원심판결 이유에 의하면 원심은, 원고는 장부와 증빙서류를 공동창고에 보관하고 있었는데 소외인들이 위 창고에 슈퍼마켓을 개설하면서 원고가 모르는 사이에 임의로 이들을 다른 물건과 함께 쓰레기장에 버려 멸실된 것이므로 장부 등의 멸실에 원고의 잘못이 있다고 할 수 없고, 원고가 과세표준확정신고를 하였는데도 피고가 이를 간과하고 그 신고일로부터 상당한 기간이 경과하도록 아무런 조치를 취하지 않고 있는 사이에 원고에게 아무런 귀책사유 없이 장부와 증빙서류가 멸실된 것이므로 이러한 경우는 추계조사사유인 '장부와 증빙서류가 없는 때'에 해당하지 않는다고 보아야 할 것이라고 판단하고 있다.

그러나 소득세법(1992. 12. 8. 법률 제4520호로 개정되기 전의 것) 제120조 , 동법시행령(1992. 12. 31. 대통령령 제13802호로 개정되기 전의 것) 제169조 제1항 제1호 , 제2항 제2호 는 추계조사결정의 사유와 방법에 관하여 과세표준의 계산에 필요한 장부와 증빙서류가 없는 등 객관적인 명백한 사유로 실지조사결정 등을 할 수 없는 때에는 과세표준과 세액을 업종별 소득표준율에 의하여 조사 결정하되, 천재·지변 기타 불가항력으로 장부 기타 증빙서류가 멸실된 경우에는 동업자권형 등의 방법으로 과세표준을 결정한다고 규정하고 있으므로, 원심의 인정과 같은 경위로 장부와 증빙서류가 멸실되었다 하더라도 실지조사결정 등을 할 수 없는 이상 추계사유인 '장부와 증빙서류가 없는 때'에 해당하고, 다만 장부 등이 멸실된 원인이 불가항력에 해당하는지 여부에 따라 추계의 방법만을 달리 할 수 있을 뿐이라 할 것이다.

그런데도 원심이 그 판시와 같은 사정만을 들어 이러한 경우는 아예 '장부와 증빙서류가 없는 때'에 해당하지 않는다고 한 것은 추계조사결정에 관한 법리를 오해하여 판결의 결과에 영향을 미친 위법이 있다고 할 것이므로 이 점을 지적하는 논지는 이유가 있다.

그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단케 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 관여 법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.