1. 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 ‘지방세법’이라 한다) 제107조 및 제127조 제1항 은 용도구분에 의한 취득세·등록세 비과세를 규정하면서 그 사유 중의 하나로 각 제1호 에서 ‘제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 및 등기’를 들고 있고, 각 본문 단서에서는 ‘대통령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일·등기일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니한 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세·등록세를 부과한다’고 규정하고 있다. 한편 구 지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 전부 개정되기 전의 것) 제78조의2 제1항 , 제93조의2 등은 부동산을 임대하여 수익이 발생하는 사업을 지방세법 제107조 및 제127조 제1항 에서 말하는 ‘대통령령이 정하는 수익사업’의 하나로 규정하고 있다.

2. 원심은 제1심판결 이유를 인용하여, ① 종교를 목적으로 하는 비영리사업자인 원고가 2007. 5. 16. 이 사건 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 하면서 지방세법 제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호 에 의하여 취득세·등록세 등의 비과세를 받은 사실, ② 그런데 원고는 2010. 5. 14.부터 주식회사 조은진로유통에 이 사건 부동산을 월 차임 200만 원에 임대하기 시작한 사실 등을 인정한 다음, 원고가 이 사건 부동산을 임대하는 수익사업을 한 것은 지방세법 제107조 단서 및 제127조 제1항 단서에 규정된 부과사유인 ‘대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우’에 해당한다는 이유로 비과세된 취득세·등록세 등을 부과하는 이 사건 처분이 적법하다고 판단하였다.

3. 그러나 원심의 이러한 판단은 다음과 같은 이유에서 수긍할 수 없다.

조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다고 할 것이다( 대법원 2008. 2. 15. 선고 2007두4438 판결 등 참조). 지방세법 제1조의2 제1항 도 “이 법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.”라고 규정함으로써 이러한 점을 확인하고 있다.

구 지방세법(2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것) 제107조 단서 및 제127조 제1항 단서는 ‘대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일·등기일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니하는 경우’만을 부과사유로 규정하고 있었다. 그러나 해당 비영리사업자가 해당 부동산을 공익사업 용도로 일시 사용하고 곧바로 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 취득세·등록세를 비과세하는 취지에 반함에도 그 사용기간에 상관없이 부과할 수 없는 문제가 발생하자, 2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정된 지방세법은 ‘그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우’를 부과사유로 추가하였다.

비록 지방세법 제107조 단서 및 제127조 제1항 단서가 ‘대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우’를 독립된 부과사유로 규정한 것처럼 보일지라도, 위와 같은 개정경위와 부과사유 상호간의 관계에 아울러, 비과세된 부동산을 그 사용일부터 2년 이상 공익사업의 용도에 직접 사용한 다음 매각하는 경우와의 과세형평, 부동산의 보유기간 동안 매년 부과되는 재산세와 달리 취득세·등록세는 그 부동산을 일정기간 동안 공익사업의 용도에 사용하면 비과세의 목적을 달성할 수 있다고 보는 것이 합리적인 점 등에 비추어 보면, 지방세법 제107조 단서 및 제127조 제1항 단서는 비영리사업자가 비과세된 부동산을 공익사업의 용도로 직접 사용하기 시작할 유예기간을 부여하되 유예기간 동안에 수익사업에 사용하는 경우와 그 유예기간 이후에도 정당한 사유 없이 공익사업에 사용을 시작하지 않는 경우 또는 그 사용일부터 일정한 기간 동안 공익사업에 사용하지 않은 경우 등에는 취득세·등록세를 부과하고, 일정한 기간 동안 공익사업의 용도로 사용하면 그 후부터는 취득세·등록세를 부과하지 않겠다는 내용을 규정한 것으로 보는 것이 입법 취지나 목적에 부합하는 해석이라고 할 것이다. 따라서 지방세법 제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호 에 규정된 비영리사업자가 해당 부동산을 2년 이상 공익사업의 용도에 직접 사용하였다면 그 후에 매각하거나 임대 등 다른 용도로 사용하더라도 지방세법 제107조 단서 및 제127조 제1항 단서에 규정된 부과사유에 해당하지 아니하여 비과세된 취득세·등록세를 부과할 수 없다.

그렇다면 원심으로서는 원고가 이 사건 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 한 이후 2년 이상 종교용도로 직접 사용하였는지 등을 심리한 다음 그에 따라 비과세된 취득세·등록세의 부과사유에 해당하는지를 판단하였어야 함에도, 원심은 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우 그 용도에 따른 사용기간을 묻지 않고 곧바로 부과사유에 해당한다고 보아 이 사건 처분이 적법하다고 판단하였으니, 이러한 원심의 판단에는 지방세법 제107조 단서 및 제127조 제1항 단서가 규정하는 부과사유에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 아니함으로써 판결에 영향을 미친 위법이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.

4. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.