사\u3000\u3000\u3000 건\u3000\u3000\u3000\u3000\u30002010구합22337 경정청구거부처분취소

원\u3000\u3000\u3000 고\u3000\u3000\u3000\u3000\u3000AA실리콘 주식회사

피\u3000\u3000\u3000 고\u3000\u3000\u3000\u3000\u3000구로세무서장

변론종결\u3000\u3000\u3000\u3000\u30002010. 7. 22.

판결선고\u3000\u3000\u3000\u3000\u30002010. 9. 2.

주\u3000\u3000\u3000 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

원고가 2008. 5. 13. 납부한 원천징수법인세 577,847,160원을 면제하고 환급하여 달라는 경정청구에 대하여 피고가 2009. 12. 11. 거부한 처분을 취소한다.

이\u3000\u3000\u3000 유

1. 처분의 경위

가. 기술도입계약 체결

원고는 연간 2,400MT의 태양급 폴리실리콘 생산공장을 건설하기 위하여 2008. 3. 23. 미국 소재 Poly Plant Project, Inc(이하 '소외 회사')로부터 'TCS 생산 및 정화시설 설계와 관련서비스' 도입계약(이하 '이 사건 기술도입계약')을 체결하고 다음과 같이 그 대가를 지급하기로 하였다.

1단계(최초보증금) 2008. 4. 11.까지 : 2,490,000유로

2단계 기술이전 후 2008. 5. 31.까지 : 2,490,000유로

3단계 기술이전 후 2008. 7. 31.까지 : 2,490,000유로

4단계 기술이전 완료시 : 830,000유로

합계 : 8,300,000유로

나. 원천징수 법인세 납부

원고는 2008. 4. 10. 소외 회사에게 최초보증금 2,490,000유로를 지급하면서 소외 회사로부터 원천징수법인세 373,500유로(한화 577,847,160원, 이하 '이 사건 법인세') 및 특별징수주민세 37,350유로 합계 410,850유로를 원천징수한 후 2008. 5. 13. 법인세는 성남세무서장에게, 주민세는 분당구청장에게 각 납부하였다.

다. 경정청구

(1) 소외 회사는 2008. 8. 18. 지식경제부장관에게 구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제121조의6에 따라 이 사건 기술도입계약의 대가에 대한 법인세 등의 면제를 신청하였고, 지식경제부장관은 2008. 8. 29. 법인세 등 조세가 면제된다는 확인을 하였다.

(2) 원고는 2008. 5. 13.자로 이미 납부한 이 사건 법인세도 면제되어야 한다는 이유로 2009. 11. 3. 피고에게 그 환급을 청구하는 내용의 경정청구를 하였다.

(3) 피고는 2009. 12. 11. '기술도입대가에 대한 조세면제 확인 전에 기술도입대가가 지급되어 원천징수의무자가 관련세액을 원천징수하여 이미 납부한 경우에는 구 조세특례제한법 제121조의6 제3항(이하 '이 사건 법률조항') 단서에 따라 환급하지 않는다'는 이유로 원고의 경정청구를 기각하였다(이하 '이 사건 처분').

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1호증의 1, 2, 갑 2 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 이 사건 법률조항 단서에 의하면 조세면제를 확인받기 이전에 법인세법 등을 준수하여 법인세 등을 원천징수납부한 법인은 납부한 법인세 등을 환급받지 못한다. 그러나 법인세법 등을 위반하여 원천징수납부의무를 불이행한 법인에 대하여는 납부한 법인세 등을 환급하도록 규정하고 있다. 이는 법인세 등을 원천징수납부한 법인에 대하여 이를 납부하지 않은 법인보다 합리적 이유 없이 불리하게 차별대우를 하는 것이므로 위 규정은 평등원칙에 위배되어 무효이다. 따라서 위 무효인 규정을 적용하여 한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 소외 회사는 이 사건 기술도입계약 체결 후 1년 이내인 2008. 8. 18. 조세면제신청을 하였으나, 구 조세특례제한법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제116조의12 제4항(이하 '이 사건 시행령조항')에서 규정하고 있는 기술도입대가의 최초 지급일인 2008. 4. 10. 이후에 조세면제신청을 하였다는 이유로 이 사건 법인세를 환급받지 못하였다. 이 사건 시행령조항 중 '기술도입대가의 최초 지급일 중 먼저 도래하는 날' 부분은 기술도입계약이 체결된 날부터 기술도입대가의 최초 지급일까지의 기간이 아무리 짧더라도 그 기간 내에 조세면제신청을 하지 않으면 조세면제의 혜택을 받지 못하도록 규정하고 있다. 이는 기술도입대가의 최초 지급일이 빠르다는 불합리한 사유만으로 조세면제혜택을 실질적으로 배제 또는 제한하는 것으로서 고도의 기술도입을 촉진하고 국내산업의 경쟁력을 강화하고자 하는 취지에서 제정된 구 조세특례제한법 제121조의6에 어긋난다. 또한, 기술도입대가를 기술도입계약체결 후 1년 이내에 지급한 납세의무자를 1년이 지나서 지급한 납세의무자에 비하여 합리적 이유 없이 차별대우하는 것으로서 평등원칙에도 위배된다. 따라서 이 사건 시행령조항 중 '기술도입대가의 최초 지급일 중 먼저 도래하는 날' 부분은 무효이다. 그렇다면 소외 회사는 조세면제신청 기한 내에 조세면제신청을 한 것이 되어, 이 사건 기술도입계약의 대가에 대한 법인세가 면제되므로, 원고가 이미 납부한 이 사건 법인세는 환급되어야 한다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 법령의 규정

구 조세특례제한법 제121조의6 제1항은 '국내산업의 국제경쟁력강화에 긴요한 고도의 기술을 도입하는 계약으로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 계약을 체결한 경우 당해계약의 내용에 따라 기술을 제공하는 자가 받는 기술도입대가에 대한 법인세 또는 소득세는 당해 계약에서 최초로 그 대가를 지급하기로 한 날부터 5년 동안 이를 면제한다'고 규정하고 있고, 제2항은 '기술도입계약에 의하여 기술을 제공하는 자가 제1항의 규정에 의하여 조세를 면제받고자 할 때에는 기획재정부령이 정하는 바에 따라 기획재정부장관에게 면제신청을 하여야 한다'고 규정하고 있으며, 제3항은 '기술도입계약에 의하여 기술을 제공하는 자가 제2항의 규정에 의한 조세면제의 신청기한 경과 후 면제신청을 하고, 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 면제를 확인받은 경우에는 그 면제를 신청한 과세연도와 그 후의 잔존면제기간에 한하여 제1항의 규정을 적용한다. 이 경우 기술도입계약에 의하여 기술을 제공하는 자가 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 면제를 확인받기 이전에 이미 납부한 세액이 있는 경우에는 당해 세액은 이를 환급하지 않는다'고 규정하고 있고, 구 조세특례제한법 시행령 제116조의12 제2항은 '기획재정부장관이 조세면제의 신청을 받은 때에는 20일 이내에 당해기술이 제1항의 기준에 해당하는지 여부를 검토하여 그 면제여부를 확인한 후 이를 신청인에게 통지하여야 한다'고 규정하고 있다.

위 각 규정을 종합하면, 구 조세특례제한법 제121조의6 소정의 기술도입대가에 대한 법인세 등을 면제받기 위해서는 반드시 기획재정부장관에게 면제신청을 하여 그 면제확인을 받아야 하고 그렇지 않은 경우에는 조세면제를 받을 수 없다.

(2) 이 사건 법률조항 단서가 위헌인지 여부

(가) 조세특례제한법이 1999. 5. 24. 개정되면서 제121조의6이 신설되어 기술도입대가에 대한 조세면제제도를 도입하였는데, 당시에는 조세면제 신청기간이 경과한 후에는 조세면제 신청을 하더라도 조세면제 자체가 배제되었다. 이후 2000. 12. 29. 조세특례제한법이 개정되면서 이 사건 법률조항이 신설되어, 기술을 제공하는 자가 조세면제 신청기간 경과 후에 면제신청을 하고 면제확인을 받은 경우에는 그 면제를 신청한 과세연도와 그 후의 잔존면제기간에 한하여 조세면제규정을 적용하되, 면제를 확인받기 이전에 이미 납부한 세액은 환급하지 않는다고 규정하였다. 이는 종전에는 조세면제 신청기간이 경과한 후에는 조세면제 자체가 배제되던 것을 그 경우에도 조세면제 확인을 받으면 그 이후의 기간에 대하여는 조세면제가 가능하도록 하는 규정이어서 납세자에게 유리한 규정이다.

또한 조세감면의 우대조치는 조세평등주의에 반하고 국가나 지방자치단체의 재원의 포기이기도 하여 가급적 억제되어야 하고 그 범위를 확대하는 것은 결코 바람직하지 못하므로 특히 정책목표 달성에 필요한 경우에 그 면제혜택을 받는 자의 요건을 엄격히 하여 극히 한정된 범위 내에서 예외적으로 허용되어야 하는 점 등에 비추어 보면, 구 조세특례제한법 제121조의6 소정의 조세면제제도는 그 성질상 입법자의 광범위한 입법재량권 범위 내에 있는 것이므로 입법자가 합리적 기준에 의하여 면제요건을 정한 이상 그로 인한 차별은 정당화된다.

(나) 원천징수하는 법인세는 수입금액을 지급하는 때 성립하고, 그 때 특별한 절차 없이 세액이 확정되는 점, 법인세 등 조세를 면제받기 위해서는 반드시 조세면제 신청을 하여 그 면제확인을 받아야 하고 그렇지 않은 경우에는 조세면제를 받을 수 없는바, 소외 회사가 이 사건 기술도입계약에 따른 조세면제를 확인받기 이전에 법인세 원천징수의무자인 원고가 납부한 이 사건 법인세는 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 경우라고 볼 수 없는 점(조세면제 확인을 받은 이후 법인세를 납부하였다면 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 경우이어서 환급받을 수 있을 것이다), 법인세법 등을 위반하여 원천징수납부의무를 불이행한 법인도 조세면제 확인을 받은 이후의 기간에 대하여만 법인세 등의 면제혜택을 부여받는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 법률조항 단서는 원천징수제도의 본질, 조세면제요건 등을 반영하여 조세면제 확인을 받기 이전에 이미 납부한 세액을 환급하지 않는다고 규정하는 것이어서 합리적이고 상당하다고 인정되므로 이로 인하여 자의적인 차별이 있다고 볼 수 없다.

(다) 소결

이 사건 법률조항 단서는 평등원칙에 위배되지 않으므로 이 부분 원고의 주장은 이유 없다.

(3) 이 사건 시행령조항이 위헌・위법인지 여부

법인세 등 조세를 면제받기 위해서는 반드시 조세면제 신청을 하여 그 면제확인을 받아야 하고 그렇지 않은 경우에는 조세면제를 받을 수 없으므로 법인세 등이 성립・확정되기 이전에 그 면제 여부를 확정할 필요성이 있는데, 원천징수하는 법인세는 수입금액을 지급하는 때 성립하고, 그 때 특별한 절차 없이 세액이 확정되므로, 기술도입대가에 대한 법인세가 성립・확정되는 기술도입대가의 최초 지급일을 조세면제 신청기간의 하나로 정한 것 역시 합리적이고 상당하다고 인정된다. 따라서 이 사건 시행령조항이 모법의 규정취지에 위배된다거나 평등원칙에 반한다고 볼 수 없다.

이 부분 원고의 주장도 이유 없다.

3. 결론

원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 기각한다.

판사\u3000\u3000 곽형섭 _________________________

판사\u3000\u3000 배예선 _________________________

관계법령

구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것)

제121조의6(기술도입대가에 대한 조세면제)

① 국내산업의 국제경쟁력강화에 긴요한 고도의 기술을 도입하는 계약으로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 계약을 체결한 경우 당해계약의 내용에 따라 기술을 제공하는 자가 받는 기술도입대가에 대한 법인세 또는 소득세는 당해 계약에서 최초로 그 대가를 지급하기로 한 날(2009년 12월 31일 이전인 경우에 한한다)부터 5년 동안 이를 면제한다.

② 기술도입계약에 의하여 기술을 제공하는 자가 제1항의 규정에 의하여 조세를 면제받고자 할 때에는 기획재정부령이 정하는 바에 따라 기획재정부장관에게 면제신청을 하여야 한다.

③ 기술도입계약에 의하여 기술을 제공하는 자가 제2항의 규정에 의한 조세면제의 신청기한 경과 후 면제신청을 하고, 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 면제를 확인받은 경우에는 그 면제를 신청한 과세연도와 그 후의 잔존면제기간에 한하여 제1항의 규정을 적용한다. 이 경우 기술도입계약에 의하여 기술을 제공하는 자가 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 면제를 확인받기 이전에 이미 납부한 세액이 있는 경우에는 당해 세액은 이를 환급하지 아니한다.

구 조세특례제한법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것)

제116조의12 (기술도입대가에 대한 조세면제 기준 등)

① 법 제121조의6 제1항에서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 계약 이라 함은 기획재정부장관이 「외국인투자촉진법」 제27조의 규정에 의한 외국인 투자위원회의 심의를 거쳐 정하는 기술로서 제116조의2 제2항 각호의 기준에 해당하는 「외국인투자촉진법」에 의한 기술도입계약을 말한다.

② 기획재정부장관은 법 제121조의6 제2항의 규정에 의한 조세면제의 신청을 받은 때에는 20일 이내에 당해기술이 제1항의 기준에 해당하는지의 여부를 검토하여 그 면제여부를 확인한 후 이를 신청인에게 통지하여야 한다. 이 경우 조세면제대상이 아닌 것으로 확인한 때에는 그 사유를 명시하여야 한다.

③ 기획재정부장관은 제2항의 규정에 의하여 면제여부를 확인하는 경우 부득이하게 장기간이 소요되는 때에는 20일의 범위 내에서 그 처리기간을 연장할 수 있다. 이 경우에는 그 사유 및 처리기간을 신청인에게 통지하여야 한다.

④ 법 제121조의6 제2항의 규정에 의한 조세면제의 신청은 당해 기술도입계약이 체결된 날부터 1년 또는 기술도입대가의 최초 지급일중 먼저 도래하는 날 이내에 하여야 한다. 끝.

심급 사건

참조조문