2. 피고가 2014. 3. 10. 원고에 대하여 한 소득종류를 상여, 귀속연도를 2012년, 소득금액을 2,544,420,000원, 소득자를 ○○○으로 한 소득금액변동통지를 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

이 법원의 판결 이유는 다음과 같이 일부 내용을 고쳐 쓰는 것 외에는 제1심 판결 이유와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

<고쳐 쓰는 부분>

��제1심 판결문 제5면 제4행의 "제89조 제1항 제2호"를 "제89조 제2항 제2호"로 고친다.

��제1심 판결문 제7면 제3행의 "아닐 뿐만 아니라,"를 "아니다."로 고치고, 그 다음 부터 제11행까지를 삭제한다.

��제1심 판결문 제8면 제4행부터 제9면 제4행까지를 아래 내용으로 고친다.

살피건대, 원고가 특수관계인인 ○○○으로부터 이 사건 주식을 매수하는 이 사건거래를 함에 있어 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 제2호에 따라 시가로 의제되는 평가액인 1주당 665,186원보다 84,814원 높은 1주당 750,000원, 합계 22,500,000,000원을 거래대금으로 지급한 사실은 앞서 본 바와 같으나, 한편 앞서 본 사실 및 거시 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 원고는 이 사건 거래 당시 비상장주식인 이 사건 주식에 대한 적절한 매매가액을 산정하기 위하여 2개의 회계법인으로부터 이 사건 주식에 대한 가치평가를 받았는데, 위 각 회계법인은 중소기업 최대주주 등의 주식에 대한 할증평가액을 가산하여 이 사건 주식의 가치를 평가하였으며, 원고는 이를 기초로 이 사건 거래를 하였는바, 중소기업 발행 주식이라고 하더라도 최대 주주 등이 보유하는 주식의 경우 '경영권 프리미엄'이 붙는 것이 당연하기때문에 회계법인이 최대주주 등의 주식에 대한 할증평가액을 가산하여 이 사건 주식의 가치를 산정한 것은 자연스러운 것이고, 만약 원고가 특수관계가 없는 제3자로부터 이사건 주식을 매수하는 경우라고 하더라도 위와 같이 회계법인의 가치평가를 통해 가격을 결정하는 것은 경제인의 입장에서 볼 때 일반적・합리적인 것이며, 또한 ○○○의 입장에서도 원고가 아닌 특수관계가 없는 제3자에게 이 사건 주식을 양도하는 경우라고 하더라도 위와 같은 할증평가가 적용된 회계법인의 평가액으로 양도하는 것이 경제적 합리성을 결한 거래라고 할 수 없는 점, 법인세법 제52조에서는 시가를 '특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격'으로 규정하고 있는 점 등을 고려하면, 원고가 특수관계인인 ○○○으로부터 이 사건 주식을 최대주주 등의 주식에 대한 할증평가액을 가산한 금액으로 매수한 것이 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것이라고 할 수는 없다. 따라서 이 사건 거래는 부당행위계산 부인의 대상에 해당하지 않는다. 원고의 이 부분주장은 이유 있다.

2. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 원고의 항소를 받아들여 제1심 판결을 취소하고, 이 사건 처분을 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.