2. 소송비용은 원고가 부담한다.

다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1 내지 제5호증, 갑 제7호증, 갑 제8호증의 1, 2, 갑 제9호증의 l 내지 4, 갑 제19, 20호증의 각 1, 2, 을 제1호증의 1, 2, 을 제2 내지 제8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 인정할 수 있다.

가. 원고의 최대주주의 변경경위 등

(1) 원고는 1997. 6. 13. 게임소프트웨어 연구개발 등을 목적으로 설립된 법인이다.

(2) 문AA이 대표이사로 있던 주식회사 BB컴(이하 'BB컴'이라 한다)은 2004. 6. 21. 이후로부터 원고의 주식 520,000주(발행주식총수의 9.28%)를 매수하여 원고의 최대주주가 되었고, 문AA은 2004. 9. 2l.부터 2005. 3. 28.까지 원고의 대표이사로 재직하였다.

(3) 김CC이 대표이사로 있던 주식회사 OO텍스(이하 'OO텍스'라 한다)는 2005. 1. 5. BB컴으로부터 원고의 주식 2,838,564주(발행주식총수의 22.26%)를 매수하여 원고의 최대주주가 되었고, 김CC은 2005. 3. 28.부터 2007. 6. 18.까지 원고의 대표 이사로 재직하였다.

(4) 2008. 3. 21. 원고의 제3자 배정 유상증자에 참여한 주식회사 △△엔터테인먼트와 그의 특수관계인인 변DD, 박EE, 최FF, 정GG, 오HH, 양KK, 양MM, 최OO은 원고의 주식 2,446,878주(발행주식총수의 39.47%)를 인수하여 최대주주가 되었다.

나. 이 사건 제1 소득금액변동통지의 경위

(1) 원고는 2004. 8. 12. □□정보통신 주식회사(이하 '□□정보통신'이라 한다)로 부터 공급가액 90,909,091원, 부가가치세액 9,090,909원으로 된 세금계산서를 교부받은 것을 비롯하여 그 무렵부터 2004. 12. 10.까지 7회에 걸쳐 별지 제1 목록 세금계산서 발행내역표 기재와 같이 각 세금계산서(이하 순번 1 내지 순번 7 각 세금계산서를 순차로 '이 사건 제1 내지 제7 각 세금계산서'라 한다)를 교부받았다.

(2) 원고는 2005. 2.경 이 사건 제1 내지 제6 각 세금계산서에 따른 공급가액과 이 사건 제7 세금계산서에 따른 거래금액을 문AA에 대한 단기대여금으로 계상하는 한편, 2005. 3. 3. 서울동부지방검찰청에 문AA을 횡령 및 배임 혐의 등으로 고발하였다.

(3) 피고는 2009. 12. 21.부터 2010. 1. 29.까지 원고의 2004년 내지 2006년 각 사업연도에 대한 법인제세 통합조사를 실시하였다. 그 결과 문AA이 2004. 7. 1.부터 2004. 12. 31.까지 이 사건 제1 내지 제7 각 세금계산서를 실물거래 없이 수취한 후, 위 각 세금계산서에 따른 거래금액을 BB컴 명의의 계좌로 입금하는 방법으로 원고의 돈을 횡령하였다고 보고, 2010. 3. 22. 이 사건 제1 내지 제7 각 세금계산서에 따른 부가가치세합계액 중 일부인 108,772,725원을 대표자 문AA의 2004년 귀속 소득으로 인정상여 처분 하고, 원고에게 위 인정상여처분에 따른 소득금액변동통지를 하였다가, 2011. 4. 22. 이 사건 제7 세금계산서에 따른 부가가치세액 12,454,545원은 문AA에 대한 단기대여금으로 계상되었다는 이유로 이를 제외한 나머지 부가가치세액 합계액 96,318,181원 (108,772,725원 - 12,454,545원, 이하 이를 '이 사건 제1 소득금액변동통지금액'이라 한다)을 인정상여처분에 따른 소득금액으로 통보하였다(이하 위와 같이 감액되고 남은 소득금액변동통지를 '이 사건 제1 변동통지처분이라 한다).

다. 이 사건 제2, 3 각 소득금액변동통지의 경위

(1) 원고는 주식회사 AA엔지니어링(이하 'AA'이라 한다)과 사이에 2005. 2. 10. 용역비 550,000,000원(부가가치세 포함)의 , 2005. 7. 1. 용역 비 466,400,000 원(부가가치세 포함)의 각 게임소프트개발 용역계약서를 작성하였다.

(2) 원고는 2005. 11. 12. AA으로부터 공급가액 120,000,000원, 부가가치세액 12,000,000원으로 된 세금계산서를 교부받은 것을 비롯하여 그 무렵부터 2006. 1. 3. 까지 4회에 걸쳐 별지 제2 목록 세금계산서 발행내역표 기재 각 세금계산서(이하 순번 1 내지 순번 4 각 세금계산서를 순차로 '이 사건 제8 내지 제11 각 세금계산서'라 한다)를 교부받는 한편, AA 명의의 통장으로 2005. 12. 30. 930,000,000원을, 2006. 1. 3. 86,400,000원을 각 송금하였다.

(3) 피고의 원고에 대한 법인제세 통합조사 결과, 피고는 원고가 실물거래 없이 이 사건 제8 내지 제11 각 세금계산서를 수취한 것으로 보아 2010. 3. 22. 위와 같이 2005. 12. 30. 송금된 930.000.000원(이하 이를 '이 사건 제2 소득금액변동통지금액'이라 한다)을 대표자 문CC의 2005년 귀속 소득으로, 2006. 1. 3. 송금된 86,400,000원(이하 이를 '이 사건 제3 소득금액변동통지금액'이라 한다)을 대표자 문CC의 2006년 귀속 소득으로 각 상여처분하고, 원고에게 위 각 인정상여처분에 따른 각 소득금액변동통지를 하였다(이하 위 각 소득금액변동통지를 순차로 이 사건 제2, 3 각 변동통지처분'이라 한다).

2. 이 사건 각 변동통지처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 이 사건 제1 변동통지처분

(가) 이 사건 제1 내지 제6 각 세금계산서에 따른 각 거래는 가공거래가 아니라 실물거래는 존재하나 거래당사자를 숨기기 위한 위장거래로서, 그 거래금액은 문AA이 아닌 위 각 거래의 물품 내지 용역을 실제로 제공한 □□정보통신, ▽▽주식회사 (이하 '▽▽'라 한다), ◇◇투자컨설팅 주식회사(이하 '◇◇'라 한다) 등에게 귀속되었다. 그럼에도 불구하고 피고는 위 각 거래를 가공거래로 파악한 나머지 이 사건 제1 소득금액변동통지금액이 문AA에게 귀속되었다고 보고 이 사건 제1 변동통지처분을 하였으므로, 이는 취소되어야 한다.

(나) 이 사건 제1 내지 제6 각 세금계산서에 따른 부가가치세액은 □□정보통신 등에게 그 납부의무가 있으므로, 원고는 이를 단기대여금으로 계상할 수 없다. 따라서 위 부가가치세 상당액이 단기대여금으로 계상되지 않았다는 이유로 한 피고의 이 사건 제1 변동통지처분은 위법하다.

(다) 원고는 코스닥 상장법인으로 소액주주가 약 80%에 이르는 주식을 보유하고 있어 대표이사의 의사를 원고의 의사와 동일하다고 간주할 수 없고, 원고가 문AA의 행위를 동의하거나 묵인 ・ 방조한 적이 없을 뿐만 아니라, 문AA에 대하여 손해배상청구권을 가지고 있는 이상, 이 사건 제1 소득금액변동통지금액은 사외로 유출되었다고 볼 수 없음에도, 이와 다른 전제에서 한 피고의 이 사건 제1 변동통지처분은 위법하다.

(2) 이 사건 제2, 3 각 변동통지처분

(가) 이 사건 제8 내지 제11 각 세금계산서는 가공거래에 의한 세금계산서가 아닐 뿐더러, 가사 가공거래에 의한 세금계산서라고 하더라도 세금계산서에 따른 거래금액은 이를 송금받은 AA에게 모두 귀속되었음에도, 이와 달리 그 거래금액이 김PP에게 귀속되었음을 전제로 한 피고의 이 사건 제2, 3 각 변동통지처분은 위법하다.

(나) 원고가 2010년 감사보고서상 이 사건 제2, 3 각 소득금액변동통지금액을 단기 대여금으로 계상한 점, 원고의 대표이사였던 김CC의 의사를 원고의 의사와 동일시하거나 김CC과 원고의 경제적 이해관계가 일치한다고 볼 수 없는 점, 위 각 세금계산서에 따른 거래를 원고가 묵인 또는 추인한 적이 없는 점, 원고가 김CC에 대하여 불법 행위에 기한 손해배상청구권을 가지고 있는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 제2, 3 소득금액변동통지금액은 사외로 유출되었다고 볼 수 없다. 따라서 이와 다른 전제에서 한 피고의 이 사건 제2, 3 각 변동통지처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 이 사건 제1 변동통지처분

(가) 원고의 첫 번째 주장에 관한 판단

1) 살피건대, 앞서 인정한 사실과 갑 제20호증의 1, 2, 갑 제21, 22호증,

을 제4 내지 제6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 드러나는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 제1 내지 제6 각 세금계산서는 실물거래 없이 가공으로 작성된 세금계산서라고 봄이 상당하므로, 이와 다른 전제에서 한 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

가) □□정보통신 명의의 세금계산서 부분

① 원고 주장과 같이 이 사건 제1 내지 제4 각 세금계산서가 원고가 BB컴으로부터 PDP 및 서버장비를 구입한 후 그 거래관계를 위장하기 위하여 □□ 정보통신 명의의 세금계산서를 교부받은 것이라고 한다면, 위 PDP 및 서버장비는 장부 상 원고의 자산으로 계상되기 때문에 그에 따른 거래금액을 문RR에 대한 단기대여금으로 계상할 필요가 없음에도, 원고는 2005. 2.경 이 사건 제1 내지 제4 각 세금계산서에 따른 공급가액을 문RR에 대한 단기대여금으로 계상하였다.

② 원고는 위 PDP 및 서버장비를 BB컴 내지 □□정보통신으로 부터 인도받은 적이 없는 것으로 보인다.

③ 원고는 위 거래가 실물거래임을 뒷받침할 증빙자료로 2004. 8. 경 원고와 BB컴 사이에 작성되었다는 자산양수도계약서를 제출하고 있으나, 세무조사 내지 전심절차에서 제출되지 않은 위 자산양수도계약서가 이 사건 소가 제기된 후 약 4 개월이 경과한 2011. 7. 8. 비로소 제출된 점에 비추어 볼 때 이는 사후에 작성되었을 가능성이 농후하고, 그렇지 않더라도 원고와 BB컴의 관계에 비추어 그 기재내용의 신뢰성이 떨어진다.

④ 문AA은 2006. 2. 16. 서울고등법원 2005노2404 횡령 등 사건에서 원고의 최대주주가 된 이후 원고의 유상증자를 통하여 마련된 자금을 임의로 BB컴 명의의 예금계좌로 빼돌려 사용하는 방법으로 원고의 돈을 횡령하였다는 등의 이유로 징역 2년을 선고받았다. 이와 같은 문AA의 횡령수법에 비추어 볼 때, 문AA은 BB컴 명의의 계좌로 돈을 송금하여 원고의 돈을 횡령한 후, □□정보통신 명의의 이 사건 제1 내지 제4 각 세금계산서를 교부받아 이를 장비구입비용으로 계상함으로써 그 횡령행위를 감추려 한 것으로 보인다.

나) ▽▽, ◇◇ 명의의 세금계산서 부분

① 원고의 주장에 의하더라도, 원고가 ▽▽ 및 ◇◇로부터 주식인수자문용역을 제공받은 바 없다.

② 원고는 이 사건 제5 세금계산서에 따른 거래가 실물거래임을 뒷받침할 증빙자료로 2004년경 원고와 ▽▽ 사이에 작성되었다는 컨설팅계약서를 제출하고 있으나, 위 컨설팅계약서의 내용은 원고가 ▽▽로부터 주식인수자문용역을 제공받은 바 없다는 원고의 주장과도 모순된다. 뿐만 아니라 세무조사 내지 전심절차에서 제출되지 않은 위 컨설팅계약서가 이 사건 소 제기 후 약 4개월이 경과한 2011. 7. 8. 비로소 제출된 점에 비추어 볼 때 이는 사후에 작성되었을 가능성이 크다.

③ 당시 원고의 대표이사인 문AA은 이 사건 제5, 6 각 세금계산서에 따른 거래대금 상당액을 횡령한 후, 자신이 대표이사로 있던 BB컴과 거래관계에 있던 ▽▽, ◇◇로부터 세금계산서를 교부받아 이를 용역비용으로 처리한 것으로 보인다.

(나) 원고의 두 번째 주장에 관한 판단

앞서 본 바와 같이 문AA이 이 사건 제1 내지 제6 각 세금계산서에 따른 거래금액 상당액을 횡령한 이상, 원고는 문AA에 대하여 위 금원 상당의 손해배상채권 내지 대여금채권 등을 행사할 수 있다. 따라서 위 각 세금계산서에 따른 부가 가치세 상당액을 단기대여금으로 계상할 수 없음을 전제로 한 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(다) 원고의 세 번째 주장에 관한 판단

1) 법인의 실질적 경영자인 대표이사 등이 법인의 자금을 유용하는 행위는 특별한 사정이 없는 한 애당초 회수를 전제로 하여 이루어진 것이 아니어서 그 금액에 대한 지출 자체로서 이미 사외유출에 해당한다고 할 것이다. 여기서 그 유용 당시부터 회수를 전제하지 않은 것으로 볼 수 없는 특별한 사정에 대하여는 횡령의 주체인 대표이사 등의 법인 내에서의 실질적인 지위 및 법인에 대한 지배 정도, 횡령행위에 이르게 된 경위 및 횡령 이후의 법인의 조치 등을 통하여 그 대표이사 등의 의사를 법인의 의사와 동일시하거나 대표이사 등과 법인의 경제적 이해관계가 사실상 일치하는 것으로 보기 어려운 경우인지 여부 등 제반 사정을 종합하여 개별적 ・ 구체적으로 판단하여야 하며, 이러한 특별한 사정은 이를 주장하는 법인이 입증하여야 한다(대법원 2008. 11. 13. 선고 2007두23323 판결 참조).

2) 돌이켜 이 사건에 관하여 보건대, 원고가 제출한 각 증거들만으로는 이 사건 제1 소득금액변동통지금액의 지출이 당초 회수를 전제로 하여 이루어진 것이라고 단정하기 부족하다. 오히려, 앞서 인정된 사실과 갑 제6호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 드러나는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면 위 금액은 당초부터 그 회수를 전제하지 않은 것으로서 그 지출 자체로 사외유출 되었다고 봄이 상당하므로, 원고의 이 부분 주장 또한 이유 없다.

가) 원고는 2005. 2.경 이 사건 제1 내지 제6 각 세금계산서에 따른 공급가액 상당액을 문AA에 대한 단기대여금으로 계상하면서도, 위 각 세금계산서에 따른 부가가치세 상당액은 단기대여금으로 계상하지 않았다. 이는 위 부가가치세 상당액을 매입세액으로 공제받은 이상 이와 관련된 대여금채권 내지 손해배상채권을 행사할 필요가 없다는 판단에 따른 것으로 보이는바, 원고는 2005. 2.경 이 사건 제1 소득금액변동통지 금액을 회수할 의사가 없었다.

나) 원고는 2006. 11. 22. 문AA을 상대로 수원지방법원 평택지원 2006가합3327호로 약 26억 원을 구하는 손해배상청구소송을 제기하였으나, 위 손해배상 청구금액에는 이 사건 제1 소득금액변동통지금액과 관련된 대여금채권 내지 손해배상채권은 포함되어 있지 않고 달리 원고가 문AA을 상대로 위 채권의 지급을 구하였다고 볼 만한 자료도 제출되어 있지 않다.

다) 위 대여금채권 내지 손해배상채권은 상사채권 내지 불법행위에 기한 손해배상채권으로 채권의 발생일로부터 5년 또는 손해 및 가해자를 안 날로부터 3년의 소멸시효기간이 경과하면 소멸하는데, 위 채권의 소멸시효기간은 이미 완성된 것으로 보인다.

(라) 이 사건 제2, 3 각 변동통지처분

1)원고의 첫 번째 주장에 관한 판단

앞서 인정된 사실과 을 제7, 8, 10, 11호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면 이 사건 제8 내지 제11 각 세금계산서는 가공거래에 의한 세금계산서이고, 그에 따른 거래대금이 AA에 게 귀속되었다고 볼 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

가) AA에게 이 사건 제8 내지 제11 각 세금계산서에 따른 매출실적 이외에 별다른 매출실적이 거의 없었던 점, AA은 2006. 12. 8. 관할세무서에 의하여 직권으로 폐업된 점 등을 고려하면, 원고가 2005. 2.경 AA과 사이에 게임소프트개발 용역계약서를 작성할 당시 AA에게는 게임소프트를 개발할 능력이 없었던 것으로 보인다.

나) 2005. 12. 30. AA명의의 농협통장으로 송금된 30,000,000원 중 35,000,000원은 같은 날 현금으로 출금 되고, 나머지 895,000,000원은 같은 날 '0000000-00'으로 대체되었는데, 그 직후 김CC 을 입금자로 하여 원고의 통장으로 895,000,000원이 다시 입금된 점, 2006. 1. 3. AA 명의의 위 농협통장으로 송금된 86,400,000원은 입금된 직후 그 전액 출금된 점, 2005. 12. 28. 개설된 위 농협통장은 원고로부터 돈을 송금받거나 그 돈을 출금하는 데에 만 사용되었을 뿐, 위 통장을 통한 다른 거래가 전혀 없는 점 등 제반 사정을 고려하면, 위 각 세금계산서에 따른 거래금액이 AA에 귀속되었다고 볼 수 없다.

다) 원고에 대한 세무조사 종료 후 원고 스스로 이 사건 제8 내지 제11 각 세금계산서가 실물거래 없이 교부된 것으로 간주하고 있다.

2) 원고의 두 번째 주장에 관한 판단

살피건대, 원고가 제출한 각 증거들만으로는 이 사건 제2, 3 각 소득 금액변동통지금액의 지출이 당초 회수를 전제로 하여 이루어진 것이라고 단정하기 부족하고, 오히려 앞서 인정된 사실과 갑 제12호증, 갑 제20호증의 2, 을 제11호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 드러나는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면 위 급액은 처음부터 그 회수를 전제하지 않은 것으로서 그 지출 자체로 사외유출 되었다고 할 것이다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

가) 김CC이 2007. 6. 18. 원고의 대표이사에서 사임하자, 원고는 2008. 4. 18. 김CC을 상대로 서울지방법원 20087r합35454호로 약 25억 원 상당을 구하는 대여금 청구소송을 제기하여 원고 일부 승소 판결을 선고받았으나, 위 대여금 청구소송에서 이 사건 제 2, 3 각 소득금액변동통지금액과 관련된 대여금채권 내지 손해배상채권의 지급을 구하지 않았다.

나) 원고는 세무조사가 종료된 이후인 2010. 2. 경 비로소 이 사건 제8내지 제11 각 세금계산서에 따른 거래금액 상당액을 김CC에 대한 단기대여금 채권으로 계상하는 등 당초에는 이를 회수할 의사가 없었다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.