원심판결 이유에 의하면, 원심은 원고가 1983.6.21 성남시 (주소 생략) 외 1필지 도합 3,027.3평방미터를 성남시에 양도한 후 같은 해 7.25 소득세법제95조 제1항 에 따라 자산양도차익의 예정신고를 하고 양도소득세는 위 양도가 조세감면규제법 제57조 제1항 제1호 의 공공사업용 토지를 지방자치단체에 양도한 경우에 해당되어 전액 면제됨으로써 방위세만 6,315,578원을 자진납부한 사실을 인정하고 이 사건과 같이 양도소득세가 전액 면제됨으로써 자진납부가 있을 수 없는 경우에는 소득세법 제98조제1항 의 규정이 적용될 여지가 없다고 판단하여 피고가 원고에게 위 면제된 양도소득세 27,998,551원이 일응 부과된 것으로 보아 이를 과세표준으로 삼아 방위세 2,083,987원을 추가로 부과고지한 것이 정당하다 하여 원고의 청구를 기각하고 있다.

그러나 이 사건 처분당시 시행되던 구 소득세법(1982.12.21. 법률 제3576호) 제98조 제1항 에 의하면 양도소득세의 과세표준을 정함에 있어서 납세의무자가 자산양도차익예정신고와 함께 자진납부를 하는 때에는 그 산출세액에서 그 산출세액의 100분의 10에 해당하는 금액을 공제한다고 규정되어 있고, 구 방위세법(1981.12.31. 법률 제3476호) 제4조 제1항 제2호 에 의하면 본세가 소득세인 경우 방위세의 과세표준은 소득세법의 규정에 의한 소득세산출세액에서 동법 및 조세감면규제법 제7조 제1항 의 규정에 의한 세액공제를 한 소득금액을 과세표준으로 한다고 규정되어 있으며, 위 방위세법 제4조 제2항 에서 납세의무자에 대하여는 소득세가 감면 또는 공제된 부분에 대하여도 그 소득세가 부과된 것으로 보고 같은 법조 제1항 제2호 에 따른 과세표준을 계산하도록 규정하고 있고, 같은 법 제5조 에 의하면 납세의무자는 당해 세법의 규정에 의하여 당해 세액을 신고, 납부하는 때에 방위세액을 함께 신고, 납부하도록 규정되어 있으므로, 위 각 규정들을 종합하면 조세감면규제법에 의하여 양도소득세가 전액 면제되는 경우라 하더라도 자산양도차익예정신고를 하고 그 방위세만 자진납부하는 때에는 소득세법제98조 가 규정하는 자산양도차익예정신고납부세액공제를 한 양도소득세액을 그 방위세의 과세표준으로 삼아야 한다고 보아야 할 것이다 ( 1986.10.28. 선고 86누262 판결 참조).

그렇다면 양도소득세가 전액 면제되더라도 자산양도차익예정신고를 하고 그 방위세만 자진납부한 이 사건 원고에게 위 예정신고납부세액공제 없이 계산된 양도소득액을 그 방위세의 과세표준으로 삼아 판단한 원심판결은 소득세법 제98조 제1항 , 방위세법제4조 제1항 제2호 및 제2항 소정의 과세표준의 법리를 오해함으로써 판결의 결과에 영향을 미친 위법이 있다 할 것이니 이 점을 탓하는 논지는 이유있다.

그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송하기로 하여 관여법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.