구 조세특례제한법(2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정되기 전의 것) 제25조 제1항 제1호 (이하 ‘이 사건 세액공제조항’이라 한다)는 특정설비투자세액공제에 관하여 ‘대통령령이 정하는 에너지절약시설에 2000. 12. 31.까지 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)하는 경우에는 당해 투자금액의 100분의 5에 상당하는 금액을 법인세에서 공제한다’고 규정하고 있다.

원심판결 이유에 의하면, 원심은 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 이 사건 세액공제조항의 괄호에서 정하고 있는 세액공제 제외대상인 ‘중고품’은 일반적으로 ‘그 제작 목적에 따라 실제 사용된 바 있는 시설’을 의미한다고 할 것인데, 주식회사 한화(이하 ‘한화’라 한다)는 1999. 11. 1. 이 사건 발전설비에 대한 신뢰성운전시험을 마치고 전기사업법에 따라 산업자원부장관에게 사업개시신고를 하였을 뿐만 아니라 이후 이 사건 발전설비를 가동하여 한국전력공사에 전기를 공급하고 그 대가로 1999. 11.분 전기요금 8,213,519,700원까지 청구하여 지급받음으로써 상업운전을 개시한 점, 이 사건 발전설비 중 가장 늦게 완성된 것으로 보이는 배기열회수보일러의 기성현황표에 1999. 7.경 이미 100%의 공정률을 달성한 것으로 기록되어 있는 점 등을 종합하면, 이 사건 발전설비는 원고가 한화로부터 이를 현물출자받은 1999. 12. 1. 당시 이미 그 제작 목적에 따라 실제 사용된 바 있는 시설로서 ‘중고품’에 해당한다고 봄이 상당하고, 한화에너지와 삼성중공업 사이의 이 사건 공사계약서상 이 사건 발전설비에 대한 인수성능시험이 완료된 후 인수통지서를 발급받은 때를 준공시기로 보기로 약정되어 있다 하더라도 이는 공사계약 당사자 사이의 약정에 불과하여 그 약정내용에 따라 이 사건 발전설비가 그 제작 목적에 따라 실제 사용된 바 있는 중고품인지 여부가 좌우된다고 볼 수는 없다는 이유로, 피고가 이 사건 발전설비에 대한 위 세액공제를 부인하여 한 이 사건 처분은 적법하다고 판단하였다.

앞서 본 규정과 기록에 비추어 살펴보면 이와 같은 원심의 판단은 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 이 사건 세액공제조항의 해석·적용에 관한 법리오해, 과세요건명확주의 및 실질과세원칙에 대한 법리오해 등의 위법이 없다.

그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.