부가가치세법 시행령 제61조

센터를 완공하였으나, 피고가 이 센터 구축비용 관련 매입세액을 불공제함

에 따라 기부채납을 보류한 상태이므로, 이 사건 센터가 기부채납되었음을 전제로 한

원고의 위 주장은 모두 이유 없다.

나) 다음으로 원고의 위 2) 라)항 주장에 관하여 보건대, 위 인정사실 및 관계법령

에 의하여 알 수 있는 다음의 각 사정, 즉 ① 원고가 지출한 이 사건 센터 구축비용은

원고가 위 센터에서 수행하는 사업과 관련된 것으로서 수행사업에 관한 매출세액에서

센터 구축 매입세액을 공제받을 수 있다고 보아야 하는 점, ② 원고는 지식경제부 기

술혁신사업에 따른 과제사업의 일환으로 이 사건 센터 구축 사업을 수행한 것이고, 이

센터는 종전 건물을 일부 철거 및 증축한 D동 건물의 일부에 위치하는 점, ③ 원

고는 이 사건 센터에서 슈퍼섬유 시제품 제작, 제품생산·신기술 제공 및 교육, 시험분

석 및 테스트베드 평가인증 획득 등의 업무를 수행하는데, 이는 원고의 고유목적사업

에 해당하는 점, ④ 그런데 원고는 섬유업체 등으로부터 수수료를 받고 고유목적사업

관련 업무를 위탁받아 수행하는 수익사업도 하고 있고, 피고에게 수익사업에 관한 부

가가치세 신고도 해왔던 점, ⑤ 이 사건 센터 관련 구축비용의 내역은 센터 건립공사

선급금, 지장물철거 및 폐기물처리비, 전기공사·소방공사, 설계비로서 모두 건물 증축

등에 관한 비용인 점 등에 비추어 보면, 이 사건 센터는 비과세사업인 고유목적사업

뿐만 아니라 과세사업인 수익사업에도 사용되는 것인데, 고유목적사업에 사용되는 부

분과 수익사업에 사용되는 부분이 명확하게 구분되지 않는 경우로 봄이 타당하다. 따

라서 이 사건 센터 구축 관련 매입세액 중 불공제 부분은 구 부가가치세법 시행령 제

61조 제4항 각 호의 방법 등 합리적인 공통매입세액 안분계산방법에 따라 산정된 비과세사업 관련 매입세액에 한정되어야 한다. 그럼에도 피고는 2011년 제1기, 제2기 부가가치세액을 산정하는 과정에서 이 사건 센터 구축 관련 비용 전액을 비과세사업 관련 매입금액으로 보아 그에 대한 매입세액을 모두 불공제하였으므로, 이 사건 각 처분 중

2011년 제1기, 제2기 부가가치세 부과처분은 원고의 나머지 주장에 관하여 나아가 살

펴볼 필요 없이 위법하다.

3) 셋째 주장에 관한 판단

가) 구 부가가치세법 제13조 제2항 제4호는 국고보조금과 공공보조금은 과세표준에 포함하지 아니한다고 규정하고, 구 부가가치세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령

제24359호로 개정되기 전의 것) 제61조 제1항은 사업자가 과세사업과 면세사업1)을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(공통매입세액)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하도록 규정하며, 제61조 제4항은 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율(제1호), 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율(제2호), 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율(제3호)의 순서에 의하도록 규정하고 있다. 그리고 구 부가가치세법 시행규칙(2013. 6. 28. 기획재정부령 제355호로 전부개정되어 2013. 7. 1. 시행되기 전의 것, 이하 같다) 제18조의 2 제1항은 영 제61조 제1항의 '총공급가액'이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해과세

1) 2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정된 부가가치세법 시행령 제61조 제1항에서는 면세사업에 비과세사업이 포함되는 것으로 명시적으로 규정하였음

기간의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업에 대한 수입금액의 합계액을 말하며, '면세공급가액'이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해과세기간의 면세사업에 대한 수입금액을 말한다고 규정하고 있다. 한편 위 각 규정 내용과 그 취지 및 부가가치세 비과세사업에 관련된 매입세액도 면세사업에 관련된 매입세액과 마찬가지로 과세사업의 매출세액에서 공제받을 수 없는 점 등에 비추어, 구 부가가치세법 시행령 제61조는 동일한 사업자가 부가가치세 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우에도 유추 적용된다고 보는 것이 타당하다(대법원 2011. 9. 8. 선고 2009두16268 판결, 대법원 2006. 10. 27.선고 2004두13288 판결 참조).

나) 위 인정사실 및 관계법령에 의하여 알 수 있는 다음의 각 사정, 즉 원고는

과세사업인 수익사업과 비과세사업인 고유목적사업을 겸영하고 있고, 원고가 지급받은

보조금을 고유목적사업에 대한 대가로 볼 수 없는 점, 구 부가가치세법 시행규칙 제18

조의2 제1항은 같은 법 시행령 제61조 제1항의 '면세(비과세)공급가액'을 '공통매입세액과 관련된 당해과세기간의 면세(비과세)사업에 대한 수입금액'으로 규정하고 있어 비과세사업을 수행함에 따라 사후적으로 발생하는 매출액이 아닌, 비과세사업 수행에 앞서 미리 지급되는 보조금을 '비과세공급가액'으로 보기도 어려운 점 등에 비추어 보면, 이 사건의 경우 비과세사업의 공급가액이 없는 경우에 해당한다고 보아야 하므로, 비과세사업과 과세사업에 공통되는 공통매입세액의 안분계산에 관하여 면세사업과 과세사업의 공급가액비율에 따라 공통매입세액을 안분계산하도록 규정한 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 유추적용할 수는 없다고 봄이 타당하다(대법원 2011. 9. 8. 선고 2009두16288 판결 참조).

따라서 피고는 구 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 각 호의 방법 등 다른 합리적

인 안분계산방법들 중에서 이 사건 공통매입세액의 안분계산에 적합한 것을 찾아 부가

가치세를 부과하였어야 함에도 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항에 따라 면세(비

과세)관련 매입세액을 산정하였는바, 이 사건 각 처분 중 위 계산에 따라 산정된 정당

한 면세(비과세) 관련 매입세액을 초과하여 불공제된 부분은 위법하다.

그런데 과세처분취소소송에 있어서 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의

여부에 따라 판단되는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결시까지 객관적인 과세표준

과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게

부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야

하나, 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없는 것인바(대법원

1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 등 참조), 이 사건에서 변론종결시까지 제출된 자료만으로는 적법하게 부과될 정당한 세액을 산출할 수 없으므로, 결국 이 사건 각 처분전부를 취소하기로 한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

가. 원고는 산업기술혁신촉진법 제42조에 의해 설립된 전문생산기술연구소로서, 생산기술의 개발, 섬유정보화 지원, 섬유기술의 지도, 보급 및 훈련 등을 통해 국가시책 관련 연구개발과제를 수행하는 사업(이하 '고유목적사업'이라 한다)과섬유제조업체에서 의뢰하는 품질성능분석 및 인증업무 등의 수익사업(이하 '수익사업'이라 한다)을 함께 수행하고 있다. 나. 원고는 1983. 9. 1. 설립된 후 부가가치세법상 면세사업인 고유목적사업을 수행하여 오다가 1999. 12. 8. 피고에게 면세포기신고를 하고 사업자등록증을 정정 발급받아 과세사업자로 전환하였다.다. 이후 원고는 2000년 사업연도부터 피고에게 매출・매입세액 등을 신고하고 부가가치세를 납부・환급받아 왔는데, 2011년 제1기(확정), 제2기(예정) 부가가치세 신고 시에는 슈퍼섬유 융합소재센터(이하 '이 사건 센터'라 한다) 구축비용 합계 00,000,000원을 매입세액으로 신고하였다. 라. 이에 피고는 2011. 11. 21.~11. 25. 원고에 대한 2011기 제2기(예정) 환급현장확인을 실시한 후, 원고가 신고한 총매입금액 약 00억 원 중, ① 이 사건 센터 구축비용 약 00억 원을 비과세사업(고유목적사업) 관련 매입으로 보아 구 부가가치세법(2013. 6.7. 법률 제11783호로 전부개정되어 2013. 7. 1. 시행되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제2항 제6호에 따라 전액불공제하고, ② 나머지 약 00억 원에 대한 매입세액은 과세사업(수익사업)과 비과세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에해당하는 것으로 보아 구 부가가치세법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 전부개정되어 2013. 7. 1. 시행되기 전의 것, 이하 같다) 제61조 제1항에 따라 안분계산한 비과세분 매입세액을 불공제하였다. 마. 또한 피고는 2011. 12. 8.~12. 16. 원고에 대한 2007년 제1기~2011년 제1기 환급현장확인을 실시한 후, 원고가 위 기간 동안 신고한 총매입금액 약 000억 원 중, ①과세사업에 사용된 약 00억 원에 대한 매입세액은 전액공제하고, ② 나머지 약 000억원에 대한 매입세액은 공통매입세액으로 보아 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항에따라 안분계산한 비과세분 매입세액을 불공제하였다. 바. 피고는 위 조사결과에 따라 원고에 대하여 별지 처분 목록 기재와 같이 2007년 제1기~2011년 제2기 각 부가가치세를 경정·고지(이하 '이 사건 각 처분'이라 한다)하였다. 원고는 이에 불복하여 2012. 4. 25. 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2013. 5.30. 청구기각 결정을 하였다. 인정근거다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6, 12, 13호증, 을 제1, 2, 4, 6 내지 8, 14호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고는 과세사업자로 전환한 이래 일반적인 연구기관들과 달리 연구·개발업무 등을 통해 수익을 창출하고 있고, 전체 매출금액 중 수익사업에 따른 수입금의 비중도 적지 않으며, 원고가 국고보조금 등을 지원받는다고 하여 과세사업이 비과세사업으로 전환되는 것도 아니다. 따라서 원고는 하나의 과세사업을 영위하는 사업자에 해당하므로, 원고가 신고한 매입세액에 대하여 피고가 비과세사업 관련 매입세액이라고 보아 불공제한 것은 위법하다.

2) 피고가 2011년 제1기, 제2기 부가가치세 고지세액을 산출하면서 이 사건 센터 구축 관련 매입세액을 고유목적사업을 위한 시설투자분이라는 이유로 전액불공제한 것

은 다음과 같은 이유에서 위법하다.

가) 원고가 이 사건 센터를 구축하여 00광역시에 기부채납하고 일정기간 무상사용·수익권을 얻는 거래는 그 자체가 과세대상에 해당하므로 이와 관련된 매입세액은 전액 공제되어야 한다.

나) 이 사건 센터 구축 관련 매입세액은 부가가치세 과세대상(기부채납)인 재화의 공급과 직접 관련된 것이고, 공급 이후 위 센터를 과세사업에 사용하는지, 비과세사업에 사용하는지 여부와는 무관한 것이므로, 그 매입세액은 전액 공제되어야 한다. 다) 사업자가 건물을 신축하여 양도(기부채납)하는 경우 그 건물의 용도에 관계

없이 건물의 양도 자체가 부가가치세 과세대상에 해당하는 것이므로, 이 사건 센터 구축 관련 매입세액은 이 사건 센터의 용도와 무관하게 전액 공제되어야 한다.

라) 설령 비과세사업에 사용되는 건물의 기부채납은 매입세액 공제대상이 아니라고 하더라도, 이 사건 센터는 비과세사업인 고유목적사업 뿐만 아니라 과세사업인 수익사 업에도 사용되는데, 고유목적사업에 사용되는 부분과 수익사업에 사용되는 부분이 명확하게 구분되지 않으므로, 불공제대상은 공통매입세액 안분계산 규정에 따라 산정된 비과세사업 관련 매입세액에 한정되어야 한다. 3) 2007년 제1기~2011년 제2기 부가가치세 부과처분의 전제가 된 공통매입세액 안분계산방법은 다음과 같은 이유에서 위법하다.

가) 피고는 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항에 따른 공통매입세액 안분계산을 하면서 보조금을 비과세사업 공급가액에 포함시켜 비과세사업 관련 매입세액을 산출하였으나, 보조금은 사업자의 재화나 용역의 공급에 대한 대가가 아니어서 비과세 사업의 공급가액으로 볼 수 없다.

나) 설령 보조금이 비과세사업의 공급가액에 포함된다고 하더라도, 공통매입세액은 기존건물에서 수행하는 수익사업 및 비과세사업과 관련된 매입세액에 관한 것일 뿐이고 신축 중인 이 사건 센터와는 무관한 것임에도, 피고는 2010년 제1기~2011년 제1기분의 공통매입세액에 대한 비과세비율 계산 시 이 사건 센터 구축 관련 보조금을 포함하는 오류를 범하였다. 4) 원고는 부당한 의도를 갖고 세법을 자의적으로 해석하여 매입세액 공제를 받은 것이 아닌 점, 피고는 그 동안 원고의 매입세액신고에 대하여 별다른 이의를 제기하지 않고 10년 이상 부가가치세를 환급해온 점, 2003년경 00지방국세청의 정기종합감사에서도 별다른 문제점이 지적되지 않았던 점, 과세관청은 이 사건과 관련된 세법해석에 대하여 확실한 견해를 가지지 못하였고 관련 행정소송에서 수차례 패소한 점 등에 비추어 보면, 원고에게는 부가가치세 신고·납부의무를 불이행한 데 대한 정당한 사유가 있었다고 할 것이므로, 이 사건 각 처분 중 가산세 부분은 위법하다.

■ 원고의 정관 (갑 제2호증, 을 제6호증)

제2조(목적) 연구원(원고)은 "산업기술혁신촉진법" 제42조에 의한 전문생산기술연구소로서 생산기술의 개발, 섬유정보화 지원, 섬유기술의 지도, 보급 및 훈련으로 섬유산업의 구조 고도화와 국제경쟁력 제고에 기여함을 목적으로 한다. 제4조(사업)

① 연구원은 제2조의 목적을 달성하기 위하여 다음 각 호의 사업을 수행한다.

1. 섬유산업의 고부가가치화를 위한 신기술, 신제품 개발연구 사업

2. 섬유제품의 생산성 향상 및 원가절감기술 개발 및 보급사업

3. 섬유제품의 품질 성능분석 및 인증업무

4. 섬유산업계에 필요한 기술지도, 기술훈련, 기술교육 5. 섬유정보화 지원 관련사업 6. 국내·외 연구기관, 학계, 산업계 및 전문기관과의 제휴 및 공동사업추진 7. 시험연구설비 임대 및 섬유업게 시제품 생산 지원8. 이사회에서 승인받은 수익사업 9. 기타 연구원의 목적 달성을 위하여 필요한 사업

② 연구원은 업체로부터 전항 각 호의 사업을 위탁받았을 때에는 운영규정에서 정하는 바에따라 소요되는 비용을 수수료로서 징수할 수 있다.

제25조(경비재원)

① 연구원 운영에 필요한 경비는 기본재산의 과실, 출손금, 보조금, 기부금, 차입금, 연구용역비,교육사업수입, 사업수행에서 발생하는 수입, 기타수입으로 충당한다. 나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 원고의 운영사업 및 수입·지출 현황

가) 원고는 1999. 12. 8. 면세포기정정에 따라 사업자등록증(갑 제4호증)을 발급받은 이래로 연구개발업무 등의 고유목적사업과 섬유제조업체에서 의뢰하는 품질성능 분석 및 인증업무 등의 수익사업을 함께 수행하면서 피고에게 부가가치세를 신고해왔는데, 원고의 정관 중 수행사업 및 재원 등에 관한 주요 내용은 다음과 같다.

나) 00지방국세청은 2003. 9. 24.~10. 10. 정기종합감사에서 '원고의 2000년~2002년 사업연도의 사업 중 과세사업으로 전환한 사업에 대한 매입세액 공제의 적정 여부'를 조사한 후, 원고가 위 기간 동안 신고한 매입세액에 별다른 문제가 없는 것으로 판단하였다. 다) 원고의 운영재원은 국고보조금, 시·도 기타보조금, 수익사업에서 발생한 수입금 등으로 구성되어 있는데, 국고보조금은「산업기술혁신촉진법」제42조, 시ㆍ도 보조금은「대구광역시 사무의 민간위탁 촉진 및 관리 조례」,「경상북도 보조금 관리 조례」등에 근거한 것이다. 위 국고보조금, 시·도 기타보조금은 일반운영보조금과 특정과 제(R&D;)보조금으로 구분되는데, 일반운영보조금은 원고의 운영비로 사용되는 보조금이고, 특정과제보조금은 원고가 연구개발계획서를 지원기관에 제출하면 지원기관에서 심사한 다음 지급하는 보조금으로서 연구개발의 성패에 따라 지원금이 환수되거나 차회보조금이 지급되지 않는 것은 아니다. 라) 한편 이 사건 각 처분의 과세기간(2007년 제1기~2011년 제2기) 동안 원고의 수입내역은 다음과 같다.

(단위: 백만 원) 2007년2008년2009년2010년2011년 매출세액 (A) 151,946,583 156,060,218 165,814,727 265,567,338 300,522,007 매입세액 (B) 417,825,003 451,604,399 425,683,256 443,853,299 538,500,614 환급액(B-A) 265,888,420295,544,181 259,868,529 178,285,961 237,978,607 ■ 지식경제 기술혁신사업 계획(신청)서 (갑 제8호증) 〇 과제개요

- 본 사업은 기 구축된 섬유산업 인프라 기반을 바탕으로 (...) 기존섬유산업의 고부가가치화견인, 산업용 섬유산업의 활성화 및 타산업 기술과의 융합을 통한 새로운 산업용 고기능섬유소재 및 관련제품의 개발을 도모 (...) 슈퍼섬유 융합소재센터 건립 및 제품개발에 적합한 제조설비 구축과 테스트베드 평가장비 도입을 추진하고자 함〇 총수행기간

- 2010. 6. 1.~2014. 5. 31. (60개월) 〇 사업비 (단위: 천 원) 1차년도2차년도3차년도4차년도5차년도합계 정부출연금 1,500,000 7,200,000 6,400,000 4,600,000 3,100,000 22,800,000 지자체현금 2,500,000 3,100,000400,000400,000300,0006,700,000 민간현물200,000500,000200,000200,000100,0001,200,000 합계4,200,000 10,800,000 7,000,000 5,200,000 3,500,000 30,700,000

마) 원고가 2007년~2011년 피고에게 매출・매입세액을 신고하고, 피고로부터 환급받은 부가가치세의 내역은 다음과 같다.

2) 이 사건 센터의 구축 등

가) 원고는 2010. 4.경 지식경제부장관에게 슈퍼섬유소재의 국산화·양산화를 앞당기고 중소기업 중심의 슈퍼소재융합제품 생산기반을 확충하는 등의 목적을 달성하기 위하여 ① 이 사건 센터 구축, ② 슈퍼소재 융합소재 설비 구축, ③ 슈퍼소재 테스트베드 평가 설비 구축을 핵심으로 하는 다음과 같은 내용의 '지식경제 기술혁신사업 계획(신청)서'를 제출하였다. 〇 슈퍼섬유 융합소재센터(이 사건 센터) 건립

- 사업내용: 1차년도 및 2차년도의 중점 추진 목표로서 융합소재센터 구축, 건축 리모델링을 주요 사업내용으로 함. 전체 사업비중의 30%를 차지함. 예상 사업비 25억 원. - 부지개요: 00시 0구 0000로 000에 위치한 한국AAAAAAA D동 1층 585㎡ 개축, 585㎡ 증축, D동 전면에 1층 1,650㎡ 증축, 2층 1,650㎡ 증축(10쪽). - 센터구축은 기존건물을 활용하여 기존의 설비와 연계성을 높게 하여 설비도입. 적정 구축 면적 유지하고 향후 확장을 고려한 구축계획 수립. - 슈퍼섬유 시제품 제작, 제품생산·신기술 제공 및 교육, 시험분석 및 테스트베드 평가 인증 획득, 국내 공인 인증 획득, 국가 및 산업체와의 공동기술과제 수행을 통한 기술지원 및 제품생산 지원, 국내 공인인증 획득을 통한 생산 및 수요 기업에 테스트베드 제공 등(22쪽). 나) 원고는 2010. 6.경 위 사업을 수행하기 위하여 00광역시 및 지식경제부 산하 한국산업기술평가관리원과 '원고(주관기관)는 위 기술혁신 사업계획서에 따른 과제를 수행하고(제2조), 대구광역시 및 한국산업기술평가관리원은 원고에게 사업비를 지급한다 (제3조)'는 내용의 지식경제 기술혁신사업 협약을 각 체결하였다.

다) 원고는 위 협약에 따라 대구광역시 및 한국산업기술평가관리원으로부터 2010. 6. 25. 00억 원, 2010. 7. 12. 00억 원, 2011. 6. 30. 00억 원 합계 00억 원의 보조금을 지급받았고, 2011. 5. 23. 주식회사 00이엔씨와 사이에 도급금액을 00억 0,000만 원(부가가치세 별도)으로 정하여 '이 사건 센터 건립 증축 및 리모델링공사 계약'을 체결하였다. 라) 원고는 실습실 등으로 사용하던 00광역시 소유의 별지 부동산 목록 제1항 "기재 건물(이하종전 건물'이라 한다)을 일부 철거 및 증축한 후, 2012. 8. 7. 00광역",시 0구청장으로부터 별지 목록 제2항 기재 건물(이하 'D동 건물'이라 한다)에 대한 사용승인을 받았고[건축물대장의 소유자현황란에 00광역시 1,805.31/6505.35 지분(지분 경정), 원고 4,700.04/6505.35 지분(소유자등록)으로 등재됨], 당초 준공과 동시에 00광역시에 기부채납할 예정이었으나, 피고가 이 사건 센터 구축비용 관련 매입세액을 전액불공제함에 따라 원고는 기부채납을 보류하고 있다.

■ 부가가치세 환급자 현장확인 조사서 ▢2007년 제1기~ 2011년 제1기 (을 제2 내지 4호증) 〇 운영형태

- 고유목적사업인 섬유소재 및 생산기술 개발·연구를 수행하기 위하여 국가시책사업 등에 전액불공제함에 따라 원고는 기부채납을 보류하고 있다.

마) 한편 원고는 피고에게 2011. 7. 22. 2011년 제1기 부가가치세 확정신고 및 2011. 10. 25. 2011년 제2기 부가가치세 예정신고 시 다음과 같이 합계 000,000,000원을 이 사건 센터 구축비용 관련 매입세액으로 신고하였다. 3) 피고의 환급현장확인 조사

피고는 2011. 11. 21.~11. 25. 원고의 2011년 제2기(예정) 부가가치세 환급현장확인을 하고, 2011. 12. 8.~12. 16. 원고의 2007년 제1기~2011년 제1기 부가가치세 환급현장확인을 하였는데, 조사결과의 주요 내용은 다음과 같다. 계 과세분 면세분(①) 공통분(②) 불공제신고 0,000,000,000 0 0,000,000,000 0,000,000,0000,000,000 공통매입세액 안분계산대상금액 × 총공급가액\ue044과세수입금\ue048 면세수입금\ue048 보조금등\ue045 면세공급가액\ue044면세수입금\ue048 보조금등\ue045 참여하여 연구개발과제를 수행하는 업을 주로 함

- 업체에 기술·정보지원사업의 일환으로 섬유제조업체에서 의뢰하는 품질성능분석 및 인증업무 등 일부 수익사업을 영위하고 있음 〇 수입구조 및 매출신고 내용

- 연구원의 고유목적사업인 섬유개발·연구사업을 위하여 사업계획서를 지경부 등 사업시행 부처에 제출하여 과제수행기관으로 선정되면 사업비를 지급받는 방식으로 운영하므로 주재원은 국고보조금과 시·도, 기타 보조금이며 이는 부가세 과세대상에 해당하지 아니하므로 제외하여 신고하고 있음 - 업체에서 의뢰한 시험분석 및 방사·제직, 신제품 개발 등 자체 수익사업에 대하여는 세금계산서를 발행하고 있음 - 수익사업에서 발생한 수입금액에 대하여 결산서 확인한 바 고유목적사업과 별도 구분하여 작성하고 있으며, 시험분석 부문은 연구원 운영회계로, 제품생산·개발부문은 신제품 개발센터 운영회계로 구분함 〇 매입금액 적정여부 확인

- 매입액 중 수익사업(신제품 개발 등)을 위하여 지출한 것으로 확인되는 원재료비, 운송비등 0,000,000,000원은 과세분 매입으로 매입세액 공제함이 타당함 - 고유목적사업에서 발생한 비과세분 매입액과 수익사업에서 발생한 과세사업분 매입액으로 명확하게 구분되지 아니하는 매입액 00,000,000,000원은 부가가치세법 시행령 제61조 제1항에 의거 안분계산 대상임 〇 공통매입세액 안분계산

- 총매입세액 00,000,000,000원 중 과세분매입액 0,000,000,000원, 불공제 매입금액으로 기신고한 00,000,000원을 제외한 00,000,000,000원을 공통매입금액으로 계산한 다음, 다음과 같은 산식에 따라 불공제 매입세액을 000,000,000원으로 산정함 ▢2011년 제2기(예정) (을 제7호증) 〇 매입금액 적정여부 확인

- 연구원의 2011년 제2기 예정 매입금액 내역(단위: 원)

- ① (0,000,000,000원) : 이 사건 건물 신축 관련 공사금액으로 고유목적사업을 위한 시설투자분이므로 전액 매입세액 불공제대상이나 매입세액 공제하여 신고함 - ② (0,000,000,000원) : 고유목적사업에서 발생한 비과세분 매입액과 수익사업에서 발생한 과세사업분 매입액으로 명확하게 구분되지 아니하여 부가가치세법 시행령 제61조 제1항에 의거 안분계산 대상임 〇 공통매입세액 안분계산

- 총매입세액 0,000,000,000원 중 전액불공제대상 0,000,000,000원, 불공제 매입금액으로 기신고한 0,000,000원을 제외한 0,000,000,000원을 공통매입금액으로 계산 인정근거다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 13호증, 을 제1 내지 14호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 첫째 주장에 관한 판단

구 부가가치세법 제1조 제1항 제1호는 부가가치세는 재화 또는 용역의 공급에 대하여 부과한다고 규정하고, 제3항은 '용역'이란 재화 외의 재산 가치가 있는 모든 역무 및 그 밖의 행위를 말한다고 규정하고, 제7조 제1항은 '용역의 공급'은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화·시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다고 규정하고, 제3항은 사업자가 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다고 규정하고 있다. 위 인정사실 및 관련규정에 의하여 알 수 있는 다음의 각 사정, 즉 ① 원고 정관 제4조 제1항은 원고의 수행사업으로 섬유산업 관련 신기술ㆍ신제품 개발, 품질성능분석및 인증업무, 기술지도 등을 들고 있고, 제2항은 원고는 업체로부터 전항 각 호의 사업을 위탁받았을 때에는 소요비용을 수수료로서 징수할 수 있다고 규정하여 고유목적사업과 수익사업을 모두 규정하고 있는 점, ② 대가성 없는 용역의 공급은 부가가치세과세대상에 해당하지 않는데, 원고가 지급받는 보조금 등은 산업기술혁신촉진법 제42조, 대구광역시 사무의 민간위탁 촉진 및 관리 조례, 경상북도 보조금 관리 조례 등에 근거한 것으로 일반운영보조금은 물론 특정과제보조금도 연구개발의 성패에 따라 지원금이 환수되거나 차회 보조금이 지급되지 않는 것은 아니어서 사업수행에 대한 대가로 볼 수 없으므로, 원고의 고유목적사업 수행은 무상의 용역 제공으로 비과세사업에 해당하는 점, ③ 원고 스스로도 장기간 고유목적사업은 비과세사업이라는 전제하에 피고에게 수익사업에 관해서만 부가가치세를 신고해 왔던 점 등에 비추어 보면, 원고는 비과세사업인 고유목적사업과 과세사업인 수익사업을 겸영하는 사업자에 해당함이 분명하므로, 원고가 하나의 과세사업을 영위하는 사업자에 해당함을 전제로 관련 매입세액 전액이 공제되어야 한다는 원고의 위 주장은 이유 없다.

2) 둘째 주장에 관한 판단

가) 원고의 위 2) 가), 나), 다)항 주장은 모두 이 사건 센터가 00광역시에 기부채납되었음을 전제로 위 센터 구축 관련 매입세액은 건물의 공급 자체에 관한 것이므로 그 이후 센터의 사용용도와 무관하게 전액 공제되어야 한다는 취지이므로 보건대, 건물 등을 기부채납하고 무상 사용수익권을 취득하였다면 기부채납 행위 자체가 재화 또는 용역의 공급으로서 부가가치세 과세대상이 되는 것이고(대법원 1990. 4. 27. 선고89누596 판결 참조), 구 부가가치세법 시행령 제48조 제5항도 기부채납 자체가 과세대상이 됨을 전제로 기부채납의 경우에는 당해 기부채납의 근거가 되는 법률에 의하여 기부채납된 가액을 과세표준으로 한다고 규정하고 있는바(부가가치세법 기본통칙6-14-8에서도 동일한 취지로 규정), 기부채납은 그 자체로서 재화 또는 용역의 공급에 해당하여 과세대상이 되는 것이고, 공급한 재화 또는 용역의 가치를 매출세액으로 삼아 기부채납 대상이 된 건물 등의 신축비용을 매입세액으로 공제받을 수 있다. 위 인정사실에 의하면, 원고는 00광역시와 사이에 이 사건 센터의 준공과 동시에 이를 00광역시에 기부채납하기로 약정하고 종전 건물을 일부 철거 및 증축하여 이