1. 원심판결 이유에 의하면 원심은, 원고는 그 조합원들이 부산 사상지역에 철물판매단지를 조성할 목적으로 상가건물을 신축하여 조합원들에게 분양하는 사업을 영위하기 위하여 1991. 8. 5.(이는 같은 달 19.의 오기로 보인다) 설립한 법인으로서, 이를 위하여 같은 달 29. 피고에게 사업자등록신청을 하였던바, 피고의 담당공무원은 원고가 비영리법인으로서 사업자등록 대상이 아니라는 이유로 그 신청서를 반려하고, 그 대신 부가가치세법시행령 제8조 제2항 소정의 고유번호를 부여한 사실, 이에 원고는 위 고유번호가 사업자등록증과 같은 효력이 있는 것으로 알고 상가건물 신축사업을 추진하면서 부산 북구 (주소 생략) 대지를 매수한 후, 1994. 11. 10. 소외 동아건설 주식회사 및 화인건설 주식회사와 사이에 위 대지 상에 건축할 상가건물에 관한 공사도급계약을 체결하는 한편, 같은 해 12. 26. 소외 회사들에게 공사선급금으로 공급가액 금 6,566,154,545원과 이에 대한 부가가치세액 금 656,615,455원을 합한 금 7,222,770,000원을 지급하고 위 소외 회사들로부터 이 사건 각 세금계산서를 교부받은 사실, 원고가 1994년도 2기분 부가가치세 확정신고를 하면서 위 각 세금계산서를 증빙자료로 제출하고 이에 해당하는 매입세액을 공제하여 그 초과분을 환급세액으로 신고하였으나, 피고는 1995. 12. 1. 위 각 세금계산서가 사업자등록 이전에 교부받은 것이라는 이유로 그 매입세액의 공제를 거부하고, 원고에 대하여 매출세액 금 2,069,500원에 납부불성실가산세 금 206,950원을 가산한 금 2,276,450원의 부가가치세를 부과, 고지한 사실을 인정한 다음, 원고는 당초부터 부가가치세 납세의무가 있는 사업인 부동산 판매, 임대업을 영위하기 위하여 설립되었고 이를 위하여 사업자등록신청까지 하였는데 피고의 잘못된 판단으로 인하여 과실 없이 사업자등록을 하지 못한 것임을 알 수 있고, 나아가 사업자등록번호의 부여나 고유번호의 부여는 모두 사업자의 사업내용을 파악하고 과세자료를 효율적으로 처리함으로써 세무관리의 능률화를 기하려는 데 있으며 고유번호는 등록번호에 준하는 효력을 갖는 것이므로, 사업자등록 전의 매입세액 여부를 판단함에 있어서는 원고가 1991. 8. 29. 사업자등록신청을 하여 고유번호를 부여받았을 때에 사업자등록이 이루어진 것과 같이 보아야 하고, 따라서 원고가 그 이후에 교부받은 이 사건 각 세금계산서 상의 매입세액은 사업자등록 전의 매입세액에 해당하지 아니한다고 판단하였다.

2. 그러나 구 부가가치세법(1994. 12. 22. 법률 제4808호로 개정되기 전의 것, 이하 법이라 한다) 제5조 제1항에 의하면 신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일로부터 20일 내에 정부에 등록하여야 한다. 다만 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시 전이라도 등록할 수 있다고 규정하고, 법시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14471호로 개정되기 전의 것) 제7조 제1항에 의하면, 법 제5조 제1항의 규정에 의하여 등록하고자 하는 사업자는 사업장마다 다음 각 호의 사항을 기재한 사업자등록신청서를 소관 세무서장에게 제출하여야 한다고 규정하면서, 그 제1호 내지 제4호에서 사업자의 인적사항, 사업자등록 신청사유, 사업개시 연월일 및 기타 참고사항을 규정하며, 같은 조 제5항에 의하면 법 제5조 제1항의 단서의 규정에 의하여 사업자등록의 신청을 받은 세무서장은 신청자가 사업을 사실상 개시하지 아니할 것이라고 인정된 때에는 등록을 거부할 수 있다고 규정하고, 한편 법 제17조 제2항 제5호에 의하면, 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는바, 위 법 제17조 제2항 제5호에서 매출세액으로부터 공제하지 아니할 매입세액으로 들고 있는 '제5조 제1항의 규정에 의하여 등록을 하기 전의 매입세액'이라 함은 적법한 등록신청을 하기 전의 매입세액이라고 보아야 할 것이고 (대법원 1986. 12. 23. 선고 85누974 판결, 1993. 12. 10. 선고 93누17355 판결 등 참조), 또 사업자등록신청이 적법하지 아니하다면 그 등록신청이 수리되지 아니한 근거에 관하여 설사 관계 공무원이 잘못 설시하였다고 하더라도 이를 적법한 등록신청이 있는 경우와 같이 볼 것은 아니라 할 것이다 .

기록에 의하면 원고가 1991. 8. 29. 피고에게 사업자등록신청을 할 당시 제출한 사업자등록신청서에는 사업의 종류 즉, '업태'와 '종목'이 기재되어 있지 아니하였고, 또 사업개시연월일도 '1991. 8. 5.'로 기재되어 있으나 그 이후인 같은 달 19.에야 원고의 설립등기가 경료되었으며, 나아가 원고가 그 설립등기를 경료한 이후 이 사건 각 세금계산서를 교부받은 1994. 12. 26.까지 사이에 다른 세금계산서를 교부받거나 발급한 사실을 인정할 자료가 없음을 알 수 있는바, 이러한 사정에 비추어 보면 위 사업자등록신청 당시 원고가 사업을 사실상 개시하지 아니할 것이라고 인정될 여지가 있었다 할 것이므로, 원심으로서는 원고의 위 사업자등록신청이 과연 적법한 신청이었는지 여부에 대하여 심리한 다음, 이 사건 각 세금계산서 상의 매입세액이 사업자등록 전의 매입세액에 해당하는지 여부를 판단하였어야 할 것이다.

그럼에도 불구하고, 그 판시와 같은 사유만으로 원고가 1991. 8. 29. 사업자등록신청을 하여 고유번호를 부여받았을 때에 사업자등록이 이루어진 것으로 보아 이 사건 각 세금계산서 상의 매입세액이 등록 전의 매입세액에 해당하지 아니한다고 판단한 원심판결에는 사업자등록 전의 매입세액에 관한 법리를 오해한 나머지 심리를 다하지 아니하여 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있다 할 것이다.

이 점을 지적하는 데서 상고는 이유 있다.

그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 관여 법관들의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.