2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 김포시 양촌면 XX리 000-0 전 146㎡, 같은 리 000-0 전 1,422㎡(위 토지들을 합하여 이하 '이 사건 토지'라 한다)를 1969. 10. 1. 취득하고, 같은 리 답 2,073㎡를 1981. 7. 3. 취득하여 가지고 있다가 2006. 12. 29. 위 토지들을 모두 한국토지공사에 협의로 매매하고 이를 양도하였다.

나. 원고는 2007. 2. 28. 피고에게 이 사건 토지와 같은 리 000-0 토지의 양도에 따른 2006년도 귀속 양도소득세 과세표준 예정신고를 하면서 원고가 위 토지들을 8년 이상 직접 경작하였다며 옛 조세특례제한법(2008. 12. 29. 법률 제9276호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제69조 제1항에 따른 양도소득세 감면신청을 하였다.

다. 피고는 원고가 위 토지들을 직접 경작하지 않은 것으로 보아 2009. 6. 17. 원고에게 그 양도에 따른 2006년도 귀속 양도소득세 86,867,960원을 부과하였다.

라. 원고는 이에 불복하여 2009. 7. 23. 이의신청을 거쳐 2010. 1. 29. 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2011. 1. 20. 김포시 양촌면 XX리 000-0 토지는 원고의 아버지 망 이AA가 8년 이상 자경한 농지로 보아 위 양도소득세 86,867,960원 중 이에 해당하는 부분의 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각하기로 결정하여, 피고는 당초 부과한 양도소득세 86,867,960원에서 34,713,620원을 감액경정하였다(이하 위와 같이 감액되고 남은 양도소득세 52,157,960원 부과 처분을 '이 사건 처분'이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 이 사건 토지 인근인 김포시 양촌면 XX리 000에서 출생하여 현재까지 그 인근에서 거주하고 있으며, 이 사건 토지를 1973년경부터 1998년경까지는 논으로 이용하여 벼농사를 짓고 1998년 이후부터는 밭으로 개량하여 비닐하우스를 설치하고 고추 등을 경작하여 8년 이상 이를 직접 경작하였으므로, 자경농지에 대한 양도소득세 감면 규정을 적용하지 않은 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령의 기재와 같다.

다. 판단

앞서 든 증거와 갑 제2, 3, 4호증, 을 제2, 3, 7호증의 각 기재를 종합하면 다음 사실을 인정할 수 있다.

(1) 원고는 1968. 10. 15.부터 2006. 6. 27.까지 이 사건 토지가 있는 김포시(옛 김포군)에 거주하였다.

(2) 원고는 1973. 6. 11. 지방직 공무원으로 임명되어 김포시청 등에서 36년 4개월 동안 근무하다가 2008년경 퇴직하였으며, 1996년에는 연간 약 2,136만 원의 급여를 받았으며, 그 후 2006년까지 매년 급여가 증가하여 2006년에는 연간 약 4,208만 원의 급여를 받았다.

(3) 원고에 대한 농지원부는 1991. 9. 28. 처음 만들어졌는데, 위 농지원부상 원고는 이 사건 토지 외에도 같은 리 000-0 답 2,073㎡, 김포시 OO면 OO리 000 답 535㎡' 같은 리 답 2,860㎡의 소유자로서 위 각 토지에서 벼농사를 짓는 것으로 기재되어 있다.

(4) 원고의 동생인 이BB은 이 사건 토지에 인접한 김포시 양촌면 XX리 000-0에 거주하고 있었는데, 위 이BB은 농업소득 이외에 다른 근로소득이나 사업 이력이 없는 전업농이다.

라. 판단

(1) 이 사건 토지가 양도소득세 감면대상이 되기 위해서는, 옛 조세특례제한법 제69조 제1항, 법 시행령(2008. 12. 31. 대통령령 제21196호로 개정되기 전의 것) 제66조 제1항의 규정에 따라 원고가 이 사건 농지를 취득한 때부터 양도할 때까지 8년 이상 이 사건 토지가 소재하는 시・군・구 등에 거주하면서 이 사건 토지를 직접 경작, 즉 농작물의 경작 또는 다년성 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하여야 하며, 이러한 요건에 대한 증명 책임은 원고에게 있다(대법원 1993. 7. 13. 선고 92누11893 판결, 대법원 1994. 10. 21. 선고 94누996 판결 등 참조).

(2) 앞에서 살펴본 바와 같이 원고가 이 사건 토지가 소재하는 김포시에서 이 사건 토지를 양도할 때까지 8년 이상 거주한 사실이 인정된다. 그러나 원고가 이 사건 토지를 8년 이상 직접 경작하였는지 살피건대, 앞서 본 증거와 인정 사실에 나타나는 다음과 같은 사정에 비추어볼 때, 원고의 주장에 부합하는 갑 제9, 11, 13호증(가지번호 있는 경우 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재와 증인 이CC의 증언은 믿기 어렵고, 갑 제3, 4, 7, 8, 10, 12, 14, 15, 17호증의 각 기재만으로는 이를 인정하기에 부족 하며, 달리 이를 인정할 증거가 없다(원고의 동생 이BB이 전업농으로써 원고 소유 농지를 대신 경작해주었을 가능성이 큰데, 원고가 제시한 증거로는 그 가능성을 뒤집고 원고의 자경 사실을 인정하기는 어렵다). 따라서 이 사건 토지가 '8년 이상 직접 경작' 한 토지에 해당하지 않음을 전제로 한 이 사건 처분은 적법하다.

① 원고는 이 사건 토지에서 1998년까지는 벼농사를 하였고, 그 후에는 비닐하우스를 이용하여 고추농사 등을 하였다고 주장하나, 이에 관하여 추곡수매 내역 등 객관적인 농작물 판매 내역을 제출하지 못하고 있다. 원고가 제출한 벼 보관 및 도정확인서(갑 제11호증의 1, 2)와 농업 생산품 가공확인서(갑 제11호증의 3)는, 도정 일시와 수량 등 구체적인 내용의 기재가 없이 원고가 주장하는 경작 일시로부터 수년이 지난 후에 작성된 것이고 피고 소속 공무원이 전화로 사실 관계를 조사할 때 그 작성자들의 가족인 박DD, 전EE, 염FF이 이 사건 토지를 대부분 원고의 동생 망 이BB이 경작하였다고 진술한 점에 비추어 이를 그대로 믿기 어렵다.

② 원고가 이 사건 토지를 직접 경작하였다는 근거로 제출한 농업직불제보조금 지급자료(갑 제10호증)는 이 사건 토지에 관하여 작성된 것이 아니고 직불보조금이 통상 농지원부와 마을 이장의 경작확인서를 제출하면 경작 여부와 무관하게 지급되어 온 점에 비추어 원고의 자경 사실을 인정할 근거로 하기 부족하다. 그리고 한국토지공사가 작성한 실농보상비지급(갑 제8호증) 역시 이 사건 토지의 소유자인 원고의 진술을 토대로 작성된 것으로 보이며, 면세유류관리대장(갑 제12호증), 매출내역조회(갑 제14호증)은, 그 내용과 같이 판매된 면세유와 농자재 등이 이 사건 토지 경작에 사용되었다고 볼 자료가 부족하고, 설령 이 사건 토지 경작에 사용되었더라도 거래자 명의만 원고일 뿐 실제 경작자는 다른 사람이라고 볼 여지를 배제할 수 없어 자경 사실을 인정할 근거로 하기에 부족하다.

③ 원고가 1973. 6. 11. 공무원으로 임용되어 상시 근무를 필요로 하는 직업을 가진 사람으로서 매년 근로 소득을 얻고 있었고, 이 사건 토지를 포함하여 원고가 소유 하고 있던 농지의 면적이 합계 7,036㎡에 달하므로(더 나아가 원고는 XX리 000 전 6,209㎡ 중 1,220㎡를 직접 경작하였다고 주장하기까지 하였다) 원고가 여가시간을 이용하여 위 농지들을 모두 자신의 노동력으로 경작하였다고 보기 어려운데, 원고는 이에 관하여 납득할만한 주장 ㆍ 증명을 하지 못하고 있다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.