2. 항소비용은 원고의 부담으로 한다.

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1, 2, 8호증, 을 제1호증의 1, 2, 제3호증의 1의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 인정된다.

가. 원고는 네덜란드법인 소외 회사가 전액 투자한 외국인투자기업으로서 조세특례제한법 제121조의2 제1항 제1호 소정의 고도기술수반사업을 영위하고 있는바, 2002. 12. 30. 재정경제부장관으로부터 당해 사업에 관하여 같은 항의 조세면제를 부여한다는 취지의 감면결정을 통지받았다.

나. 원고는 2003. 1. 3.부터 2004. 7. 28.까지 사이에 Horizontal Rotary Surface Grinder(Model명 : RCB-242, 관세 11,765,000원, 부가가치세 15,582,750원) 1개 등 고도기술수반사업에 직접 사용되는 금속절삭가공기계 외 47건(이하 ‘이 사건 쟁점 물품’이라 한다.)을 대구세관에 수입신고하면서 조세특례제한법상의 관세 및 부가가치세 면제신청을 하지 아니하고 수입통관하였다.

다. 원고는 2004. 9. 16. 이 사건 쟁점 물품에 관하여 외국인투자촉진법 시행령 제38조 제2항 에 의한 자본재의 도입물품명세확인서를 작성하여 검토·확인에 관한 권한을 위임받은 한국외환은행장에게 그 검토·확인을 신청하였고, 2004. 12. 17. 피고에게 이 사건 쟁점 물품이 조세특례제한법 제121조의3 제1항 제1호 에 의한 관세 및 부가가치세 면제대상 자본재에 해당한다는 이유로, 같은 조 제3항 에 따라 면제신청을 하는 동시에 관세법 제38조의3 제2항 과 같은 법 시행령 제34조 제1항 에 따라 별지 경정청구 내역 기재와 같이 이 사건 쟁점 물품에 관한 관세 463,251,020원, 농어촌특별세 39,883,840원, 부가가치세 877,997,710원, 합계 1,381,132,570원의 세액을 환급하여 달라는 취지의 세액경정청구를 하였다.

라. 그러자 피고는 2005. 2. 17. ① 관세법 시행령 제112조 (관세감면신청)에 의하여 관세법 기타 관세에 관한 법률 또는 조약에 의하여 관세의 감면을 받고자 하는 자는 당해물품의 수입신고 수리 전에 감면신청서를 세관장에게 제출하여야 함에도 원고는 감면신청서를 수입신고 수리 전에 제출하지 않았고, ② 조세특례제한법 시행규칙 제51조의5 (관세 등의 면제신청)에 의한 제출서류 중 외국인투자촉진법 시행령 제38조 제2항 에 의하여 자본재의 도입물품명세확인서를 작성하여 선적 전에 주무부장관에게 그에 관한 검토·확인을 신청하여야 함에도 원고는 수입신고 수리 후인 2004. 9. 16.에서야 한국외환은행장에게 위 신청을 하였다는 이유로, 원고의 세액경정청구를 거부하는 이 사건 거부처분을 하였다.

2. 이 사건 거부처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 이 사건 거부처분은 아래와 같은 사유로 위법하다고 주장한다.

(1) 이 사건 쟁점 물품은 고도기술수반사업에 공해지는 물품으로 특별법이자 상위법인 조세특례제한법 제121조의3 제3항 에 의하여 당연히 조세감면의 대상이 되는 것인데, 일반법이고 하위법에 불과한 관세법 시행령 제112조 제1항 이 관세감면을 받기 위하여는 수입신고 수리 전에 감면신청을 하여야 한다고 규정하여 조세특례제한법이 납세자에게 부여하는 권리의 내용을 제한하고 있는바, 상위법인 조세특례제한법에서 하위법인 관세법 시행령에 대하여 어떤 위임의 범위나 기준을 명확하게 특정하여 수권하지 않고 있는데도 불구하고 하위법인 관세법 시행령으로써 조세특례제한법에 의하여 부여된 권리의 행사방법을 제한할 수 있다고 해석하는 것은, 상위법령의 구체적 수권 없이 하위법령으로써 상위법령의 내용을 규정하여 납세의무자의 권리를 제한하는 것을 가능하게 하는 것으로서 법률유보의 원칙에 반하고, 하위법령으로써 상위법령이 납세자에게 부여하는 권리의 내용을 제한하는 것을 가능하게 하는 것으로서 법률우위의 원칙에 반한다.

(2) 이 사건 쟁점 물품에 대한 관세 등의 조세면제와 관련한 법률 규정의 내용 및 형식, 입법연혁, 입법취지 등에 비추어 볼 때 그 관세면제는 당사자의 신청이 없더라도 당연히 인정되는 것으로 그 감면신청 시기에 제한이 없다. 따라서 조세특례제한법 제121조의3 소정의 외국인투자기업 관세면제신청은 관세법 시행령 제112조 가 아니라 조세특례제한법 제121조의3 제3항 , 같은 법 시행규칙 제51조의5 및 외국인투자촉진법시행령 제38조 제2항 에 정한 절차를 밟아야 하되, 위 각 규정은 정부에 대한 납세자의 협력의무를 부과한 것에 불과하고 달리 면제신청을 필요적 면세요건으로 하고 있지 않으므로, 납세의무자로부터 소정의 기한 내에 세액면제신청서의 제출이 없더라도 법률이 규정하는 바에 따라 당해 물품의 수입이 관세면제의 대상이 되는 사실이 확인되면 관세는 당연히 면제되어야 한다. 그러므로, 피고가 조세특례제한법 시행규칙 제51조의5 와 외국인투자촉진법 시행령 제38조 제2항 의 규정에 의한 도입물품명세확인서가 당해 규정에서 정하는 기한이 도과한 후에야 제출되었음을 이유로 이 사건 거부처분을 한 것은 잘못이다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 이 사건 쟁점 물품이 관세의 당연감면물품에 해당하는지 여부

(가) 관세법은, 관세는 ‘수입신고를 하는 때의 물품의 성질과 그 수량에 의하여’ ‘수입신고 당시의 법령에 의하여’ 부과하도록 규정하여( 제16조 본문, 제17조 본문) 관세의 부과를 원칙적으로 수입신고시점을 기준으로 결정하도록 하고 있다. 이에 따라 관세법은 관세의 납세의무자는 수입신고를 하는 때에 가격에 대한 신고를 하도록 규정하고 있고( 제27조 ), 관세의 납세의무자는 수입신고를 하는 때에 세관장에게 관세의 납부에 관한 신고를 하도록 규정하고 있으며( 제38조 제1항 ), 같은 법 시행령은 납세신고시 세율과 세액, 관세법, 기타 법률 또는 조약에 의하여 감면을 받는 경우 그 감면액과 법적 근거를 제출하도록 규정하고 있다( 제32조 제1항 제2호 ). 또 관세법은 신고한 세액에 대하여는 수입신고를 수리한 이후에 심사하는 사후심사를 원칙으로 하면서도 재정경제부령으로 정하는 경우에는 수입신고 수리 전에 세액을 심사하도록 규정하고 있는데( 제38조 제2항 ), 같은 법 시행규칙은 법률 또는 조약에 의하여 관세 또는 내국세를 감면받고자 하는 물품을 수입신고 수리 전에 세액심사를 하여야 하는 사전세액심사대상의 하나로 규정하고 있다( 제8조 제1항 제1호 ). 한편, 조세특례제한법 제121조의5 제2항 제2호 , 같은 법 시행령 제116조의8 제1항 제2호 는, 세관장은 같은 법 제121조의3 의 규정에 의하여 면제된 출자목적물이 신고된 목적 이외의 목적에 사용되거나 처분된 경우에는 관세법에 의한 수입신고 수리일로부터 3년(특별소비세 및 부가가치세의 경우에는 5년) 이내에 신고된 목적 이외에 사용하거나 처분하는 자본재에 대하여 감면된 관세, 특별소비세, 부가가치세를 추징한다고 규정하여 감면물품의 용도외 사용으로 인한 감면세액의 추징을 하도록 하고 있고, 관세법 시행령은 관세법 이외의 법령이나 조약, 협정 등에 의하여 관세가 감면된 물품을 그 수입신고 수리일로부터 5년 내에 당해 법령이나 조약·협정 등에 규정된 용도 외의 다른 용도에 사용하고자 하는 자에게 양도하고자 할 때에는 새로운 용도에 사용하는 사항과 당해 물품의 관세감면의 근거가 되는 확인신청서를 관할지 세관장에게 제출하도록 하고 있으며( 제134조 ), 감면을 받은 물품은 수입신고 수리일로부터 1월 내에 설치 또는 사용장소에 반입하도록 규정하면서, 설치 또는 반입한 자는 장부를 비치하여 세관의 사후관리를 받도록 하고 있는 등( 제129조 ), 감면물품은 수입신고시 관련서류를 제출하여 수입신고 수리 전에 세액을 심사하고 물품의 검사를 하며 통관 이후에는 대장을 비치하고 수입신고 수리일을 기준으로 관계서류에 의하여 사후관리를 받도록 규정하고 있다.

(나) 이러한 관세법령 및 조세제한특례법령상의 관계규정들을 종합하여 볼 때 관세 등이 면제되는 자본재를 도입할 경우 관세 등을 면제받기 위해서는 이러한 자본재에 대한 수입신고시점에서 관세 등의 감면액을 신고하여 사전세액심사를 받아야 하는데, 그러기 위해서는 수입신고가 수리되기 전에 관계서류를 첨부하여 관세감면신청을 하여야 하는 것은 당연하다 할 것이다.

(다) 또한, 조세특례제한법 제121조의3 제1항 , 제3항 은 외국투자가 또는 외국투자법인이 도입하는 일정한 자본재의 경우 조세특례제한법에 의하여 관세 등이 면제되고, 이 경우 납세자가 관세 등을 면제받기 위해서는 재정경제부령이 정하는 바에 따라 면제신청을 하여야 한다고 규정하고 있고, 조세특례제한법 시행규칙 제51조의5 제3호 는 조세특례제한법 제121조의3 제3항 의 규정에 의하여 관세 등의 면제신청을 하고자 하는 자는 관세 등 면제신청서에 외국인투자촉진법 시행령 제38조 제2항 의 규정에 의한 확인을 받은 자본재의 도입물품 명세확인서 사본 1부를 첨부하여 세관장에게 제출하여야 한다고 규정하고 있으며, 외국인투자촉진법 시행령 제38조 제2항 은 외국인투자촉진법 제29조 제1항 이 정하는 자본재를 도입하고자 하는 자는 자본재의 수량·규격·가격 및 제작자 등을 명시한 도입물품명세서를 작성하여 선적 전에 주무부장관에게 그에 관한 검토·확인을 신청하여야 한다고 규정하고 있으므로, 원고가 조세특례제한법 제121조의3 제1항 , 제3항 에 의하여 이 사건 쟁점 물품의 도입으로 인한 관세 등을 면제받기 위해서는 그 수량·규격·가격 및 제작자 등을 명시하여 선적 전에 주무부장관의 검토·확인을 받은 도입물품명세서를 구비하여 피고에게 면제신청을 하여야 할 것이다. 그럼에도 원고는 2004. 9. 16.에야 이 사건 쟁점 물품에 관하여 외국인투자촉진법 시행령 제38조 제2항 에 의한 자본재의 도입물품명세확인서를 작성하여 한국외환은행장에게 그 검토·확인을 신청한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 원고는 이 사건 쟁점 물품에 관하여 조세제한특례법과 외국인투자촉진법에서 정한 관세 등의 감면요건을 갖추지 못하였다고 할 것이다.

(라) 따라서, 이 사건 쟁점 물품에 대한 관세 등의 면제가 당사자의 신청이 없더라도 당연히 인정되는 것으로 그 감면신청 시기에 제한이 없다는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

(마) 원고는 대법원 1997. 10. 24. 선고 97누10628 판결 과 대법원 2003. 5. 16. 선고 2001두3006 판결 등을 들면서 이 사건 쟁점 물품에 대한 관세 등의 감면에 대한 제 규정 또한 당연감면을 규정하고 있는 것이라고 주장하나, 위 각 대법원 판결은 8년 이상 자경한 농지 또는 공공사업용 토지 또는 도시재개발 구역 안의 토지의 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세는 구 조세감면규제법에 따라 그 감면요건이 충족되면 당연히 감면되고 감면신청이 있어야만 감면되는 것은 아니고, 그 감면신청에 관한 같은 법상의 규정은 양도인 또는 양수인으로 하여금 과세표준 및 세액을 결정함에 있어 필요한 서류를 정부에 제출하도록 협력의무를 부과한 것에 불과하다고 판시한 것으로서, 사안을 달리하는 이 사건에 그 판시의 법리를 그대로 적용할 수는 없고, 종래의 대법원 판례가 구 조세감면규제법상 조세감면에 관하여 “…감면을 받고자 하는 자는 …감면신청을 하여야 한다”는 규정이 있는 경우에는 감면신청이 없어도 당연히 조세가 감면되는 것으로 해석하여 왔다고 하여 그 후 전문개정되어 시행되는 조세특례제한법상의 조세감면 규정에 관하여도 반드시 그와 같이 해석하여야만 한다고 할 수 없다.

(2) 관세법 시행령 제112조 가 법률유보 및 법률우위의 원칙에 반하는지 여부

앞서 본 관세법령 및 조세제한특례법령의 여러 규정에 비추어, 이 사건 쟁점 물품에 관한 관세감면신청을 수입신고가 수리되기 전까지 신청하여야 한다고 보는 이상, 관세법 시행령 제112조 가 관세법 기타 관세에 관한 법률 또는 조약에 의하여 관세감면신청을 수입신고가 수리되기 전까지 신청하여야 한다고 규정하고 있는 것은 당연한 것을 규정한 것으로 새로운 면세요건을 규정한 것이 아니므로 법률유보의 원칙이나 법률우위의 원칙에 위배되지 않는다 할 것이다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하고 원고의 항소는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.