판결내용은 붙임과 같습니다.

1. 구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제98조의 위임에 따라 자산의 양도 또는 취득의 시기에 관하여 규정하고 있는 구 소득세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22034호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제162조 제1항은 자산의 양도시기를 원칙적으로 당해 자산의 대금을 청산한 날로 규정하면서도 그 제3호에서 '기획재정부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기 접수일・인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날'로 하도록 규정하고 있고(이하 '이 사건 조항'이라 한다), 그 위임을 받은 구 소득세법 시행규칙(2011. 3. 28. 기획재정부령 제195호로 개정되기 전의 것) 제78조 제3항은 장기할부조건의 요건으로 제2호에서 '양도하는 자산의 소유권이전등기 접수일・인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날의 다음 날부터 최종 할부금의 지급기일까지의 기간이 1년 이상인 것'을 규정하고 있다.

이 사건 조항에서 정한 '사용수익일'에는 양수인이 매매목적물인 자산을 현실적으로 사용・수익하기 시작한 날은 물론 매매계약의 내용 중 특약으로 정한 사용・수익이 가능한 날도 포함된다고 할 것이지만, 양수인이 양도인으로부터 매매목적물인 자산을 이용・관리할 수 있도록 하는 승낙을 받았다고 하더라도 그것이 그 자산을 잠정적으로 보존・유지・관리하거나 제한적인 목적에서 일시적으로 이용하도록 하는 것에 불과한 경우에는 양수인으로 하여금 그 자산을 독자적으로 사용・수익할 수 있게 한 것이 아니므로 그와 같은 승낙일은 이 사건 조항에서 정한 '사용수익일'에 해당한다고 할 수 없다.

2. 원심판결 이유와 기록에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

가.원고들은 2004. 10. 1. 학교법인 DD학원에게 원고들이 각 1/3 지분씩 소유하면서 과수원으로 이용하는 이 사건 토지를 대금 00억 0,000만 원에 매도하는 매매계약을 체결하면서, 그 매매대금을 분할하여 계약 시에 계약금 0억 0,000만 원을, 2004. 11. 1.에 1차 중도금 00억 0,000만 원을, 2005. 3. 2.에 2차 중도금 00억 0,000만 원을, 2009. 12. 15.에 잔금 0억 0,000만 원을 각각 지급받기로 정하였다.

나. 원고들과 DD학원은 이 사건 매매계약 당시에, 이 사건 토지가 농지법 등 관련법령상 곧바로 DD학원 명의로 소유권이전이 불가능하다는 등의 이유로, ① 원고들은 DD학원이 이 사건 토지를 EEE대학교의 교지로 사용할 수 있도록 2차 중도금 수령 시에 토지편입신청승낙서를 발급하고, ② 그 이후 소유권이전 때까지 인허가를 위한 제반 행정서류를 DD학원의 요구에 따라 제공하되 그때까지 부과되는 각종 세금 등은 원고들이 부담하며, ③ 소유권이전에 필요한 서류는 DD학원 명의로 소유권이전이 가능할 때 제공하기로 하는 등의 특약을 정하였다.

다. 이에 따라 원고들은 2005. 3. 3.에 2차 중도금을 지급받고 DD학원에게 이 사건 토지에 관한 토지편입신청승낙서를 교부하였으나, 그 후 2009. 12. 15. DD학원으로부터 잔금을 지급받기까지 이 사건 토지를 과수원으로 계속 사용하였고, 그때까지의 이 사건 토지에 관한 세금 역시 특약에 따라 원고들이 부담하였다.

라. 이 사건 토지는 2010. 8.경 학교부지 조성사업에 편입되었고, 2010. 9. 1. DD학원 앞으로 소유권이전등기가 이루어졌다.

3. 이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 보면, 원고들이 2005. 3. 3. DD학원에게 이 사건 토지에 관한 토지편입신청승낙서를 교부하였다고 하더라도 이는 원고가 이 사건 토지를 계속 사용・수익하는 상태에서 DD학원으로 하여금 이 사건 토지에 관한 학교시설결정 등 각종 인허가를 받을 수 있도록 편의를 제공한 제한적인 것에 불과하므로, 위 특약에서 정한 이 사건 토지에 관한 토지편입신청승낙서 교부일은 이 사건 조항에서 정한 '사용수익일'에 해당한다고 할 수 없고, 원고가 2005. 3. 4. 이 사건 토지에 관하여 DD학원 명의로 채권최고액 00억 원의 근저당권을 설정하여 주었다거나 그때까지 DD학원으로부터 지급받은 매매대금이 전체 금액의 약 95%에 이른다는 등의 사정만으로 달리 볼 것은 아니다.

그런데도 원심은, 그 판시와 같은 이유만으로 이 사건 토지에 관한 '사용수익일'을 2차 중도금 지급일인 2005. 3. 3.로 보아 이 사건 매매계약이 장기할부조건부 매매에 해당하고 그에 따른 이 사건 토지의 양도시기 또한 2005. 3. 3.이라고 전제한 다음, 피고가 이 사건 토지의 양도시기를 그 잔금지급일인 2009. 12. 15.로 보아 한 이 사건처분이 위법하다고 판단하였으므로, 이러한 원심의 판단에는 이 사건 조항에서 정한 '사용수익일'의 해석 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유 주장에는 정당한 이유가 있다.

4. 그러므로 나머지 상고이유에 관한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고 사건을 다시 심리, 판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.