2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 ○○시 ○○구 ○○동 ○○-○○ ○○빌딩 ○층에서 기성복 제조, 도매업을 하는 사업자이다.

나. 원고는 1999년 1기분 부가가치세를 신고하면서 유○○(상호 : ○○)으로부터 공급가액 합계 55,005,000원인 세금계산서 2장(이하, 이 사건 세금계산서라 한다)을 교부받아, 그 매입세액을 공제하였고, 또한 1999년 귀속 종합소득세 과세표준 확정신고를 하면서 위 공급가액 합계 상당액 55,005,000원을 필요경비에 산입하여 신고 · 납부하였다.

다. ○○ ○○세무서는 이 사건 세금계산서의 공급자인 유○○에 대하여 자료상 조사를 한 결과 유○○이 1999년 1기분 부가가치세 신고를 하면서 매입은 전혀 없이 매출만 502,328,350원으로 신고하였고 원고와 사이의 거래내역이 없는 것으로 조사되어 유 ○○을 자료상으로 고발하고 이 사건 세금계산서가 모두 실물거래 없이 작성된 것이라는 세무조사 자료를 2004. 3. 3. 피고에게 통보하였다.

라. 이에 따라 피고는 이 사건 세금계산서에 관한 원고의 1999년 1기분 부가가치세 매입세액의 공제를 부인하고 1999년 귀속 종합소득세 관련 필요경비 산입을 부인함으로써 그 과세표준 및 세액을 경정하여, 2004. 6. 4. 원고에 대하여 1999년 1기분 부가가치세 11,476,810원, 2004. 7. 10. 1999년 귀속 종합소득세 23,946,060원을 추가로 부과,고지하는 이 사건 처분을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 을 3.

2. 처분의 적법여부

가. 원고의 주장

이 사건 처분은 다음과 같은 이유로 위법하다.

(1) 이 사건 세금계산서는 원고가 유○○(○○)으로부터 실제로 물품을 매입하고 발급받은 것이다.

(2) 원고는 1999년 ○○홈쇼핑에 납품한 매출액 합계가 63,951,000원이고 당초 원고가 신고한 상품 매입액은 이 사건 세금계산서 상의 공급가액을 포함하여 57,126,000원인데, 피고가 이 사건 세금계산서 공급가액 분을 가공거래라고 보는 경우 남은 상품 매입액은 2,121,000원으로 원가구성비가 3%에 그치게 되어 불합리하므로 매출액에 비추어 이 사건 세금계산서 공급가액 분은 실제거래에 기초한 것으로 필요경비로 공제되어야 하고, 만일 필요경비로 공제될 수 없다면, 원고의 매출액에 관하여도 장부의 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우로 보아 소득금액을 추계결정 하여야 한다.

나. 관계법령

○소득세법 제27조 (필요경비의 계산)

①부동산임대소득금액·사업소득금액·일시재산소득금액·기타소득금액 또는 산림소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입할 금액은 당해연도의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

②당해연도전의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 당해연도에 확정된 것에 대하여는 당해연도전에 필요경비로 계상하지 아니한 것에 한하여 당해연도의 필요경비로 본다.

③필요경비의 계산에 있어서 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○소득세법 제80조 (결정과 경정)

③납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 당해연도의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 소득금액을 추계조사결정할 수 있다.

○ 소득세법 시행령 제55조 (부동산임대소득등의 필요경비의 계산)

①부동산임대소득과 사업소득의 각 연도의 총수입금액에 대응하는 필요경비는 다음 각호의 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가격(매입에누리 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용. 이 경우 사업용외의 목적으로 매입한 것을 사업용으로 사용한 것에 대하여는 당해 사업자가 당초에 매입한 때의 매입가액과 그 부대비용으로 한다.

○ 소득세법 시행령 제143조 (추계결정 및 경정)

①법 제80조 제3항 단서에서 ″대통령령이 정하는 사유″라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

2. 기장의 내용이 시설규모·종업원수·원자재·상품 또는 제품의 시가·각종 요금 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

3. 기장의 내용이 원자재사용량·전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우

○ 부가가치세법 제17조 (납부세액)

①사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 ″납부세액″이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 ″매출세액″이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 ″매입세액″이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 ″환급세액″이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

②다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 ″필요적 기재사항″이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 끝.

다. 인정사실

"(1) 유○○은 1999. 4. 1. ○○' 이라는 상호로 사업자등록을 한 뒤 그 때부터 2000. 6. 30.까지 실물 거래 없이 허위 매입세금계산서 공급가액 합계 4,797,645,000원, 허위 매출세금계산서 공급가액 합계 2,607,001,000원을 발행하여 거래처로 하여금 부당매입세액을 공제받도록 하는 등 조세범처벌법위반 혐의로 고발되었다.",(2) 유○○은 세무조사 당시 출석하지도 아니하였고, 유○○의 1999년 1기분 부가가치세 신고 내역에 의하면 원고에 대한 이 사건 세금계산서가 매출내역에 포함되어 있지 아니하다.

(2) 원고는 복식부기 의무자로서 세무대리인의 외부조정을 거쳐 수입금액을 138,863,000원으로 필요경비를 122,900,000원으로 하여 1999년 귀속 종합소득세 신고를 하였다.

[증거] 갑 3, 을 9~12, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 허위 세금계산서인지 여부

세금계산서가 사실과 다른 허위의 것이라는 점에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청인 피고에게 있는 것이므로 피고로서는 이에 관하여 직접 증거 또는 제반 정황을 토대로 그 세금계산서가 실물거래를 동반하지 아니한 것이라는 등의 허위성에 관한 입증을 하여야 할 것인데, 피고가 합리적으로 수긍할 수 있을 정도로 이 점에 관한 상당한 정도의 입증을 한 경우라면, 그 세금계산서가 허위가 아니라고 주장하면서 피고 처분의 위법성을 다투는 납세의무자인 원고로서도 관련된 증빙과 자료를 제시하기가 용이한 지위에 있음을 감안해 볼 때 자신의 주장에 부합하는 입증의 필요가 있다고 할 것이다(대법원 1997. 9. 26. 선고 96누8192 판결 등 참조).

살피건대, 위 인정사실에서 나타난 바와 같이, 유○○은 실물거래 없이 가공의 매입세금계산서를 발행받고 또한 가공의 매출세금계산서를 발행한 이른바 자료상으로 수사기관에 고발되었고 관할 세무서의 세무조사 시 출석하지 아니 하였으며, 이 사건 세금계산서가 유○○의 매출내역으로도 신고 되어 있지 아니한 점 등에 비추어 이사건 세금계산서는 실물 거래 없이 발행된 것으로 봄이 상당하고, 원고가 실물거래임을 증빙하기 위한 자료로 제출한 갑 1, 2, 3의 각 기재, 증인 오○○의 증언만으로는 이사건 세금계산서가 실물거래에 따른 것이고 그러한 비용이 실제로 지출되었다고 보기 어렵고 달리 이를 인정할 증거가 없다.

(2) 추계조사방법에 의하여야 하는지 여부

원래 법인세 또는 소득세의 과세표준은 실지조사의 방법에 의하여 밝혀진 실액에 의하여 결정하는 것이 원칙이고 추계조사의 방법에 의하여 이를 결정하려면 납세자의 장부나 증빙서류 등이 없거나 중요 부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰성이 없고 달리 과세관청이 소득의 실액을 밝힐 수 있는 방법이 없을 때에 한하여 예외적으로 허용되며, 나아가 실지조사에 의한 부과처분이 결과적으로 추계과세에 의한 부과처분보다 납세자에게 불리하다 하여 그 결론을 달리할 수 없다(대법원 1995. 7. 14. 선고 94누3407 판결 참조)

위 인정사실에 의하면, 이 사건 세금계산서의 공급가액에 상당하는 매입비용의 손금불산입 사항 이외에는 원고의 소득금액을 계산함에 있어서 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위로 된 것으로는 보여 지지 않는다고 할 것이므로 추계조사의 방법에 의하여 과세표준과 세액을 결정하여야 한다는 원고의 주장은 이유 없다고 할 것이다.

(3) 따라서 피고의 원고에 대한 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 한다.