 26.까지 공사대금으로 합계 000억 000만 0,000원을 지급받는 한편, 각 공사대금을 지급받을 당시 각 공급받는 자의 등록번호란에 CCC, DDD의 각 사업자등록번호가 기재된 각 세금계산서를 발급하였다.

다. 한편 2008. 10. 21. CCC, DDD과 원고 사이에 이 사건 건물에 관한 매매계약이 체결되었고, 2008. 10. 21.부터 2012. 12. 26.까지 CCC, DDD에게 매매대금으로 000억 0,000만 0,000원이 지급되었다. 원고는 각 과세기간에 공급자가 CCC, DDD으로 기재된 각 세금계산서(이하 '이 사건 세금계산서'라 한다)로 각 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고・납부하였다.

라. 그런데 ○○지방국세청장은 2015. 2. 24.부터 2015. 5. 24. 원고에 대한 세무조사를 실시한 결과, CCC, DDD은 명의대여자일 뿐 실제로 이 사건 건물의 공급자로 볼 수 없으므로, 이 사건 세금계산서는 사실과 다르게 적힌 세금계산서로서 구 부가가치세법(2010. 12. 27. 법률 제10409호로 개정되기 전의 것) 제17조 제2항 제2호에 따라 그 매입세액의 공제는 허용될 수 없다고 판단하고, 피고에게 원고에 대한 과세를 통보하였다.

마. 이에 피고는 부과제척기간 내에 있는 2010년 1기, 2010년 2기, 2012년 2기의 과세기간에 이 사건 세금계산서에 따른 매입세액을 공제하지 않기로 하고, 2015. 6. 8.원고에 대하여 2010년 1기분 부가가치세 000,000,000원(가산세포함) 및 2010년 2기분 부가가치세 000,000,000원(가산세 포함)을 부과하는 처분(이하 '이 사건 처분'이라 한다)을 하는 한편, 2012년 2기분 부가가치세 00,000,000원을 부과하는 처분을 하였다.

바. 원고는 이에 불복하여 2015. 8. 21. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2015. 6. 12. 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼이 없음, 갑 제1 내지 13호증, 을 제1, 2호증(가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법여부

가. 원고의 주장 요지

이 사건 세금계산서는 사실과 다르게 적힌 세금계산서로 볼 수 없다. 설령 그렇지 않더라도, 적어도 EEEE가 발급한 공사대금 세금계산서 합계액 000억 000만 0,000원에 대한 매입세액의 공제는 허용되어야 한다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건처분은 전부 또는 일부 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 세금계산서가 사실과 다르게 적힌 세금계산서인지 여부

구 부가가치세법 제17조 제2항 제2호는 세금계산서의 기재내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는바, 이 경우에 사실과 다르다는 의미는 과세의 대상이 되는 소득・수익・계산・행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 국세기본법 제14조 제1항의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키는 것이다(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 참조).

을 제3호증의 1, 2의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, CCC는 원고의 기존 연수원 건물을 관리하는 관리인이고 DDD은 CCC의 지인인 사실, CCC, DDD의 계좌는 원고의 직원인 FFF이 관리하였고 소득세 신고, 세금계산서의 발급 및 부가가치세 신고도 모두 원고가 대신하였던 사실, CCC는 원고로부터 지급받아 왔던 월급 120만 원 외에, DDD은 원고로부터 200만 원을 1회 지급받은 외에 이 사건 건물 신축으로 인하여 아무런 이득을 취한 바 없는 사실, CCC, DDD은 피고의 직원에게 '원고에게 명의만 빌려주었을 뿐 (이 사건 건물의 신축) 사업과 관련한 내용은 모른다'는 취지의 2015. 3. 30.자 및 2015. 3. 27.자 각 확인서를 작성해주기도 하였던 사실을 인정할 수 있는바, 그렇다면 DDD, CCC는 원고가 이 사건 토지의 공법상 제한을 회피하기 위하여 단순히 명의를 빌려받은 자에 불과할 뿐 실제로 원고에게 이 사건 건물을 공급한 자라고는 도저히 볼 수 없으므로, 이 사건 세금계산서는 사실과 다르게 적힌 세금계산서로 봄이 상당하다(원고가 특히 원용하는 대법원 2008. 8. 11. 선고 2008도4930 판결은 사실과 다르게 적힌 세금계산서인지 여부가 문제된 사안이 아니고, 오히려 대법원 2002. 6. 28. 선고 2002두2277 판결에서는 계약상 공사업체와 실제 공사를 수행한 업체가 다른 경우 계약상 공사업체가 발급한 세금계산서는 사실과 다르게 적힌 세금계산서에 해당함을 전제로 판단한 바 있다).

2) EEEE가 발급한 공사대금의 세금계산서 합계액에 대한 매입세액의 공제가 허용되는지 여부

구 부가가치세법 제17조 제2항 제2호는 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 매입세액 공제를 하지 못하도록 규정하고 있는바, 원고는 EEEE로부터 세금계산서를 발급받은 적이 없으므로, 공사대금의 세금계산서 합계액에 대한 매입세액 공제는 원칙적으로 허용될 수 없다.

다만, 구 부가가치세법 시행령 제60조 제2항 제2호는 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 적혔으나 해당 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에는 매입세액 공제를 예외적으로 허용하고 있는데, 그 취지가 실제 거래가 인정되는 경우 세금계산서 기재의 엄격성을 완화해 줌으로써 개별 사건의 구체적 타당성을 도모하는데 있다고 보이는 이상, 여기서의 착오는 세금계산서의 필요적 기재 사항 자체에 대한 표시와 의사의 불일치를 의미할 뿐 관련 법령의 해석이나 선례에 기인한 잘못된 판단의 오류를 의미하는 것이 아님이 명백하다고 볼 것이다. 따라서 앞서 본 바와 같이 DDD, CCC는 원고가 이 사건 토지의 공법상 제한을 회피하기 위하여 단순히 명의를 빌려받은 자에 불과한 이상, EEEE가 비록 사실관계가 유사해 보이는 사안에 대한 조세심판원의 결정례를 참고하여 공급받는 자의 등록번호를 원고가 아닌 DDD, CCC의 사업자등록번호로 기재하였다고 하더라도, 이를 착오에 의해 적힌 것이라고는 볼 수 없다.

원고는 실질과세의 원칙에 따라 원고가 이 사건 건물을 취득하기 위하여 EEEE에 지급한 000억 000만 0,000원에 상응하는 매입세액의 공제가 허용되어야 한다고 주장하나, 부가가치세법령에 착오에 의한 것이 아닌 한 공급받는 자의 등록번호가 사실과 다르게 기재된 세금계산서를 근거로 매입세액을 공제할 수 있다는 아무런 근거규정이 없는 점, 구 부가가치세법 제17조 제2항 제2호가 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 사실과 다르게 적힌 경우에 매입세액을 공제하지 않도록 규정하고 있는 것은 부가가치세제 운영의 기초가 되는 세금계산서의 정확성과 진실성을 확보하기 위해 일종의 제재장치를 마련한 것으로 볼 것이므로(같은 취지 대법원 2003. 12. 11. 선고 2002두4761 판결), EEEE에게 지급한 공사비보다 더 많은 매입세액을 공제받음으로써 세금계산서의 정확성과 진실성을 저해하고 부가가치세제의 혼란을 야기하였다고 볼 여지가 있는 원고에 대하여 부가가치세법령의 해석을 통해 반드시 실제 지출한 비용에 대한 매입세액 공제를 허용할 필요가 있다고 보이지 아니하는 점, 비록 구 부가가치세법기본통칙 22-0-1이 타인의 명의로 사업자등록을 하고 부가가치세를 신고・납부하여 관할 세무서장 등이 경정하는 경우 그 타인 명의로 발급받은 세금계산서의 매입세액은 국세기본법 제14조에 따라 해당사업자의 매출세액에서 공제할 수 있도록 규정하고 있기는 하나, 이 사건 사안이 위 통칙이 원래 예정한 경우와 동일하다고 보이지 아니할 뿐만 아니라, 위 통칙은 과세관청 내부에서 세법의 해석기준 및 집행기준을 시달한 행정규칙에 불과하고 법원이나 국민을 기속하는 효력이 있는 법규가 아니라고 할 것이므로, 설령 위 통칙이 원고의 주장과 같이 해석된다고 하더라도, 이는 부가가치세법 제16조 제1항 제2호 및 제17조 제2항 제2호의 해석에 반하는 것으로서 그대로 적용된다고 보기도 어려운 점(같은 취지 서울고등법원 2008. 10. 10. 선고 2008누14328 판결, 대법원 2009. 1. 15. 2008두19642 판결 참조) 등을 고려하여 보면, 원고의 위 주장을 받아들일 수 없다.

라. 소결론

따라서 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.