2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 원고의 모(母) AAA와 공동으로 2000. 8. 1. BBB로부터 ○○시 ○○면 ○○리 100-2 토지 882㎡ 및 건물 3개동 합계 491.93㎡(주택 96.78㎡, 창고 197.6㎡, 우사 197.55㎡)를 각 1/2 지분씩(토지 중 42㎡는 2008. 5. 28. 같은 리 100-7 토지로 분할되었고, 주택은 2006. 6. 23. 멸실되었다. 이하 분할 후 토지와 나머지 창고, 우사를 통틀어 '이 사건 부동산'이라 한다) 양수하였고, 2010. 12. 3. AAA로부터 이 사건 부동산 중 1/2 지분을 증여받았다.

나. 원고는 2014. 5. 2. 이 사건 부동산을 양도하였고, 2014. 7. 31. 피고에게 양도소득 과세표준 예정신고를 하면서 이 사건 부동산의 취득가액을 99,468,589원(이 사건 부동산 중 원래 원고의 지분은 환산가액 423,273,699원, 원래 AAA의 지분으로서 증여로 소유하게 된 원고의 지분은 상속세 및 증여세법이 정한 보충적 평가방법에 따라 176,194,890원)으로 산정하여 양도소득세를 신고・납부하였다.

다. 그런데 피고는 2016. 2. 15.부터 2016. 3. 5.까지 원고에 대한 양도소득세 세무조사를 실시한 결과, BBB가 관할 세무서장에게 양도소득 과세표준 신고 당시 이 사건 부동산 등과 관련하여 양도가액을 80,000,000원으로 신고한 사실을 확인하고, 이 사건 부동산의 취득가액이 80,000,000원임을 전제로 원고의 양도소득을 재산정하여 2016. 5. 9. 원고에 대하여 한 2014년 귀속 양도소득세 28,099,910원(가산세 포함)을 부과하는 처분(이하 '이 사건 처분'이라 한다)을 하였다.

라. 원고는 이 사건 처분에 대하여, 2016. 7. 26. 피고에 대한 이의신청을 거쳐 2016. 12. 13. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2017. 3. 2. 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼이 없음, 갑 제 1 내지 17호증, 을 제1호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법여부

가. 원고의 주장 요지

원고와 AAA가 2000. 8. 1. BBB와 사이에 체결한 매매계약에 따른 매매대금은 80,000,000원이 아니다. 또한 피고가 한 세무조사는 세무조사의 일반적 관행에 반하는 허술한 조사였다. 나아가 피고 스스로 이 사건 처분에 대한 이의신청 심사결과 재조사 결정을 하였음에도 피고 담당직원은 별다른 근거도 없이 '당초 조사 적정함'이라고 성급히 판단하였을 뿐만 아니라, 원고의 조사종결보고서 사본 요구도 '비밀유지'라는 엉뚱한 이유로 거부함으로써 그 직무를 수행함에 있어 신의에 따라 성실히 수행하지 아니하였다. 따라서 이 사건 처분은 과세요건이 증명되지 아니한 처분이고, 위법한 세무조사에 근거한 처분이며, 국세기본법 제15조가 정한 신의성실의 원칙에 반하는 처분으로서 위법하다고 보아야 한다.

나. 판단

1) 구 소득세법 제94 내지 97조, 제100조 등에 의하면 부동산의 양도차익은 양도가액에서 취득가액 등을 공제하되 양도가액과 취득가액은 실지거래가액으로 함이 원칙이나, 구 소득세법 제114조 제7항, 구 소득세법 시행령 제176조의2 제1항에 의하면, 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부・매매계약서・영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비되는 등의 사유로 당해 자산의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 환산가액 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. 한편, 과세요건의 증명책임은 과세관청에 있으므로, 이 사건과 같이 양도가액에 대하여는 실지거래가액으로 하면서 취득가액에 대하여는 그 증빙의 미비 등으로 실지거래가액을 확인할 수 없다고 신고한 경우에도 원칙적으로 실지거래가액인 취득가액에 대하여는 과세관청이 이를 증명하여야 하고, 이를 증명하지 못하는 경우에는 환산가액 등에 의하여 추계결정할 수밖에 없다(대법원 2016. 6. 10. 선고 2016두34356 판결 등 참조).

2) 갑 제4호증, 을 제2호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, BBB가 관할 세무서장에게 이 사건 부동산 등의 양도와 관련하여 양도소득 과세표준 신고 당시 양도가액을 80,000,000원으로 신고한 사실이 인정되기는 하나, 다른 한편으로 BBB의 남편 CCC은 이 사건 처분에 대한 이의신청 심사담당자에게 당시 양도소득세를 낮추기 위해 원고 등과 실지거래가액을 낮춰 기재하는 소위 '다운계약서'를 작성하였다는 취지로 진술하였던 점, 당시 이 사건 부동산 등의 기준시가는 300,373,760원, 이 사건 부동산 등에 관하여 설정된 근저당권의 피담보채무액도 160,000,000원에 이르렀던 점, 한편 국세청 전산망에 등록된 BBB에 대한 양도소득세 신고 조회화면에는 '1세대 1주택 부수토지분 양도분 있음, 부수토지분 면적 : 173.52㎡, 건물면적 96.78㎡'의 내용이 나타나는바, 그렇다면 BBB가 실제로 1세대 1주택으로 비과세되는 양도소득에 대한 양도가액을 제외한 나머지 양도가액만을 신고하였을 가능성도 충분히 있다고 보이는 점 등에 비추어 보면, 앞서 본 사실만으로 원고와 AAA가 2000. 8. 1. BBB와 사이에 체결한 매매계약상 매매대금을 80,000,000원이라고 보기에는 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

3) 따라서 이 사건 처분은 과세요건이 증명되지 아니한 처분으로서 위법하다(덧붙여, 원고 등이 이 사건 토지를 매수하였을 당시와 원고가 이 사건 부동산을 양도하였을 당시는 토지면적만 따져도 토지의 분필로 인하여 42㎡의 차이가 있고, 주택의 멸실로 인한 건물의 현황도 차이가 있으므로, 피고로서는 설령 BBB가 신고한 양도가액을 실지거래가액으로 본다고 하더라도, 이 사건 부동산의 취득가액을 산정함에 있어 당초 원고 등과 BBB 사이에 체결된 매매계약의 성격 등을 살펴 그 차이를 고려하였어야 할 것임에도, 만연히 BBB가 신고한 양도가액을 이 사건 부동산의 취득가액으로 삼았다 할 것이므로, 이 사건 처분에는 이러한 점에서도 위법이 있다는 점을 지적하여 둔다)

다. 소결론

따라서 원고의 나머지 주장을 더 나아가 살필 필요 없이 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.