2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 1998. 4. 9. 취득한 충남 아산시 배방면 XX리 0000, 0000-1, 0000-2, 0000-3 임야 9,472㎡ 및 그 지상 건물(이하 '이 사건 부동산'이라 한다)을 2008. 10. 2. XX교회에 000원에 양도하고 2008. 12. 대지조성 공사비 등 000원을 필요경비로 산정하여 양도소득세 000원을 신고・납부하였다.

나. 피고는 원고가 필요경비로 신고한 000원 중 000원만을 필요경비로 인정하여 2010. 6. 1. 양도소득세 000원의 부과처분을 하였다.

다. 원고는 피고의 위 부과처분에 대하여 2010. 7. 27. 감사원에 심사청구를 제기하였으나 2010. 12. 27. 기각되었다.

라. 한편, 피고는 2012. 3. 26., 위 처분 당시 이 사건 부동산 중 창고 148㎡를 주택 면적에서 제외하여 주택면적 190㎡와 그에 따른 부수토지 1,900㎡(주택면적의 10배)를 양도소득세 비과세 대상인 1세대 1주택 대상으로 계산하였으나, 주택의 면적이 190㎡로 창고의 면적 148㎡보다 크므로 소득세법 시행령 제154조 제3항에 의거 건물 전체를 주택으로 보아 건물 전체면적인 338㎡와 부수토지 3,380㎡(주택면적의 10배)를 양도소득세 비과세대상인 1세대 1주택 대상으로 계산, 비과세대상금액이 당초 처분 000원에서 000원으로 증액되었다는 이유로 양도소득세 000원 을 감액결정하였다(당초의 처분 중 감액결정되고 남은 부분을 이하 '이 사건 처분'이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제7호증, 을 제1 내지 4, 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 이 사건 부동산 중 1세대 1주택 비과세대상 금액은 실제 건물가액인 000원(= 무허가 주택 000원 + 창고 000원)과 1세대 1주택에 부수되는 토지의 기준시가에 의한 안분 가액 000원의 합계인 000원이다.

(2) 만일 실제 건물가액의 산정이 불가능하다면, 충남 아산시 배방면 XX리 0000 임야 7,062㎡ 및 그 지상 건물(이하 '이 사건 0000 부동산'이라 한다)이 나머지 임야와 구분하여 000원에 매도되었으므로, 이 사건 부동산 중 1세대 1주택 비과세대상금액은 000원{= 비과세 대상 부동산 면적 3,380㎡ x 000원(= 이 사건 0000 부동산의 양도가액 000원 ÷ 7,062㎡)}이다.

(3) 피고는 이 사건 처분을 함에 있어 합리적인 이유 없이 원고의 이 사건 부동산 취득가액을 낮게 책정하였다.

(4) 원고의 이 사건 부동산에 관한 대지공사비 전액, 취・등록세, 이 사건 부동산과 관련한 소송비용 전액이 필요경비로 인정되어야 한다.

(5) 이와 다른 전제에서 한 피고의 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 이 사건 부동산 중 1세대 1주택 비과세대상 금액에 관한 판단

먼저, 이 사건 부동산 중 무허가 주택, 창고의 실제가액에 따라 비과세대상 금액을 산정하여야 한다는 주장에 관하여 보건대, 갑 제12, 13호증(가지번호 포함)의 각 기재만으로는 이 사건 부동산 중 무허가 주택의 실제가액이 000원, 창고의 실제 가액이 000원임을 인정하기에 부족하고, 달리 위 주장을 인정할 만한 증거가 없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

다음으로, 이 사건 0000 부동산이 나머지 부동산과 구분하여 매도되었으므로, 이 사건 0000 부동산의 매도가액만을 기초로 하여 비과세대상 금액을 산정하여야 한다는 주장에 관하여 보건대, 을 제3호증(가지번호 포함)의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 이 사건 부동산을 매도하면서 이 사건 0000 부동산을 000원에 매도하는 내용의 매매계약서와 나머지 부동산을 000원에 매도하는 내용의 매매계약서를 별도로 작성한 사실은 인정되나, 위 인정사실만으로 이 사건 0000 부동산이 나머지 부동산과 별도로 매도되었고, 그 거래가액은 000원이라고 인정하기에 부족하고, 오히려 을 제3, 10, 11호증(가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 여러 사정, 즉 이 사건 0000 부동산과 나머지 부동산에 관한 매매계약은 모두 2008. 9. 30.에 체결되었고, 잔금지급일 및 부동산 명도일도 2008. 10. 2.로 동일한 사실, 이 사건 부동산에 관한 토지거래계약허가증 허가사항란에는 이 사건 부동산 전체에 관한 매매에 의한 소유권이전이 대상권리로, 000원이 예정금액으로 각 기재되어 있는 사실, 이 사건 부동산의 등기부등본의 매매목록에는 이 사건 부동산 전체가 함께 기재되어 있는 사실, 이 사건 부동산의 전체 면적 중 이 사건 0000 부동산의 면적은 75% 정도인 반면, 별도로 기재된 매매계약서의 내용에 따르면 이 사건 부동산의 전체 가액 중 이 사건 0000 부동산의 가액은 89%에 달하는 점에 비추어 보면, 이 사건 부동산은 일괄하여 양도되었고, 다만 비과세 대상 금액을 증가시키기 위하여 이 사건 0000 부동산의 가액을 높게 책정한 별도의 계약서를 작성한 것으로 보인다. 그렇다면, 이 사건 부동산이 일괄하여 양도되었다는 전제하에 이 사건 부동산 중 1세대 1주택 비과세대상 금액을 산정한 피고의 처분에는 위법이 없으므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

(2) 취득가액의 책정에 관한 판단

양도소득금액을 계산함에 있어 양도가액의 산정시에는 비과세 부분을 차감하는 반면, 취득가액을 산정할 때에는 비과세 부분을 차감하지 않은 실제 취득가액을 기준으로 할 경우 정당한 양도가액과 취득가액이 대응되지 않아 형평에 맞지 않으므로, 양도소득금액을 산출함에 있어 양도가액에서 1세대 1주택 비과세에 해당하는 부분을 차감하였다면, 취득가액에서도 1세대 1주택 비과세에 해당하는 부분을 차감함이 타당하다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

(3) 필요경비에 관한 판단

먼저 이 사건 부동산에 관한 대지공사비 000원 전액에 필요경비로 인정되어야 한다고 주장하므로 살피건대, 갑 제1, 3, 4호증의 기재만으로는 이 사건 부동산에 관한 대지조성공사비로 000원(대지조성공사를 한 DD건설산업의 계좌에 원고 명의로 입금된 금액)을 초과하여 000원이 지급되었다는 점을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

취・등록세에 관하여 보건대, 을 제8호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고가 이 사건 처분을 함에 있어 취득가액으로 산정한 000원은 이 사건 양도소득세 과세대상에 해당하는 취득가액 000원(= 총 취득가액 000원 - 비과세대상 금액 000원)과 등록세 및 취득세 000원(= 총 취득가액에 대한 등록세 및 취득세 000원 - 비과세대상 금액 000원)을 합한 금액인 사실이 인정되므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.