(1) 청구인은 2000. 7. 1. OOOOO OOO OOO OOOOOO OOOOO OO OOOO(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 OOOOOOOOO 재건축조합에 가입하였으며, 동 재건축조합은 2000. 9. 4. 건축허가를 받아 2001. 2. 9. 재건축공사를 착공하고 2002. 9. 30. 같은 번지에 OOOOOOOOO OO OOOO, 131.9㎡(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 준공하여 사용승인을 받았고, 청구인은 2005. 7. 26. 쟁점주택을 양도하고 양도소득 270,759,425원에 대하여 양도소득세가 100% 감면되는 것으로 하여 2005. 10. 6. 농어촌특별세를 자진신고·납부하였다.

처분청은 쟁점주택이 고가주택에 해당되어 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제2호의 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례를 적용할 수 없다고 보아 2006. 6. 30. 청구인에게 2005년 귀속 양도소득세 67,898,720원을 경정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2006. 8. 30. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제2호 및 동법 부칙(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정된 것) 제29조 제2항의 규정에 의하면 양도소득세의 감면 적용대상에서 제외되는 주택은 2002. 12. 18. 개정전의 소득세법 제89조 제3호에서 정한 고급주택에 한하는 것으로 쟁점주택은 고급주택에 해당하지 아니하여 감면대상주택에 해당한다.

나. 처분청 의견

2002. 12. 18. 법률 제6781호로 개정된 소득세법 제89조에 의거 2003. 1. 1. 이후 양도분부터 면적에 관계없이 양도가액이 6억원을 초과하는 경우 고가주택으로 규정하고 있는바, 쟁점아파트는 고가주택에 해당되어 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제2호에 의하여 같은 법 부칙 제29조 제2항의 규정이 적용되지 아니함(같은 뜻, 재정경제부 재재산-414, 2004. 12. 11)으로 처분청의 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 동 주택이 2002.12.31. 이전에 착공되고 2003.6.30.이전 사용승인받은 경우 같은 법 부칙 제29조 제2항 규정에 의하여 양도소득세 과세특례를 적용받을 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제99조의3 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ①거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2001.8.14, 2001.12.29>

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우

신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

(2)조세특례제한법 부칙 제29조 <제6762호,2002.12.11>【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】①이 법 시행전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다.

②제99조의3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.

(3) 소득세법 제89조【비과세양도소득】① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다. (2005. 12. 31. 개정)

3.대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 (2005. 12. 31. 개정)

(4) <2005. 12. 31. 개정전> 소득세법시행령 제156조【고급주택의 범위】법 제89조제3호에서 "거주용건물의 연면적·가액 및 시설등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택과 이에 부수되는 토지를 말한다.

2. 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함한다)이 149제곱미터이상이고 양도당시의 실지거래가액이 6억원을 초과하는 것

(5) <2005. 12. 31. 개정후> 소득세법시행령 제156조【고가주택의 범위】①법 제89조 제1항 제3호에서 “가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택”이라 함은 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액(1주택의 일부를 양도하는 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다)이 6억원을 초과하는 것을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2000. 7. 1. 종전주택을 취득하여 OOOOOOOOO 재건축조합에 가입하고 동 재건축조합은 2000. 9. 4. 건축허가를 받아 2001. 2. 9. 재건축공사를 착공하고 2002. 9. 30. 쟁점주택을 준공하여 사용승인을 받았음이 집합건축물대장상 확인된다.

(2) 청구인은 2005. 7. 26. 쟁점주택을 양도하고 양도소득 270,759,425원에 대하여 구 조세특례제한법의 규정에 의하여 양도소득세가 100% 감면되는 것으로 보아 2005. 10. 6. 양도소득세 상당세액 84,873,393원을 감면받는 것으로 농어촌특별세를 자진신고·납부하였음이 양도소득세 예정신고서에 의하여 확인된다.

O O

(O)

(3) 이상의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 보면, 개정전 조세특례제한법 제99조의 3 제1항은 2001. 5. 23.∼2003. 6.30. 기간 중 취득한 신축주택을 양도소득세의 감면대상으로 규정하면서 동항 단서에서 당해 신축주택이 종전 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의한 고급주택에 해당할 경우 감면을 배제하였고, 개정 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 단서는 2003. 1. 1.이후 양도분에 대하여 개정 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의한 고가주택을 감면대상에서 제외하였으나, 같은 법 부칙 제29조 제2항은 당해 신축주택이 개정 소득세법 시행일인 2003. 1. 1.이전에 착공하여 2003. 6. 30.이전에 사용승인을 받은 경우에는 종전 조세특례제한법 제99조의 3 제1항을 적용하는 경과규정을 두었으므로 쟁점아파트는 2001. 2. 9. 재건축공사를 착공하여 2002. 9. 30. 사용승인을 받은 신축주택이고, 개정 전 소득세법 제89조 제3호 및 같은 법 시행령 제156조에 규정된 고급주택에 해당되지 아니하므로 개정 조세특례제한법 부칙 제29조 제2항 및 종전 조세특례제한법 제99조의 3제1항의 규정에 의해 양도소득세를 감면하는 것이 타당하다고 판단된다.

라. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.