조세감면규제법 제123조 (기업합리화적립금의 적립)

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2호증, 을 제1호증의 1 내지 17, 을 제2 내지 4호증의 각 1, 2, 을 제5호증의 1 내지 3, 을 제6호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

가. 원고는 1998 사업연도에 ○○시 ○○동 000-00 공장용지 48.340㎡ 및 ○○시 ○○동 000 공장용지 26,981㎡를 양도하고, 그 양도소득에 대한 특별부가세 554,145,810원을 조세감면규제법 제40조의3의 규정에 의하여 감면받았으나 1998 사업연도에 처분가능이익이 발생하지 아니하여 위 감면세액 상당액을 기업합리화적립금으로 적립하지 않았다.

나. 피고는 원고가 2001 사업연도(2001. 1. 1.∼2001. 12. 31.)에 처분가능이익 5,060,948,960원이 최초로 발생하였음에도 오히려 2002 사업연도(2002. 1. 1. ∼2002. 12. 31)에 16억원을 주주에게 현금배당하여 사외유출시킨 채 기업합리화적립금을 적립하지 않았다는 이유로, 2004. 1. 20. 원고에게 위 감면세액 554,145,810원, 이자상당 가산액(1999. 3. 31.∼2003. 3. 31. : 1461일) 242,882,110원, 가산세(2003. 4. 1.∼2004. 1. 6. : 281일) 67,189,450원 등 합계 864,217,370원을 결정 ∙ 고지하는 이 사건 처분을 하였다.

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

기업합리화적립금의 적립은 조세감면 등의 혜택을 받기 위하여 미리 이행하여야 할 요건이 아니라 그 공제를 받은 후에 공제된 세액 상당의 추징을 면할 사후요건이라 할 것인바, 기업합리화적립금의 적립시한에 관하여 법령상 적립시한에 구애됨이 없이 감면배제로 인한 부과처분 이전 또는 수정신고기한 이전에 기업합리화적립금을 적립하면 된다고 보아 온 판례의 태도 등에 비추어 당해 사업연도에 적립요건을 갖추지 못하여 적립을 하지 못한 경우에도 형평상 2회의 적립 기회를 부여함이 타당하다고 보아야 할 것이어서 최초로 적립 요건이 갖추어진 2002. 3.경 또는 그 이후 처분가능이익이 발생한 2003. 3.경까지 적립할 수 있을 뿐만 아니라, 나아가 이 사건 처분일 이전이나 최초로 처분가능이익이 발생하여 적립요건이 갖추어진 사업연도부터 수정신고기한까지 적립할 수 있으므로 그때까지 적립하지 않은 경우에 비로소 추징사유가 발생한다고 보아야 한다.

그런데 원고에 대한 추징사유가 발생하기 이전인 2002. 12. 11. 조례특례제한법의 개정으로 기업합리화적립금 제도가 폐지됨에 따라 더 이상 원고에 대하여 감면세액을 추징할 수 없게 되었다고 할 것이므로 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지기재와 같다.

다. 판단

(1) (가) 조세감면규제법 제40조의 3은 법인의 재무구조를 개선하기 위하여 감면받은 세액이 배당이나 상여 등으로 사외유출되지 않고 기업발전을 위하여 사용되도록 특별부가세를 감면받은 법인은 같은 법 제123조 제1항의 규정에 의하여 당해 사업연도의 이익금처분에 있어서 그 공제받고자 하는 세액에서 당해 공제받고자 하는 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하도록 규정하고 있으며, 다만 결손법인의 경우 같은 조 제2항에 의하여 처분가능이익이 발생하는 사업연도의 이익금처분시까지 이를 적립할 수 있도록 규정하고 있고, 같은 조 제4항에서 위 규정에 의한 기업합리화적립금을 적립하지 아니하는 경우에는 세액공제 등을 적용하지 아니한다고 규정하고 있으며, 같은 법 124조는 위와 같이 세액공제 등을 받은 법인이 기업합리화적립금을 적립하지 않는 경우에는 감면받은 세액 등에 이자 상당액을 가산하여 징수한다고 규정하고 있다(조세감면규제법 제123조, 124조는 1998. 12. 28. 조세감면규제법이 조세특례제한법으로 법명이 변경됨과 동시에 전문 개정되면서 조세특례제한법 제145조, 제146조로 각각 변경되었다).

(나) 한편, 기업합리화적립금 제도는 2002. 12. 11. 조세특례제한법중개정법률 제6762호로 제145조가 삭제되면서 폐지되었는데, 위 개정법률 부칙 제25조는 기업합리화적립금 적립의무에 관한 폐지규정인 제145조는 위 개정법률의 공포일인 2002. 12. 11.이 속하는 과세연도에 감면 등을 받는 분부터 적용되고 감면세액 추징에 관한 개정규정인 제146조는 위 개정법률의 시행일인 2003. 1. 1. 이후 최초로 추징사유가 발생하는 분부터 적용한다고 규정하고 있다.

(2) (가) 이 사건에 관하여 보건대, 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것) 제146조의 규정에 의하면 기업합리화적립금을 적립하지 아니하거나 부족하게 적립한 경우에는 당해 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고시에 그 감면세액 상당액 중 기업합리화적립금으로 적립하지 아니하거나 부족하게 적립한 금액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당 가산액을 가산하여 법인세 등으로 납부하도록 하고 있는 점 등에 비추어 기업합리화적립금을 적립요건을 갖춘때부터 2회(사업연도)에 걸쳐 적립할 수 있다고 볼 아무런 근거가 없고, 나아가 2002.12.11. 조세특례제한법중개정법률 제6762호 부칙 제25조의 규정에 의하여 기업합리화적립금에 대한 폐지는 위 개정법률의 공포일인 2002.12.11.이 속하는 과세연도에 감면 등을 받는 분부터 적용되는데 원고의 경우에는 1998 사업연도에 감면받은 분이어서 위 개정법률의 적용 대상이 아니므로 종전 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립할 의무가 있으며, 또한 이익잉여금을 기업합리화적립금으로 적립하지 아니한 채 법인세를 신고 납부하였다가 법인세 수정신고기한 내에 또는 수정신고기한 경과 후 과세처분전에 기업합리화적립금을 적립하고 수정신고한 경우에는 조세감면규제법상 기업합리화적립금을 적립하였다고 할 것이어서 감면세액을 추징할 수 없으나(대법원 1996. 10. 29. 선고 95누17755 판결, 대법원 1994. 1. 14. 선고 93누15601 판결 등 참조), 기업합리화적립금을 적립하는 것이 가능하게 된 사업연도의 결산시에 이를 적립하지 않으면 일단 과세(추징)요건은 충족이 되고 그 후 법인세 수정신고기한 내에 또는 수정신고기한 경과 후 과세처분 전에 기업합리화적립금을 적립하고 수정신고를 하면 과세(추징)배제요건이 충족되는 것으로 보아야 할 것이다(원고는 기업합리화적립금을 적립하는 것이 가능하게 된 사업연도의 결산시에 이를 적립하지 않을 뿐 아니라 그 후 법인세 수정신고기한 내에 또는 수정신고기한 경과 후 과세(추징)처분 전까지 기업합리화적립금을 적립하고 수정신고를 하지 않으면 비로소 과세(추징)요건이 충족된다는 취지로 주장하나, 그와같이 보게 되면 과세(추징)처분을 하기 전까지는 과세(추징)요건이 충족될 수 없고 과세(추징)처분을 하여야 비로소 과세(추징)요건이 충족된다는 이상한 결론이 도출되므로 그와 같이 볼 수는 없다}(대법원 1995. 7. 25. 선고 95누221 판결 등 참조).

(나)따라서 원고가 조세감면규제법 제40조의3의 규정에 의하여 특별부가세를 감면받은 1998 사업연도 이후 최초로 처분가능이익이 발생하여 기업합리화적립금을 적립하는 것이 가능하게 된 2001 사업연도(2001. 1. 1.∼2001. 12. 31.)의 이익금 처분시인 2002. 3.까지 기업합리화적립금을 적립하지 아니한 이상 그때에 조세감면규제법상의 감면세액 추징요건은 성립되었다고 할 것이어서 그 후 기업합리화적립금 제도가 폐지된 것이 이 사건 처분의 효력에 아무런 영향도 미치지 못할 것이므로 이와 다른 전제에서 하는 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

관계법령

[조세감면규제법](1997.12.13 법귤 제5417호로 개정된 것)

제40조의3 (법인의 재무구조개선지원등을 위한 특별부가세의 면제)

①대통령령이 정하는 법인이 재무구조를 개선하기 위하여 대통령령이 정하는 재무구조개선계획에 따라 1999년 12월 31일 이전에 다음 각호의 요건을 갖추어 부동산을 양도하는 경우에는 당해 부동산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 특별부가세에 상당하는 세액을 면제한다.

다만, 대통령령이 정하는 금융기관이 저당권 실행으로 인하여 취득한 부동산, 채권의 변제를 받기 위하여 취득한 부동산 또는 대통령령이 정하는 사업용부동산을 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 금융기관의 감독기관의 장의 승인을 얻은 자구계획에 의하여 양도하는 경우에는 다음 각호의 요건을 적용하지 아니한다.

1. 1997년 6월 30일이전에 취득한 대통령령이 정하는 사업용부동산을 양도할 것

2. 당해 법인에 대하여 채권을 가지는 금융기관등으로 구성되는 기구(이하 "금융기관협의회"라 한다)에 재무구조개선계획을 제출하여 승인(승인된 내용에 대한 변경승인을 포함한다)을 얻을 것

3. 부동산 양도대금을 대통령령이 정하는 바에 의하여 부채상환적립금으로 적립할 것

제123조 (기업합리화적립금의 적립)

①제5조 내지 제7조・제9조 내지 제11조・제20조・제25조 내지 제27조・제31조 제7항 내지 제9항・제32조 제8항・제34조・제37조・제45조・제46조・제50조・제51조・제53조・제54조・제88조・제93조・제96조 또는 제98조의 규정에 의하여 세액공제・세액감면 또는 소득공제를 적용받고자 하는 내국법인은 당해 사업연도의 이익금처분에 있어서 그 공제받고자 하는 내국법인은 당해 사업연도의 이익금처분에 있어서 그 공제받고자 하는 세액(소득공제를 받고자 하는 경우에는 그 공제받고자 하는 소득금액에 대한 법인세상당액)에서 당해 공제받고자 하는 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다. <개정 1997.12.13>

②제1항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하여야 할 자가 당해 사업연도에 기업합리화적립금을 적립하지 아니한 경우에는 당해 사업연도후 최초로 대통령령이 정하는 이익(이하 "처분가능이익"이라 한다)이 발생하는 사업연도의 이익금처분시까지 이를 적립할 수 있다. <신설 1997.12.13>

③제2항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하는 경우에는 그 적립금액의 100분의 20에 상당하는 금액을 당해 처분가능이익이 발생하는 사업연도의 법인세에 가산하여 징수한다. 다만, 대통통령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다. <신설 1997.12.13>

④제1항 및 제2항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하지 아니하는 경우에는 제1항의 세액공제・세액감면 또는 소득공제를 적용하지 아니한다. <개정 1997.12.13>

제124조 (감면세액의 추정) 제123조 제1항의 규정에 의한 소득공제・세액공제 또는 세액감면을 받은 내국인에게 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 그 공제 또는 감면받은 세액(소득공제를 받은 경우에는 공제받은 소득금액에 대한 법인세상당액)에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 소득세 또는 법인세에 가산하여 지체없이 징수한다. <개정 1994.12.22, 1997.12. 13>

1. 제123조 제1항의 규정에 의한 세액공제・세액감면 또는 소득공제를 받은 법인이 동조 제2항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하지 아니한 때

[조세감면규제법시행령](1997. 12. 31.대통령 제15562호로 개정된 것)

제108조 (기업합리화적립금의 적립등)

②법 제123조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 최초로 처분가능이익이 발생한 과세연도에 그 처분가능이익이 적립하여야 할 기업합리화적립금에 미달하여 당해 과세연도에 기업합리화적립금을 직립하지 못한 자는 그 다음 과세연도의 이익금처분시에 그 미달한 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다. <개정 1997.12.31>

③법 제123조 제3항 단서에서 "대통령령이 정하는 부득이한 사유"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. <개정 1997.12.31>

1. 법 제123조 제1항에서 규정하는 세액공제・세액감면 또는 소득공제를 적용받은 과세연도의 처분가능이익이 당해 연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금에 미달함으로써 그 미달하는 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하지 못한 경우

[조세특례제한법](2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것)

제145조 (기업합리화적립금의 적립)

①제5조 내지 제7조, 제7조의2, 제7조의3, 제10조 내지 제12조, 제24조 내지 제26조, 제31조제4항 내지 제6항, 제32조 제4항, 제37조, 제62조, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제68조, 제94조, 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제11조 및 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다) 내지 제4항의 규정에 의하여 세액공제・세액감면 또는 소득공제(이하 이조에서 "감면등"이라 한다)를 적용받고자 하는 내국법인(중소기업기본법에 의한 중소기업인 법인을 제외한다)은 당해 사업연도의 이익금처분에 있어서 그 공제받고자 하는 세액(소득공제를 받고자 하는 경우에는 그 공제받고자 하는 소득금액에 대한 법인세상당액)에서 공제받고자 하는 당해 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액(이하 "감면세액상당액"이라 한다)을 기업합리화적립금으로 적립하여야한다. <개정1999.8.31, 1999.12.28, 2000.10.21, 2000.12.29, 2001.12. 29>

②제1항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하여야 할 자가 당해 사업연도에 기업합리화적립금을 적립하지 아니한 경우에는 당해 사업연도후 대통령령이 정하는 이익(이하 "처분가능이익"이라 한다)이 최초로 발생하는 사업연도의 이익금처분시까지 이를적립할 수 있다.

③제2항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하는 경우에는 그 적립금액의 100분의 20에 상당하는 금액을 당해 처분가능이익이 발생하는 사업연도의 법인세에 가산하여 납부하여야 하며, 당해 금액은 법인세법 제64조의 규정에 의하여 납부하여야 할 세액으로 본다. 다만, 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

제146조 (감면세액의 추징) 제145조 제1항의 규정에 의한 감면등을 받은 내국인에게 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 당해 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고시에 그 각호에 규정하는 금액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며 당해 세액은 소득세법 제76조 또는 법인세법 제64조의 규정에 의하여 납부하여야 할 세액으로 본다. <개정 1999.8.31, 2000.12.29, 2001.12.29>

1. 제145조 제1항의 규정에 의한 감면등을 받은 내국법인(중소기업기본법에 의한 중소기업인 법인을 제외한다)이 동조 제2항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하지 아니하거나 부족하게 적립한 경우 : 감면세액상당액중 기업합리화적립금으로 적립하지 아니하거나 부족하게 적립한 금액

2. 제145조의 기업합리화적립금을 동조 제4항에 규정된 방법에 의하지 아니하고 처분한 경우 : 처분한 당해 기업합리화적립금 상당액

[조세특례제한법](2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정된 것)

제145조 삭제 <2002.12.11>

제146조 (감면세액의 추징) 제5조, 제11조, 제24조 내지 제26조, 제62조 제1항.제2항 제94조 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 규정에 한한다)의 규정에 의하여 소득세 또는 법인세를 공제받은 자가 동조의 규정에 의하여 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 종료일부터 3년이 경과되기 전에 당해 자산을 처분한 경우(임대하는 경우를 포함하며, 대통령령이 정하는 경우를 제외한다)에는 처분한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고시에 당해 자산에 대한 세액공제액 상당액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며, 당해 세액은 소득세법 제76조 또는 법인세법 제64조의 규정에 의하여 납부하여야 할 세액으로 본다.

부칙

제1조 (시행일) 이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제38조의2 제3항 제1호 단서, 제94조 제4항, 제145조 및 제146조의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제106조의3의 개정규정은 2003년7월1일부터 시행하며, 제126조의2의 개정규정은 2002년 12월 1일부터 시행한다.

제25조 (기업합리화적립금의 적립 등에 관한 적용례) ①제145조의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세연도에 감면 등을 받는 분부터 적용한다.

②제146조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 추징사유가 발생하는 분부터 적용한다.

[조세특례재한법시행령](2001. 12. 31. 대통령령 제17458호로 개정된 것)

제137조(기업합리화적립금의 적립 등)

①법 제145조 제2항에서 "대통령령이 정하는 이익"이라 함은 당기순이익에 이월이익잉여금을 가산하고 다음 각호의 금액을 차감한 금액(이하 이 조에서 "처분가능이익"이라 한다)을 말한다.

1. 이월결손금

2. 상법 제458조의 규정에 의하여 적립한 당해 과세연도의 이익준비금

3. 결산확정시 자본 및 자본잉여금으로 처분된 금액

4. 법령에 의하여 당해 사업연도에 적립한 적립금중 결손금과 자본전입에 사용하도록 그 처분이 제한된 적립금

②법 제145조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 최초로 처분가능이익이 발생한 과세연도에 그 처분가능이익이 적립하여야 할 기업합리화적립금에 미달하여 당해 과세연도에 기업합리화적립금을 적립하지 못한 자는 그 다음 과세연도의 이익금처분시에 그 미달한 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다.

③법 제145조 제3항 단서에서 "대통통령이 정하는 부득이한 사유"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. <개정 2001.12.31>

1. 법 제145조 제1항의 규정에 의한 세액공제・세액감면 또는 소득공제를 적용받은 과세연도의 처분가능이익이 당해 연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금에 미달함으로써 그 미달하는 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하지 못한 경우

2. 내국법인이 법 제145조 제1항의 규정에 의한 감면등을 적용받은 과세연도의결산확정일 이후 과세표준확정신고, 수정신고, 결정 또는 경정으로 인하여 당해 과세연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금이 증액됨으로써 그 증액되는 부분에 상당하는 금액을 기업합리화 적립금으로 적립하지 못한 경우 끝.