가. 청구법인은 1986.8.1.부터 현재까지 OOO에서 ‘OOO’이라는 상호로 절삭공구 제조업을 영위하고 있는 법인으로 2009.7.15. 기업부설연구소를 보유한 주식회사 OOO(이하 “쟁점거래처”라 한다)와 전사적 자원관리시스템(SAP ERP YGS2 시스템) 구축 용역계약을 체결하고 2009년 7월～12월 기간동안 이에 따른 위탁개발비용으로 OOO원(이하 “쟁점비용”이라 한다)을 지급하였다.

나. 청구법인은 쟁점비용은 구「조세특례제한법」(2009.6.9. 법률 제9763호로 개정된 것, 이하 같다) 제10조에 의한 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 적용대상이나 2009사업연도 법인세 신고시 이를 누락하였다는 이유로 2013.3.29. 처분청에 2009사업연도 법인세 경정청구를 하였으나, 처분청은 2013.5.24. 이를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2013.7.17. 이의신청을 거쳐 2013.9.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인이 지출한 전사적 자원관리시스템 기술개발을 위한 쟁점 비용은 구「조세특례제한법」 및 같은 법 시행령 [별표6]에 따라 연구전담부서를 보유한 개발기관에 기술개발용역을 위탁하고 지출한 비용으로서 관련 법령에 의한 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 적용요건을 모두 충족하고 있고, 2010.2.18. 개정된 같은 법 시행령[별표6]은 전사적 기업자원관리 설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용을 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받는 비용에서 제외하고 있는데, 그 부칙에서 2010.1.1. 이후 개시하는 과세연도분부터 적용하는 것으로 되어 있으므로 2010.1.1. 이전에 지출된 쟁점 위탁개발비는 연구 및 인력개발비 세액공제 적용대상에 해당한다.

또한, 관련 유권해석과 심판결정례(조심 2009서3678, 2010.9.1., 조심2010서1645, 2011.11.30.)에서도 전사적 자원관리시스템 기술개발을 위한 위탁개발비용을 연구 및 인력개발비 세액공제 적용대상이라고 해석하고 있으므로 쟁점비용은 연구 및 인력개발비 세액공제 적용대상으로 인정되어야 한다.

나. 처분청 의견

금융·보험업이나 백화점업 외의 업종을 영위하는 법인의 경우 전사적 기업자원관리 설비 등 시스템 개발을 위한 위탁개발 비용은 신제품 또는 신기술 개발목적이 아니라 전산소프트웨어 구입비용의 일종으로 단순 자산의 취득행위에 해당되고, 제조업을 영위하는 청구법인이 쟁점 거래처와 전사적 자원관리시스템(SAP ERP YGS2 시스템) 구축 용역계약을 체결하고 2009년 지급한 OOO원의 위탁개발비용은 구 「조세특례제한법」제10조 제1항의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 볼 수 없다.

기존 OOO 예규(법인세과-1007, 2009.9.14.)에 의하면, 소비성서비스업을 제외한 사업을 영위하는 내국법인이 구「조세특례제한법 시행령」[별표6] 나목에 해당하는 위탁 및 공동기술개발에 대하여는 같은 법 제10조에서 규정하는 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받을 수 있는 것이나, 제조 및 도·소매업을 영위하는 법인의 물류·고객관리·회계·내부통제 등에 사용되는 전사적 자원관리시스템에 대한 위탁개발비용은 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 않는 것으로 회신하였고, 2010.2.18. 기업의 ERP 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 소프트웨어 구입비용의 일종으로 단순 자산의 취득행위에 해당하는 것으로 보아 구「조세특례제한법 시행령」[별표6]을 개정(대통령령 제22037호) 하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

2009사업연도에 지출한 전사적 자원관리시스템 기술개발을 위한 위탁개발비용이 연구 및 인력개발비 세액공제 적용대상인지 여부

나. 관련법령 등 : 【별지】에 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 법인등기부등본 및 국세통합전산망 자료에 의하면, 청구법인은 1986.8.1. 개업하여 OOO을 본점소재지로 하여 절삭공구 제조·판매업을 영위하는 법인이며, 쟁점거래처는 2003.1.9. 설립되어 소프트웨어 개발업 등을 영위하는 법인으로 2012.11.14. 법인명을 주식회사 OOO로 변경 등기한 것이 나타난다.

(2) 청구법인은 2009사업연도 법인세 신고시 연구 및 인력개발비 OOO에 대한 세액공제 OOO을 신고 누락하였다는 사유로 2013.3.29. 처분청에 2009사업연도 법인세 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 물류·고객관리·회계·내부통제 등에 사용되는 전사적 자원관리시스템에 대한 위탁개발비용은 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 아니한다고 보아 2013.5.24. 이를 거부하였으며, 본 심판청구시 청구법인은 연구 및 인력개발비를 OOO으로, 세액공제액을 OOO으로 각각 수정한 것으로 나타난다.

(3) 사단법인 OOO이 2006.5.18. 발급한 기업부설연구소인정서에 의하면, 쟁점거래처 부설연구소는 2003.10.7. 「기술개발촉진법」제16조 및 동법 시행령 제15조 제1항 규정에 의하여 OOO을 소재지로 하여 기업부설연구소로 인정받은 것으로 나타난다.

(4) 청구법인과 쟁점거래처 사이에 2009.7.15. 체결한 전사적 자원관리시스템(SAP ERP YGS2 시스템) 구축 용역계약서에 의하면, 계약기간 2009.7.15.～2010.7.14., 계약금액 OOO(컨설팅용역비, 소프트웨어, 프로젝트 경비 등)으로 기재되어 있다.

(5) 청구법인이 쟁점거래처로부터 수취한 (매입)세금계산서 내역은 아래와 같다.

(6) 위 관련법령 및 사실관계 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 구 「조세특례제한법」제10조 제1항에 의하면, 내국인(도박장·무도장·유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업을 영위하는 내국인을 제외)이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 해당 과세연도의 법인세에서 공제하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령(2009.12.14. 대통령령 제21882호로 개정된 것) 제9조 [별표6]은 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에게 연구개발용역 등을 위탁함에 따른 비용을 연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용으로 규정하고 있다.

(나) 이 건의 경우, 처분청은 금융·보험업이나 백화점업 외의 업종을 영위하는 법인의 경우 전사적 기업자원관리 시스템 개발을 위한 위탁개발 비용은 전산 소프트웨어 구입비용의 일종으로 단순 자산의 취득행위에 해당되고, 청구법인의 쟁점비용은 구 「조세특례제한법」제10조 제1항의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 적용대상으로 볼 수 없다는 의견이나,

청구법인은 소비성 서비스업이 아닌 제조업을 영위하고 있고, 연구전담부서를 보유한 쟁점거래처에 전사적 자원관리시스템 개발을 위한 용역을 위탁한 점, 2009사업연도에 쟁점비용을 지출한 점, 전사적 기업자원관리 시스템 개발에 관한 위탁비용을 연구 및 인력개발비 세액공제 적용대상에서 제외하도록 규정한 2010.2.18. 개정 「조세특례제한법 시행령」[별표6]은 2010.1.1. 이후 개시하는 과세연도분부터 적용되는 점 등을 종합하여 볼 때, 청구법인이 연구기관 또는 전담부서를 보유한 쟁점거래처에 전사적 자원관리시스템 개발용역을 위탁하여 발생한 쟁점비용은 구 「조세특례제한법」제10조 제1항에 의한 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 적용대상으로 판단된다(조심 2013중3558, 2013.12.5. 외 다수, 같은 뜻임).

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

【별지】관련법령 등

(1) 조세특례제한법(2009.6.9.법률 제9763호로 개정된 것)

제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제)

① 내국인[도박장·무도장·유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 "소비성서비스업"이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 중소기업 : 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

가. 해당과세연도에 발생한 연구·인력개발비가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액

나. 해당과세연도에 발생한 연구·인력개발비에 100분의 25를 곱하여 계산한 금액

2. 제1호 외의 내국인 : 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액. 다만, 해당 과세연도의 수입금액(에 따른 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율이 직전 과세연도의 수입금액에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율보다 높거나 같을 때 또는 해당 과세연도의 연구·인력개발비가 직전연도보다 높거나 같을 때에는 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액과 다목에 해당하는 금액 중에서 선택하는 금액으로 한다.

가. 해당과세연도에 발생한 대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구·인력개발비(이하 "중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비"라 한다)가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액

나. 해당과세연도에 발생한 연구·인력개발비 중 중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비 외의 연구·인력개발비가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비 외의 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40에 상당하는 금액

다. 해당 과세연도에 발생한 연구·인력개발비에 다음 산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다)을 곱하여 계산한 금액

100분의 3의 비율 + 해당 과세연도의 수입금액에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

② 제1항제1호 및 제2호의 규정에 따른 4년간 발생한 연구·인력개발비의 연평균발생액의 구분 및 계산 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

③제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2009.12.14. 대통령령 제21882호로 개정된 것)

제9조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제)

① 법 제10조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령이 정하는 소비성서비스업"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(이하 "소비성서비스업"이라 한다)을 말한다.

1. 호텔업 및 여관업(「관광진흥법」에 따른 관광숙박업을 제외한다)

2. 주점업(일반유흥주점업, 무도유흥주점업 및 에 따른 단란주점 영업에 한하며, 「관광진흥법」에 따른 외국인전용유흥음식점업 및 관광유흥음식점업을 제외한다)

3. 그 밖에 오락ㆍ유흥 등을 목적으로 하는 사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업

③ 법 제10조제1항제2호가목에서 "대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구ㆍ인력개발비"라 함은 별표 6 제1호나목 및 제2호가목에 따른 연구개발비로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 대학 등에 기술개발ㆍ교육훈련 및 연구개발지원을 위탁함에 따른 비용을 말한다.

1. 「고등교육법」에 따른 대학 또는 전문대학

2. 과학기술분야를 연구하는 국내외의 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다)

3. 국내외 중소기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서

4. 「국가과학기술 경쟁력강화를 위한 이공계지원특별법」에 따른 연구개발서비스업을 영위하는 기업(제2조제1항 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업에 한한다)

5. 「산업기술연구조합 육성법」에 따른 산업기술연구조합

6. 「산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단

7. 한국표준산업분류표상 기술시험ㆍ검사 및 분석업을 영위하는 중소기업

④ 법 제10조제2항의 규정에 의한 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액의 계산은 다음 산식에 의한다. 이 경우 당해 내국인의 연구 및 인력개발비용이 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 당해 과세연도개시일까지의 기간이 48월 미만인 경우에는 동기간에 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 48월로 환산한 금액을 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액으로 본다.

｛(당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액/4)×(당해 과세연도의 월수/12)｝

⑦ 법 제10조제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액공제신청서 및 연구 및 인력개발비명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

[별표6] 연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용

1. 연구개발

나. 위탁 및 공동연구개발

① 다음의 기관에게 연구개발용역 등을 위탁함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용

㉲ 국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서

※ 조세특례제한법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정된 것)

[별표6] 연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용

1. 연구개발

나. 위탁 및 공동연구개발

① 다음의 기관에게 연구개발용역 등을 위탁함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용

㉲국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서

(3) 조세특례제한법 시행규칙(2009.8.28. 기획재정부령 제96호로 개정된 것)

제5조의2 (그 밖의 소비성서비스업의 범위) 영 제9조제1항제3호에서 "기획재정부령이 정하는 사업"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 말한다.

1. 무도장운영업

2. 도박장운영업( 「관광진흥법」 제5조 또는 「폐광지역개발 지원에 관한 특별법」 제11조에 따라 허가를 받은 카지노업을 제외한다)

3. 의료행위가 아닌 안마를 행하는 안마업

제7조(연구 및 인력개발비의 범위)

① 영 제8조제1항에 따른 영 별표 6의 제1호가목에서 "전담부서"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 "전담부서"라 한다)를 말한다.

1. 「기술개발촉진법 시행규칙」제7조에 따라 인정받은 기업부설연구소와 같은 규칙 제8조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고한 기업 내의 연구개발전담부서