피고가 2007. 9. 1. 원고에 대하여 한 2000년 귀속 양도소득세 42,579,000원의 부과처분 중 9,608,600원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 항소를 기각한다.

3. 소송총비용 중 20%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

"가. 원고는 2000. 5. 30. 서울 강서구 BB동 164-26 다세대주택 2층 201호(철근콘크리트조 59.97㎡, 이하이 사건 주택'이라 한다)를 취득하여 2000. 11. 16. 이AA에게 이 사건 주택을 양도하고, 2000. 11. 17. 양도가액을 2,700만 원, 취득가액을 6,000만원, 양도차익을 -3,300만 원으로 하여 양도소득세를 신고하였다.",나. 피고는 이 사건 주택의 양수인인 이AA이 제출한 매매계약서를 근거로 이 사건 주택의 양도가액을 1억 1,000만 원, 취득가액을 원고가 당초 신고한 6,000만 원으로 각 확정하여 양도차익을 계산한 다음, 2007. 9. 7. 원고에게 2000년 귀속분 양도소득세 42,579,000원을 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 갑 제3호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 주택의 취득가액은 원고가 당초 신고한 6,000만 원이 아니라 9,500만 원임에도, 피고가 이와 달리 보고 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지1 관계 법령 기재와 같다.

다. 인정사실

다음의 각 사실은 갑 제1, 2호증, 갑 제3 내지 6호증의 각 1, 2, 갑 제7, 10호증, 갑 제11, 12호증의 각 1, 갑 제14 내지 17호증, 을 제4, 5호증의 각 기재와 당심증인 남CC의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

(1) 신DD은 이EE 소유의 서울 강서구 BB동 455-23 대 142㎡ 및 그 지상 단층 주택 77.02㎡, 같은 동 455-24 대 144.4㎡ 및 그 지상 단층주택 76.69㎡(이하 위 2필지 토지 및 주택 2동을 '이 사건 교환주택 등'이라 한다)을 취득하여 건물을 철거한 후 그 지상에 다세대주택을 신축하려고 하였으나 매수자금이 없자, 처남인 김FF와 사이에 일단 그 소유의 이 사건 주택과 이EE 소유의 이 사건 교환주택 등을 교환하되, 나중에 신DD이 김FF에게 이 사건 주택의 가액 상당을 변제하기로 약정하였다.

(2) 이에 따라 이EE는 2000. 1. 10.경 김FF 및 신DD을 대리한 남CC과 사이에 이EE 소유의 이 사건 교환주택 등을 김FF 소유의 이 사건 주택과 교환하기로 하는 계약을 체결하였는데, 당시 이 사건 교환주택을 2억 8,000만 원, 이 사건 주택을 9.500만 원으로 각 평가하고, 그 차액 1억 8,500만 원은 남CC이 이 사건 교환주택 등에 설정된 근저당권 피담보채무 2억 원, 임대차보증금반환채무 3,500만 원 합계 2억 3.500만 원의 채무를 인수하며, 이로써 초과 지급한 셈이 된 5,000만 원은 이EE가 이 사건 주택에 설정된 근저당권 피담보채무 5,000만 원을 인수함으로써 정산하기로 약정하였다.

(3) 그 후 이EE는 2000. 5. 30.경 조카며느리인 원고에게 이 사건 주택을, 김FF로부터 취득한 가액인 9,500만 원에 매도하였다.

(4) 이에 따라 이 사건 주택에 관하여 2000. 2. 7. 김FF 앞으로 소유권보존등기가 마쳐졌다가 이EE가 김FF의 대리인인 남CC에게 요구하여 2000. 6. 26. 원고 앞으로 2000. 5. 30.자 매매를 원인으로 소유권이전등기가 직접 마쳐졌다. 한편, 이 사건 주택에는 2000. 2. 9. 채권최고액 6,000만 원, 채무자 김FF, 근저당권자 주식회사 국민은행으로 된 근저당권설정등기가 마쳐져 있다가 2000. 6. 26. 계약인수를 원인으로 채무자를 원고로 변경하는 근저당권변경등기가 마쳐졌다.

(5) 또한 이EE 소유이던 이 사건 교환주택 등에 관하여 2000. 2. 29. 신DD 앞으로 2000. 1. 13.자 매매를 원인으로 한 소유권이전등기가 마쳐졌고, 이 사건 교환주택 등에 설정되어 있던 채권최고액 합계 2억 6,000만 원인 근저당권의 피담보채무와 임대차보증금반환채무는 신DD이 인수하였다.

(6) 그 후 신DD은 이 사건 주택의 대금 9,500만 원 중 원고가 인수한 위 근저당권 피담보채무 5,000만 원을 제외한 4,500만 원을 김FF에게 변제하였다.

라. 판단

위 인정사실에 의하면, 김FF 소유이던 이 사건 주택이 이EE를 거쳐 원고에게 9.500만 원에 양도되었음을 알 수 있으므로, 이 사건 주택의 취득가액은 원고가 이 사건 주택의 취득에 소요된 실지거래가액인 위 9,500만 원으로 보아야 할 것이고, 따라서 이 사건 처분 중 이 사건 주택의 취득가액을 6,000만 원으로 보아 양도소득세액을 산정하여 부과한 부분은 위법하므로, 원고의 주장은 위 인정범위 내에서 이유 있다.

나아가 정당한 세액에 관하여 보건대, 위에서 본 바와 같이 이 사건 주택의 취득가액을 9,500만 원으로 보아 이를 양도가액에서 공제하여 정당한 세액을 계산하면, 별지 2 세액계산표의 '정당세액'란 계산 기재와 같이 원고에 대한 2000년 귀속 양도소득세는 9,608,600원이 된다.

3. 결론

그렇다면, 피고가 원고에 대하여 한 이 사건 처분 중 정당한 양도소득세액 9,608,600원을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 할 것이므로, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 언용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인 바, 제1심 판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로, 원고의 항소를 일부 받아들여 제1심 판결 중 다음에서 취소하는 부분을 취소하고, 이 사건 처분 중 위 정당세액을 초과하는 부분을 취소하며, 원고의 나머지 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.