나. 과세권자가 수정신고에 따른 세액 감액을 거절한 경우 납세자가 당초의 신고분과 수정신고분과의 차액에 해당하는 기납부세액의 반환을 민사소송으로 구할 수 있는지 여부

나. 법인세의 납세의무자가 과세표준과 납부세액을 신고하고 그 해당세액을 납부한 후 위 신고내용의 과세표준과 세액이 과다함을 이유로 수정신고를 하였는데도 과세권자가 이를 수리하여 과세표준과 세액을 감액하여 주기를 거절한 경우에는 / 가사 당초의 위 신고가 잘못된 것이고 그 수정신고에 따른 경정을 거부하는 것이 위법한 것이라 하더라도, 과세권자의 위 경정거부처분이 행정쟁송 에 의하여 이미 적법하게 취소되었다거나 그 부분에 관한 당초의 신고내용이 당연무효인 경우가 아닌 한, 납세자가 당초의 신고분과 수정신고 분과의 차액에 해당하는 기납부세액을 국가에 대하여 법률상 원인 없이 수령한 과오납금이라고 주장하여 부당이득반환의 법리에 좇아 민사소송으로 그 환급을 청구할 수는 없다.

1. 원심판결 이유에 의하면 원심은, 원고가 1989.12.15. 이 사건 대지 및 구 공장건물 등을 양도하고 1990.2.경 그 양도대금을 수령한 후 1991.4.1.에 1990사업년도분 법인세를 신고함에 있어, 위 대지 등의 양도차익 상당의 소득에 대한 법인세에 관하여는 조세감면규제법 제42조 제1항 소정의 면세규정이 적용되지 않는 것으로 보아 그 면제세액을 공제하지 않은 채 법인세과세표준의 확정신고를 하고, 그 해당 법인세액 금 194,250,250원 중의 일부로 금 121,761,460원을 납부하였다가, 같은 해 5.15. 위 양도로 인한 소득이 위 같은 법조항 소정의 법인세 면제대상이 된다는 이유로 그 세액면제신청을 하면서 위 기납부 세액 금 121,761,460원을 환급받을 세액으로 하는 법인세과세표준의 수정신고를 한 사실을 인정하고, 이에 터잡아 원고가 위와 같이 1991.5.15. 과세표준수정신고를 하면서 이 사건 양도소득에 대하여 조세감면규제법상의 세액면제신청을 한 이상, 원고의 위 양도소득에 대한 법인세는 그 면제를 위한 실체적, 절차적 요건을 모두 갖춤으로써 이미 적법하게 면제되었다고 볼 것이므로, 원고가 이를 모르고 납부한 위 세액은 법률상의 원인 없는 과오납에 해당하여 피고는 이를 원고에게 환급할 의무가 있다고 판단하였다.

2. 이른바 신고납세방식을 취하는 법인세의 경우에 있어서는 납세자가 과세표준과 납부세액을 정부에 신고하는 때에 그 납세의무가 일단 확정되며, 납세자가 당초에 신고한 과세표준 또는 납부세액에 누락·오류가 있음을 발견한 때에는 국세기본법 제45조 제1항 제1호, 제2항의 규정된 바에 따라 법정신고기한 경과 후 6월 내에 과세표준 또는 납부세액의 감액수정신고를 할 수 있는 것이나, 이러한 경우 그 수정신고만에 의하여 곧바로 당초의 신고로 인한 납세의무에 변동을 가져오는 것은 아니고, 정부가 그 수정신고의 내용을 받아 들여 과세표준 또는 납부세액을 감액결정하여야만 그로 인한 납세의무확정의 효력이 생기게 되는 것이며, 만일 정부가 이러한 수정신고에 따른 경정을 거부하는 경우에는 납세자로서는 행정쟁송의 절차에 따라 그 거부처분을 취소받음으로써 비로소 수정신고로 인한 납세의무를 확정지울 수 있게 되는 것이다 ( 당원 1989.1.31. 선고 85누883 판결 ; 1992.4.28. 선고 81누13113 판결 등 참조).

따라서 법인세의 납세의무자가 과세표준과 납부세액을 신고하고 그 해당세액을 납부한 후 위 신고내용의 과세표준과 세액이 과다함을 이유로 수정신고를 하였는데도 과세권자가 이를 수리하여 과세표준과 세액을 감액하여 주기를 거절한 경우에는 / 가사 당초의 위 신고가 잘못된 것이고 그 수정신고에 따른 경정을 거부하는 것이 위법한 것이라 하더라도, 과세권자의 위 경정거부처분이 행정쟁송에 의하여 이미 적법하게 취소되었다거나 그 부분에 관한 당초의 신고내용이 당연무효인 경우가 아닌 한, 납세자가 당초의 신고분과 수정신고분과의 차액에 해당하는 기납부세액을 국가에 대하여 법률상 원인 없이 수령한 과오납금이라고 주장하여 부당이득반환의 법리에 좇아 민사소송으로 그 환급을 청구할 수는 없다 할 것이다.

3. 이 사건에 돌이켜 보건대, 원고가 이 사건 양도소득에 대한 법인세 과세표준의 확정신고와 함께 그 해당신고세액의 일부로 금 121,761,460원을 납부하였다가 위 양도소득이 법인세의 면제대상이 된다는 이유로 그 세액면제신청을 하면서 위 납부세액의 환급을 구하는 수정신고를 하였음은 원심도 적절히 인정한 바와 같으나, 한편으로 기록에 의하면 과세관청은 이에 대하여 법인세의 수정신고를 하면서 세액면제신청을 한 경우에는 그 세액면제의 혜택을 받을 수 없다는 등의 근거를 내세워 원고의 위 수정신고에 따른 경정을 거부하고, 오히려 원고에게 당초의 신고세액 중 미납부된 법인세에 가산금을 포함시킨 금 79,737,660원을 추가로 납부할 것을 고지하였으며, 이에 원고가 불복하여 위 추가 법인세부과처분의 취소를 구하는 행정소송을 제기함으로써 그 소가 이 사건 원심변론종결당시까지 법원에 그대로 계속중인 상태이었음을 알 수 있다.

사실관계가 그러하다면, 과세권자가 원고의 위 수정신고를 받아들이지 아니한 조치가 위법한 것이라고 하더라도 원고가 위 행정소송의 결과에 따라 과세권자의 수정신고에 따른 경정거부처분의 취소확정을 기다리지 않고 막바로 피고에 대하여 당초의 신고에 따라 납부한 세액의 환급을 청구하는 것은 허용할 수 없다 할 것이다.

그런데도 불구하고, 원심은 원고가 단지 수정신고를 하였다는 사정만으로 그로써 곧 당초의 신고로 인한 납세의무의 효력이 소멸된 것이라고 전제하여, 그 신고에 따라 이미 납부한 세액이 법률상 원인 없이 이루어진 과오납금에 해당한다고 보아 피고에 대하여 그 환급의무가 있다고 판단하고 말았으니, 거기에는 과오납금의 환급과 수정신고의 효력에 관한 국세기본법 및 세액면제신청에 관한 조세감면규제법의 각 해석적용을 그르친 위법이 있다고 말하지 않을 수 없다. 이 점을 지적하는 논지는 이유 있다.

4. 그러므로 윈심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.