2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

가. 원고는 금・은 도매 및 소매업, 귀금속 장신구 제조업 및 수출・수입업 등을 목적으로 1995. 3. 9. 설립된 회사이다.

나. 피고는 2004. 1. 1.부터 2004. 6. 30.까지 주식회사 BB, 주식회사 CC, DD, 주식회사 EE, 주식회사 FF, 주식회사 GG, 주식회사 HH(이하 위 7개의 업체를 통틀어 '이 사건 매입처'라 한다)으로부터 금지금을 공급가액 합계 OOO원에, 2004. 7. 1.부터 2004. 12. 31.까지 주식회사 BB로부터 금지금을 공급가액 합계 OOO원에 각 매입하여 이를 인도받으면서 그 대금을 모두 지급하였고(이하 '이 사건 금지금 거래'라 한다), 이 사건 매입처로부터 각 매입금액 상당의 매입세금계산서를 교부받아 이를 해당 과세연도분 매입세액으로 공제하여 부가가치세를 신고하였다.

다. 피고는, 원고가 부가가치세법상 금지금 수출에 대해서는 영세율이 적용되고 그에따른 부가가치세 매입세액이 환급된다는 점을 이용하여 최초 수입부터 최종 수출까지여러 단계의 변칙거래 과정을 거쳤음을 알고서도 금지금 수출관련 매입세액을 부당하게 공제・환급받았고, 이는 사기나 그 밖의 부정한 행위로 부가가치세 매입세액을 공제・환급받은 경우로서 10년의 부과제척기간이 적용된다고 판단하여, 2012. 7. 10. 원고에 대하여 2004년 제1기 부가가치세 OOO원 및 이에 대한 가산세 OOO원(= 신고불성실가산세 OOO원 + 납부불성실가산세 OOO원) 합계 OOO원, 2004년 제2기 부가가치세 OOO원 및 이에 대한 가산세 OOO원(= 신고불성실가산세 OOO원 + 납부불성실가산세 OOO원) 합계 OOO원을 결정・고지하였다(이하 위 각 가산세 부과처분을 제외한 나머지각 부가가치세 본세 부과처분을 '이 사건 처분'이라 한다).

라. 원고는 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2013. 3. 11. 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2013. 7. 19. 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고의 주장

원고와 이 사건 매입처 사이의 이 사건 금지금 거래는 실제로 금지금이 전전유통되어 수출되었을 뿐만 아니라 세금계산서 등 증빙서류가 각 거래단계마다 정상적으로 발행되었으므로, 이 사건 금지금 거래는 구 국세기본법 제26조 제1항 제1호 소정의 '사기 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급・4공제받은 경우'에 해당하지 아니하므로 결국 구 국세기본법 제26조 제1항 제3호 소정의 5년의 부과제척기간이 적용되어야 하는바, 이 사건 처분은 5년의 부과제척기간이 지난 후에 부과된 것으로서 위법하다.

(2) 피고의 주장

(가) 원고가 매출세액 포탈을 목적으로 하는 악의적 사업자의 부정거래에 편승하여 매입세액 공제・환급제도를 악용함으로써 악의적 사업자가 포탈한 매출세액의 일부를 이익으로 분배받고자 한 수출업자에 해당하므로 원고의 매입세액 공제는 신의성실의 원칙에 반하여 허용되지 않을 뿐만 아니라, 이러한 경우 원고에 대하여는 신의성실의 원칙상 부과제척기간에 관한 국세기본법의 규정이 적용되지 않는다.

(나) 설령 원고에게 부과제척기간에 관한 국세기본법의 규정이 적용된다고 하더라도, 원고의 매입세액 공제 행위는 '사기 그 밖의 부정한 행위'에 해당하여 10년의 부과제척기간이 적용되거나, 실질적으로 법정신고기간까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에 해당하여 7년의 부과제척기간이 적용되어야 한다.

(다) 구 국세기본법 시행령 제12조의3 제2항 제3호에 의하면, 공제받은 세액을 의무불이행 등의 사유로 인하여 징수하는 경우에는 그 공제받은 국세를 징수할 사유가 발생한 날이 부과제척기간의 기산일이므로, "금지금 거래에서 매출세액 포탈을 목적으로 하는 악의적 사업자의 부정거래에 편승하여 매입세액 공제ㆍ환급제도를 악용함으로써 악의적 사업자가 포탈한 매출세액의 일부를 이익으로 분배받고자 한 수출업자의 매입세액 공제ㆍ환급은 신의성실에 원칙에 반하여 허용되지 않는다"는 대법원 전원합의체 판결(2009두13474)이 선고된 2011. 1. 20.을 부과제척기간의 기산일로 보아야 한다.

나. 판단

(1) 부과제척기간에 관한 규정

구 국세기본법(2010. 12. 27. 법률 제10405호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항은 국세부과의 제척기간에 관하여, 제1호에서 "사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급・공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간"을, 제2호에서 "납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간"을, 제3호에서 "제1호 및 제2호에해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간"을 각 규정하고 있다.

한편 구 국세기본법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22038호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조의3 제1항 제1호는 "과세표준과 세액을 신고하는 국세의 경우 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기간의 다음날"을 국세를 부과할 수 있는 날로 규정하고 있고, 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제19조 제1항은 "사업자는 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간 종료 후 25일 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다."고 규정하고 있으며, 같은 법 제3조 제1항은 사업자에 대한 부가가치세의 과세기간은 "제1기 : 1월 1일부터 6월 30일까지, 제2기 : 7월 1일부터 12월 31까지"로 규정하고 있다.

(2) 신의성실의 원칙에 의한 부과제척기간 배제에 관하여

연속되는 일련의 거래에서 어느 한 단계의 악의적 사업자가 당초부터 부가가치세를 포탈하려고 마음먹고, 오로지 부가가치세를 포탈하는 방법에 의하여서만 이익이 창출되고 이를 포탈하지 아니하면 오히려 손해를 보는 비정상적인 거래(이하 '부정거래'라고 한다)를 시도하여 그가 징수한 부가가치세를 납부하지 아니하는 경우, 그 후에 이어지는 거래단계에 수출업자와 같이 영세율 적용으로 매출세액의 부담 없이 매입세액을 공제・환급받을 수 있는 사업자가 있다면 국가는 부득이 다른 조세수입을 재원으로 삼아 환급 등을 실시할 수밖에 없을 것이다. 그러나 이러한 결과는 소극적인 조세수입의 공백을 넘어 적극적인 국고의 유출에 해당되는 것이어서 부가가치세제도 자체의 훼손은 물론이고 나아가 그 부담이 일반 국민에게 전가됨으로써 전반적인 조세체계에까지 심각한 폐해가 미치게 된다. 이러한 경우 수출업자가 매입세액의 공제・환급을 구하는 것은 도저히 용납될 수 없다고 할 것이므로 이는 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제15조의 신의성실의 원칙에 반하는 것으로서 허용될 수 없다. 나아가 이러한 법리는 공평의 관점과 결과의 중대성 및 보편적 정의감에 비추어 수출업자가 중대한 과실로 인하여 그와 같은 부정거래가 있었음을 알지 못한 경우, 즉 악의적 사업자와의 관계로 보아 수출업자가 조금만 주의를 기울였다면 이를 충분히 알 수 있었음에도, 거의 고의에 가까운 정도로 주의의무를 현저히 위반하여 이를 알지 못한 경우에도 마찬가지로 적용된다고 봄이 타당하다(대법원 2011. 1. 20. 선고 2009두13474 전원합의체 판결 참조).

그러나 수출업자와 같이 영세율 적용으로 매출세액의 부담 없이 매입세액을 공제・환급받을 수 있는 사업자가 세금계산서에 의한 금지금의 매입 당시 그 일련의 거래과정에서 부가가치세의 포탈을 목적으로 부정거래를 하는 악의적 사업자가 존재한다는 사정을 알았거나 중대한 과실로 알지 못한 경우에 세금계산서에 의한 매입세액의 공제・환급을 주장하는 것이 신의성실의 원칙에 위배되어 허용되지 않는 것은, 부가가치세법상 본래 매입세액을 공제・4환급받을 수 있으나 위와 같은 경우에 매입세액의 공제・환급을 주장하는 것이 신의성실에 의하여 허용되지 않는다는 것이고, 국세기본법에서 규정한 부과제척기간은 법률관계를 신속하게 확정하기 위한 과세처분의 적법요건으로서 양자는 그 차원을 달리하는 점, 국세기본법은 부과제척기간에 관하여 사기나 그 밖의 부정한 행위 등이 있을 경우 부과제척기간을 장기로 규정하였을 뿐 부과제척기간을 배제하는 규정을 두고 있지 않고, 신의성실의 원칙에 의하여 매입세액을 공제・환급받을 수 없다고 하여 국세기본법에 아무런 규정이 없음에도 부과제척기간을 배제하고 언제든지 과세할 수 있다고 하는 것은 부과제척기간을 정한 입법취지와 조세법률주의에 반하게 되는 점 등을 고려하면, 신의성실의 원칙에 의하여 부과제척기간에 관한 국세기본법의 규정의 적용을 배제할 수 없다. 따라서 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

(3) 부과제척기간에 관하여

① 구 조세범처벌법(2010. 1. 1. 법률 제9919호로 전부 개정되기 전의 것) 제9조 제1항에 규정된 "사기 기타 부정한 행위"란 조세의 포탈을 가능하게 하는 행위로서 사회통념상 부정이라고 인정되는 행위, 즉 조세의 부과징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적 행위를 말하고, 어떤 다른 행위를 수반함이 없이 단순한 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 하는 데에 그치는 것은이에 해당하지 않는 점(대법원 2011. 4. 28. 선고 2011도527 판결 등 참조), ② 수입업체로부터 수출업체에 이르기까지 실제로 금지금이 전전 유통되어 수출될 뿐만 아니라 세금계산서 등 증빙서류까지 각 거래단계마다 제대로 발행되었다면, 수출업체가 사전에 폭탄업체 등과 공모하여 위와 같은 행위를 하였을 경우 폭탄업체에 의한 조세포탈범행의 공범으로 인정될 수는 있을지언정, 수출업체에 의한 위와 같은 부가가치세 환급행위 자체가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 조세의 환급을 받는 것에 해당한다고 할 수 없는 점(대법원 2007. 10. 11. 선고 2007도5577 판결 참조), ③ 2012. 2. 2. 대통령령 제23592호로 개정된 국세기본법 시행령 제12조의2 제1항은 "법 제26조의2 제1항 제1호에서 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위란「조세범처벌법」제3조 제6항 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 말한다"고 규정하여, 국세기본법이 규정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위를 조세범처벌법이 규정하는 사기 기타 부정한 행위와 동일하게 보고 있는 점 등을 종합하면, 설령 피고가 주장하는 것과 같은 사유로 원고의 매입세액 공제가 신의성실의 원칙에 반하여 허용되지 않는다고 하더라도, 이 사건 금지금의 수입업체로부터 그 수출업체인 원고에 이르기까지 실제로 금지금이 전전 유통되어 수출되었을 뿐만 아니라 세금계산서 등 증빙서류까지 각 거래단계마다 제대로 발행되었으므로 원고가 이 사건 세금계산서에 의한 부가가치세를 공제받는 행위는 '사기나 그 밖의 부정한 행위로써 국세를 공제받는 경우'에 해당하지 아니하여 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에서 규정하는 10년의 부과제척기간이 적용될 수 없고, 원고가 부가가치세법상의 과세표준 신고기한 내에 부가가치세를 공제받는 내용으로 그 과세표준을 신고한 이상 같은 항 제2호에서 규정하는 7년의 부과제척기간도 적용될 수 없다(대법원 2013. 1. 16. 선고 2012두19977 판결 참조). 따라서 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

(4) 부과제척기간의 기산일에 관하여

구 국세기본법 시행령 제12조의3 제2항 제3호는 "공제받은 세액을 의무불이행등의 사유로 인하여 징수하는 경우에는 당해 공제받은 국세를 징수할 수 있는 사유가 발생한 날"을 부과제척기간의 기산일로 규정하고 있으나, 신의성실의 원칙에 의하여 매입세액 공제・환급을 주장할 수 없다는 대법원 판결의 취지에 따라 이 사건 처분을 한 것이 구 국세기본법 시행령 제12조의3 제2항 제3호에서 규정한 "공제받은 세액을 의무불이행 등의 사유로 인하여 징수하는 경우"로 볼 수 없으므로, 부가가치세 부과제척기간의 기산일을 대법원 2009두13474 판결의 선고일인 2011. 1. 20.로 보아야 한다는 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

(5) 소결론

결국 이 사건의 경우 부가가치세의 부과제척기간은 5년이고, 2004년 제1기 및 2004년 제2기 부가가치세의 부과제척기간 기산일은 각각 부가가치세 신고기한 다음날인 2004. 7. 26., 2005. 1. 26.인바, 이 사건 처분은 위 각 기산일로부터 5년이 경과하였음이 역수상 명백한 2012. 7. 10.에야 비로소 이루어졌으므로, 이 사건 처분은 부과제척기간 도과 후에 이루어진 것으로서 위법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.