2. 가. 피고가 2008. 1. 7. 원고에 대하여 한 ① 2001. 7. 1.부터 2002. 6. 30.까지의 사업연도 귀속 법인세 31,171,420원(가산세 포함), ② 2002. 7. 1.부터 2003. 6. 30.까지의 사업연도 귀속 법인세 135,719,120원(가산세 포함), ③ 2003. 7. 1.부터 2004. 6. 30.까지의 사업연도 귀속 법인세 132,588,430원(가산세 포함), ④ 2004. 7. 1부터 2005. 6. 30.까지의 사업연도 귀속 법인세 13,329,020원(가산세 포함)의 각 부과처분(부과고지서상 결정일자 2008. 1. 1.)을 모두 취소한다.

나. 피고가 2008. 1. 7. 원고에 대하여 한 ① 2001년도 귀속 소득금액 57,724,700원, ② 2002년도 귀속 소득금액 230,953,800원, ③ 2003년도 귀속 소득금액 102,645,400원 및 229,185,000원, ④ 2004년도 귀속 소득금액 122,004,300원 및 38,137,000원에 대한 각 소득금액변동통지(결정일자 2008. 1. 1., 소득자 최AA)를 모두 취소한다.

3. 소송비용은 피고가 부담한다.

주문 제2항과 같다(이하 주문 제2.가항 기재 각 처분을 '이 사건 각 법인세부과처분', 주문 제2.나.항 기재 각 처분을 '이 사건 각 소득금액변동통지'라 한다).

2. 제1예비적 청구

피고가 2008. 4. 1. 원고에 대하여 한 ① 2001년도 귀속 원천징수 근로소득세 13,688,030원(가산세 포함), ② 2002년도 귀속 원천징수 근로소득세 83,039,820원(가산세 포함), ③ 2003년도 귀속 원천징수 근로소득세 119,185,630원(가산세 포함), ④ 2004년도 귀속 원천징수 근로소득세 48,319,720원(가산세 포함)의 각 정수처분(이하 '이 사건 각 근로소득세 정수처분'이라 한다)을 모두 취소한다.

3. 제2예비적 청구

이 사건 각 소득금액변동통지 및 근로소득세 징수처분이 무효임을 확인한다.

원고는, 이 사건 각 소득금액변동통지처분이 위법함을 이유로 주위적으로 그 처분의 취소를 구하고, 이에 대하여 제1예비적으로 이 사건 각 근로소득세 징수처분의 취소를 구하는 한편, 제2예비적으로 주위적 청구 및 제1예비적 청구와 같은 위법사유가 있음을 이유로 이 사건 각 소득금액변동통지처분 및 이 사건 각 근로소득세 정수처분의 무효 확인을 구하고 있다.

그러나 예비적 병합의 소는 원고가 주위적 청구에 관하여 심판을 구하면서 그 청구가 기각될 경우에 대비하여 주위적 청구와는 양립할 수 없는 청구에 관하여 예비적으로 심판을 구하는 것이므로, 만약 주위적 청구와 예비적 청구 사이에 주위적 청구의 당부에 관한 판단이 예비적 청구의 당부에 관한 판단을 포함하고 있어서 주위적 청구의 심리 결과 그 청구가 기각되면 예비적 청구도 당연히 기각되는 관계에 있는 것이라면 이런 경우에 예비적 청구는 그 소의 이익이 없다고 할 것이다.

이 사건의 경우, 주위적 및 제1 예비적 청구의 심판대상인 이 사건 각 소득금액변동통지처분 및 각 근로소득세 징수처분의 적법성이 인정되어 그 청구가 배척되는 경우에 는 제2예비적 청구인 위 각 처분에 대한 무효확인청구도 당연히 이유가 없게 되는 것 이므로, 결국 원고가 이 사건 각 소득금액변동통지처분 및 각 근로소득세 정수처분의 취소를 구하는 것과는 별도로 예비적으로 위 각 처분의 무효확인을 구하고 있는 부분의 소는 그 소의 이익이 없어 부적법하다 할 것이다.

2. 이 사건 각 처분의 경위

가. 원고는 의약품 도매업을 영위하고 있는 법인으로서, 2001. 7. 1부터 2002. 6. 30.까지의 사업연도부터 2004. 7. 1.부터 2005. 6. 30.까지의 사업연도 사이에 아래 과세 내역표 기재와 같이 CC제약 주식회사로부터 공급가액 총 709,682,000원, 부가가치세액 총 70,968,200원 상당의 가공매입세금계산서를 실물거래 없이 교부받아 피고에게 위 각 기간의 법인세와 부가가치세를 신고할 때 위 세금계산서상의 공급가액 및 부가가치세액을 손금에 산입하고, 위 세금계산서상의 세액을 매입세액으로 공제하여 신고하였다

나. 피고는 2008. 1. 7. 원고에게 아래 과세내역표 기재와 같이, ① 원고의 위 각 사 업연도 소득금액을 계산함에 있어 위 가공매업세금계산서상의 공급가액 및 부가가치세 액을 손금불산입함과 동시에 부가가치세액을 손금산입하여 이 사건 각 법인세 부과ㆍ고 지를 하는 한편, ② 위 가공매입세금계산서상의 공급가액 및 부가가치세액이 사외유출되어 그 귀속불분명하다는 이유로 법인세법(2008. 2. 29.법률 제8852호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제67조 및 같은 법 시행령(2008. 2. 22대통령령 제20619호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조 제1항 제1호 단서에 의하여 위 금액을 원고의 대표이사 최AA에 대한 상여로 소득처분하여 이 사건 각 소득금액변동통지를 하였다.

다. 피고는, 원고가 위 상여처분된 금액에 대한 원천정수분 소득세를 징수ㆍ납부하지 아니하자, 2008. 4. 1 원고에게 아래 과세내역표와 같이 이 사건 각 근로소득세를 납부하도록 고지하였다.

[인정근거] 갑 제1 내지 8, 42 내지 45호증, 을 제1 내지 8호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재

3. 주위적 청구에 대한 판단

가. 원고의 주장

(1) 이 사건 각 소득금액변동통지는 법률이 아닌 소득세법 시행령 제192조 제1항에 근거하여 이루어졌을 뿐 아니라 그 통지서에 소득금액의 구체적인 산출근거, 원천징수할 세액 등과 그에 대한 불복절차가 기재되어 있지 않아 위법하므로, 취소되어야 한다.

(2) 원고가 2001. 7. 1.부터 2005. 6. 30.까지의 사업연도 사이에 CC제약 주식회사로부터 709,682,000원(부가가치세 70,968,200원 별도, 이하 같음) 상당의 가공매입세금 계산서를 수취하여 허위내용의 법인세 신고를 한 것은 사실이나, 원고는 위 기간 동안 위 가공매입액 상당의 금원을 실제로 영업중개인이나 영업사원에게 영업성과금으로 지급하였음에도 이를 별도의 비용으로 처리하여 손금에 추가로 산입하는 대신 CC제약 주식회사에게 가공매입비용으로 지급한 것처럼 분식처리하여 법인세 신고를 하였으므로, 결국 위 가공매입액 상당은 원고가 실제 지출한 비용으로서 손금에 산입되어야 할 금원에 해당한다. 그럼에도 이를 손금에서 제외함과 동시에 사외로 유출되어 귀속이 불분명한 금원으로 보고 한 피고의 이 사건 각 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지는 위법하므로, 모두 취소되어야 한다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 원고의 가.(1)항 기재 주장에 대한 판단

(가) 이 사건 각 소득금액변동통지가 법인세법 제67조, 같은 법 시행령 제106조 제1항 제1호에 의하여 이루어진 소득처분에 따라 행해진 이상 법률의 근거 없이 행해진 것이라 할 수 없다

(나) 또한 피고가 원고에게 이 사건 각 소득금액변동통지와 함께 이 사건 각 법인세를 부과ㆍ고지하면서 소득금액의 구체적인 산출근거를 알려주었으므로, 이에 따라 원고 가 스스로 소득세법 관계규정에 의하여 원천징수할 세액을 계산하여 징수ㆍ납부하여 할 것이어서, 이 사건 각 소득금액변통통지서에 소득금액의 구체적인 산출근거, 원천징수할 세액 등과 그에 대한 불복절차가 기재되어 있지 않다고 하여 위법하다고 할 수 없다.

(다) 따라서, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 원고의 가.(2)항 기재 주장에 대한 판단

(가) 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 과세관청 인 피고에 의해 실물거래 없이 허위로 작성된 것이 판명되어 그것이 실지비용인지의 여부가 다투어지고 납세의무자측이 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되었다면, 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 대하여는 그에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자 측에서 이를 입증할 필요가 있다고 할 것인데(대법원 2005. 6. 10 선고 2004두14168 판결 등 참조), 위 인정사설에 의하면, 원고가 CC제약 주식회사로부터 709,682,000원 상당의 가공매입세금계산서를 수취하여 허위로 법인세 신고를 하였음이 인정되므로, 원고가 위 금액을 손금에 산업하기 위하여는 위 금액 상당의 영업성과금이 설제 지출되었고 그 비용이 법인세 신고시에 손금에서 제외하였다는 점에 관하여 원고 스스로 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하면서 입증할 필요가 있다.

아래에서 이에 관하여 본다.

(나) 갑 제12 내지 19, 22 내지 56, 59, 60호증(가지번호 포함)의 각 기재, 증인 박FF의 증언에 의하면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다

① 원고는 2001. 7. 1.부터 2005. 6. 30까지의 사업연도 사이에 원고의 주요 거래처인 CC제약 주식회사로부터 가공의 의약품 매출자료를 만드는 데 협조해 줄 것을 요청받고 합계 709,682,000원 상당의 가공매입세금계산서를 수취하였다

② 박BB, 김DD, 문EE 등 9명은 원고의 직원, 원고의 매입처인 의약품 판매업체의 직원 또는 원고의 매출처인 약국 운영자 등인데, 원고는 위 9명이 독자적인 영업 활동으로 올리는 매출성과에 주로 의존하여 영업활동을 하여 왔고, 이들에게 암암리에 영업성과금을 지급하는 것이 업계의 관행이므로 매출성과의 일부분을 영업성과금으로 지급할 필요가 있었다.

③ 원고는 2001. 10. 5. 원고 명의의 신한은행 당좌예금계좌에서 박BB에게 10,000,000원을 송금한 것을 비롯하여 2004. 12. 31.까지 별지 명세서 기재와 같이 박BB 등 9명에게 총 763,948,802원을 송금하였다.

④ 원고가 제출한 각 사업연도별 현금출납부 계정원장, 복리후생비 계정원장, 급여 계정원장, 지급수수료 계정원장, CC제약 주식회사와의 거래장, 손익계산서, 세무조정 계산서, 소득금액 조정합계표 등에 기초하여 작성된 회계검토 결과보고서에 의하면, 위 송금액에 관한 회계처리결과에 대하여 아래 ⑤, ⑥, ⑦과 같은 사실들이 확인된다.

⑤ 원고는 위와 같이 송금한 돈을 당좌계정원장에 기업하는 한편 현금출납부에는 가공으로 입금된 것으로 기업한 다음 그 돈을 CC제약 주식회사로부터 수취한 가공매입세금계산서상의 매입금을 가공지급하는 데에 사용한 것으로 출금처리하였다.

⑥ 원고는 위 돈을 급여, 복리후생비, 지급수수료 계정원장에 기입하지 아니하였고, 그 결과 위 금액은 각 사업연도별 손익계산서상 급여, 복리후생비, 지급수수료 계정이 포함된 판매비 및 일반관리비 항목에 계상되지 아니하였다.

⑦ 원고는 각 사업연도별 손익계산서를 기초로 세무조정을 거쳐 각 사업연도별 법인세 신고를 하였는데, 세무조정과정에서도 위와 같이 송금한 돈을 별도로 손금에 산입하지 아니하였다.

(다) 위 인정사실에 의하면, 원고가 별지 명세서 기재와 같이 박BB 등 9명에게 지급한 금원을 별도의 비용으로 손금에 산업하지 않고 그 대신 CC제약 주식회사에게 가공매입비용으로 지급한 것처럼 처리하였고, 위 금원을 법인세 신고시에 손금에서 제외하였다고 할 것이므로, 위 가공매입액인 709,682,000원은 각 사업연도별 손금에서 제외될 수 없는 것이다. 그럼에도 피고가 위 돈을 원고의 각 사업연도별 손금에 불산입함으로써 행한 이 사건 각 법인세부과처분 및 위 금액과 그 부가가치세액을 합한 금액이 사외유출된 것으로 보고 한 이 사건 각 소득금액변동통지는 위법하다 할 것이다.

(라) 따라서, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

4. 결론

그렇다면, 이 사건 소 중 제2예비적 청구 부분은 부적법하므로 각하하고, 원고의 주위적 청구는 모두 이유 있으므로 이를 인용한다.