2. 소송비용은 피고가 부담한다.

원고는 2009. 11. 5. 서울 영등포구 OO동 000 대지 301.1㎡(이하 '이 사건 토지')의 지분 99.2/310.1(이하 '이 사건 지분') 및 지상건물 중 38.93/121.69 지분을 양도한 후 2010. 1. 25. 2009년 귀속 양도소득세를 신고 납부했으나 이 사건 지분에 대한 매입가액이 잘못 신고됐다면서 2010. 4. 29. 피고에게 과세표준 및 세액의 경정을 청구(이하 '제1차 경정청구')했는데， 피고는 금융자료의 미제출 등의 사유로 2010. 6. 25.자로 거부처분(이하 '제1차 처분')했다. 원고는 금융자료 등을 보완한 후 2011. 6. 16. 다시 경정청구(이하 제2차 경정청구')를 했으나 피고는 동일한 사안에 대하여 재차 경정청구할 수 없다는 이유로 2011. 8. 16.자로 다시 거부처분(이하 '이 사건 처분')을 했다. 원고는 2011. 11. 10. 조세심판원에 이 사건 처분에 대해 행정심판을 청구했으나 조세심판원은 원고가 제1차 경정청구에 대하여 제1차 처분을 받은 이상 경정청구기간 내에 있다 하여도 동일한 사유로 제2차 경정청구를 할 수 없고 이 사건 처분은 사실의 통지에 불과하여 처분성이 없다는 이유로 원고의 행정심판 청구에 대하여 2012. 2. 20. 자로 각하결정을 했다.

[인정근거] 다툼 없는 사실， 갑 제1， 2호증， 을 제1호증의 1， 2， 변론 전체의 취지

2. 본안 전 항변에 대한 판단

가. 피고는， 원고가 제1차 경정청구에 대한 제1차 처분을 2010. 6. 25.경 통지받고도 불복기한이 지난 2011. 11. 10. 행정심판청구를 제기했을 뿐 아니라， 제2차 경정청구에 따른 피고의 2011. 8. 16.자 회신은 원고에 대한 새로운 권리 또는 이익을 침해하는 것이 아닌 단순한 사실의 통지에 불과하여 불복의 대상이 되는 처분이 아니므로 이 사건 소는 부적법하다고 주장한다.

나. 살피건대， 거부처분은 행정청이 국민의 처분신청에 대하여 거절의 의사표시를 함으로써 성립되고， 그 이후 동일한 내용의 신청에 대하여 다시 거절의 의사표시를 명백히 한 경우에는 새로운 처분이 있은 것으로 보아야 하며， 이 경우 행정심판 및 행정소송의 제기기간은 각 처분을 기준으로 진행되고 종전 처분에 대한 쟁송기간이 도과했다 하여 그 이후의 새로운 거부 처분에 대하여 행정쟁송을 할 수 없게 되는 것은 아니다(대법원 1992. 12. 8. 선고 92누7542 판결， 1998. 3. 13. 선고 96누15251 판결， 2002. 3. 29. 선고 2000두6084 판결 등). 원고는 2010. 6. 25. 피고로부터 제1차 처분을 받았고， 피고는 원고의 2011. 6. 16. 자의 제2차 경정청구를 한 데 대해 2011. 8. 16. 귀하의 경정청구는 2010. 4. 29. 경정 청구하여 2010. 6. 24. 거부통지한 건과 동일한 사안이므로 경정청구 대상이 되지 아니 하여 경정거부 처리되었음을 알려드립니다"라는 취지의 회신을 한 사실은 앞서 본 바 와 같거나 갑 제1호증의 기재에 의하면 인정되는데， 피고의 원고에 대한 2011. 8. 16. 자 회신은 원고의 제2차 경정청구에 대한 거부통지를 한 것으로 이는 단순한 사실행위가 아닌 행정소송의 대상이 되는 통지 즉 처분으로 봄이 상당하다. 즉 납세자는 국세기본법 제45조의2에 따라 과세표준신고서의 법정신고기한 후 3년 이내에 경정을 청구할 권리가 있는데， 경정청구제도는 납세자가 과다신고된 과세표준 및 세액의 감액을 주장할 수 있는 유일한 권리구제수단이며 경정청구를 토대로 행정소송에 의한 구제의 길이 있게 되므로 원고의 제2차 경정청구가 경정청구의 기간 내인 이상 반복하여 경정 청구를 할 수 있다고 보는 것이 타당하다. 따라서 피고의 위 주장은 이유 없다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장 요지

'원고가 이 사건 지분을 매입하는데 실제 000원을 지급했는데 세무사가 이 사건 토지의 매매대금을 이 사건 지분비율로 계산한 금액으로 잘못 알고 이 사건 지분의 매입가액을 000원(=이 사건 토지의 매매대금 000원 x 99.2/310.1) 으로 신고했으므로 이 사건 지분의 매입가액은 000원으로 경정되어야 하므로，이와 다른 전제에선 이 사건 처분은 위법하다.'

나. 인정사실

(1) 원고와 마GG， 이HH 3인(이하 '원고 등 3인')은 2006. 10. 31. 매도인 박II 으로부터 이 사건 토지를 매수했다. 이 사건 토지의 매매대금은 000원으로 정했고 원고 등 3인의 부담액은 매도인과 사이에 각자 따로 정했는데， 이 사건 토지 중 원고의 지분은 99.2/310.1이나 원고가 위 매매대금 중 000원을 부담하기로 했으며， 원고 등 3인과 매도인은 이러한 내용을 담은 사실확인서를 작성한 후 그 날 공증을 받았다.

(2) 원고는 000원 중 000원을 지급했고， 나머지 000원 지 급을 위해 이 사건 토지를 담보로 원고 명의로 000원을 대출받아 대출금 중 원고는 000원， 마GG는 000원， 이HH은 000원을 사용하는 것으로 원고 등 3인이 협의한 후 대출금 전액을 매도인에게 지급했다.

(3) 원고 등 3인은 이 사건 토지상에 건물을 신축하여 2009. 11. 5. 김JJ에게 이 사건 토지 및 건물을 매도했다.

(4) 원고는 세무사 사무실에 양도소득세 예정신고를 의뢰했는데， 세무사는 이 사건 지분의 매입금액을 알지 못한 채 원고의 실제 매입금액 000원이 아니라 이 사건 토지 중 원고의 공유지분비율에 따라 계산한 금액 000원(이 사건 토지 매입대금 000원 x 99.2/310.1)을 신고했고 원고는 나중에 이 사실을 알게 됐다.

(5) 그리하여 원고는 2010. 4. 29. 피고에게 이 사건 지분의 실제 매입금액인 000원으로 매입가액을 경정청구하는 제1차 경정청구를 했고，피고는 2010. 6. 25. 증빙자료가 부족하다는 이유로 경정청구에 대하여 거부하는 제1차 처분을 했고， 원고는 추후 금융자료 등을 보완한 후 제2차 경정청구를 했으나， 피고는 이 사건 처분을했다.

[인정근거] 다툼 없는 사실， 갑 제3 내지 9호증， 을 제4 내지 12호증， 변론 전체의 취지

다. 판단

위 인정사실에 의하면， 원고는 이 사건 지분을 매입하는데 실제로 000원을 매도인 박II에게 지급했으나 세무사의 실수로 예정신고액이 000원으로 신고 됐으므로，국세기본법 제45조의2에 기해 이 사건 지분의 매입가액은 000원으로 경정돼야 하는바，이를 거부한 이 사건 처분은 위법하다.

4. 결론

따라서 이 사건 처분은 취소돼야 하므로 원고의 청구는 이유 있어 인용한다.