2. 소송비용은 피고가 부담한다.

다음의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1, 18호증의 각 1, 2, 갑 제2, 3, 19호증, 을 제1호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 인정할 수 있다.

가. 원고는 1999. 8. 30. 주식회사 XX건업(이하 'XX건업'이라 한다)과 사이에, XX건업이 용인시 구성면 XX리에 추진 중이던 아파트 건립공사에 필요한 학교용지 조성과 관련된 각종 설계 및 인허가업무 등을 원고가 대행하기로 하는 내용의 용역(이하 '이 사건 용역'이라 한다)계약을 체결하였다.

나. 원고는 2002년에 이 사건 용역 제공을 완료하고 2002. 8. 22. XX건업과 사이에, 이 사건 용역 제공의 대가로 현금 1,823,034,540원 및 위 XX리 000-00 임야 1,768㎡' 같은 리 000-00 임야 397㎡ 합계 2,165㎡(654.9평, 이하 '이 사건 각 토지'라 한다) 중 70%인 458.43명을 배분받되, 이 사건 각 토지를 제3자에게 매각하는 경우 매각대금에서 매각에 따른 비용을 공제한 후의 금액을 원고 7: XX건업 3의 비율로 분배하기로 정산하였다. 이 사건 각 토지가 2004. 1. 30. 재단법인 YY유지재단에 1,830,000,000원에 매각되었고, 원고는 그 배분비율에 따라 1,281,000,000원(이하 '쟁점금액'이라 한다)을 수령하였다.

다. 서울지방국세청장은 XX건업에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, 원고가 위 쟁점금액의 신고를 누락한 사실을 발견하고, 이를 피고에게 과세자료로 통보하였다.

라. 피고는 쟁점금액이 이 사건 용역 수익으로서 2004 사업연도에 원고에게 귀속된다는 전제 하에 2009. 9. 1. 원고에 대하여 2004 사업연도 법인세 149,680,160원을 부과하는 처분, 2006 사업연도 법인세 219,670,970원을 부과하는 처분 및 2004년 귀속 소득금액 1,281,000,000원을 당시 원고 대표이사인 문AA에 대한 상여로 하는 내용의 소득금액변동통지처분을 하였다(이하 모두 가리켜 '이 사건 각 처분'이라 한다).

마. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 2009. 11. 2. 이의신청을 제기하였으나, 이의 신청이 기각되었고, 2010. 4. 27. 심판청구를 제기하였으나, 그 청구가 2011. 5. 24. 기각되었다.

2. 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

1) 원고의 주장

피고는 쟁점금액이 이 사건 용역 수익에 해당하고 그 귀속시기가 2004 사업연도라는 전제에서 이 사건 각 처분을 하였다. 그러나 이 사건 용역 제공은 2002년에 완료되었으므로 법인세법 시행령 제69조 제1항에 따라 이 사건 용역 수익은 2002 사업연도에 귀속될 수밖에 없다. 따라서 쟁점금액이 이 사건 용역 수익이라면, 이는 2002 사업연도에 귀속될 뿐, 2004 사업연도에 귀속될 수 없다. 이 사건 각 처분일인 2009. 9. 1. 당시에는 이미 2002 사업연도 수익에 대한 5년의 부과제척기간이 경과하였다. 이 사건 각 처분은 잘못된 귀속시기에 터 잡아 이루어진 것으로서 위법하다.

2) 피고의 주장

원고가 2002년에 이 사건 용역의 제공을 마치기는 하였지만, 이 사건 용역계약서나 이 사건 정산서의 내용에 비추어 이 사건 용역 공급을 통상적인 공급이라 보기 어렵고, 이 사건 용역 제공으로 원고에게 배분된 이 사건 각 토지 중 458.43명의 공급가액은 양도 당시인 2004. 1.경에야 확정되었다고 할 것인바, 부가가치세법 시행령 제22조 제3호에 따라 이 사건 용역 수익인 쟁점금액은 2004 사업연도에 귀속된다. 따라서 이 사건 각 처분은 적법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

다음의 사실은 갑 제3호증, 갑 제18호증의 1의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합 하면 인정할 수 있다.

1) 원고와 XX건업이 1999. 8. 30. 작성한 이 사건 용역계약서(갑 제3호증)의 주요 내용은 다음과 같다.

2) 원고와 XX건업이 2002. 8. 22. 작성한 이 사건 정산서(갑 제18호증의 1)의 주요 내용은 다음과 같다.

라. 판단

피고는 이 사건 각 토지의 매각대금 중 원고가 받은 쟁점금액이 이 사건 용역 수익에 해당하고 2004 사업연도에 원고에게 귀속되었다는 것을 처분사유로 삼아 이 사건 각 처분을 하였다.

그러나 앞서 본 사실관계에 비추어 볼 때, 원고가 이 사건 용역 수익으로 얻은 것은 현금 1,823,034,540원 및 이 사건 각 토지 중 458.43평이고, 쟁점금액은 이 사건 용역 수익의 일부인 이 사건 각 토지 중 458.43평을 양도한 대가라고 할 것이므로, 쟁점금액을 피고의 주장과 같이 이 사건 용역 수익 자체라고 볼 수는 없다. 또한 설령 쟁점 금액을 이 사건 용역 수익으로 본다 하더라도, 법인세법상 각 사업연도 소득에 해당하는 이 사건 용역 수익의 귀속시기를 정함에 있어 피고의 주장과 같이 법인세법 시행령 제69조 제1항이 아니라 부가가치세법 시행령 제22조 제3호를 적용할 아무런 법적 근거가 없고, 이 사건에서 원고가 이 사건 용역 제공을 2002년에 완료하였다는 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 이 사건 용역 수익의 귀속시기는 2002 사업연도가 되어야 할 것이다.

따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 각 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.