2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 2008. 8. 1.부터 'XX주유소'라는 상호로 주유소를 운영하고 있는 자인데, 주식회사 OO에너지(이하 '소외회사'라 한다)로부터 공급가액 합계 897,254,545원(2009년 제1기 공급가액 376,490,909원, 2009년 제2기 공급가액 520,763,636원)인 매입세금계산서 10매(이하 '이 사건 세금계산서'라 한다)를 교부받아 2009. 7.경과 2010. 1.경 당해 과세기간 매출세액에서 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고하였다.

나. 피고는 2010. 11.경 원고에 대한 세무조사를 실시하여 원고가 유류자료상으로 고발된 소외회사로부터 교부받은 이 사건 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보고 관련 매입세액을 불공제하여 2011. 1. 3. 원고에 대하여 2009년 제1기 부가가치세 66.190.860원, 2009년 제2기 부가가치세 88,680,830원을 각 부과하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

다. 원고는 2011. 3. 31. 조세심판원에 이 사건 처분에 대한 심판청구를 하였으나 같은 해 6. 1. 기각결정을 받았다.

[인정근거 : 다툼이 없거나, 갑 제1, 6호증의 각 1, 2, 갑 제2 내지 5, 19, 20호증, 을 제1호증의 1, 2, 을 제2호증의 l 내지 3, 을 제4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지]

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 실제로 소외회사로부터 유류를 공급받았으므로 이 사건 세금계산서는 공급자 등 필요적 기재사항이 사실과 다르게 기재된 세금계산서가 아니고 그렇지 않다고 하더라도 원고는 아무런 과실 없이 이 사건 세금계산서가 사실과 다르게 발행된 것을 몰랐음에도 이와 달리 보고 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 원고와 소외회사의 거래

가) 원고가 소외회사로부터 휘발류, 무연휘발류, 저유황경유 등을 매입하고 수취 하였다는 이 사건 세금계산서의 내용은 다음과 같고, 원고는 소외회사의 기업은행 계좌로 유류대금 명목으로 2009년 2월 76,940,000원, 3월 102,080,000원, 4월 23,600,000원, 5월 100,460,000원, 6월 72,500,000원, 7월 38,560,000원, 8월 40,000,000원, 9월 117,680,000원, 10월 130,200,000원, 11월 88,380,000원, 12월 159,844,000원 합계 950,244,000원을 각 송금하였다.

나) 원고가 이 사건 세금계산서와 관련한 유류를 공급받으면서 운송기사로부터 정유사가 발행한 출하전표를 수령한 후 소외회사에 이를 교부하고 소외회사로부터 원고의 사업장을 도착지로 기재한 소외회사에서 발행한 출하전표, 세금계산서 및 거래명세서를 교부받았다.

다) 소외회사에서 발행한 위 출하전표에는 원고의 사업장이 도착지로, 소외회사가 발행처로 기재되어 있으나 YY에너지 등 정유사가 발행한 출하전표에는 도착지가 원고의 사업장이 아닌 다른 사업장으로 기재되어 있다.

라) 소외회사는 2009년 제1기에서 2009년 제2기 예정기간 동안 실물거래 없이 주식회사 □□페트로(이하 '□□페트로'라 한다)로부터 공급가액 합계 27,514,000,000원인 가공세금계산서 9매를 수취하여 같은 기간 동안 양협주유소 등 97개 주유소에 실물 거래 없이 공급가액 합계 27,876,000,000원인 가공세금계산서 420매(가공비율 2009년 제1기 91.75%, 제2기 98.7%)를 발행하였다는 이유로 고발되었다.

마) 원고는 주식회사 △△(이하 '△△'라 한다)로부터 매입한 유류에 대해서는 정유사가 발행한 출하전표를 보관하고 있는 반면, 이 사건 세금계산서 관련 유류에 대하여는 정유사가 발행한 것이 아닌 소외회사가 발행한 출하전표를 보관하고 있고, 소외회사 발행 출하전표상의 해당 일자, 운송차량에 대하여 정유사에 조회한 결과 원고의 사업장을 도착지로 하여 출하된 내역은 없는 것으로 나타난다.

2) 소외회사에 대한 세무조사결과

가) 중부지방국세청장은 2009. 8. 26.부터 2010. 1. 15.까지 및 2010. 8. 10.부터 같은 해 11. 12.까지 소외회사의 자료상 혐의에 대하여 조사(이하 '이 사건 세무조사'라 한다)를 실시하였는데, 당시 소외회사는 대표이사 한AA와 경리담당 최BB이 근무 하면서 출하전표, 세금계산서, 거래명세서 등을 발행하고 있었고, 사무실에는 책상, 컴퓨터, 프린터, 전화, 소파 등이 놓여 있었으나 실제 유류거래를 할 수 있는 설비를 갖추고 있지 않았다.

나) 2007. 10.경 설립된 소외회사의 사업자등록증상 사업장 소재지는 '구리시 GG동 000-0 GG프라자 000'이고 유류저장소는 '청주시 흥덕구 AA동 000'이나 소외 회사는 위 유류저장소를 사용하지 않고 있고 보유하고 있는 유류운반차량은 없다.

다) 한AA는 2009. 1.경 심CC으로부터 소외회사를 인수하였으나 유류업체에서 종사한 경력이 없고, 소외회사의 연간 매출액이 300억 원 이상임에도 유류 매입을 위한 독립적이고 적극적인 활동을 한 사실이 없으며, 이 사건 세무조사 당시 '자료상으로 판정된 □□페트로의 김DD 실장이 매일 변동되는 정유사 판매가격보다 리터당 10-15원 싸게 유류를 공급해 준다고 약속하여 사엽성이 있다고 판단하여 2009. 1.부터 소외회사 대표이사로 취임하였다'라고 진술하였고, 2009년 세무조사(2009. 8. 26.부터 2010. 1. 15.까지) 당시에는 '유류 전부를 정유사에서 공급받는다'라고 진술하였으나 2010년 세무조사(2010. 8. 10.부터 같은 해 11. 12.까지) 당시에는 '소외회사가 판매하는 유류 전부가 정유사에서 출하된 것은 아니고 극히 일부는 시중 대리점 저장소에 보관되어 있던 것을 판매하였다'라고 진술하였다.

라) 한AA는 □□페트로와 주식회사 ▽▽상사(이하 '▽▽상사'라 한다)

로부터만 유류를 매입하였는데 ▽▽상사는 자신이 대표이사로 취임하기 전부터 거래하던 업체이고 □□페트로는 정유사 출고가보다 리터당 10-15원 정도 싸게 유류를 공급하겠다고 해서 자신이 대표이사로 취임한 이후에 거래를 시작한 업체인데 □□페트로로부터 공급받은 유류는 리터당 7-10원 정도 싸게 주유소에 공급하였다고 진술하였다.

마) 소외회사에 대한 금융추적조사결과 소외회사는 보통 거래 당일 또는 2-3일 후에 주유소로부터 유류대금을 입금받아 수수료 및 경비 2% 정도를 공제한 후 □□페트로 계화로 이체하였고, □□페트로 계좌로 입금된 금액은 다시 주식회사 ◇◇ 계좌, 매출만 있고 매입이 없는 폭탄업체인 주식회사 CC에너지 계좌로 순차적으로 이체된 후 대부분 현금으로 출금되었다.

바) 4대 정유사 유류 출하내역조회결과 소외회사가 매출처에 납품하는 유류는 전부 4대 정유사에서 실제로 출하되는 유류라는 한AA의 진술에 따라 소외회사가 발행한 출하전표상 운반차량 번호 및 운반일자별 출하내역을 정유사에 조회한 결과 정유사 출하전표상 최종인도지와 □□페트로로부터 매입하여 판매한 유류와 관련하여 소외 회사가 발행한 출하전표상 인도지가 일치하지 않았다.

3) □□페트로에 대한 세무조사결과

가) 중부지방국세청장은 2010. 8. 10.부터 2010. 11. 19.까지 □□페트로의 자료 상 혐의에 대하여 조사를 한 결과, □□페트로는 유류저장시설 및 유류운송차량이 전혀 없었고 2010. 2. 18. 직권 폐업되어 조사 당시 사업장이 없었다.

나) □□페트로는 2009년 제l기 및 제2기 매입, 매출이 모두 가공인 자료상으로 고발되었고 매출액 중 50% 이상이 소외회사에 대한 매출액이다.

[인정근거 : 다툼이 없거나, 갑 제2, 8, 22, 24, 25호증, 갑 제9 내지 17, 21, 23호증의 각 1, 2, 갑 제18호증의 1 내지 51, 을 제2호증의 1 내지 3, 을 제3호증의 1 내지 6, 을 제4, 5호증, 을 제6호증의 1 내지 4, 을 제7호증의 1, 2, 을 제8호증의 1 내지 18의 각 기재, 증인 정EE의 일부 증언, 변론 전체의 취지]

라. 판단

1) 어느 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 등의 이유로 그 거래에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제17조 제2항 제1의2호가 규정하고 있는 '사실과 다른 세금계산서'에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이고(대법원 2008. 12. 11. 선고 2008두9737 판결 참조), 일반적으로 세금 부과처분 취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세권자에게 있다 할 것이다. 그러나 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상 적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분이 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수 없다(대법원 2009. 9. 24. 선고 2009두6568호 판결 등 참조).

또한, 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급 받을 수 없으며, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 이를 입증하여야 한다(대법원 2002. 6. 28. 선고 2002두2277 판결 참조).

2) 이 사건에 돌아와 보건대, 앞서 본 인정사실과 위에서 든 증거를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정, 즉, ① 원고에게 유류를 공급하였다는 소외회사가 발행한 세금계산서 대부분(가공비율 2009년 제1기 91.75%, 제2기 98.7%)이 실물거래 없이 발행된 가공세금계산서라는 이유로 소외회사는 자료상으로 고발된 점, ② 소외회사의 매입처인 □□페트로도 2009년 제1기 및 제2기 매입, 매출이 모두 가공인 자료상으로 고발되었고 매출액의 50% 이상이 소외회사에 대한 매출액인 점, ③ 원고가 소외회사의 계좌로 송금한 유류대금은 주식회사 ◇◇ 계좌를 거쳐 매출만 있고 매입이 없는 폭탄업체인 주식회사 CC에너지 계좌로 이체된 후 대부분 현금으로 출금된 점, ④ 정유사가 유류를 공급할 때 발행 ・ 교부하는 출하전표는 정상적인 유통경로를 거쳐 유류가 거래된 것이라는 점을 확인시켜 주는 중요한 자료인데, 소외회사는 특별 한 이유 없이 원고로부터 정유사가 발행한 출하전표를 수거하면서 소외회사 명의의 출하전표를 발행 ・ 교부한 점, ⑤ 정유사가 발행한 정상적인 출하전표에는 온도와 밀도에 따라 유류의 부피가 달라져 발행시간이 초단위로 기재되어 있고 온도, 밀도가 정확하게 기재되어 있으며 출하장이 기재되어 있는 반면 소외회사가 발행한 출하전표에는 소외회사의 다른 거래처인 △△로부터 교부받은 정유사가 발행한 출하전표와 달리 출하장, 온도, 밀도, 황함량 등이 기재되어 있지 않아 소외회사가 발행한 출하전표에 실제 거래내용이 제대로 기재되어 있는지 의문이 드는 점 등을 종합하면, 이 사건 세금계산서는 경험칙상 원고가 소외회사 외의 거래처로부터 유류를 공급받았음에도 원고의 필요에 의해 소외회사로부터 유류를 공급받은 것처럼 위장한 사실과 다른 세금계산서인 것으로 봄이 상당하다.

그러므로, 원고가 이 사건 세금계산서의 명의 위장사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정을 입증하여야 할 것인데, 앞서 본 인정사실과 위에서 든 증거를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정, 즉, 원고는 주유소를 운영 하는 자이므로 유류공급의 정상적인 구조와 유통경로, 유류업계의 일반적 거래형태나 방식, 자료상 거래의 실태와 위험성에 관하여 충분히 알 수 있었다고 보이는 점, 원고로서는 조금만 주의를 기울였다면 소외회사가 발행한 출하전표가 정상적으로 발급된 것이 아님을 알 수 있었다고 보이는 점, 원고는 소외회사로부터 리터당 10원 정도 싸게 유류를 공급받은 점 등에 비추어 보면, 갑 제25, 27 내지 34호증, 갑 제26호증의 1, 2, 갑 제35호증의 1 내지 5의 각 기재, 증인 정EE의 일부 증언만으로는 이를 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

3) 따라서 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서임을 전제로 한 피고의 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 위 주장은 결국 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.