2. 피고가 원고에 대하여 한, 2005. 6. 15.자 2003년 귀속분 근로소득 12,522,663,562원에 대한 소득금액변동통지처분과 2005. 8. 22.자 2003년 귀속분 원천징수근로소득세 4,839,902,439원의 부과처분을 각 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

가. 소외 배○○은 2002. 9. 13.부터 2004. 3. 26.까지 원고의 대표이사로 재직하던 자인데, 2003. 1. 1.부터 같은 해 12. 31.까지 사이에 원고의 자금 12,522,663,562원(이하 '이 사건 횡령금'이라고 한다.)을 횡령하여 2004. 1. 1. 해외로 도피하였고, 이에 원고는 이 사건 횡령금을 '기타의 특별손실'로 회계처리하였다가 '손금불산입 사내유보'로 세무조정하였다.

나. 피고는 이 사건 횡령금을 익금산입하고 배○○에 대한 상여로 소득처분하여, 2005. 6. 15. 원고에게 2003년 귀속분 근로소득 12,522,663,562원에 대한 소득금액변동통지를 하였으며, 원고가 위 소득금액변동통지에 따른 원천징수근로소득세 5,070,373,980원을 부과하였다가, 2005. 9. 21. 근로소득세를 4,839,902,439원으로 감액ㆍ경정하였다(위 소득금액변동통지처분과 2005. 8. 22. 부과처분 중 감액되어 잔존하는 부분을 '이 사건 각 처분'이라고 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증, 을 제1, 2호증의 각 1, 2, 을 제3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

⑴ 이 사건 각 처분은 이 사건 횡령금이 원고로부터 사외유출되어 배○○에게 귀속되었음을 전제하고 있으나, 회사의 임직원이 회사의 자산을 횡령한 경우 피해자인 회사는 횡령을 한 자에 대하여 손해배상청구권 등의 권리를 가지게 되므로 원칙적으로 회사의 자산은 형태를 달리하여 사내에 유보되어 있다고 보아야 하고, 예외적으로 회사가 사전 또는 사후에 횡령행위를 묵인하거나 채권회수를 포기하는 등 그에 대한 손해 배상청구권을 회수하지 않겠다는 의사를 객관적으로 나타낸 것으로 볼 수 있는 사정이 있는 경우에만 사외유출로 보아 이를 그 자에 대한 상여로 소득처분할 수 있다고 할 것인데, 이 사건에서 배○○이 실질적으로는 피용자에 불과하였던 점, 원고가 위 횡령사실을 인지한 직후 배○○을 업무상 횡령 혐의로 고소하고, 손해배상청구 소송을 제기하는 등 채권 회수의 의사를 명백히 표시하였던 점에 비추어 보면, 이 사건 횡령금이 사외유출된 것으로 볼 수 없으므로, 이 사건 각 처분은 위법하다고 할 것이다.

⑵ 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 나목은 대표이사가 법인의 자금을 횡령한 경우에 그 횡령금을 대표이사에 대한 상여로 소득처분하여 횡령 범죄의 피해자인 법인에 대하여 위 횡령금에 대한 소득세의 원천징수의무를 부과하도록 규정하고 있는바, 이는 소득세법 제20조 소정의 근로소득에 포함되지 아니하는 소득을 근로소득으로 간주하여 과세함으로써 모법의 위임 없이 법률에 규정된 내용을 유추ㆍ확장하는 것이 되므로 조세법률주의에 위배되고, 나아가 조세평등주의, 비례의 원칙, 재산권 보장 등 헌법상 원칙에도 위배되므로, 이를 근거로 한 이 사건 각 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

법인의 실질적 경영자인 대표이사 등이 법인의 자금을 유용하는 행위는 특별한 사정이 없는 한 애당초 회수를 전제로 하여 이루어진 것이 아니어서 그 금액에 대한 지출자체로서 이미 사외유출에 해당한다고 할 것인바, 여기서 그 유용 당시부터 회수를 전제하지 않은 것으로 볼 수 없는 특별한 사정에 대하여는 횡령의 주체인 대표이사 등의 법인 내에서의 실질적인 지위 및 법인에 대한 지배 정도, 횡령행위에 이르게 된 경위 및 횡령 이후의 법인의 조치 등을 통하여 그 대표이사 등의 의사를 법인의 의사와 동일시하거나 대표이사 등과 법인의 경제적 이해관계가 사실상 일치하는 것으로 보기 어려운 경우인지 여부 등 제반 사정을 종합하여 개별적ㆍ구체적으로 판단하여야 하며, 이러한 특별한 사정은 이를 주장하는 법인이 입증하여야 한다(대법원 2008. 11. 13. 선고 2007두23323 판결 참조).

이러한 법리에 비추어 살피건대, 갑 제4호증의 1, 2, 갑 제5호증의 1, 2, 갑 제6 내지 8호증, 갑 제10, 11, 13호증, 을 제 4, 5호증, 을 제6호증의 1, 2, 을 제7호증의 각 기재 및 원심 증인 박○○의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, ① 배○○이 2002. 9. 13. 원고 대표이사로 취임한 후, 2003. 10. 17. 소외 전○○으로부터 원고 발행 주식 중 약 17.8%인 1,120,000주를 양수하고, 같은 해 11. 26. 유상증자로 812,500주를 추가로 취득하여 이 사건 횡령기간(2003. 1. 1.부터 같은 해 12. 31.)중 약 2개월간 최대주주의 지위에 있었지만, 원고는 코스닥 상장법인으로 위 횡령기간 동안 소액주주가 원고 발행 주식 중 56%(2002. 12. 31. 기준)부터 85%(2003. 12. 31. 기준)사이의 지분을 보유하고 있었으므로, 배○○의 의사를 코스닥 상장법인인 원고의 의사와 동일시하거나 배○○과 원고의 경제적 이해관계가 사실상 일치하는 것으로 보기는 어려운 점, ② 원고는 배○○이 해외도피한 직후인 2004. 1. 6. 배○○을 형사고소하였고, 이를 금융감독원 사이트에 공시하였으며, 2004. 3. 26. 개최된 주주총회에서 배○○을 대표이사에서 해임하였고, 2005. 10.경 배○○을 상대로 손해배상청구소송을 제기하는 등 그 횡령 사실을 알게 된 직후부터 배○○에 대한 권리행사에 착수하였고, 달리 원고가 배○○의 횡령을 묵인 또는 추인하였다고 볼 만한 사정이 없는 점 등 횡령 전후의 여러 사정을 고려하면, 이 사건 횡령금이 그 발행 당시부터 회수를 전제하지 않은 것으로 사외유출되었다고는 볼 수 없다고 할 것이다(피고는 배○○이 원고의 대표이사로 취임하며 자신과 함께 근무했던 소외 김○○를 경리과장으로 채용하여 재무 업무를 장악하였던 점에 비추어 보면 배○○이 원고 회사를 실질적으로 지배하였으며, 원고가 배○○에 대하여 이 사건 횡령금 중 2억 원만을 손해배상으로 구하다가 그 소를 취하하였고, 위 횡령액을 한때 특별손실로 회계처리하였던 점 등의 사정을 종합하여 보면, 원고가 이 사건 횡령 사실을 추인한 것으로 볼 수 있다고 주장한다. 그러나 직원 채용은 대표이사의 통상적인 권한에 당연히 포함되므로, 이러한 사정만으로 배○○이 원고를 실질적으로 지배하였다고 보기는 어렵고, 또 원고는 '인지대가 부담스러워 피해액 중 일부만을 청구하다가 배○○의 장기도피로 실익이 없다고 판단하여 소를 취하하였고, 외부감사인이 감사보고서에 적정 의견이 기재되도록 하기 위하여 특별손실로 회계처리하는 것이 좋겠다고 권고하여 이를 받아들였다.'고 주장하는바, 이러한 원고의 주장에 수긍이 가므로, 피고가 언급한 위 사정들만으로 원고가 이 사건 횡령 사실을 추인하였다고 보기는 어렵다.)

따라서, 이 사건 횡령금이 사외유출되었음을 인정할 수 없는 이상, 이를 전제로 한 이 사건 각 처분은 원고의 나머지 주장에 관하여 더 살펴볼 필요 없이 위법하다고 할 것이다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리 하여 부당하므로, 제1심 판결을 취소하고 이 사건 각 처분을 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.