2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

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주문과 같다.

가. 원고는 ○○○○ 박AA를 공동선조로 하는 성인 남녀를 종중원으로 하여 구성 된 종중으로서 박AA에 대하여 시제를 지내며 박AA 및 자손의 분묘를 관리하고 있다.

나. 원고는 종중원들에게 명의신탁하여 보유하고 있던 별지 1. 목록 '지번'란 기재 각 토지 등이 한국토지주택공사가 시행하는 평택 택지개발사업에 편입되자, 한국토지주택공사와의 협의를 통해 위 각 토지 등을 양도하여 위 목록 '양도일(등기경료일)' 기재 일자에 한국토지주택공사 앞으로 소유권이전등기를 마쳐 주었다.

다. 원고는 별지 1. 목록 '신고일' 기재 일자에 피고에게 위 각 토지에 관한 양도소득에 대하여 양도소득세 과세표준예정신고를 하고 위 목록 '납부세액'란 기재 금액을 납부하였다.

라. 한편, 원고는 2010. 3. 31. 피고로부터 구 국세기본법(2010. 1. 25. 법률 제9968 호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 국세기본법'이라고 한다) 제13조 제2항 규정에 따라 구 국세기본법 및 세법(소득세법, 법인세법 등)이 적용되는 '법인으로 보는 단체'로 승인을 받았다.

마. 피고는 별지 1. 목록 순번 2, 3, 4의 각 토지 양도와 관련하여 원고가 양도소득세를 신고함에 있어 위 목록 순번 2, 순번 3중 84㎡, 위 목록 순번 4(이하 '이 사건 각 계쟁 토지'라고 한다)의 각 양도에 관하여 구 조세특례제한법(2011. 4. 14. 법률 제10596호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 조세특례제한법'이라고 한다) 제69조 제1항, 구 조세특례제한법 시행령(2010. 2. 18. 법률 제22037호로 개정되기 전의 것) 제66조 제1항에 따른 '농지 소재지 거주자의 8년 이상 직접 경작 토지'에 관한 세액감면(감면율 100분의 100, 이하 '자경 감면'이라고 한다)을 적용하여 양도소득세 41,552,752원인 감면된 것으로 신고한 것을 부인하고, 이 사건 각 계쟁 토지의 양도차익 201,467,884원에 대하여 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 법인세법'이라고 한다) 제62조의2 제2항, 구 소득세법(2010. 12. 27. 법률 제10408호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 소득세법'이 라고 한다) 제92조, 제104조 제1항 제1호, 제55조 제1항 제1호에 따른 법인세액 55,613,759원을 산정한 후, 여기에서 구 조세특례제한법 제77조의 '공익사업용토지 등 에 대한 양도소득세 감면세액(감면율 100분의 20), 원고의 예정신고로 인한 세액공제액, 원고의 기납부 세액을 공제한 다음 가산세 13,357,957원을 더한 2010 사업연도 법인세 46,013,203원과 농어촌특별세 1,979,205원을 더하여 산정한 최종징수세액 합계 47,992,408원을 원고로부터 징수하기로 하는 법인세, 농어촌특별세의 과세표준 및 세액 경정 결의를 하고, 2016. 2. 1. 원고에게 위 결정 내용을 고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라고 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1, 2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 주위적 주장

원고는 이 사건 각 계쟁 토지의 양도 당시 구 소득세법상 거주자에 해당하여 구 조세특례제한법 제69조 제1항의 적용을 받으므로, 원고가 이 사건 각 계쟁 토지의 양도소득에 관하여 자경 감면을 적용하여 신고한 것은 정당하다. 구 국세기본법 제13조 제2항에 따라 세법상 '법인으로 보는 단체'인 원고에 대하여 법인세가 부과되는 과세기간인 사업연도의 개시일은 구 법인세법 시행령(2010. 7. 21. 대통령령 제22282호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 법인세법 시행령'이라고 한다) 제3조 제1항 제1호 라.목에 따라 피고의 승인일인 2010. 3. 31.이므로, 피고는 원고의 위 최초 사업연도 개시일 이전에 발생한 이 사건 각 계쟁 토지의 양도로 인한 소득에 관하여 원고에게 법인세를 부과할 수 없다.

2) 예비적 주장

설령 원고가 이 사건 각 계쟁 토지의 양도 당시 소득세법상 거주자가 아니라 법인세부과 대상인 '법인으로 보는 단체'에 해당한다고 하더라도 법인세법 제62조의2 제5항에서 자산양도소득에 대한 세액계산에 관하여는 소득세법 제93조를 준용한다고 규정하고 있고, 구 소득세법 제93조 제2호에서는 '구 소득세법 제90조에 따라 감면되는 세액이 있을 때에는 이를 공제하여 양도소득 결정세액을 계산한다'고 규정하고 있으며, 구 소득세법 제90조는 구 소득세법 외의 법률에서 규정하는 감면소득금액이 있을 때에는 이를 반영하도록 규정하고 있다. 따라서 구 조세특례제한법 제69조에서 정하고 있는 자경 감면이 원고에 대한 법인세 부과시에도 적용되어야 한다.

나. 관련 법령

별지 2. 기재와 같다.

다. 판단

1) 먼저 원고의 주위적 주장, 즉 이 사건 각 계쟁 토지의 양도로 인한 양도소득이 법인세 부과대상에 해당하는지에 관하여 살피건대, 원고가 구 국세기본법 제13조 제2항에 따라 피고의 승인을 받은 일자가 2010. 3. 31.이고, 이 사건 각 계쟁 토지에 관한 소유권이전등기 경료일이 위 승인일 이전인 2010. 2. 18.부터 2010. 3. 29.까지인 사실은 앞서 본 바와 같으며, 갑 제6호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고의 규약(2010. 2. 27. 일부개정) 제21조에서 정한 회계연도는 매년 1월 1일부터 12월 31일까 지인 사실을 인정할 수 있다.

구 법인세법 제6조 제5항, 제1조 제2호 다.목, 구 법인세법 시행령 제3조 제1항 제1호 단서 라.목에 의하면, 구 국세기본법 제13조 제2항의 규정에 의하여 납세지 관할세무서장의 승인을 얻은 단체의 경우 법인세법상 비영리내국법인으로서 법인세 납세의무를 부담하고, 그 최초사업연도의 개시일은 관할세무서장의 승인일인바, 이를 앞서 본 인정사실에 비추어 보면, 원고는 비영리내국법인에 해당하고 그에 대한 법인세 과세기간에 해당하는 2010 사업연도는 원칙적으로 2010. 3. 31.부터 2010. 12. 31.까지이다.

한편, 구 소득세법 제98조, 구 소득세법 시행령(2010. 12. 29. 대통령령 제22568호로 개정되기 전의 것) 제162조 제1항 제1호에 의하면, 대금의 청산시기가 분명하지 않은 이 사건 각 계쟁 토지의 양도소득세 과세 기준일이 되는 양도시기는 위 각 계쟁 토지에 관한 한국토지주택공사 명의의 등기경료일이고, 앞서 본 바와 같이 그 등기경료일은 모두 원고가 피고로부터 구 국세기본법 제13조 제2항의 규정에 따른 승인을 받은 날인 2010. 3. 31. 이전이다.

따라서 이 사건 각 계쟁 토지의 양도로 인한 소득은 원고의 최초 법인세 과세기간인 2010 사업연도(2010. 3. 31.부터 2010. 12. 31.까지)에 속한 소득이라고 볼 수 없으므로, 이에 대하여 원고는 구 법인세법 제62조의2 제2항에 따른 법인세를 부담하지 않는다고 봄이 상당하다.

2) 피고는 구 법인세법 시행령 제3조 제2항에 의하면, 원고의 최초사업연도의 개 시일 전에 이 사건 각 계쟁 토지의 양도로 인한 손익을 사실상 원고에게 귀속시켰고, 조세포탈의 우려가 있다고 볼 만한 사정이 없으므로, 원고의 최초사업연도 개시일은 이 사건 각 계쟁 토지의 최초양도일인 2010. 2. 18.이 되고, 이 사건 각 계쟁 토지의 양도로 인한 손익은 법인세 부과대상이 된다고 주장한다.

그러나 구 법인세법 제3조 제2항은 법인 설립등기 등으로 인하여 최초사업연도가 개시되기 전에 이미 사실상 사업을 개시하여 발생한 손익 또는 법인 설립과정에서 지출된 설립준비비용 등을 설립된 법인에 귀속시키지 못하는 문제점을 해결하기 위한 취지에서 규정된 것으로서, 위 규정에서 '최초사업연도의 개시일 전에 생긴 손익을 사실상 그 법인에 귀속시킨 것이 있을 것', '조세포탈의 우려가 없을 것'이라는 요건을 요구하고 있음에 비추어 위 규정은 법인세의 납세의무자인 법인이 신고납세를 함에 있어 위 요건의 충족이라는 제한 하에 최초사업연도 개시일 전 발생한 손익을 법인에게 귀속할 지 여부를 스스로 선택할 수 있도록 선택권을 부여하는 규정이라고 봄이 상당하다. 따라서 과세관청인 피고가 재량으로 위 규정의 적용여부를 일방적으로 결정할 수 있다고 할 수는 없고, 만일 그와 같이 본다면 과세관청의 자의적인 법집행으로 인하여 위 규정을 둔 취지를 몰각하는 결과를 초래할 수 있으므로, 이와 다른 전제에 선 피고의 주장은 이유 없다.

3) 나아가 갑 제7호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 이 사건 각 계쟁 토지는 모두 원고가 '법인으로 보는 단체'로 승인받기 이전에 구 소득세법 제2조 제3항에 따라 '구 국세기본법 제13조 제4항에 따른 법인으로 보는 단체 외의 사단・재단 및 그 밖의 단체'의 지위에서 구 소득세법상 거주자로서 직접 경작한 토지에 해당하여 원고의 이 사건 각 계쟁 토지의 양도로 인한 소득에 대하여는 구 조세특례제한법 제69조 제1항에 따른 자경 감면이 적용되는 것으로 보이고, 피고도 원고가 구 조세특례제한법 제69조 제1항에 따른 거주자에 해당할 경우 자경 감면이 적용된다는 점에 대해서는 특별히 다투지 않는 것으로 보이는바, 결국 원고는 이 사건 각 계쟁 토지에 관하여 신고 납부한 세액 이외에 별도로 양도소득세를 부담하지 않는다고 봄이 상당하다.

4) 따라서 이 사건 처분 중 법인세 부과 부분은 법인세 또는 양도소득세를 부과할 수 없는 이 사건 각 계쟁 토지에 관한 양도소득에 대하여 법인세를 부과한 것으로서 위법하여 취소되어야 한다.

5) 또한 이 사건 처분 중 농어촌특별세 부과 부분의 경우, 구 농어촌특별세법 (2010. 3. 31. 법률 제10220호로 개정되기 전의 것) 제4조 제2호, 구 농어촌특별세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22396호로 개정되기 전의 것) 제4조 제1항 제1호에 의하면, 구 조세특례법 제69조 제1항에 따른 자경감면이 인정되는 경우 농어촌특별세가 비과세 되어야 하므로, 이 사건 처분 중 농어촌특별세 부과 부분도 위법하다.

6) 결국 이 사건 처분은 위법하여 모두 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.