피고가 2006. 12. 5. 원고에 대하여 한 2004 사업연도 법인세 22,138,020,099원의 부과처분 중 4,371,326,110원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 소송총비용 중 60%는 원고가, 나머지 40%는 피고가 각 부담한다.

피고가 2006. 12. 5. 원고에 대하여 한 2002 사업연도 법인세 2,649,499,491원의 부과처분, 2004 사업연도 법인세 22,138,020,099원의 부과처분 중 4,371,326,110원을 초과하는 부분을 각 취소한다(환송 후 당심에서 청구취지를 감축하였다)

2. 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 피고가 2006. 12. 5. 원고에 대하여 한 2002 사업연도 법인세 2,649,499,491원의 부과처분, 2004 사업연도 법인세 22,138,020,099원의 부과처분을 각 취소한다.

3. 이 법원의 심판 범위

원고는, 피고가 2006. 12. 5. 원고에 대하여 한 2002 사업연도 법인세 2,649,499,491원의 부과처분, 2004 사업연도 법인세 22,138,020,099원의 부과처분의 각 취소를 구하였는데, 제1심 판결은 이 사건 소를 각하하였고, 원고의 항소에 대하여 환송 전 당심은 항소를 기각하였고, 원고의 상고에 대하여 환송판결은 2002 사업연도 법인세 부과처분 부분에 관한 상고는 기각하고, 2004 사업연도 법인세 부과처분 부분을 파기하고 당심으로 환송하였다. 따라서 2002 사업연도 법인세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 확정되었고, 환송 후 당심의 심판범위는 2004 사업연도 법인세 부과처분의 취소청구 부분에 한정된다.

가. 주식회사 케이피케미칼(이하 ‘케이피케미칼’이라 한다)은 주식회사 고합(이하 ‘고합’이라 한다)의 유화사업부문을 분할(이하 ‘이 사건 분할’이라 한다)하여 2001. 12. 28. 설립된 회사로서 석유화학 및 화학공업제품의 제조가공업 및 판매업 등을 영위하였으며, 2012. 12. 27. 원고에 흡수합병되었다.

나. 케이피케미칼은 2002 사업연도 법인세 과세표준을 13,792,272,317원, 세액을 2,649,499,491원으로, 2003 사업연도 법인세 과세표준을 17,625,322,875원, 세액을 3,981,470,934원으로, 2004 사업연도 법인세 과세표준을 131,501,467,049원, 세액을 34,402,958,929원으로 각 신고하고 위 각 세액을 납부하였다.

다. 부산지방국세청장은 케이피케미칼에 대한 2002 내지 2005 사업연도 법인세 정기조사를 실시한 후, 특수관계자에 대한 업무무관 가지급금 관련 인정이자 계산, 지급이자 손금불산입, 접대비한도초과액 손금불산입, 임시투자세액 부당공제 사실 등을 확인하여 피고에게 과세자료로 통보하였고, 이에 따라 피고는 2006. 12. 5. 케이피케미칼에게 2002 사업연도 법인세 4,019,324,090원을, 2003 사업연도 법인세 357,344,570원을, 2004 사업연도 법인세 83,562,320원을 각 증액하여 경정·고지하였다(이하 2004 사업연도 법인세에 관한 처분을 ‘이 사건 2004 사업연도 증액경정처분’이라 하고, 2002 내지 2004 사업연도 법인세에 관한 처분을 합하여 ‘이 사건 각 증액경정처분’이라 한다).

라. 케이피케미칼은 이 사건 각 증액경정처분에 대해 2007. 3. 2. ‘고합은 진부화된 유형자산에 대해 장부가액과 회수가능가액의 차액을 유형자산감액손실로 기록하여 세무상 유보로 관리하여 왔고, 케이피케미칼은 이 사건 분할 시 위 유형자산감액손실 중 151,246,262,765원(이하 ’이 사건 감액손실액‘이라 한다)을 세무상 유보사항으로 승계받았으나, 이에 대하여 2002 사업연도 이후 별도로 세무조정을 하지 않았으므로 이 사건 감액손실액을 감가상각부인액으로 보아 감가상각범위액을 재계산하여야 하고 2002 내지 2004 사업연도별 감가상각시인부족액 범위 내에서 이를 손금으로 추인하여 2002 내지 2004 사업연도 과세표준과 세액을 경정해야 한다’고 주장하며 국세심판원에 심판청구를 하였다.

이에 대하여 국세심판원은 2008. 1. 21. ‘케이피케미칼이 2002 내지 2004 사업연도의 법인세 신고 시 자본금과 적립금 조정명세서상 세무상 유보로 관리하고 있는 이 사건 감액손실액을 감가상각부인액으로 보아 각 사업연도별 감가상각범위액을 재계산하고 각 사업연도별 감가상각시인부족액 범위 내에서 이를 손금으로 추인하고, 2006. 12. 5. 고지된 법인세 경정액을 경정세액의 한도로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다’는 결정을 하였다.

피고는 2008년 2월경 국세심판원의 결정에 따라 이 사건 각 증액경정처분 중 2002 사업연도 법인세 4,019,324,090원을, 2003 사업연도 법인세 357,344,570원을, 2004 사업연도 법인세 83,562,320원을 각 감액하여 경정·고지하였다(이하 ‘제1차 각 감액경정처분’이라 한다).

마. 한편, 케이피케미칼은 이 사건 각 증액경정처분 이전인 2006. 4. 20. 피고에게, ‘이 사건 감액손실액을 감가상각부인액으로 보아 감가상각범위액을 재계산하여야 하고 2003, 2004 사업연도별 감가상각시인부족액 범위 내에서 이를 손금으로 추인하여야 한다’고 주장하며 2003, 2004 사업연도 법인세에 대하여 경정청구를 하였다.

이에 피고는 2008년 3월경 2003, 2004 사업연도 법인세에 관하여 아래 표 ‘추가 환급세액’란 기재 각 금액을 감액하여 경정·고지하였다[이하 ‘제2차 각 감액경정처분’이라 한다. 케이피케미칼은 피고에게 당초 신고 납부한 2004 사업연도 법인세 중 12,587,068,186원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였으나, 피고는 신고된 감가상각시인부족액(10,832,617,244원)이 실제보다 과대하게 신고된 것을 확인하고 10,600, 295,714원으로 재계산하여 손금에 가산함에 따라 12,264,938,830원을 환급하였다].

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 15호증, 을 제3 내지 8호증의 각 기재(각 가지번호 있는 것은 별도의 표시가 없는 한 가지번호 포함), 변론 전체의 취지

2. 피고의 본안 전 항변에 관한 판단

가. 피고 주장

피고가 2008년 3월경 케이피케미칼의 2004 사업연도 법인세 경정청구에 대하여 일부 기각하는 결정을 하였는데, 이에 대하여 원고가 불복기간 내에 심사청구 및 심판청구를 제기하지 않았으므로 당초 신고 납부한 2004 사업연도 법인세 중 제2차 감액경정처분에 의하여 취소되고 남은 세액부분은 불가쟁력이 발생하였다. 가사 원고의 청구가 당초 2004 사업연도 법인세 신고를 흡수한 이 사건 2004 사업연도 증액경정처분을 다투는 경우에 해당하여 당초 신고의 하자를 다툴 수 있더라도 그 항고소송에서 취소될 수 있는 범위는 증액경정된 세액 부분에 한정될 것인데, 증액경정된 세액부분이 제1차 감액경정처분으로 전액 취소된 이상 취소의 대상이 존재하지 않는다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제22조의2 제1항 은 “세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리·의무관계에 영향을 미치지 아니한다”고 규정하고 있다.

위 규정의 문언 및 위 규정의 입법 취지가 증액경정처분이 있더라도 불복기간이나 경정청구기간의 경과 등으로 더 이상 다툴 수 없게 된 당초 신고나 결정의 세액에 대한 불복을 제한하려는 데에 있음에 비추어 보면, 증액경정처분이 있는 경우 당초 신고나 결정은 증액경정처분에 흡수됨으로써 독립한 존재가치를 잃게 되어 원칙적으로는 증액경정처분만이 항고소송의 심판대상이 되고 납세자는 그 항고소송에서 당초 신고나 결정에 대한 위법사유도 함께 주장할 수 있으나, 불복기간이나 경정청구기간의 도과로 더 이상 다툴 수 없게 된 세액에 관하여는 그 취소를 구할 수 없고 증액경정처분에 의하여 증액된 세액의 범위 내에서만 취소를 구할 수 있다.

2) 이 사건 2004 사업연도 증액경정처분 중 증액된 세액 부분이 제1차 감액경정처분에 의해 취소되었다고 하더라도 당초 신고한 세액은 이 사건 2004 사업연도 증액경정처분에 흡수되어 증액경정처분의 일부를 구성하고 있다. 앞서 본 바와 같이 증액경정처분이 있더라도 불복기간이나 경정청구기간의 경과 등으로 인하여 더 이상 다툴 수 없게 된 당초의 신고세액이나 결정세액에 대하여는 그 취소를 구할 수 없으므로, 이 사건 취소청구에 이미 그러한 세액에 대하여도 취소를 구하는 부분이 있는지에 관하여 본다.

2005. 7. 13. 법률 제7582호로 개정되기 전의 구 국세기본법 제45조의2 제1항 (이하 ‘개정 전 규정’이라 한다)은 경정청구기간을 법정신고기한 경과 후 2년 이내로 규정하고 있었으나, 위와 같이 개정된 국세기본법 제45조의2 제1항 (이하 ‘개정규정’이라 한다)은 경정청구기간을 법정신고기한 경과 후 3년 이내로 규정하는 한편 그 부칙 제2항에서 종전의 규정에 따른 경정청구기간이 경과하지 아니한 결정 또는 경정의 청구에 관하여는 개정규정을 적용한다고 하고 있으므로, 위 개정 국세기본법 시행일인 2005. 7. 13. 현재 그 결정 또는 경정의 경정청구기간이 경과하지 아니한 경우에는 그 경정청구기간이 3년으로 연장되었다.

이 사건 2004 사업연도 법인세의 경우에는 그 법정신고기한인 2005. 3. 31.부터 그 경정청구기간이 경과하기 전인 2006. 12. 5. 이 사건 2004 사업연도 증액경정처분이 있었으므로, 원고는 위 증액경정처분에 의하여 증액된 세액뿐만 아니라 당초 신고한 세액에 대해서도 취소를 구할 수 있다.

따라서 피고의 위 주장은 이유 없다.

3. 본안에 관한 판단

가. 당사자의 주장

1) 원고

케이피케미칼은 이 사건 분할 시 이 사건 감액손실액을 세무상 유보사항으로 승계받았는데, 이 사건 감액손실액 즉, 유형자산감액손실은 법인세법상 감가상각비와 동일하게 취급하여야 한다. 이 사건 감액손실액과 PAREX 공정의 ADSORBENT CHAMBER 기계장치 관련 감액손실액을 고려하여 2001, 2002 사업연도 감가상각범위액을 다시 계산하면 법인세법 시행령 제32조 제1항 에 따라 손금 추인될 상각부인액은 2001 사업연도 9,141,271,779원, 2002 사업연도 75,260,446,345원이다. 여기에 제1차 감액경정처분에서 이미 인정된 손금 추인액을 공제하면 결국 2002 사업연도에 추가로 손금 추인될 금액은 66,518,704,045원이다. 위 손금 추인액을 반영하여 2001, 2002 사업연도 이월결손금을 계산하면 2001 사업연도에 11,922,677,971원, 2002 사업연도에 49,945,025,537원이 각 추가로 발생하였다. 또한 케이피케미칼은 2002 사업연도에 1,062,414,034원의 세액을 공제감면(이하 ‘이 사건 공제감면세액’이라 한다) 받았는데, 이는 2002 사업연도 케이피케미칼의 ‘정당한’ 결손금을 고려할 경우 2002 사업연도에 공제될 수 없었고 2004 사업연도에 공제되어야 하는 것이다.

위 2001, 2002 사업연도 이월결손금 및 이 사건 공제감면세액을 2004 사업연도에 반영하여 2004 사업연도 법인세의 정당세액을 계산하면 4,371,326,110원이다.

따라서 이 사건 2004 사업연도 법인세 신고세액 중 제1, 2차 감액경정처분으로 경정되고 남은 2004 사업연도 법인세 22,138,020,099원 중 4,371,326,110원을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

2) 피고

케이피케미칼이 2001, 2002 사업연도 법인세에 관하여 그 법인세 경정청구기간인 2년 내에 경정청구서를 제출하지 않았다. 따라서 위 법인세에 관하여는 불가쟁력, 불가변력이 발생하여 더 이상 다툴 수 없다. 원고는, 2001, 2002 사업연도에 이 사건 감액손실액의 일부가 손금 추인됨으로써 위 사업연도에 추가 이월결손금이 발생하였음을 전제로 2004 사업연도 법인세 경정을 구하고 있으므로 이는 허용되지 않는다.

또한 이 사건 감액손실액은 고합의 2000. 12. 31. 현재 유형자산감액손실 유보액 418,743,000,000원 중 케이피케미칼이 승계한 사업부문의 자산과 관련된 금액인데, 이는 이 사건 분할 직전일인 2001. 12. 27.까지는 고합의 자산으로 고합의 사업이나 수익과 직접 관련된 것이었다. 따라서 이 사건 감액손실액 중 고합의 소유였던 기간의 비율인 361/365에 해당하는 금액은 법인세법 시행령 제32조 제1항 에 따라 자동으로 고합의 2001 사업연도 손금으로 추인되어야 하고, 케이피케미칼은 그 나머지만 승계할 수 있다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 우선 원고가 2001, 2002 사업연도 이월결손금 발생 및 2002 사업연도 이 사건공제감면세액 등을 이유로 2004 사업연도 법인세에 관하여 다툴 수 있는지에 관하여 살핀다.

환송판결 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고가 2001, 2002 사업연도 법인세에 관하여 2년의 경정청구기간이 경과하여 위 사업연도 법인세 신고 세액을 더 이상 다툴 수 없는 사실은 인정된다.

그러나 어느 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 금액은 모두 법인세법상 결손금에 해당하고, 법인의 과세표준 등 확정신고나 정부의 조사·결정에 따른 과세표준 등 확정 시에 결손금으로 조사된 금액만이 결손금에 해당하는 것이 아니므로 이월결손금이 공제되지 아니하고 과세표준이 결정된 뒤 이를 전제로 이루어진 어느 사업연도의 법인세 부과처분이 확정되어 더 이상 그 과세표준이나 세액을 다툴 수 없게 되었다고 하더라도, 납세의무자인 법인은 확정된 과세처분과는 독립한 별개의 처분인 그 뒤 사업연도의 법인세 부과처분의 효력을 다툼에 있어서는 종전의 과세표준 결정이 잘못되었다거나 법인세법의 관계 규정에 따라 소득에서 공제될 수 있는 이월결손금이 있다는 등의 주장을 다시 할 수 있다( 대법원 2002. 11. 26. 선고 2001두2652 판결 참조).

따라서 원고는 2004 사업연도 법인세 부과처분에 관하여 다투면서 위 2004 사업연도 소득에서 공제될 수 있는 2001, 2002 사업연도 추가 이월결손금이 있고, 이 사건 공제감면세액이 2004 사업연도 법인세액에서 공제되어야 한다는 주장을 다시 할 수 있다.

2) 다음으로 케이피케미칼이 이 사건 분할에 따라 이 사건 감액손실액 전부를 승계하였는지에 관하여 살핀다.

가) 내국법인이 구 법인세법(2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것) 제46조 제1항 , 구 법인세법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것) 제82조 제3항 의 요건을 갖추어 분할하는 경우에는 분할법인의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준의 계산에 있어서 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액은 분할신설법인이 승계할 수 있다[ 구 법인세법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정되고, 2005. 2. 19. 대통령령 제18706호로 개정되기 전의 것) 제85조 제3항 , 부칙(대통령령 제17457호) 제14조].

갑 제3호증, 을 제6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 내국법인인 고합이 구 법인세법 및 구 법인세법 시행령의 요건을 갖추어 이 사건 분할을 한 사실이 인정되므로, 분할신설법인인 케이피케미칼은 고합이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준의 계산에서 익금 또는 손금에 산입하지 않은 금액을 승계할 수 있다.

나) 법인세법 시행령 제32조 제1항 에 의하면, 상각부인액이 있으면 그 후의 사업연도 시인부족액을 한도로 이를 당연히 손금으로 추인하는 것으로 정하고 있다.

한편, 갑 제3호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 진부화되거나 시장가치가 급격히 하락한 자산에 대해 기업회계기준에 따라 계상한 자산감액손실을 법인세법상 감가상각비로 취급할 수 있는지에 관하여는 이 사건 분할 당시 법인세법상 아무런 근거 규정이 없었던 사실, 2003. 3. 10. 처음으로 기업회계기준에 따라 계상한 자산감액손실을 법인세법상 감가상각비로 취급할 수 있다는 취지의 국세청 유권해석이 있었던 사실이 인정된다.

그렇다면, 이 사건 분할 당시 고합이 이 사건 감액손실액을 감가상각비와 동일하게 취급할 명확한 근거가 없었으므로, 피고 주장과 같이 법인세법 시행령 제32조 제1항 에 따라 이 사건 감액손실액 중 고합의 소유였던 기간의 비율인 361/365에 해당하는 금액은 자동으로 고합의 2001 사업연도 손금으로 추인되어야 하고, 그 나머지만 금액만 케이피케미칼이 이 사건 분할으로 승계할 수 있다고 보기는 어렵다(피고 소송대리인이 2012. 11. 7. 당심 제4차 변론기일에서 ‘케이피케미칼이 고합으로부터 151,246,000,000원을 세무상 유보사항으로 승계받은 사실에 관하여는 다툼이 없다’고 진술한 사실, 갑 제2, 3호증, 을 제5, 6호증의 각 기재에 의하면, 피고와 케이피케미칼 사이에 이 사건 제1, 2차 각 감액경정처분 당시에도 케이피케미칼이 고합으로부터 이 사건 분할로 151,246,262,765원을 세무상 유보사항으로 승계받은 사실에 관하여는 다툼이 없었던 사실 등을 종합하여 보더라도 피고의 위 주장은 이유 없다).

다) 따라서 케이피케미칼은 이 사건 감액손실액 전부를 승계하였다고 봄이 상당하다.

3) 2004 사업연도 법인세의 정당한 세액에 관하여 살핀다.

가) 법인세법 시행령 제32조 제1항 에 의하면, “법인이 각 사업연도에 손금으로 계상한 감가상각비중 상각범위액을 초과하는 금액(이하 ‘상각부인액’이라 한다)은 그 후의 사업연도에 있어서 법인이 손금으로 계상한 감가상각비가 상각범위액에 미달하는 경우에 그 미달하는 금액(이하 ‘시인부족액’이라 한다)을 한도로 하여 이를 손금으로 추인한다. 이 경우 법인이 감가상각비를 손금으로 계상하지 아니한 경우에도 상각범위액을 한도로 하여 그 상각부인액을 손금으로 추인한다”고 정하므로, 위 법령에 따라 케이피케미칼의 2001, 2002 사업연도에 손금으로 추인될 상각부인액에 관하여 살핀다.

케이피케미칼이 이 사건 감액손실액 전부를 고합으로부터 승계받은 사실은 위 2)항에서 살핀 것과 같고, 이 사건 감액손실액이 법인세법상 감가상각비와 같이 취급되어 손금 산입되는 점에는 당사자 사이에 다툼이 없다. 갑 제7, 9, 10호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 고합이 이 사건 감액손실액을 포함한 유형자산감액손실을 2000 사업연도 손금으로 처리함으로써 이 사건 감액손실액이 위 법인세법 시행령 제32조 제1항 의 손금으로 추인될 수 있는 ‘감가상각비’에 해당하는 사실이 인정된다.

위 인정사실에 갑 제8호증의 기재를 보태어 보면, 케이피케미칼의 2001, 2002 사업연도 상각부인액의 손금 추인액은 2001 사업연도 9,141,271,779원, 2002 사업연도 75,260,446,345원이다.

나) 위 손금 추인액과 갑 제2호증의 1의 기재를 종합하면, 케이피케미칼의 2001 사업연도 이월결손금은 11,922,677,971원, 2002 사업연도 이월결손금은 49,945,025,536원(계산내역은 별지 이월결손금 기재와 같다)인데, 2003 사업연도에도 결손금이 발생하여 이를 2004 사업연도 과세표준 계산과정에서 반영하여야 하고, 2004 사업연도 추가 공제감면세액은 이 사건 공제감면세액인 1,062,414,034원인 사실이 인정된다.

위 인정사실에 위 제1항의 인정근거를 종합하여 케이피케미칼의 2004 사업연도 법인세액을 다시 계산하면, 별지 세액계산서 기재와 같이 4,371,326,110원이 된다.

다) 따라서 이 사건 2004 사업연도 법인세 신고세액 중 제1, 2차 감액경정처분으로 경정되고 남은 2004 사업연도 법인세 22,138,020,099원(= 최초 법인세 신고금액 34,402,958,929원 + 증액경정처분액 83,562,320원 - 제1차 감액경정처분액 83,562,320원 - 제2차 감액경정처분액 12,264,938,830원)의 부과처분 중 위 정당한 세액인 4,371,326,110원을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 인용할 것인바, 제1심 판결 중 환송판결로 확정된 부분(2002 사업연도 법인세 부과처분취소청구 부분)을 제외한 나머지 부분은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 원고의 항소를 받아들여 제1심 판결을 위와 같이 변경하고, 소송총비용의 부담에 관하여는 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제105조 를 적용하여 주문과 같이 판결한다.

[별지 생략]