구 조세특례제한법 시행령 제66조 제3항, 제4항

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 1973.1.23.부터 소유하고 있던 ○○광역시 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○번지 답1,404㎡(이하 '이 사건 토지'라 한다)를 2004.1.8. 박○○, 이○○에게 양도한 후, 2004.3.31. 양도소득세 102,233,960원을 신고 납부하였다.

나. 원고는 2006.1.19. 피고에게 이 사건 토지가 8년 이상 직접 경작한 토지로서 양도소득세의 감면대상에 해당한다며 90,000,000원을 환급하여 줄 것을 요구하는 경정청구를 하였다.

다. 이에 피고는 원고가 환지예정지 지정이 되지 아니한 상태에서 이 사건 토지를 양도하였고, 양도될 당시 경작을 하지 않아 8년이상 경작한 농지가 아니라는 이유로 원고의 경정청구를 거부하는 이 사건 처분을 하였다.

〔인정근거〕다툼 없는 사실, 을 제1호증의 1 내지 4호증, 을 제2호증의 1, 을 제3호증의 1 내지 3의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법여부

가. 원고의 주장

(1) 원고는 1973.1.23. 이 사건 토지를 취득한 후 8년 이상 경작을 하다가 ○○1지구 토지구획정리사업의 부지에 편입되어 토지조성공사가 시작됨으로써 이 사건 토지를 제대로 경작하지 못하던 중 환지예정지 지정이 되지 아니한 상태에서 이 사건 토지를 양도하였다.

(2) 그런데, 양도소득세 감면규정인 구 조세특례제한법(2004.12.31. 법률 제7322호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제69조, 구 조세특례제한법 시행령(2005.2.19. 대통령령 18704호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제66조 제3항, 제4항의 '환지예정지 지정일로부터 3년이 경과하기 전의 토지'에는 토지조성공사 착수 이후 환지예정지가 지정되지 아니한 토지도 당연히 포함된다고 해석하여야 할 것이므로, 환지예정지 지정전에 토지조성공사가 착수된 이 사건 토지는 양도소득세 감면대상에 포함되어야 한다.

(3) 그렇지 아니하다고 하더라도 이 사건 토지와 같이 토지조성공사의 착수로 인하여 양도일 현재 부득이하게 농지로 사용하지 못하는 상태에서 양도한 경우에는 '양도일 현재 농지'에 해당하는 것으로 보아 양도소득세가 감면되어야 한다.

(4) 따라서 이 사건 토지가 양도소득세 감면대상인 '8년 이상 자경한 농지'에 해당함에도 불구하고 이에 대하여 양도소득세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 원고가 1973.1.23. 취득하여 논으로 경작하여 오던 이 사건 토지는 1996.9.23.

○○광역시 고시 제○○-○○호 및 제○○-○○호로 사업시행인가를 받고 고시된

○○1지구 토지구획정리조합(2004.6.경 ○○2지구 토지구획정리조합과 합병하여○○지구 토지구획정리조합으로 변경되었는데, 이하 '토지구획정리조합'이라 한다)을 사업시행자로 하는 ○○1지구 토지구획정리사업(이하 '이 사건 사업'이라 한다) 부지에 편입되었다.

(2) 주식회사 ○○종합토건(이하 '○○종합토건'이라 한다)은 토지구획정리조합과 사이에 이 사건 사업에 관한 협약을 체결하고 1996.11.12.부터 이 사건 사업의 부지조성공사에 착수하였다.

(3) ○○광역시 ○○군수는 2003.5.23. 이 사건 사업의 시공회사인 ○○종합토건의 부도로 인한 공사중지, 경기불황 등으로 사업시행기간의 연장이 필요하다는 토지구획정리조합의 이 사건 사업에 대한 시행변경인가신청을 승인하고 ○○광역시 ○○군 제2003-○○호로 고시하였다.

(4) 원고는 이 사건 사업 시행 이후에는 ○○종합토건이 사업부지 경계에 울타리를 설치하고 공사에 지장을 초래하는 출입행위를 제한하는 등의 조치를 함에 따라 이 사건 토지를 농지로서 경작하지 못하던 중인 2004.1.8. 이 사건 토지에 관하여 환지예정지가 지정되지 아니한 상태에서 박○○, 이○○에게 이를 양도하였다.

(5) ○○광역시 ○○군수는 2005.7.13. 토지구획정리조합에 대하여 이 사건 사업에 관한 환지계획을 인가하였다.

〔인정근거〕다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제1호증의 3,4, 을 제3호증의 2,3, 을 제4호증의 1 내지 3의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 구 조세특례제한법 제69조 제1항 및 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제3항,제 4항에 의하면, 농지소재지에 거주하는 자가 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지가 지정되는 경우에는 그 환지예정지 지정일로부터 3년이 지나지 아니한 농지는 양도소득세의 감면대상인 자경농지에 해당하고, 위 감면규정의 적용을 받는 농지는 양도일 현재의 농지를 기준으로 하되, 다만 환지처분 전에 당해 농지가 농지 외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일로부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 환지예정지 지정 후 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우에는 토지조성공사 착수일 현재의 농지를 기준으로 한다고 규정되어 있다.

이 사건에 관하여 보건대, 원고는 이 사건 사업 시행 이후 환지예정지 지정이 되지 아니한 상태에서 이 사건 토지를 양도하였고, 위 양도일 당시 이 사건 토지를 농지로 경작하지 않았으며, 이 사건 토지를 포함한 위 토지구획정리사업지구에 대하여 2005.7.13.에 이르러서야 환지계획이 인가되었음은 앞서 본 바와 같은바, 이 사건 토지의 양도일을 기준으로 환지예정지 지정처분이 없었음이 명백한 이상 비록 토지구획정리사업에 따른 토지조성공사가 있었다고 하더라도, 양도일 현재 농지 여부를 판단함에 있어 농지 외의 토지로 환지예정지로 지정된 후 토지조성공사가 시행된 경우에 한하여 예외를 인정하고 있는 구 조세제한특례법 시행령 제66조 제3항, 제4항을 적용할 수 없다.

따라서 환지예정지 지정 전에 토지조성공사가 착수된 이 사건 토지에도 위 규정을 적용하여 양도소득세를 감면하여야 한다는 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

(2) 공부상 지목이 농지라고 하더라도 양도일 현재 실제로 경작하고 있지 않는 토지는 농경지로 사용되지 않고 있는 것이 토지 소유자의 자의에 의한 것이든 또는 타의에 의한 것이든 일시적으로 휴경상태에 있는 것이 아닌 한 양도일 현재 농지라고 볼 수 없어 양도소득세 비과세대상인 토지에 해당하지 않는다고 할 것이다.(대법원 1991.11.12. 선고 91누7422 판결 참조).

위 인정사실에 의하면, 원고가 1973.1.23. 이 사건 토지를 취득한 후 논으로 경작하여 오던 중, 택지조성을 위하여 1996.9.23.자로 인가되어 실시된 ○○1지구 토지구획정리사업의 부지에 위 사건 토지가 편입되고, 이에 따라 시행된 ○○종합토건의 부지조성공사로 인하여 경작을 할 수 없게 된 상태에서 이 사건 토지를 양도한 사실을 인정할 수 있는바, 택지조성을 목적으로 한 토지구획정리사업에 따라 시행된 토지조성공사로 인하여 경작이 중단된 것은 특별한 사정이 없는 한 일시적인 휴경상태로 볼 수 없다고 할 것이므로, 이 사건 토지는 양도일 현재 농지로 볼 수 없고, 양도소득세 감면대상인 토지에 해당되지 않는다.

따라서 이 사건 토지와 같이 토지조성공사의 착수로 인하여 양도일 현재 부득이하게 농지로 사용하지 못하는 상태에서 양도한 경우에는 양도소득세가 감면대상인 토지에 해당한다는 원고의 이 부분 주장 역시 받아들일 수 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

관계법령

조세특례제한법〔2004.12.31. 법률 제7322호로 개정되기 전의 것〕

제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면)

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상〔농지법 제32조의 규정에 의한 농업진흥지역내의 농지를 농업기반공사및농지관리기금법에 의한 농업기반공사(이하 이 조에서 "농업기반공사"라 한다)또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2005년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 5년 이상,대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 또는 농업법인에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년이상〕계속하여 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세,감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.(단서생략)

조세특례제한법시행령(2005.2.19. 대통령령 제18704호로 개정되기 전의 것)

제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면)

① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자"라 함은 8년(농업기반공사및농지관리기금법에 의한 농업기반공사(이하 이 조에서 "농업기반공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 5년, 제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년)이상 다음 각 호의1에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역

② 생략

③ 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금"이라 함은 농산물의 생산자를 위한 직접지불제도시행규정 제3조의 2의 규정에 의한 경영이양보조금을 말한다.

④ 법 69조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 토지"라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(농업기반공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 5년, 제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년)이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. 이 경우 상속받은 농지의 경작한 기간을 계산함에 있어서는 피상속인이 취득하여 경작한 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.

1. 양도일 현재 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다)또는 시(지방자치법 제3조제4항의 규정에 의하여 설치된 도·농복합형태의 시의 읍·면지역을 제외한다)에 있는 농지중 국토의계획및이용에관한법률에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 대규모 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다)안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토의계획및이용에관한법률에 의한 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지를 제외한다.

가. 사업시행지역안의 토지소유자가 1천명 이상인 지역

나. 사업시행면적이 재정경제부령이 정하는 규모 이상인 지역

2. 환지처분이전에 농지외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지지정일부터 3년이 지난 농지. 끝.