2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 1987. 11. 13. 설립된 이후 어망 및 로프생산판매업, 어구자재 제작 및 판매업, 비철금속(동, 황동) 생산 및 판매업 등을 영위하여 왔다.

" 나. 원고는 2009년 271부터 2010년 1기까지 고동(古鋼) 매입과정에서 BB금속(대표 김CC)으로부터 공급가액 합계 OOOO원, DDD(대표 정EE)으로부터 공급가액 합계 OOOO원, 주식회사 FF스틸(대표 박GG, 이하FF스틸'이라고 하고 BB금속, DDD, FF스틸을 통틀어이 사건 각 거래처'라고 한다)로부터 공급가액 OOOO원 총 합계 OOOO원의 세금계산서(이하이 사건 각 세금계산서'라고 한다)를 교부받은 후, 이 사건 각 세금계산서에 따른 매입세액을 매출세액에서 공제하여 2009년 제2기부터 2010년 제1기까지 각 부가가치세를 신고하였다.", 다. 피고는 피고 및 ZZ지방국세청장의 원고에 대한 자료상 조사에서 BB금속 등이 자료상임을 확인하고 이를 이유로, 원고가 자료상인 이 사건 각 거래처로부터 교부받은 이 사건 각 세금계산서는 모두 공급자가 허위로 기재되어 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 보아 이 사건 각 세금계산서가 모두 사실과 다른 세금계산서라는 이유로 그 매입세액 공제를 부인하여, 원고에게 2010. 8. 26. 2010년 제1기 부가가치세 확정신고에 대한 환급거부를 통지하고, 2010. 11. 2. 2009년 제2기분 부가가치세 OOOO원 및 2010년 제1기(예정신고)분 OOOO원 및 2009년 법인세(증빙불비가산세) OOOO원을 각 경정・고지하였다.

" 라. 이에 불복하여 원고는 2010. 11. 24. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2011. 12. 20.BB금속 김CC이 작성한 매출정리서, 원고의 관리항목별 보조원장 및 신규업체등록 품의자료 등에 대한 재조사를 실시하여 이 사건 각 세금계산서 공급가액 합계 OOOO원에 상당하는 비철금속을 BB금속 등으로부터 실제 매입하였는지 여부 등을 확인하고 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다'라는 결정을 하였다.", " 마. 피고는 이에 따라 2011. 12. 26.부터 2012. 2. 6.까지 재조사를 실시하여, 2012. 2. 22. 원고에게 당초 과세처분이 정당하다는 경정거부처분(이하이 사건 처분'이라고 한다)을 하였고, 원고는 이에 불복하여 2012. 2. 29. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2012, 12, 6, 심판청구가 기각되었다.",[인정근거]다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 7호증, 을 제1, 2(가지번호 포함, 이하 같다), 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고는 이 사건 각 세금계산서 기재와 같이 이 사건 각 거래처로부터 실제로 고동을 공급받았으므로, 이 사건 각 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않는다.

2) 설령 이 사건 각 거래처가 자료상으로서 실제 공급자가 아니기 때문에 이 사건 각 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 하더라도, 원고는 이 사건 각 거래처와 거래를 개시하기 전에 사업장 방문, 사업자등록증 확인 등을 통하여 이 사건 각 거래처가 실제로 고동 매매업을 영위하고 있는지 확인하였고, 고동을 공급받는 과정에서도 엄격한 검수절차를 통하여 해당 고동이 실제로 이 사건 각 거래처로부터 공급되고 있는 것인지 확인한 후 그 증빙자료로 운송차량 사진, 계량증명서, 세금계산서, 거래명세서 등을 함께 보관하였으며, 이 사건 각 거래처 명의로 개설된 계좌로 거래대금을 정확하게 송금하는 등 거래당사자로서 주의의무를 다하였는바, 원고로서는 이 사건 각 거래처가 실제 공급자가 아님을 알지 못하였고, 알지 못한 데 과실도 없다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정 사실

1) 이 사건 과세대상인 고동이 원고에게 실제로 입고된 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다.

" 2) 원고는 OO시 OO구 OO동 1503-8 소재 본점과 OO시 OO구 OO동 491 소재 HH공장 등 4개의 지점을 두고 있는바, 위 HH공장에 있는 구매・판매 관리팀에서 전 기동, 고동 등 원재료를 구입하고 이렇게 구입된 원재료는 OO시 OO구 OO동 370-43 소재 공장(이하제2공장'이라고 한다)으로 입고되면 OO시 OO구 OO동 948-8 소재 공장(이하제3공장'이라고 한다) 소속 직원이 제2공장에 와서 고동의 품질 등에 관하여 검수하고 계량과 압축공정을 거친 다음 제3공장으로 옮겨져 용해 및 슬라브 생산 공정 후 다시 제2공장에서 코일 및 동판으로 생산된다.", 3) 원고는 위 HH공장 구매팀을 통하여 고동의 매입처를 직접 찾아다니거나 원고를 직접 방문하는 업체 중 매입처를 정하는데, 이때 매입처의 사업장을 방문하고, 사업자등록증, 주민등록증 등의 확인절차를 거친 후 매입처로 등록한 다음 고동 등 원재료를 매입하였다.

" 4) 원고는 고동 등을 매입할 때마다원재료 입고내역 리스트'를 비치하여 매입처로부터 제2공장까지 원재료를 운반한 차량의 운전기사로부터 입고일자, 매입처, 품목, 중량, 운반 차량번호, 운전기사의 이름・연락처를 기재하도록 하였고, 자체적으로 고동의 중량을 재서 이에 따라 이 사건 각 세금계산서를 발급받아 이를 은행에 제시하여 기업 구매자금 대출을 받아 이 사건 각 거래처에 고동의 매입대금을 입금하였다.", 5) 원고는 2005. 1.경부터 2011. 7.경까지 20여 차례 세금계산서와 관련하여 세무 조사를 받았으나, 한 번도 허위의 세금계산서와 관련되어 과세처분을 받은 사실이 없다.

6) 이 사건 각 거래처별로, 원고와의 거래와 관련된 사정들이나 자료상 혐의와 관련된 제반 사정들은 아래와 같다.

가) 김CC(BB금속)

" (1) 김CC은 2009. 2. 1.경 OO시 OO구 OO동 491-271에서BB금속'이라는 상호로 고철 ・ 비철 도소매업을 개업하였다가 2010. 1. 29. 폐업하였다. 그런데 김CC은 2000년경부터 처외삼촌인 윤II에게 고용되어 폐동 수집 및 판매업에 종사하였고, BB금속을 개업하기 전에 BB금속의 사업장과 동일한 장소에서 2004년경부터 2008. 7.25.경까지 장모인 윤JJ 명의로KK자원'을 개업하여 동종 업체를 운영하였다.", (2) 원고 대표이사 서LL는 2008.경 김CC에게 고동 거래를 제의하였고, 이 후 원고의 구매팀 김MM과 관리부 팀장 오NN은 김CC(BB금속)의 사업장을 방문하여 시설을 확인한 다음, 김CC(BB금속)의 사업자등록증(2009. 5. 25. 발급), BB금속 사업장의 부동산 임대차 계약서, 김CC의 주민등록표등본 및 주민등록증 사본, 김CC(BB금속) 명의의 우리은행 통장 사본 등을 각 교부받았다.

" (3) 김CC은 부산지방국세청장으로부터 자료상으로 고발되었으나, 2011. 1. 5. 부산지방검찰청 검사로부터 2009년 제2기 부가가치세 예정매출신고와 관련하여 원고 등 6개 업체에 대한 각 가공매출혐의인 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서교부등)의 점에 대하여 각혐의없음(증거불충분)' 처분을 받았다.", " (4) 김CC은 2011. 12. 13. 부산지방법원 2010고합697, 768(병합)호 사건에서 김CC은 장모인 윤JJ 명의로 된 KK자원을 실질적으로 운영하던 중, 운영이 어려워지자 2008년 상반기에 이르러 부가가치세를 포탈하기로 마음먹고, 세금계산서 등 거래 자료를 요구하지 않는 유리한 조건을 내세워 다수의 구리 수집상들로부터 비싼 가격으로 다량의 구리를 매입한 후, 매출처로부터 송금받은 매출대금을 현금으로 출금하여 현금으로 매입대금을 결제하고 나머지는 유용한 채KK자원'을 폐업하는 방식으로 OOOO원 이상의 부가가치세를 포탈하고, 다시 2009. 2. 1.경부터BB금속'이라는 상호로 동종 영업을 계속하면서 무자료로 매입한 구리 대금을 의제 매입으로 인정받기 위하여 실제로 구리를 매입한 사실이 없음에도 63명으로부터 합계 약 OOOO원 상당의 구리를 매입한 것처럼 매입세액 공제신고를 함으로써 부가가치세 약 OOOO원을 부당 공제받아 이를 포탈하였다 라는 범죄사실 등에 관하여 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(조세)죄, 조세법처벌법위반죄로 징역 2년 6월 및 벌금 OOOO원을 선고받아 항소하였고, 2012. 4. 26. 부산고등법원 2012노1호로 양형 부당을 이유로 위 판결이 파기되어 징역 2년 6월에 집행유예 4년 및 벌금 OOOO원을 선고받아 상고하였으며, 2012. 9. 27. 대법원 2012도5515호로 상고 기각 판결을 선고받아 그 판결이 확정되었다.", 나)FF스틸

(1) FF스틸 대표 박GG는 김CC의 처이고, FF스틸은 2004. 1. 1.경 OO시 OO구 OO동 870-295에서 경량철골 알미늄, 칸막이, 천정자재 제조 판매업, 동 고철 ・ 비철 판매업 등을 목적으로 사업을 운영하였다가 2010. 6. 30. 폐업하였다.

(2) 원고는 2009. 7. 6. HH공장 앞에 있는 FF스틸로부터 고동 매입금액 OOOO원 상당의 고동을 매입하고 세금계산서를 발급받았는데, 이후 FF스틸의 사업자등록증(2007. 10. 31. 발급), 법인등기부등본(2007. 10. 24. 발급), 법인인감증명 (2007. 11. 6. 발급), 박GG의 주민등록표등본 및 주민등록증 사본, 인감증명서(2007. 10. 19. 발급) 등을 교부받고 박GG가 김CC의 처라는 사실을 알게 되어 더 이상 거래를 하지 아니하였다.

" (3) 박GG는 부산지방국세청장으로부터 자료상인 국제자원과 가공매입거래가 있으며, 현 사업장이 없고 자료상 혐의가 있어 가공매출 OOOO원, 가공매입 OOOO원으로 고발되었으나, 2010. 12. 22. 부산지방검찰청 검사로부터 2009년 제2기 부가가치세 신고와 관련하여 원고에 대한 가공매출혐의인 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서교부등)의 점에 대하여혐의없음(증거불충분)' 처분을 받았다.", 다) DDD

(1) DDD 대표 정EE(1940년생)의 아들 정II은 김CC의 매제이고 고령인 정EE을 대신하여 DDD을 실제 운영하였다.

(2) DDD은 2003. 6. 1.경 OO시 OO구 OO동 101-54에서 고철 도소매업 목적으로 사업을 운영하였다가 2010. 10. 9. 폐업하였다.

(3) 원고 구매팀 김MM은 DDD에 고동 등이 쌓여있는 것을 발견하고 매입의사를 밝히고 DDD에 고동 등 거래를 제의하였고, 2010. 1. 27. DDD과 첫 거래를 시작하였고 그 즈음하여 DDD의 사업자등록증(2007. 10. 5. 발급), 지방세납세증명서, DDD 사업장의 부동산 임대차 계약서, 정EE의 주민등록표등본 및 주민등록증 사본, 정EE(DDD) 명의의 신한은행 통장 사본 등을 각 교부받았다.

" (4) 정II은 부산지방국세청장으로부터 자료상으로 고발되었으나, 2011. 12. 27. 부산지방검찰청 검사로부터 2010년 제1기 부가가치세 신고와 관련하여 원고 등 3개 업체에 대한 공급가액 합계 OOOO원에 대한 특정범죄가중처벌등에관한법률 위반(허위세금계산서교부등)의 점에 대하여혐의없음(증거불충분)' 처분을 받았다.",[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제6, 8호증의1, 9 내지 18, 21, 23, 24호증, 을 제3, 4, 7, 13호증의 각 기재, 갑 제19호증의 영상, 증인 오QQ, 박RR, 김SS, 김MM의 각 증언, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 이 사건 각 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하는지 여부

" 가) 어느 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 구 부가가치세법(2008. 12. 26. 법률 제9268호로 개정되기 전의 것) 제17조 제2항 제1의2호 또는 구 부가가치세법(2011. 12. 31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것) 제17조 제2항 제2호에서 규정하는사실과 다른 세금계산서'에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 2008. 12. 11. 선고 2008두9737 판결 등 참조). 그런데 여기서 부가가치세법상 세금계산서의 기재내용이 사실과 다르다는 의미는, 과세의 대상이 되는 소득 ・ 수익 ・ 계산 ・ 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속 되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 국세기본법 제14조 제1항의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재 내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키는 것이므로(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 등 참조), 재화 등을 공급하는 거래가 실제로 존재하더라도 그 공 급주체가 세금계산서 발행명의자와 다른 소위 위장 거래로 발급된 세금계산서도사실 과 다른 세금계산서'에 해당한다.", 나) 김CC(BB금속)이 발급한 세금계산서에 관한 판단

앞서 본 법리와 각 인정사실 및 앞서 든 각 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음 각 사정 즉, ① 김CC은 2000년경부터 계속하여 고동 매매업에 종사한 경력이 있고 실제로 원고에게 이 사건 고동을 매도한 점, ② 김CC(BB금속) 명의로 고동 등을 원고에게 공급하면서 세금계산서를 발급하여 준 점 등을 고려하면, 피고가 제출한 증거들만으로는 검재일(BB금속)이 허위 매출 세금계산서를 발급하는 자료상의 역할을 하였다고 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

따라서 이 사건 각 세금계산서 중 김CC(BB금속)이 발급한 부분은 공급자가 허위로 기재된 세금계산서에 해당한다고 볼 수 없어 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

다) FF스틸이 발급한 세금계산서에 관한 판단

앞서 본 법리와 각 인정사실 및 앞서 든 각 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음 각 사정 즉, ① FF스틸의 대표 박GG는 김CC의 처인 점, ② 이 사건 각 거래처로부터 고동을 운반한 박RR에 의하면, FF스틸은 알지만 대표자 이름은 모르고 FF스틸 사장도 김CC이며, BB금속에서 일당을 받고 단순하게 운반하는 업무를 한 것이라고 진술하고 있는 점 등을 종합하여 보면, 실제로 원고에게 고동을 공급한 것은 FF스틸이 아닌 제3자인 김CC(BB금속)로 보이므로, 공급자가 FF스틸로 기재된 이 사건 세금계산서는 공급자가 허위로 기재되어 사실과 다른 세금계산서에 해당한다.

따라서, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

라) DDD이 발급한 세금계산서에 관한 판단

앞서 본 법리와 각 인정사실 및 앞서 든 각 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음 각 사정 즉, ① DDD의 실제 운영자인 정II은 김CC의 매제인 점, ② 이 사건 각 거래처로부터 고동을 운반한 박RR은 이 사건 각 거래처 이외에 다른 업체로부터 고동을 운반한 사실이 없고, 계속하여 이 사건 각 거래처의 고동을 운반하여 온 점, ③ 박RR이 DDD은 알지만 DDD의 사장은 모르고, BB금속이 소유하는 고동운반 차량과 DDD이 소유하는 고동운반 차량이 동일하며, BB금속에서 일당을 받고 단순하게 운반하는 업무를 한 것이라고 진술하고 있는 점 (이에 반하는 갑 제8호증의2 기재는 믿지 않는다) 등을 종합하여 보면, 비록 DDD 명의로 원고에게 고동이 공급되었지만, 그 고동을 실제로 공급한 것은 DDD이 아닌 제3자인 김CC(BB금속)로 보이므로, 공급자가 DDD으로 기재된 이 사건 세금계산서는 공급자가 허위로 기재되어 사실과 다른 세금계산서에 해당한다.

따라서, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

마) 소결론

결국, 이 사건 각 세금계산서 중 김CC(BB금속)이 발급한 부분은 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 아니하므로 이 사건 처분 중 김CC(BB금속)이 발급한 부분과 관련된 부분은 위법하다. 다만 이 사건 각 세금계산서 중 FF스틸, DDD이 발급한 부분은 사실과 다른 세금계산서에 해당하므로, 이하에서는 이 부분에 대한 원고의 선의 ・ 무과실 주장에 관하여 나아가 판단한다.

2) 원고가 선의 ・ 무과실에 해당하는지 여부

가) 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장 사실을 알지 못하였고 알지 못하였음에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급받을 수 없고, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 증명하여야 한다(대법원 2002. 6. 28. 선고 2002두2277 판결 등 참조).

나) 이 사건에서 살피건대, 앞서 본 법리와 각 인정사실 및 앞서 든 각 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음 각 사정 즉, ① 원고가 이 사건 각 거래처와 거래를 개시할 때마다 그 거래 개시일을 전후하여 해당 업체의 사업장을 일일이 방문하여 시설물 현황 등을 살피고, 해당 업체의 사업자등록증 등(법인인 FF스틸의 경우에는 법인인감증명서나 법인등기부등본도 교부받았다)과 대표자의 거주 및 신분을 확인할 수 있는 서류, 거래대금을 입금할 해당 업체 명의의 통장 사본 등을 교부 받는 등 거래 개시 무렵 원고는 이 사건 각 거래처가 정상적으로 고동 매매업을 영위하고 있는지 여부를 확인하기 위하여 상당한 노력을 기울인 것으로 보이는 점, ② 또한 원고는 이 사건 각 거래처가 공급자라고 자처하는 고동을 인수할 때마다 운송기사로부터 공급자를 확인(운송기사 이름과 휴대전화번호도 확인하였다)한 후 고동을 계근하여 그 계량증명서를 이 사건 각 거래처에 교부하는 한편, 이 사건 각 거래처로부터 그에 상응하는 세금계산서와 거래명세서를 교부받아 관련 자료를 함께 보관하여 온 점, ③ 원고는 이 사건 각 거래처 명의의 계좌로 정상적으로 거래대금을 송금하였고, 이처럼 송금한 거래대금 중 일부를 반환받았다거나 고동의 단가가 일반적인 시세보다 현저히 저렴하였다는 등 원고와 이 사건 각 거래처 사이의 거래가 비정상적인 거래였음을 추단할 만한 사정이 밝혀지지 아니한 점, ④ 이와 같은 상황에서 원고로서는 이 사건 각 거래처의 명의위장 사실을 알았거나 알 수 있었으면서도 향후 해당 매입세액 공제 부인으로 부가가치세를 이중으로 부담할 위험 등을 감수하면서까지 그 거래에 임할 만한 동기는 없는 것으로 보이는 점, ⑤ 고동의 경우 원고와 같은 최종 소비처로서는 자신과 직접 거래하는 중간상이 정상적인 업체인지를 확인하는 것에서 더 나아가 그 중간상의 고동 매입경로까지 확인하는 것은 현실적으로 어려워 보일 뿐 아니라, 적시에 필요한 원료를 조달하여 동제련사업을 영위하여야 하는 원고에게 그와 같은 엄격한 주의의무까지 부담하도록 하는 것은 부당하다고 볼 여지가 있는 점 등을 종합하여 보면, 원고는 이 사건 각 세금계산서에 기재된 공급자 명의가 실제 공급자와 다르다는 사실을 알지 못하였고 알지 못한 데 과실이 없다고 봄이 타당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

다) 소결론

이 사건 각 세금계산서 중 김CC(BB금속)을 제외한 FF스틸과 DDD이 발급한 세금계산서는 공급자가 허위로 기재되어 사실과 다른 세금계산서에 해당하나, 원고는 그와 같은 명의위장 사실을 알지 못하였고 알지 못한 데 과실이 없으므로, 결국 이 사건 처분 중 FF스틸과 DDD이 발급한 세금계산서와 관련된 부분도 모두 위법하여 이 사건 처분은 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 인용한다.