1. 신고납세방식을 취하고 있는 부가가치세에 있어서는 납세의무자의 확정신고 또는 과세관청의 경정결정에 의하여 납부세액이나 환급세액의 존부 및 범위가 확정되므로 이러한 경우 납세의무자는 국가에 대하여 부당이득반환의 법리에 따라 민사소송으로 이미 확정되어 있는 환급세액의 반환을 구할 수 있다고 할 것이다. 그러나 납세의무자가 당초 신고한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액에 누락·오류가 있음을 발견하여 법정신고기간 경과 후 6월 내에 과세표준 등의 감액 수정신고를 한 경우에는 그 수정신고만으로 당초의 신고로 인한 납세의무 또는 환급청구권에 변동을 가져오는 것이 아니라 과세관청이 그 수정신고의 내용을 받아들여 과세표준 등을 감액결정하여야만 그로 인한 납세의무 등에 관한 확정의 효력이 생기게 되는 것이며, 이 경우 과세관청이 수정신고에 따른 경정을 거부하는 때에는 납세의무자로서는 행정쟁송의 절차에 따라 그 거부처분을 취소받음으로써 비로소 수정신고로 인한 납세의무 등을 확정할 수 있는 것이므로 위와 같은 절차를 거쳐 환급청구권이 확정되기 전에는 국가에 대하여 환급세액의 반환을 곧바로 청구할 수는 없는 것이다 ( 당원 1996. 4. 12. 선고 94다34005 판결 참조).

기록에 의하면, 원고는 1992. 10. 25. 이 사건 매입세액을 불공제로 한 1992년 제2기 예정신고기간분 부가가치세의 예정신고를 하였다가 뒤늦게 그 신고가 잘못된 것을 발견하고 1993. 3. 2. 위 매입세액을 공제하는 것으로 바꾸어 환급세액이 금 318,057,272원이라는 내용의 수정신고를 하였음을 알 수 있는바, 위 수정신고는 예정신고에 대한 수정신고기간(예정신고기간 경과 후 3월내)을 지난 것이긴 하나 그 신고가 확정신고에 대한 수정신고기간(법정신고기간 경과 후 6월) 내에 이루어진 이상 결국 수정신고로서의 효력은 있다고 할 것이고, 나아가 이는 환급세액의 증가를 가져오는 일종의 감액 수정신고로서 과세관청이 이에 대하여 원심이 확정한 바와 같이 위 신고내용에 따른 경정을 거부하고 있다면 위 환급청구권의 존부와 범위가 아직 확정되지 아니한 상태에 있다고 할 것이므로 원고가 그 주장과 같은 금원의 지급을 구하려면 행정쟁송절차를 통하여 위 경정 거부처분의 위법을 먼저 다투어야 하고, 이 사건과 같이 피고에 대하여 민사소송으로 위 환급금의 지급을 구할 수는 없는 것이다. 원고의 이 사건 소는 쟁송방법을 잘못 선택한 것으로서 부적법한 것이라고 아니할 수 없다.

그럼에도 이와 달리 본안에 나아가 원고의 청구를 인용한 원심판결은 부가가치세 환급청구권의 확정에 관한 법리 등을 오해하여 판결에 영향을 미친 위법을 저지른 것이라고 아니할 수 없다.

2. 그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고 당원이 이 사건을 직접 판결하기로 하여, 원심판결과 마찬가지로 본안에 대하여 판단한 제1심 판결 역시 위법함이 명백하므로 이를 취소하고, 위에서 본 이유로 원고의 이 사건 소를 각하하며, 소송총비용은 패소자의 부담으로 하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.