용도구분에 의하여 종합토지세를 부과하지 아니하는 토지를 정하고 있는 지방세법 제234조의12가 그 제2호에서 “제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 토지. 이 경우 그 사업에 직접 사용할 건축물을 건축중인 때의 건축물의 부속토지는 이를 그 사업에 직접 사용하고 있는 것으로 본다”고 규정하고 있는바, 종합토지세의 과세대상은 지적법에 의한 모든 토지로 한다고 규정하고 있는 지방세법 제234조의8 등 관계법령의 규정내용에 비추어 보면, 비영리사업자가 토지를 그 사업에 직접 사용하고 있지 아니하고 그 사업에 직접 사용할 건축물을 건축하고 있지도 아니하는 한, 비영리사업자가 정당한 사유가 있어서 토지를 그 사업에 직접 사용하지 못하거나 그 사업에 직접 사용할 건축물을 건축하지 못하고 있다고 하더라도, 지방세법 제234조의12 제2호에 따른 비과세대상이 될 수 없다고 보아야 할 것이다 (당원 1993.6.8. 선고 92누14809 판결 참조).

원심은, 이 사건 토지가 과세기준일인 1992.6.1. 현재 나대지 상태로서 현실적으로 그 취득목적인 종교사업에 직접 사용되고 있거나 종교사업에 직접 사용할 건축물이 건축중에 있지도 아니한 사실을 확정한 다음, 원고가 이 사건 토지를 그 사업에 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있으므로 이 사건 과세처분이 위법한 것이라는 원고의 주장에 대하여 판단하기를, 원고가 주장하는 바와 같이 피고가 위법하게 원고가 제출한 건축허가신청서를 반려하였거나 원고의 건축허가신청 자체를 막았음을 인정할 만한 증거가 없다는 이유로 원고의 주장을 배척하였는바, 이 사건 토지가 과세기준일 현재 위와 같은 상태에 있었다면, 원고의 위와 같은 주장이 이유가 있는 것인지의 여부와는 관계없이 지방세법 제234조의12 제2호에 따른 종합토지세의 비과세대상이 될 수 없는 것이므로, 원심의 이 점에 관한 인정판단에 심리를 제대로 하지 아니한 채 채증법칙을 위반하여 사실을 잘못 인정한 위법이 있다고 비난하는 논지는 받아들일 것이 못된다.

그러므로 원고의 상고를 기각하고 상고비용은 패소자인 원고의 부담으로 하기로 관여 법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.