2. 피고들의 나머지 항소를 모두 기각한다.

3. 소송총비용 중 5/7는 원고가, 나머지는 피고들이 각 부담한다.

피고 역삼세무서장이 2010. 7. 1, 원고에게 한，2007 사업연도 법인세 5,669,870,580 원의 부과처분 중 156,408,160원을 초과하는 부분, 2008 사업연도 법인세 4,592,990,350원의 부과처분 중 210,512,360원을 초과하는 부분을 각 취소한다. 피고 서울지방국세청장이 2010. 7. 1. 원고에게 한, 별지 소득금액변동통지 목록 1 기재 합계 25,288,393,214원의 소득금액변동통지 중 같은 목록 2 기재 합계 455,439,880원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 원고의 청구를 모두 기각한다.

1. 처분의 경위

가. 원고, BB와 이CC, 이DD의 관계 등

1) 원고는 1995. 4. 17. 국내의 호텔 등에 영화 및 인터넷 서비스 등을 제공하기 위한 객실 주문형 비디오와 인터넷 시스템의 설치 및 운영업을 주된 사업목적으로 설립된 내국법인으로, 이CC은 1995. 4. 17.부터 2000. 12. 18.까지 원고의 대표이사로, 2005. 8. 11.부터 2008. 8. 11.까지 원고의 이사로, 2009. 6. 30.부터 2012. 6. 3이까지 원고의 기타비상무이사로 각 재임하였고, 이DD은 2000. 12. 18.부터 2009. 3. 24,까지 원고의 감사로 재임하였고, 2009. 3. 24,부터 원고의 사내이사로 재임하고 있다.

2) BB Company Limited(이하，BB라 한다)는 2000. 5. 2. 말레이시아 라부안에 설립된 투자지주회사로서, 원고의 지분 100%를 보유하고 있으며, BB의 지분 83%는 이CC이, 17%는 이DD이 각 보유하고 있다.

3) EE Pte. Ltd(이하 'EE'이라 한다)는 2004. 9.경 전세계 호텔의 주문형 비디오와 인터넷 시스템의 설치 및 운영을 사업목적으로 설립된 싱가포르 법인으로서, 2005. 4. 30. 당시 원고가 EE 지분 45.57%를, BB가 EE 지분 27.38%를 각 소유하고 있었다.

나. 원고의 2007. 9. 14자 콜옵션 포기 등

"1) 원고，BB, FF Corp(이하 'FF'라 한다)와 소액주주 등은 2005. 4. 30. GG(이하 'GG'라 한다)에 EE 주식 합계 16,824,899주(지분 합계 65%)를 미화(이하 생략) 70,850.000달러(1주당 4.2110달러)에 양도하였다.",2) 이에 따른 EE 주식변동내역은 아래 표와 같다.

"3) 원고와 BB는 2005, 5. 10. GG와 사이에GG가 2007. 6. 30.까지 EE을 일본 주식시장에 상장하지 못할 경우 원고와 BB가 보유한 EE 주식 전부(지분 합계 34,23%)룰 GG가 지급한 주식취득가액의 120%에 해당하는 가격에 매도할 수 있도록 하는 풋옵션(이하풋옵션'이라 한다)과 풋옵션에 GG가 응하지 아니할 경우 EE 주식 1%~35%를 GG가 지급한 주식취득가액의 70%에 해당하는 가격에 매수할 수 있는 콜옵션(이하 '쟁점 콜옵션'이라 한다)을 부여하는 것'을 내용으로 하는 주주간 약정(이하 '이 사건 주주간 약정'이라 한다)을 체결하였다.",4) 원고는 2007. 7. 26. GG에 원고가 보유한 EE 주식 5,179,561주(지분 20.01%)에 대하여 풋옵션 행사가 24,812,770달러(1 주당 4.7905달러)에 풋옵션을 행사하였으나, GG는 이에 응하지 아니하였다,

5) 원고는 2007. 9. 14. 콜옵션을 행사하지 아니하였고, BB는 2007. 9. 14. GG 로부터 EE 주식 11,648,007주(지분 45%)를 1주당 3.4032달러(총금액 39,641,312달러) 에 양수하는 계약을 체결하였는데, 위 가격은 EE 주식 9,059,561주(총 발행주식수의 35%)는 콜옵션 행사가인 1주당 2.7944328달러로, EE 주식 2,588,446주(총 발행주식 수의 10%)는 시가인 1주당 5.5342달러를 가중평균함으로써 결정되었다.

다. 원고와 BB 사이의 2007. 12. 12.자 주식양도 등

1) BB는 2007. 9. 21. 일본의 창업투자회사인 HH Ventures Co., Ltd.(이하 'HH'라 한다)에 EE 주식 2,710,415주(지분 10.47%)를 14,999,978달러 (1주당5.5342달러)에 양도하였다.

2) 원고는 2007. 12. 12. BB에 EE 주식 5,179,561주(지분 20.01%)를 17,627,444달러(1 주당 3.4032달러)에 양도하고(이하，이 사건 주식 저가양도'라 한 다), 2008. 2. 1. 그 잔금을 청산하였다.

"3) BB는 2007. 12. 21. 일본의 최대 통신회사인 II(이하II' 라 한 다)의 자회사인 JJ(이하，JJ，라 한다)에 EE 주식 17,791,153 주(지분 68.73%)를 1주당 5.79달러에 양도하는 한편，나머지 EE 주주들인 HH, GG, FF가 같은 날 JJ에게 EE 주식 2,710,415주, 5,176,892주, 200,000주(지분 10.47%, 20.01%, 0.77%)를 1주당 6.36달러, 5,43달러, 5.43달러에 각 양도하도록 알선 •보증하였으며, 2008. 1. 31. JJ로부터 위 주식양도 대금을 모두 지급받았다.",4) 위와 같은 여러 당사자들의 거래관계를 요약하면 아래 표와 같다.

5) 이에 따른 EE의 주요 주주현황은 아래와 같이 변동되었다.

라. 법인세 부과처분과 소득금액변동통지 등

"1) 피고 역삼세무서장은 원고의 콜옵션 포기로 인함 이익분여와 관련하여 아래 표와 같은 거래관계로 파악하고, 원고가 콜옵션을 행사하여 시가 1주당 5.5342달러 상당의 EE 주식을 1주당 2.7944328달러에 취득할 수 있었음에도 이를 일부러 행사하지 않고 특수관계자인 BB가 모든 콜옵션을 행사하게 하여, 원고가 마땅히 얻을 수 있는 콜옵션 행사가격과 시가의 차이 14,511,137달러 (=콜옵션 포기주식수 5,296,486주X 2.739767달러)상당을 BB를 통하여 특수관계자인 이CC, 이DD에게 무상으로 이전한 것으로 보아 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이 하 '구 법인세법'이라 한다) 제52조 제1항, 구 법인세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 법인세법 시행령'이라 한다) 제88조 제1항 제 7의2호, 구 법인세법 시행규칙(2008. 3. 31. 기획재정부령 제10호로 개정되기 전의 것,구 법인세법 시행규칙'이라 한다) 제42조의3에 따른 부당행위계산부인 규정을 적용하여 위 차액 13,403,935,999원)을 원고의 2007 사업연도 익금에 산입하였다.",2) 피고 역삼세무서장은 원고의 이 사건 주식 저가양도로 인한 이익분여에 관하여 아래 표와 같은 거래관계로 파악하고, 원고가 보유한 EE 주식 5,179,561주(지분 20.01%)룰 II에게 1주당 5.79달러에 직접 양도할 수 있었음에도 BB에게 시가보다 낮은 가격인 1주당 3.4032달러에 양도함으로써 BB를 통하여 특수관계자인 이CC, 이DD에게 그 차액 상당인 11,429,017,335원(12,087,868달러)의 이익을 분여한 것으로 보아, 구 법인세법 제52조 제1항，구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제3호의 부당행위 계산부인 규정에 따라 위 금액을 원고의 2008 사업연도 익금에 산입하였다.

"3) 피고 역삼세무서장은 위와 같은 콜옵션 포기에 따른 이익분여 및 주식 저가양도 등을 반영하여 2010. 7. 1. 원고에게 2007 사업연도 법인세 5,669,870,580원，2008 사 업연도 법인세 4,592,990,350원 합계 10,262,860,930원을 부과하는 처분(이하 '이 사건 부과처분'이라 한다)을 하였다.", "4) 피고 서울지방국세청장은 위 각 익금산입액은 명목회사인 BB를 통하여 그 주주인 이CC, 이DD에게 귀속되었다고 보고, 구 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 나.목에 의하여 원고의 임원인 이CC, 이DD에 대한상여'로 소득처분하고, 2010. 7. 1. 별지 소득금액변동통지 목록 1 기재와 같이 이DD의 2007년 및 2008년 소득 합계 4,644,061,083원, 이CC의 2007년 및 2008년 소득 합계 20,644,332,131원의 소득금 액변동통지(이하이 사건 소득금액변동통지|라 한다)를 하였다.",5) 원고는 이 사건 부과처분 및 소득금액변동통지에 대하여 이의신청을 거쳐 2011. 8. 11. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 90일의 결정 기간 내에 조세심판원의 결정을 통지받지 못하였다.

[인정 근게 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 10, 14 내지 23, 52, 68, 76, 115호증, 을 제1, 28, 29호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재，변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 부과처분에 관하여

다음과 같은 이유로 이 사건 부과처분에 의한 세액 중 이 사건 쟁점과 관계되어 있는 부분은 취소되어야 한다.

가) 쟁점 콜옵션 포기로 인한 이익분여 부분

"(1) 독립한 거래주체로서 실체성이 인정되는 외국법인인 BB를 위 거래의 상대방으로 보아야 하므로, 쟁점 콜옵션 포기로 인한 이익분여는 구 국세조세조정에 관한 법률(2010. 1. 1. 법률 제9914호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 국세조세조정법'이라 한 다) 제2조 제1항 제1호, 제3조 제2항 본문에 의하여 구 법인세법 제52조의 부당행위계산부인 규정의 적용이 배제되는국제거래'에 해당하고, 구 국세조세조정법 시행령 (2009. 2. 4. 대통령령 제21299호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 국세조세조정법 시행 령'이라 한다) 제3조의2 각 호에서 정한 예외규정이 적용되지 아니하므로, 구 법인세법 상 부당행위계산부인 규정은 적용될 수 없다,", "(2) 가사 BB가기지회사'에 불과하여 실질과세의 원칙상 그 거래나 소득이 이CC，이DD에게 귀속된다 하더라도, 이CC은 소득세법 및 대한민국 정부와 싱가포르 정부 간의 소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협약(이하한 •싱가포르 조세조약'이라 한다)상 대한민국 거주자가 아니므로, 비거주자인 이CC에 대하여는 구 법인세법상 부당행위계산부인 규정이 적용될 수 없다.",(3) 가사 쟁점 콜옵션 포기에 대하여 구 법인세법상 부당행위계산부인 규정이 적용된다고 하더라도, 원고가 콜옵션을 행사하지 아니한 것은 경영상 판단에 따른 것으로, 경제적 합리성이 결여된 비정상적인 행위라고 볼 수 없고, 당시 EE 주식의 시가는 1주당 3.40327달러로 봄이 타당하므로，구 법인세법상 부당행위계산부인 규정의 적용요건을 충족한 것으로 볼 수 없다.

"(4) 가사 쟁점 콜옵션 포기가 구 법인세법상 부당행위계산부인 규정의 적용요건을 충족하였다고 보더라도, 원고, BB 및 GG 간에 체결된 2005. 5. 10.자 주주간 약정서 제 13.7조에 의하면, 콜옵션 권리자는 EE의 확장주식(Enlarged Share Capital, 이하ESC'라고 한다) 27,304,283주의 1~35%를 ESC의 1%당 763,000달러의 가격으로 매 수할 수 있는 콜옵션을 갖고 있는 것으로 규정하고 있으므로, 원고와 BB는 누구든지 EE의 ESC 27,304,283주의 35%인 9,556,449주의 범위 내에서 콜옵션을 균등하게 보유하고 있었던 것으로 보아 각각 4,778,249주(=9,556,449주X1/2)에 대한 콜옵션을 보유 하고 있었던 것으로 봄이 타당하고, 원고와 BB가 EE의 기발행주식(Issued Share Capital, 이하ISC'라고 한다) 25,884,460주의 35%인 9.059,561주의 범위 내에서 보유 주식 비율에 따라 콜옵션을 행사할 수 있었던 것이 아니다. 따라서 BB가 콜옵션을 행사한 EE 주식 9,059,561주 중에서 원고가 포기한 콜옵션 주식수는 BB가 위와 같이 보유하고 있었던 콜옵션 주식수 4,778,249주를 공제한 나머지 4,281,312주에 불과하다.",나) 이 사건 주식 저가양도로 인한 이익분여 부분

(1) 이 사건 주식 저가양도 거래도 거래 상대방이 외국법인인 BB이므로 구 법 인세법상 부당행위계산부인 규정은 적용되지 않는다.

(2) 가사 BB가 '기지회사'에 불과하여 실질과세의 원칙상 그 거래나 소득이 이CC, 이DD에게 귀속된다 하더라도, 이CC은 소득세법 및 한•싱가포르 조세조약상 대한민국 거주자가 아니므로, 비거주자인 이CC에 대하여는 구 법인세법상 부당행위 계산부인 규정이 적용될 수 없다.

(3) 원고는 EE 주식의 일본 증시 상장을 목적으로 원고 소유의 EE 지분을 2007년 말까지 정리하기 위하여 위 거래를 한 것일 뿐이고, 위 거래는 BB와 JJ 사이의 2007. 12. 21.자 주식양도와는 관계가 없다. 또한, BB와 JJ 사이의 2007. 12. 21.자 주식양도 가격인 1주당 5.79달러는 EE에 대한 경영권 프리미엄이 포함된 것이고 BB에게 각종 보증의무가 부여되어 있는 점 등에 비추어 이 사건 주식의 정당한 시가로 보기 어렵고, 원고와 HH 사이의 2007. 9. 21.자 주식양도 가격인 1주당 5.5342달러는 위 거래가 재무적 투자자 유치를 위한 원금 보장 환매조건부 거래라는 점 등에 비추어 이 사건 주식의 정당한 시가로 보기 어려우며, 원고와 GG 사이의 2007. 9. 14.자 주식양도 가격인 1주당 3.4032달러가 원고와 특수관계가 없는 GG 사이에 치열한 협상을 거쳐 결정된 가격으로서 정당한 시가이므로, 위와 동일한 가격으로 이루어진 이 사건 주식양도를 저가양도로 볼 수 없다.

다) 가산세 부분

"가사 BB가기지회사'에 불과하여 실질과세의 원칙상 그 거래나 소득이 이CC, 이DD에게 귀속되고, 위 거래에 대하여 구 법인세법상 부당행위계산부인 규정이 적용되며, 위 거래가 구 법인세법상 부당행위계산부인 규정의 적용요건을 충족한 것으로 보더라도. 구 국세기본법 시행령 제27조 제2항의，부당한 방법과 조세포탈범에 있어서 '사기 기타 부정한 행위'는 실질적으로 동일한 개념이라고 할 수 있는데, 국내외 투자에서 널리 이용되고 그 이용이 적법한 조세피난처 법인을 통한 거래를 '조세포탈을 위한 사기 기타 적극적 부정행위'라고 볼 수는 없으므로, 부당불성실신고가산세 부분은 위법하다.",2) 이 사건 소득금액변동통지에 관하여

가) 쟁점 콜옵션 포기로 인한 이익분여 및 이 사건 주식양도에 대하여 구 법인세법에 따른 익금산입이 인정되지 않는 이상, 이를 전제로 한 소득처분 및 그에 따른 이 사건 소득금액변동통지 또한 위법하다.

"나) 쟁점 콜옵션 포기로 인한 이익분여 중 비거주자인 이CC에 대하여 구 법인세법에 따른 익금산입으로 구 법인세법에 따라 '상여'로 소득처분된 금액은 소득세법 제119조 제7호, 구 소득세법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26067호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 소득세법 시행령1이라 한다) 제179조 제8항에 비거주자의 국내원천소득으로 열거되어 있지 않았으므로, 이에 대해 소득금액변동통지를 한 것은 위법하다.",다) 이 사건 주식 저가양도로 인한 이익분여 중 비거주자인 이CC에 대하여 구 법인세법에 따른 익금산입이 인정되지 않는 이상, 구 법인세법에 따라 '상여'로 소득처분하여 소득금액변동통지를 한 것은 위법하다.

나. 관계 법령

이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결문의 별지 관계 법령 말미에 이 판결의 별지 관계 법령 내용을 추가하는 것 외에는 제1심 관결의 해당 부분(제9쪽 제7, 8 행 및 제25쪽부터 제30쪽까지, "나. 관계 법령" 부분) 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

다. 인정사실

이 부분에 관하여 설시할 이유는, 제2쪽 제1, 2행의 포기하기는 을 포기하는 으로, 제13쪽 제1행의 "이 사건 ①주식양도계약"을 이 사건 주식양도계약"으로 각 고치고, 제13쪽 제8행부터 제13행을 삭제하며, 제15행 104호증, , ,19 를 각 삭제하는 것 외에는 제1심 판결의 해당 부분(제9쪽 제9행부터 제13쪽 제15행까지， 다. 인정사실'1 부분) 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

라. 판단

1) BB를 '기지회사' 볼 수 있는지 여부

가) 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제14조 제1항 에서 규정하는 실질과세의 원칙은 소득이나 수익, 재산, 거래 등의 과세대상에 관하여 그 귀속명의와 달리 실질적으로 귀속되는 사람이 따로 있는 경우에는 형식이나 외관을 이유로 그 귀속명의자를 납세의무자로 삼지 아니하고 실질적으로 귀속되는 사람을 납세의무자로 삼겠다는 것이다. 따라서 재산의 귀속명의자는 이를 지배 •관리할 능력이 없고, 그 명의자에 대한 지배권 등을 통하여 실질적으로 이를 지배 •관리하는 사람이 따로 있으며, 그와 같은 명의와 실질의 괴리가 조세를 회피할 목적에서 비롯된 경우에 는, 그 재산에 관한 소득은 그 재산을 실질적으로 지배 •관리하는 사람에게 귀속된 것으로 보아 그를 납세의무자로 삼아야 한다(대법원 2012. 1. 19. 선고 2008두8499 전원합의체 판결 등 참조). 그리고 이러한 실질과세의 원칙은 비거주자나 외국법인이 원천 지국인 우리나라의 조세를 회피하기 위하여 조세조약상 혜택을 받는 나라에 명목회사 를 설립하여 그 법인형식만을 이용하는 국제거래뿐만 아니라, 거주자나 내국법인이 거 주지국인 우리나라의 조세를 회피하기 위하여 소득세를 비과세하거나 낮은 세율로 과세하는 조세피난처에 사업 활동을 수행할 능력이 없는 외형뿐인 이른바 '기지회사'를 설립하여 두고 그 법인형식만을 이용함으로써 그 실질적 지배 •관리자에게 귀속되어야 할 소득을 부당하게 유보하여 두는 국제거래에도 마찬가지로 적용될 수 있다.

나) 앞서 나온 각 증거와 갑 제104호증, 올 제19호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 아래의 사실을 인정할 수 있다.

① 이CC과 이DD은 2000, 4,경 세무상 신고의무가 없고 지역의 특성상 재무제표와 감사보고서의 작성이 의무화되어 있지 아니하여 현지에서 과세될 가능성이 낮은 말레이시아 라부안에 투자지주회사를 설립하기로 하고 BB의 설립을 주도하였다.

② 이CC, 이DD, 이KK 및 LL산업 주식회사는 2000. 5. 2. 말레이시아 라부안에 투자지주회사인 BB를 설립하였고, 이후 이CC이 83%, 이DD이 17%의 지분을 보유한 주주로 남게 되었다.

③ BB는 말레이시아 라부안에 특별한 물적 시설이나 고용된 직원이 존재하지 않으며, 이CC과 이DD의 지시에 따라 홍콩에 있는 회사가 관련 업무를 모두 대행할 뿐, 이사회 결의 등 법인의 주요 의사결정절차도 제대로 이루어지지 아니하였다.

④ 이CC이 BB의 계좌에서 자신의 계좌로 수시로 입출금을 하는 등, BB는 그 자산관리를 이CC에게 의존하였음에도 신뢰할 만한 회계장부를 작성하지 아니하였다 .

⑤ 한편 싱가포르 영주권자인 이CC은 2000년부터 2007년까지 국내 체류일수가 매년 9일 내지 112일에 불과하였고, 이DD은 국내 거주자이기는 하나 BB 주식의 17% 만 보유하고 있어 BB가 얻은 소득은 그 당시 시행되던 국제조세조정에 관한 법률에 따른 특정외국법인 배당간주의 대상이 아니었다.

"다) 이와 같은 BB의 설립경위와 목적，BB의 인적 •물적 조직과 사업활동 내역, BB의 의사결정과 자산관리의 태양, BB의 지배구조 등에 관한 사실관계를 앞에 서 본 법리에 비추어 보면, (1) BB는 소득세를 비과세하거나 낮은 세율로 과세하는 조세피난처에 설립된 회사로서 그 명의의 재산을 지배 •관리할 능력이 없을 뿐만 아니라 실질적인 사업활동을 수행할 능력도 없고, 이CC과 이DD이 그 지배권을 통하여 BB의 의사결정과 자산관리를 하면서 BB의 명의로 실질적인 사업활동을 수행하였으며, 이러한 명의와 실질의 괴리는 오로지 BB를 거래와 행위의 주체로 개입시켜 소득의 귀속자를 이CC과 이DD으로부터 BB로 변경함으로써 국내 세법에 따라 과세되어야 할 소득을 BB에 유보하여 두려는 조세회피의 목적에서 비롯되었다고 볼 수 있으므로, BB는 실질과세의 원칙상 그 실체를 인정할 수 없는 이른바기지회사'에 해 당한다 할 것이며, (2) 피고 역삼세무서장이 익금 산입의 대상으로 삼은 원고의 쟁점 콜옵션 포기로 인한 이익분여나 이 사건 주식 저가양도에 따른 이익은 이를실질적으로 지배 •관리하는 이CC과 이DD에게 직접 귀속되었다고 봄이 타당하다.",라) 따라서 아래에서는 먼저 이CC과 이DD이 소득세법상 거주자에 해당하는지 여부 및 원고의 쟁점 콜옵션 포기로 인한 이익분여와 이 사건 주식양도가 국내거래 또는 국제거래인지 여부를 가린 후, 그에 따라 구 법인세법 또는 구 국제조세조정법에 따른 과세요건을 갖추었는지 등에 대하여 살펴보기로 한다.

2) 이CC과 이DD이 소득세법상 거주자에 해당하는지 여부

"가) 구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 소득세법'이라 한다) 제1조 제1항 제1호는 "'거주자'란 국내에 주소를 두거나 1년 이상 거소를 둔 개인을 말한다."고 규정하고, 구 소득세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제 21301호로 개정되기 전의 것) 제2조는 ① 법 제1조의 규정에 의한 주소는 국내에서 생계를 같이하는 가족 및 국내에 소재하는 자산의 유무 등 생활관계의 객관적 사실에 따라 판정한다. ② 법 제1조에서 거소"라 함은 주소지 외의 장소 중 상당 기간에 걸 쳐 거주하는 장소로서 주소와 같이 밀접한 일반적 생활관계가 형성되지 아니하는 장소를 말한다. ③ 국내에 거주하는 개인이 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 국내에 주소를 가진 것으로 본다. 1. 계속하여 1년 이상 국내에 거주할 것을 통상 필요로 하는 직업을 가진 때 2. 국내에 생계를 같이하는 가족이 있고, 그 직업 및 자산상태에 비추 어 계속하여 1년 이상 국내에 거주할 것으로 인정되는 때. ④ 국외에 거주 또는 근무하는 자가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 국내에 주소가 없는 것으로 본다. 1. 계속하여 1년 이상 국외에 거주할 것을 통상 필요로 하는 직업을 가진 때 2. 외국국적을 가졌거나 외국법령에 의하여 그 외국의 영주권을 얻은 자토서 국내에 생계를 같이하는 가족이 없고 그 직업 및 자산상태에 비추어 다시 입국하여 주로 국내에 거주하리라고 인정되지 아니하는 때"라고 규정하고 있고, 제4조는 ① 국내에 거소를 둔 기간은 입국 하는 날의 다음날부터 출국하는 날까지로 한다. ② 국내에 거소를 두고 있던 개인이 출국 후 다시 입국한 경우에 생계를 같이하는 가족의 거주지나 자산 소재지 등에 비추어 그 출국 목적이 명백하게 일시적인 것으로 인정되는 때에는 그 출국한 기간도 국내 에 거소를 둔 기간으로 본다, ③ 국내에 거소를 둔 기간이 2과세기간에 걸쳐 1년 이상 인 경우에는 국내에 1년 이상 거소를 둔 것으로 본다, 고 규정하고 있다.",나) 이DD이 소득세법상 거주자에 해당한다는 점에 대하여는 당사자들 사이에 다툼이 없다.

다) 이CC이 소득세법상 거주자에 해당하는지 여부

⑴ 인정사실

① 이CC은 1999. 5.경 가족(처 조MM, 아들 이NN, 딸 이OO)과 함께 필리핀으로 이주하였다가 2002. 12.경 가족과 함께 싱가포르로 이주하였다. 이CC은 2006. 4.경 조MM, 이OO와 함께 싱가포르 영주권을 취득하였다. 그 무렵 조MM, 이OO는 국내 주민등록이 말소되었으나, 이CC은 2008. 8.경 국내 주민등록이 말소되었다. 조MM, 이OO는 2007. 8.경 미국으로 이주하였고, 이NN은 2007. 11.경 싱가포르 영주권을 취득하였다.

"② 이CC은 2000. 5.경부터 2008. 1.경까지 싱가포르 법인인 EE의 대표이사로 재 임하였고, 2008. 2.경부터 현재까지 싱가포르 법인인 PP. Ltd,(이하，'PP'이라 한다)의 대표이사로 재임하고 있다.", "③ 한편, 이CC은 2005. 8. 11,부터 2008. 8. 11.까지 원고의 이사로 재임하였고，그 과정에서 원고의 법인카드를 제공받아 2007. 12. 5.경부터 사용하였으며, 2008. 3. 7.부터 원고가 임차한 서울 서초구 서초동 xx QQ(이하서초 QQ'라고 한다)를 사택으로 제공받았다.", "® 이CC온 2008, 2. 23. 서울 서초구 반포4동 xx RR(이하RR'이라 한다)를 매수하면서 매매계약서상 주소를서울 강남구 압구정동 xx SS아파트 xx호'로 기재하였고, 2008. 4. 3. RR에 관하여 소유권이전등기를 마친 후 부모를 거주하게 하였다.",⑤ 이CC의 국내 체류일은 2005년 89일, 2006년 80일，2007년 112일, 2008년 204 일, 2009년 280일로 증가하였다.

⑥ 이CC의 국내 순자산은 2005년 23억 6,600만 원, 2006년 25억 9,2000만 원, 2007년 31억 2,600만 원, 2008년 62억 8,900만 원, 2009년 130억 3,500만 원으로 증가하였다.

"⑦ 피고는 2010. 10. 1. 경 싱가포르 과세당국에 "이CC은 대한민국의 국적을 소유하고 한국 내 주소지를 둔 거주자이다. 대한민국 국세청은 한국 내 가족관계, 사업내역 등을 종합하여 2000년 이전과 2008, 2009년을 한국 거주자로 판정하여 전세계 소득에 대하여 세금을 부과하였다. 2000년부터 2007년까지 한국 거주자인지, 싱가포르 거주자인지 여부를 판정하기 위해 이CC과 가족(배우자, 자녀)의 2000년부터 2007년까지 싱가포르 내에서의 거주일과 사업내역, 싱가포르 외에서의 거주일과 사업내역, 싱가포르 의 종합소득세 신고내역(근로, 이자, 배당소득 등 싱가포르 외의 소득에 대한 신고내역 포함) 서류와 함께 싱가포르 국세청의 거주자 여부에 대한 판정의견을 요청한다. 는 내용의 정보교환요청(통보)자료전을 보냈다. 이에 싱가포르 과세당국은 2011. 1. 7. 피고에게 이CC이 2006. 4. 30.부터, 이NN이 2007. 7. 16.부터 각 2007. 12. 31.까지 싱가포르에 체류한 기록을 가지고 있다. 이CC은 싱가포르 거주자로서 소득세신고 연도 2004(2003년) 이후부터 소득세 신고를 하였다. 이CC은 2003. 1. 1.부터 2007. 12. 31.까지 TT. Ltd.(이하，'TT'이라 한다)에 고용되었다. 이CC은 2003. 1. 1.부터 TT의 최고경영자로서 고용소득을 받았다. 이CC의 아들 이NN은 싱가포르 거주자로서 소득세신고 연도 2007(2006년) 이후부터 소득세신고를 하였다. 이NN은 2006. 10. 13.부터 TT에 고용되었다."라고 회신하였다.",[인정 근게 다툼 없는 사실, 갑 제2, 120, 122, 124 내지 127호증, 을 제32, 35 내지 37호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

(2) 위 사실관계에 의하면, 싱가포르 영주권자인 이CC은 가족과 함께 필리핀으로 이주한 1999. 5.경 이래 계속해서 소득세법상 국내 비거주자라 할 것이나 적어도 국내에 거주할 주택을 구입한 2008. 2. 23. 이후에는 항구적 주거로 대한민국을 선택하고 있음이 명백하므로, 2008. 2. 23. 이후에는 소득세법상 거주자임은 물론이거니와 한 •싱가포르 조세조약상으로도 국내 거주자에 해당한다.

3) 이 사건 부과처분의 적법 여부 가) 쟁점 콜옵션 포기로 인한 이익분여

(1) 적용규정

(가) 이 사건 콜옵션 포기로 인한 이익분여 중 국내 거주자인 이DD에게 직접 귀속되는 부분은 국내거래에 해당하므로 구 법인세법상 부당행위계산부인 규정이 적용 된다, 다만 이CC의 경우 원고가 이 사건 콜옵션을 포기할 당시인 2007. 9. 14,경 이CC은 비거주자였으므로 이 사건 콜옵션 포기에 의한 이익분여 중 비거주자인 이CC에게 직접 귀속되는 부분은 국제거래에 해당하므로 구 법인세법상 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 있는지가 문제된다.

(나) ① 구 국제조세조정법 제2조 제1항 제1호는 "'국제거래'라 함은 거래당사자의 일방 또는 쌍방이 비거주자 또는 외국법인인 거래로서 유형자산 또는 무형자산의 매매 •임대차，용역의 제공, 금전의 대부 •차용 기타 거래자의 손익 및 자산에 관련된 모든 거래를 말한다. 고 정의하고 있는데, 제3조 제2항은 국제거래에 대하여는 소득세법 제41조 및 구 법인세법 제52조의 규정은 이룰 적용하지 아니한다. 다만 대통령령이 정하는 자산의 증여 등에 대하여는 그러하지 아니하다. 고 정하고 있다.

"그리고 구 국제조세조정법 시행령 제3조의2는 구 국제조세조정법 제3조 제2항 에서 '대통령령이 정하는 자산의 증여 등'이라 함은 다음 각 호를 말한다. 고 정하면서,자산을 무상으로 이전(현저히 저렴한 대가로 이전하는 경우를 제외한다)하거나 채무면제가 있는 경우_(제1호),수익이 없는 자산의 매입 또는 현물출자를 받았거나 당해 자산에 대한 비용을 부담한 경우'(제3호), '출연금을 대신 부담한 경우'(제4호), '그 밖의 자본거래로서 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우'(제5호)를 들고 있다.",② 한편 구 법인세법 제52조 제1항은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 일정한 특수관계자와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에 남세지 관할세무서장 등이 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 '부당행위계산'이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있도록 하는 부당행위계산부인 규정을 두고 있다.

"그리고 구 법인세법 시행령 제88조 제1항은 부당행위계산의 유형을 정하면서 제7호의2에서 '재정경제부령으로 정하는 파생상품에 근거한 권리를 행사하지 아니하거나 그 행사기간을 조정하는 등의 방법으로 이익을 분여하는 경우'를 들고 있는데, 구 법인세법 시행규칙 제42조의3은 그 파생상품을 '기업회계기준에 따른 선도거래, 선물, 스왑, 옵션 그 밖에 이와 유사한 거래 또는 계약'으로 정하고 있다.",③ 국제조세조정법이 제정되기 전의 구 법인세법 시행령(1995. 12. 30. 대통령령 제4861호 개정되기 전의 것) 제46조 제4항은 국제거래에서 부당행위계산부인의 기준이 되는 시가 등의 산정방법을 정함으로써 국제거래에 관하여도 구 법인세법에 따른 부당행위계산부인을 할 수 있도록 하였다.

그런데 1995. 12. 6. 법률 제4981호로 제정된 국제조세조정법은 특수관계 있는 사람 사이의 국제거래에 대하여 국제적으로 일반화되어 통용되고 있는 기준에 따르기 위하여 국제조세조정법을 다른 법률에 우선 적용하도록 하고, 이와 아울러 구 법인세법 등에서 관련 규정을 모두 삭제하였다.

다만 국제조세조정법에서 정한 이전가격세제의 적용 요건과 구 법인세법에서 정한 부당행위계산부인의 요건이 서로 달라 이들 규정의 적용범위에 관하여 논란의 소지가 있자，2002. 12. 18. 법률 제6779호로 개정된 국제조세조정법은 제3조 제2항을 신설하여 이전가격세제의 적용이 어려운 일정한 자산의 증여 등에 대하여는 구 법인세법에 따른 부당행위계산부인 규정만을 적용하도록 하였다.

④ 이러한 국제조세조정법의 제 •개정 연혁, 국제조세조정법 제3조 제2항의 신설 경위, 법인세법과 국제조세조정법의 상호 관계, 부당행위계산부인의 대상과 유형을 정한 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호와 국제조세조정법의 적용배제 범위를 정 한 구 국제조세조정법 시행령 제3조의2 각 호의 성격과 체계 등을 종합하여 보면, 특수관계 있는 사람들 사이의 국제거래에 대하여 국제조세조정법에서 정한 이전가격세제의 적용이 어렵고 그 거래의 실질이 내국법인의 국외 특수관계자에 대한 이익의 무상 이전에 해당하는 경우에는 구 국제조세조정법 시행령 제3조의2 각 호에 포함되는 것으로 해석하여야 할 것이다.

따라서 내국법인이 국외 특수관계자와 함께 파생상품에 근거한 권리를 보유하다가 그 보유비율에 상응하는 권리를 행사하지 아니한 채 국외 특수관계자로 하여금 권리의 전부를 행사할 수 있게 하는 방법으로 국외 특수관계자에게 이익을 분여하는 행위는 구 국제조세조정법 시행령 제3조의2 제1호에서 정한 '자산의 무상이전'에 준하 는 것으로서 구 법인세법 제52조 제1항, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제7호의2에 따른 부당행위계산부인의 대상이 된다.

(2) 부당행위부인의 대상, 금액

(가) 앞서 본 원고의 콜옵션 포기와 BB와 GG 사이의 2007, 9. 14.자 주식 양도계약 체결경위 등에 관한 사실관계를 앞에서 본 법리에 비추어 보면, 원고가 콜옵션 을 행사하여 EE 주식을 시가보다 저렴한 1주당 2.7944328달러에 취득할 수 있었음에도 이를 행사하지 않고 BB로 하여금 이를 전부 행사하도록 함으로써 원고가 보유 한 콜옵션 지분에 콜옵션 행사가격과 시가의 차액을 급한 금액에 해당하는 이익을 기지회사인 BB를 통하여 특수관계자인 이CC, 이DD에게 분여한 것으로 볼 수 있으므로, 이DD, 이CC의 거주자 여부를 불문하고 구 법인세법 제52조 제1항, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제7호의2에 따른 부당행위계산부인의 대상이 된다.

(나) 콜옵션 포기 당시의 EE 주식의 1주당 시가

① 앞서 본 바와 같이 BB와 GG 사이의 2007. 9. 14.자 주식양도계약 체결 당시 EE 주식 2,588,446주(지분 10%)의 시가를 1주당 5.5342달러로 평가하였고, BB가 2007. 9. 21. HH에 EE 주식 2,710,415주(지분 10.47%)를 1주당 5.5342달러에 양도하였던 사실관계에 비추어 보면, 원고의 콜옵션 포기 당시 EE 주식의 시가는 1주당 5.5342달러로 봄이 타당하다.

② 이에 대하여 원고는 BB와 GG 사이의 2007. 9. 14.자 주식양도가격이 EE 주식 35%는 쟁점 콜옵션 행사가인 1주당 2.7944328달러로, EE 주식 10%는 시가인 1 주당 5.5342달러를 가중 평균함으로써 1주당 3.4032달러로 결정되었으므로 위 1주당 3.4032달러가 BB와 특수관계가 없는 GG 사이에 치열한 협상을 거쳐 결정된 정당한 시가라 주장하나 위와 같은 사정만으로 위 3.4032달러를 정당한 시가라 볼 수 없다.

원고는 또 2007. 9. 14. 당시 EE 주식의 시가가 1주당 5.5342달러였다면 원고 입장에서는 시장에서 훨씬 높은 가격에 매도할 수 있는 상황에서 굳이 GG에 풋옵션을 행사할 필요가 없었을 것이고, GG 입장에서도 1주당 5,5342달러보다 15% 낮은 1주당 4.79달러에 요청된 풋옵션을 당연히 받아들였을 것임에도 GG가 풋옵션을 받아들이지 않은 점만 보더라도, 피고 주장의 1주당 5.5342달러를 원고의 콜옵션 포기 당시 EE 주식의 시가로 볼 수 없다고 주장하나, 앞서 본 BB와 GG 사이의 2007. 9. 14.자 주식양도계약 체결경위와 BB와 JJ 사이의 2007. 12. 21.자 주식양도계약 체결경위 등에 관한 사실관계에 비추어 보면, GG로서는 EE 주식의 일본 증시 상장 이 조만간 실현되지 아니할 것으로 보아 EE의 경영권을 포기하는 차원에서 원고의 풋옵션에 응하지 아니하였을 가능성을 배제할 수 없으므로, GG가 1주당 5.5342달러 보다 15% 낮은 1주당 4.79달러에 요청된 원고의 풋옵션에 응하지 아니하였다는 사정 이 있다하여 1주당 5.5342달러를 원고의 콜옵션 포기 당시 EE 주식의 시가로 볼 수 없는 것은 아니다.

(다) 원고가 포기 한 콜옵션 지분

원고, BB 및 GG 간에 체결된 2005. 5. 10.자 주주간 약정서(갑 제5호증) 제 13.4조, 제 13.7조에 의하면, 원고와 BB는 보유한 EE 주식 전부를 매도할 수 있는 풋옵션을 가지고 있었고, GG가 이에 불응하는 경우에, 원고와 BB는 GG의 EE주식 취득가액의 70%를 행사가격으로 하여 EE 확장주식 27,304,283주의 1~35%의 범위 내에서 GG로부터 EE 주식을 양수할 수 있는 콜옵션을 부여하고 있음을 알 수 있으므로, 원고와 BB는 잔여 보유주식 비율에 따라 콜옵션을 행사할 수 있었다고 봄 이 타당하다(따라서 원고와 BB가 내부적으로 콜옵션을 균등하게 보유하고 있었다는 원고의 주장은 이유 없다).

한편，BB가 EE의 총발행주식 25,884,460주의 35%인 9,059,561주에 대하여 콜옵션을 행사하였으므로 원고가 포기한 콜옵션 지분은 BB가 행사한 콜읍션 9,059,561주의 범위 내에서 원고와 BB의 보유주식 비율에 따라 산정하여야 하고, 그 지분은 5,296,486주,= 9,059,5615) X 5,179,5616)/ (5,179,561 + 3,680,000) 상당이라 봄이 상당하다.

(라) 쟁점 콜옵션 포기로 인한 이익분여금액 따라서 원고는 쟁점 콜옵션을 행사하여 EE 주식을 시가보다 저렴한 1주당 2.7944달러에 취득할 수 있었음에도 이를 행사하지 않고 BB로 하여금 이를 전부 행사하도록 함으로써 원고가 보유한 콜옵션 지분에 콜옵션 행사가격인 1주당 2.7944328 달러와 시가인 1주당 5.5342달러의 차액을 곱한 금액에 해당하는 이익을 BB를 통하여 특수관계자인 이CC, 이DD에게 분여하였다할 것이고, 그 금액은 13,403,935,999 원{14,511,137달러(= 5,296,486주 X 2.739767(= 5.5342-2.7944328)달러}이 된다.

나) 이 사건 주식 저가양도로 인한 이익분여

(1) 적용규정

"이 사건 주식 저가양도로 인한 이익분여 중 국내 거주자인 이DD에게 직접 귀속되는 이익의 거래 부분은 국내 거래에 해당하므로 구 법인세법상 부당행위계산부인 규정에 의하여야 한다. 그러나 앞에서 본 바와 같이 원고는 2007. 12. 12. 이 사건 주식을 양도하고 2008, 2. 1. 그 잔금을 청산하였는데, 이CC은 그 무렵까지는 비거주자였으므로 이 사건 주식 저가양도로 인한 이익분여 중 비거주자인 이CC에게 직접 귀 속되는 이익의 거래부분은 국제거래에 해당하고, 앞에서 본 바와 같이 구 국제조세조정법 제3조 제2항은 국제거래에 대하여는 소득세법 제41조 및 구 법인세법 제52조의 규정은 이를 적용하지 아니한다. 다만 대통령령이 정하는 자산의 증여 등에 대하여는 그러하지 아니하다."고 정하고 있는데, 구 국제조세조정법 시행령 제3조의2는 구 국제조세조정법 제3조 제2항의 대통령령이 정하는 자산의 증여의 범위를 규정하면서자산을 현저히 저렴한 대가로 이전하는 경우'를 제외하고 있다(제1호). 따라서 이 사건 주식양도로 인한 이익분여 중 국제거래인 이CC에게 직접 귀속되는 이익의 거래부분에 관하여는 구 국제조세조정법 및 구 국제조세조정법 시행령의 규정에 의하여 예외적으로도 구 법인세법상 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 없다.",한편, 구 국제조세조정법 제4조 제1항은 거래당사자의 일방이 국외 특수관계자인 국제거래에서 그 거래가격이 정상가격에 미달하거나 초과하는 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자(내국법인과 국내사업장을 포함한다)의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정할 수 있다고 규정하고 있으므로, 이CC에 귀속되는 이익의 거래부분은 구 국제 조세조정법상의 정상가격에 따른 경정규정에 의하여야 한다.

(2) 이DD에 귀속되는 이익의 거래부분

(가) 앞에서 본 바와 같이 피고 역삼세무서장은 원고가 자신이 보유한 EE 주식을 II에 주당 5.79달러에 직접 양도할 수 있었음에도, 이 사건 주식을 시가보다 낮은 가격인 주당 3.4032달러에 BB에 양도함으로써 BB를 통하여 특수관계자인 이CC, 이DD에게 시가 차액 상당의 이익을 분여한 것으로 보아, 법인세법 제52조 제1 항, 법인세법 시행령 제88조 제1항 제3호의 부당행위계산부인 규정에 따라 위 금액을 원고의 2008 사업연도 익금에 산입하였다.

(나) 피고들은, ① 주위적으로, 원고와 BB가 EE에 대하여 공동으로 경영권을 행사하고 있었으므로, 공동으로 경영권을 보유한 특수관계자 간 거래인 이 사건 주식양도에서도 경영권 프리미엄이 포함된 가격을 기준으로 하여야 할 것이어서, BB와 JJ 사이의 2007. 12. 21.자 주식거래가격인 1주당 5.79달러가 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격으로 인정되어야 하고, ② 제1예비적으로, BB와 HH 사이의 2007. 9. 21.자 주식거래가 실질상 차입거래였다고 하더라도 이는 향후 원금 및 투자수익의 보장에 관하여만 문제될 뿐 이를 이유로 거래 시점에 매각하는 주식을 저평가할 이유는 없으므로, 이 사건 주식양도 시점으로부터 3개월 이내에 이루어진 BB와 HH 사이의 2007. 9. 21.자 주식거래가격인 1주당 5.5342달러는 그 자체로 시가성이 인정되어야 하고, BB와 GG 사이의 2007. 9. 14.자 주식양도계약 체결 당시 1주당 5.5342달러가 시가로 확인된 바 있는데, 적어도 BB와 GG 사이의 2007. 9. 14.자 주식 양도계약 체결 당시 시가로 확인된 1주당 5.5342달러의 시가성을 강화 •보강하는 거래사례가격에 해당하며, ③ 제2예비적으로, 특수관계자가 아닌 GG, FF와 JJ 사이의 2007. 12. 21.자 주식거래가격 인 1주당 5.43달러가 이 사건 주식양도의 거래사례가격이자 경영권 프리미엄이 배제된 가격으로서 구 법인세법상 시가로 인정되어야 한다고 주장한다.

"(다) 살피건대，구 법인세법 제52조 제2항은 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율•이자율•임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서시가'라 한다)을 기준으로 한다."고 규정하고 있고, 구 법인세법 시행령 제89조 제1항은 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래 한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다. 고 규정하고 있는바, 원고가 2007. 12. 12. BB에게 원고 보유의 EE 주식 20.01%를 1주당 3.4032달러에 양도하고 2008. 2. 1. 그 잔금을 청산한 사실, 한편 BB는 2007. 9. 14. GG로부터 EE 주식 10%를 1주당 5.5342달러에 양수하였고，2007. 9. 21. HH에 EE 주식 10.47%를 1주당 5.5342달러에 양도하였으며, 2007. 12. 21. JJ에 EE 주식 68.73%를 1주당 5.79달러에 양도한 사실, HH, GG, FF가 2007. 12. 21. JJ에 EE 주식 10.47%, 20%, 0.77%룰 1주당 6.36달러, 5.43달러, 5.43달러에 각 양도한 사실 등은 앞서 본 바와 같다.",① BB와 JJ 사이의 2007. 12. 21.자 주식거래가격인 1주당 5.79달러에 관하여 보건대, 위 거래는 BB가 그 책임 아래 나머지 주주들로 하여금 그 보유주식을 JJ에게 양도하도록 알선•보증하고 BB의 책임과 보증으로 스톡옵션 등을 각 권리자로부터 매수하여 소각하여야 하는 의무를 부담하는 등 EE 경영권의 완전한 이전을 수반하는 거래인 점 등에 비추어 볼 때，위 주식거래가격을 이 사건 주식양도 와 유사한 상황에서 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격으로 보기 어려우므로, 이를 구 법인세법상 시가로 인정할 수 없다.

② BB와 HH 사이의 2007. 9. 21.자 주식거래가격인 1주당 5.5342달러에 관하여 보건대, 위 거래는 재무적 투자자 유치를 위한 원금 보장 환매조건부 거래이고, 이 사건 주식양도 시점으로부터 약 2개월 20일 전에 체결된 점 등에 비추어 볼 때, 위 주식거래가격을 이 사건 주식양도와 유사한 상황에서 특수관계자가 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격으로 보기 어려우므로, 이룰 구 법인세법상 시가로 인정할 수 없다.

또한 BB와 GG 사이의 2007. 9. 14,자 주식양도계약 체결당시 시가인 1주당 5.5342달러에 관하여 보건대, 앞서 본 원고의 콜옵션 포기와 위 주식양도계약 체결경위 및 위 주식양도계약이 이 사건 주식양도 시점으로부터 약 2개월 28일 전에 체결된 점 등에 비추어 볼 때, 위 주식양도계약 체결 당시 시가인 1주당 5.5342달러를 이 사건 거래와 유사한 상황에서 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격으로 보기 어려우므로, 이를 구 법인세법상 시가로 인정할 수 없다.

③ GG, FF와 JJ 사이의 2007. 12. 21.자 주식거래가격인 1주당 5.43달러에 관하여 보건대, 위 각 거래가 BB가 그 책임 아래 나머지 주주들로 하여 금 그 보유주식을 JJ에게 양도하도록 알선・보증함에 따른 것으로 BB와 JJ 사이의 2007. 12. 21.자 주식거래와 함께 이루어진 점 등을 감안하더라도 위 각 거래는 이 사건 주식양도 시점으로부터 불과 9일 후에 이루어진 것으로서 특수관계자가 아닌 제3자 사이에 이루어진 것이고, BB와 JJ 사이의 거래와 달리 EE 경영권의 이전과는 직접 관련이 없다는 점 등을 고려할 때, 위 주식거래가격인 1주당 5.43달러를 이 사건 주식양도와 유사한 상황에서 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격으로 봄이 타당하므로. 이를 구 법인세법상 시가로 인정할 수 있다.

(3) 이CC에 귀속되는 이익의 거래부분

(가) 피고 역삼세무서장은 이 사건 주식의 양도와 관련하여 이CC에 귀속되는 이익의 거래부분에 관한한 이를 국제거래로 보더라도, 그 거래가격이 정상가격에 미달 하거나 초과하는 경우에는 정상가격을 기준으로 구 국제조세조정법 제4조 제1항에 의 해 내국법인의 과세표준 및 세액을 조정할 수 있고, 이 사건 주식양도 가격인 1주당 3.4032달러는 정상가격[주위적으로 BB와 JJ 사이의 2007, 12. 21.자 주식거래 가격인 1주당 5.79달러, 제1예비적으로 BB와 HH 사이의 2007. 9. 21.자 주식거래가격인 1주당 5.5342달러 내지 BB와 GG 사이의 2007, 9. 14.자 주식양도계약 체결 당시 시가인 1주당 5.5342달러, 제2예비적으로 GG, FF와 JJ 사이의 2007. 12. 21.자 주식거래가격인 1주당 5.43달러에 의한 과세조정의 대상이 되어야 하는데, 그 차액 상당액은 구 법인세법상 부당행위계산 부인금액과 동일하다는 점에서 구 국제 조세조정법에 따른 정상가격의 법리를 적용하더라도 적법하다는 취지로 주장한다.

"(나) 구 국제조세조정법 제4조 제1항은 거래당사자의 일방이 국외 특수관계자인 국제거래에서 그 거래가격이 정상가격에 미달하거나 초과하는 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자(내국법인과 국내사업장을 포함한다)의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정할 수 있다고 규정하고 있고, 구 국제조세조정법 제5조 제1항 1호는 이러한 정상 가격 산출방법의 하나로 1비교가능 제3자 가격방법: 거주자와 국외 특수관계자간의 국제거래에 있어 당해 거래와 유사한 거래상황에서 특수관계가 없는 독립된 사업자간의 거래가격을 정상가격으로 보는 방법'을 들고 있다.",한편 구 국제조세조정법 시행령 제5조 제1항은 "구 국제조세조정법 제5조 제1 항의 규정에 의하여 정상가격을 산출하는 경우에는 다음 각 호에서 정하는 기준을 고려하여 가장 합리적인 방법을 선택하여야 한다.고 하면서, 제1호에서 특수관계가 있는 자 간의 국제거래와 특수관계가 없는 자 간의 거래 사이에 비교가능성이 높을 것. 이 경우 비교가능성이 높다는 것은 다음 각 목의 1에 해당하는 경우를 말한다."고 정 하고 있는데, (가)목은 '비교되는 상황 간의 차이가 비교되는 거래의 가격이나 순이익 에 중대한 영향을 주지 아니하는 경우'를, (나)목은 1비교되는 상황 간의 차이가 비교되는 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주는 경우에도 동 영향에 의한 차이를 제거할 수 있는 합리적 조정이 가능한 경우'를 들고 있다.

이들 규정의 문언 내용과 취지 등을 종합하여 보면, 과세관청이 거주자의 국외 특수관계자와의 거래에 대하여 구 국제조세조정법 제4조 제1항을 적용하여 정상가격을 기준으로 과세처분을 하기 위해서는 납세의무자에 대한 자료제출 요구 등을 통하여 수 집한 자료를 토대로 비교가능성 등을 고려하여 가장 합리적인 정상가격 산출방법을 선 택하여야 하고, 비교되는 상황 간의 차이가 비교되는 거래의 가격이나 순이익에 중대 한 영향을 주는 경우에는 그 차이를 합리적으로 조정하여 정상가격을 산출하여야 하 며, 과세처분의 기준이 된 정상가격이 이와 같은 과정을 거쳐 적법하게 산출되었다는 사정에 대한 증명책임은 과세관청에 있다(대법원 2012. 12. 26. 선고 2011두6127 판결 등 참조).

(다) 살피건대, ① BB와 JJ 사이의 2007. 12. 21.자 주식거래가격인 1 주당 5.79달러에 관하여 보건대, 위 거래는 BB가 그 책임 아래 나머지 주주들로 하여금 그 보유주식을 JJ에게 양도하도록 알선 •보증하고 BB의 책임과 보증으로 스톡옵션 등을 각 권리자로부터 매수하여 소각하여야 하는 의무률 부담하는 등 EE 경영권의 완전한 이전을 수반하는 거래인 점 등을 고려할 때, 위 주식거래가격을 이 사건 주식양도와 비교가능성이 높은 정상가격으로 보기 어렵다.

② BB와 HH 사이의 2007. 9. 21.자 주식거래가격 인 1주당 5.5342달러에 관하여 보건대, 위 거래는 재무적 투자자 유치를 위한 원금 보장 환매조건부 거래이고, 이 사건 주식양도 시점으로부터 약 2개월 20일 전에 체결된 점 등을 고려할 때, 위 주식 거래가격를 이 사건 주식양도와 비교가능성이 높은 정상가격으로 보기 어렵다.

또한 BB와 GG 사이의 2007, 9. 14.자 주식양도계약 체결 당시 시가인 1주 당 5.5342달러에 관하여 보건대, 앞서 본 원고의 콜옵션 포기와 위 주식양도계약 체결 경위 및 위 주식양도계약이 이 사건 주식양도 시점으로부터 약 2개월 28일 전에 체결 된 점 등을 고려할 때, 위 주식양도계약 체결 당시 시가를 이 사건 주식양도와 비교가 능성이 높은 정상가격으로 보기 어렵다.

③ GG, FF와 JJ 사이의 2007. 12. 21.자 주식거래가격인 1주당 5.43달러에 관하여 보건대, 위 각 거래가 BB가 그 책임 아래 나머지 주주들로 하여 금 그 보유주식을 JJ에게 양도하도록 알선・보증함에 따른 것으로 BB와 JJ 사이의 2007. 12. 21.자 주식거래와 함께 이루어진 점 등을 감안하더라도 위 각 거래는 이 사건 주식양도 시점으로부터 불과 9일 후에 이루어진 것으로서 특수관계자가 아닌 제3자 사이에 이루어진 것이고, BB와 JJ 사이의 거래와 달리 EE 경영권의 이전과는 직접 관련이 없다는 점 등을 고려할 때，위 주식거래가격인 1주당 5.43달러를 이 사건 주식양도와 비교가능성이 높은 정상가격으로 봄이 타당하다.

(4) 피고들은 이 사건 주식양도는 상법 제398조에 따라 미리 원고 이사회의 승인을 받아야 하는 것임에도 이를 받지 않았으므로 무효이고, 원고는 여전히 이 사건 주식의 소유자라 할 것이어서 이 사건 주식양도 금액과 BB와 JJ 사이의 2007. 12. 21.자 주식양도 금액의 차액을 익금으로 산입한 이 사건 처분에는 위법이 없다고 주장한다. 그러나, 설령 피고들의 주장대로 이 사건 주식양도가 상법 제398조에 위반하여 무효라고 하더라도, 이 사건 주식양도 금액과 BB와 JJ 사이의 2007. 12. 21.자 주식양도 금액의 차액이 원고에게 수익으로 귀속되었다고 볼 수는 없으므로, 피고들의 위 주장은 이유 없다.

다) 소결

그렇다면, 쟁점 콜옵션 포기로 인한 이익 분여부분에 대하여 구 법인세법상의 부당행위계산부인 규정을 적용하여 이CC, 이DD에게 이전한 이득 부분을 원고의 2007 사업연도의 익금에 산입한 것은 정당하고, 이 사건 주식 저가양도로 인한 이익의 분여부 분 중 이DD에게 귀속된 이익에 관하여는 구 법인세법상의 부당행위계산부인 규정을 적용하여 시가를 1주당 5.43달러로 적용한 부분의 이득을 원고의 2008 사업연도 익금에 산입한 부분, 이CC에 귀속된 이익에 관하여 구 국제조세조정법에 따른 정상가액에 따른 경정규정을 적용하여 정상가액을 1주당 5.43달러로 적용한 부분의 이득을 원고의 2008 사업연도 익금에 산입한 부분은 각 정당하다.

라) 불성실신고가산세 부분의 적법 여부

(1) 피고들은, 이 부분 주장은 원고가 파기환송심에 이르러서야 새로이 제기한 것으로 실기한 공격 •방어방법으로서 각하되어야 한다고 주장한다. 그러나, 실기한 공격 •방어방법이라고 하더라도 어차피 기일의 속행을 필요로 하고 그 속행기일의 범위 내에서 공격 •방어방법의 심리도 마칠 수 있거나 그 내용이 이미 심리를 마친 소송자료의 범위 안에 포함되어 있는 때에는 소송의 완결을 지연시키는 것으로 볼 수 없으므로 이를 각하할 수 없는바(대법원 2010. 1. 14. 선고 2009다55808 판결 참조), 기록에 의하면 원고가 파기환송심인 당심에 이르러 2016. 2. 25.자 준비서면을 제출하면서 비로소 이 부분 주장을 한 사실은 인정되나, 원고가 위 주장을 한 이후에도 변론기일이 계속 속행되어 2016. 10. 27.에서야 변론이 종결됨으로써 위 주장으로 인한 소송의 지연은 초래된 바가 없으므로, 피고들의 위 주장은 받아들이지 않는다.

(2) 갑 제39, 106, 107호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 과세관청은 이 사건 콜옵션 포기로 인한 이익분여와 관련하여，원고가 EE 주식 지분 20%를 저가에 취득할 수 있는 콜옵션을 BB에 무상양도함으로써 원고의 2007 사업연도 귀 속 법인세 약 34억 원을 포탈하였다|는 혐의로 원고를 검찰에 고발하였는데, 이에 대하 여 검찰은 1개인인 피의자들(이DD，이CC)이 조세회피지역인 외국에 법인을 설립하는 등 투자구조를 선택하는 그 자체로 조세부과를 현저히 곤란하게 하는 사기 기타 부 정한 행위로 평가하기는 어렵다1는 이유로 무혐의결정을 하였던 사실 등은 인정된다.

그러나 앞서 본 BB의 설립경위와 목적, BB의 인적 •물적 조직과 사업활동 내역, BB의 의사결정과 자산관리의 태양, BB의 지배구조 등에 관한 사실관계에 비추어 보면, BB는 소득세를 비과세하거나 낮은 세율로 과세하는 조세피난처에 설립된 회사로서 그 명의의 재산을 지배 •관리할 능력이 없을 뿐만 아니라 실질적인 사업활동을 수행할 능력도 없고, 이CC과 이DD이 그 지배권을 통하여 BB의 의사결정과 자산관리를 하면서 BB의 명의로 실질적인 사업활동을 수행하였으며, 이러한 명의와 실질의 괴리는 오로지 BB를 거래와 행위의 주체로 개입시켜 소득의 귀속자를 이CC과 이DD으로부터 BB로 변경함으로써 국내 세법에 따라 과세되어야 할 소득을 BB에 유보하여 두려는 조세회피의 목적에서 비롯되었다고 볼 수 있을 뿐만 아니라, 을 제40 호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고 등은 외부감사인에게 감사를 위하 여 주식매매계약서를 제공하면서도 문제된 Option 계약서의 존재를 끝까지 적극적으로 은폐하여 Option 계약의 존재가 감사의견서에 전혀 반영되지 않도록 허위의 사실을 작출하였고, 그 결과 과세당국으로 하여금 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하였던 사실 등을 인정할 수 있으므로, 이 사건 부당불성실신고가산세는 적법하다.

4) 이 사건 소득금액변동통지의 적법 여부

가) 2007 사업연도 귀속분

(1) 이DD에 대한 부분

사외유출된 금액이 원고의 임원인 이DD에게 귀속되었으므로 그 소득처분은 상여가 될 수 있고, 원고에게 소득금액변동통지를 함으로써 이DD의 근로소득을 원천 징수할 수 있다.

(2) 이CC에 대한 부분

사외유출된 금액이 원고의 임원인 이CC에게 귀속되었으므로 그 소득처분은 상여가 될 수 있다.

다만, 2007년 당시 이CC은 비거주자이므로 원고에게 소득금액변동통지를 함으로써 이CC의 근로소득을 원천징수할 수 있는지 여부에 관하여 본다.

"소득세법 제3조는 비거주자에게는 제119조에 따른 국내원천소득에 대하여만 과세한다고 규정하여 열거주의를 택하고 있는데，소득세법 제119조 제7호는국내에서 제공하는 근로와 대통령령으로 정하는 근로의 대가로서 받는 소득'을 비거주자의 국내 원천소득으로 규정하고 있으며, 그에 따라 소득세법 시행령 제179조 제7항 제2호는내국법인의 임원의 자격으로서 받는 급여1를 대통령령으로 정하는 근로의 대가로서 받 는 소득 중 하나로 열거하고 있다. 이들 규정에 의하면 내국법인의 임원이 국내에서 제공하는 근로의 대가로서 받는 소득 또는 임원의 자격으로서 받는 급여는 전형적인 근로소득으로서 비록 그 임원이 비거주자라 할지라도 소득세의 부과대상이 되는 국내원천소득이므로 이에 소득세를 과세할 수 있다. 그런데 구 법인세법에 따라 임원에게 상여처분한 것으로 보는 인정상여를 이와 마찬가지로 관계법령의 해석상 소득세의 부 과대상이 되는 국내원천소득의 하나로 볼 수 있는지가 문제로 된다.", "이CC이 2005. 8. 11.부터 2008. 8. 11.까지 원고의 이사로 재임하면서 실질적 경영권을 행사하였던 사실은 앞서 본 바와 같고, 임원에 대한 인정상여는 일정한 요건 하에 해당 법인의 수익을 임원에게 귀속된 것으로 의제하는 것으로서 그 성질상 임원 의 근로소득을 구성하는 것이므로 소득세법 시행령 제179조 제7항 제2호 소정의 '내국 법인의 임원의 자격으로 받는 급여'와 달리 취급할 이유가 없다고 할 것이므로 쟁점 콜옵션 포기로 인한 이익분여 중 이CC에게 귀속되는 부분은 특별한 사정이 없는 한 원고의 임원인 이CC이 임원의 자격으로서 받는 급여로서 국내원천소득의 하나로 과세할 수 있다고 봄이 타당하다[한편 2015. 2. 3. 대통령령 제26027호로 소득세법 시행령이 개정되면서,대통령령으로 정하는 근로의 대가로서 받는 소득' 중 하나로 _법인세 법에 따라 상여로 처분된 금액'을 규정한 제179조 제8항 제3호가 신설되었지만구 소득세법(2008. 12. 16. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것) 제119조 제2호，제13호 아 목을 보면 비거주자가 내국법인으로부터 받는, 법인세법에 따라 배당으로 처분된 금액 (제2호)과 법인세법 제67조에 따라 기타소득으로 처분된 금액(제13호 아목)은 비거주자 의 국내원천소득으로 규정하고 있는데, 구 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 나. 목에 따라 상여로 처분된 금액만 이와 달리 국내원천소득에서 제외할 특별한 이유가 없는 점 등에 비추어 볼 때, 위 조항은 새로운 과세요건의 창설이 아니라 해석상 논란 의 여지를 없애기 위한 확인적 규정이라고 봄이 타당하다].",나) 2008 사업연도 귀속분

(1) 이DD에 대한 부분

사외유출된 금액이 원고의 임원인 이DD에게 귀속되었으므로 그 소득처분은 상여가 될 수 있고, 원고에게 소득금액변동통지를 함으로써 이DD의 근로소득을 원천 징수할 수 있다.

(2) 이CC에 대한 부분

이 사건 주식 저가양도로 인한 이익분여와 관련하여 비거주자인 이CC에게 직접 귀속되는 이익의 거래부분은 국제거래에 해당하고, 구 국제조세조정법 제4조 제1항을 적용하여 정상가격을 기준으로 거주자인 원고에 대한 2008년도 법인세 과세표준 및 세액을 경정하여야 함은 앞에서 본 바와 같다.

구 국제조세조정법은 정상가격에 의한 과세조정에 의하여 내국법인의 익금에 산입되는 금액이 국외 특수관계인으로부터 내국법인에 반환된 것임이 확인되지 아니하는 경우에는 그 금액은 법인세법 제67조에도 불구하고 국외특수관계인에 대한 배당 또는 기타 사외유출로 처분하거나 출자로 조정하도록 규정하고 있으므로(구 국제조세조정법 제4조, 제9조, 구 국제조세조정법 시행령 제16조 제1항), 피고 서울지방국세청장이 구 법인세법 제67조, 구 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 나.목에 의하여 상여로 소득처분하고, 소득금액변동통지를 하였음은 위법하다.

5) 정당세액

가) 이 사건 부과처분

이 사건 주식 저가양도로 인한 이익의 분여부분 중 이DD에게 귀속된 이익에 관하여는 구 법인세법상의 부당행위계산부인 규정에 의하여, 이CC에 귀속된 이익에 관하여는 구 국제조세조정법에 따른 정상가액에 따른 경정규정에 의하여 각 1주당 5.43달러로 적용한 부분의 이득을 원고의 2008 사업연도 익금에 산입하여 그 정당세액을 산정하면, 별지 정당세액 계산표 기재와 같이 2008 사업연도 법인세는 4,015,413,808원이 된다.

나) 이 사건 소득금액변동통지

이 사건 소득금액변동통지 중 원고의 2008 사업연도 익금에 산입한 금액 중 이DD에 대한 부분의 정당한 소득금액변동통지 금액은 별지 소득금액변동통지 목록 3 기재와 같은 2,109,786,198원이 되므로, 이 사건 소독금액변동통지 중 정당한 금액은 별지 소득금액변동통지 목록 3 기재 합계 15,546,703,061원이 된다.

3. 결 론

그렇다면 이 사건 부과처분 중 2007 사업연도 법인세 부분은 정당하고, 2008 사업연 도 법인세 부분과 이 사건 소득금액변동통지 중 위 각 액수를 초과하는 부분은 위법하 여 이룰 취소하여야 할 것인데, 제1심 판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로, 피고들의 항소를 일부 받아들여 제1심 판결 중 위 각 취소하여야 할 세액을 초과하는 부분을 초과하여 취소를 명한 피고들 패소부분을 취소하고, 그에 해당하는 원고의 청 구를 모두 기각하며, 피고들의 나머지 항소는 모두 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.