나머지 상고를 기각한다.

1. 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라는 점에 관하여

원심은 채택증거를 종합하여 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 아니한다고 판단하였다.

이 부분에 관한 상고이유는 원심의 위와 같은 판단이 잘못이라는 취지이나, 이는 사실심인 원심의 전권사항에 속하는 증거의 취사선택이나 사실인정을 탓하는 것에 불과하여 적법한 상고이유가 될 수 없다.

2. 부당한 매입세액 공제・환급 주장이 신의성실의 원칙에 위배된다는 점에 관하여

가. 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것, 이하 '국세기본법'이라 한다) 제15조는 "납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다."고 규정함으로써 신의성실의 원칙이 조세법 분야에서도 기본적 지도이념이 되어야 함을 천명하고 있다.기존의 법을 구체화하거나 이를 보충하고, 또 성문법의 경직성을 보완하는 등의 기능을 통해 법의 운용에 구체적 타당성을 확보할 수 있게 하는 이 신의성실의 원칙은 조세법 영역에서도 조세법률주의의 허점을 보정하는 역할을 하므로 비록 민사법 영역에 비하여 그 적용범위가 다소 제한적일 것이기는 하나, 조세법 규정을 개별 사안에 그대로 적용하면 보편적인 정의관과 윤리관에 비추어 도저히 용납할 수 없는 부당한 결과가 초래됨으로써 오히려 건전한 법질서에 역행하는 것으로 볼 특별한 사정이 있다면 신의성실의 원칙에 의해 예외적으로 그 규정의 적용을 제한 또는 배제할 수 있을 것이다.이러한 원칙은 부가가치세에 관한 법률 관계에도 적용될 수 있음은 당연하다(국세기본법 제1조, 제3조 제1항 본문).

나. 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제15조는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 그 공급가액에 관한 부가가치세를 그 공급을 받는 자로부터 징수하여야 한다고 규정하고, 제17조 제1항은 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 하고 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액으로 한다고 규정함으로써 이른바 전단계세액공제제도를 채택하고 있다.이는 최종소비자에 이르기 전의 각 거래단계에서 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 그 공급을 받는 사업자로부터 매출세액을 징수하여 국가에 납부하고, 그 세액을 징수당한 사업자는 이를 국가로부터 매입세액으로 공제・환급받는 과정을 통하여 그 세액의 부담을 다음 단계의 사업자에게 차례로 전가하여 궁극적으로 최종소비자에게 이를 부담시키는 것을 근간으로 한다(대법원 1999. 11. 12. 선고 99다33984 판결 등 참조).이러한 구조에서는 각 거래단계에서 징수되는 매출세액이 그에 대응하는 매입세액의 공제・환급을 위한 재원이 되므로 그 매출세액이 제대로 국가에 납부되지 않으면 부가가치세의 체제를 유지하는 것이 불가능하게 된다.

따라서 만일 연속되는 일련의 거래에 있어 어느 한 단계의 악의적 사업자가 당초부터 부가가치세를 포탈하려고 마음먹고, 오로지 부가가치세를 포탈하는 방법에 의해서만 이익이 창출되고 이를 포탈하지 않으면 오히려 손해만 보는 비정상적인 거래(이하 '부정거래'라고 한다)를 시도하여 그가 징수한 부가가치세를 납부하지 않는 경우, 그 후에 이어지는 거래단계에 수출업자와 같이 영세율 적용으로 매출세액의 부담 없이 매입세액을 공제・환급받을 수 있는 사업자가 있다면 국가는 부득이 다른 조세수입을 재원으로 삼아 그 환급 등을 실시할 수밖에 없을 것인바, 이러한 결과는 소극적인 조세수입의 공백을 넘어 적극적인 국고의 유출에 해당되는 것이어서 부가가치세 제도 자체의 훼손을 넘어 그 부담이 일반 국민에게 전가됨으로써 전반적인 조세체계에까지 심각한 폐해가 미치게 된다 할 것이다.

물론 위와 같은 사유가 있다 하여도 부정거래의 존재를 전혀 알 수 없는 상황에서 거래를 한 수출업자라면 원칙적으로 부가가치세법이 정하는 바에 따라 매입세액을 공제・환급받을 수 있음을 부인하여서는 아니 될 것이다.그러나 수출업자가 그 전단계에 부정거래가 있었음을 알면서도 아랑곳없이 그 기회를 틈타 자신의 이익을 도모하고자 거래에 나섰고, 또한 그의 거래 이익도 결국 앞서의 부정거래로부터 연유하는 것이며 나아가 그의 거래 참여가 부정거래의 판로를 확보해 줌으로써 궁극적으로 부정거래를 가능하게 한 결정적인 요인이 되었다면, 이는 그 전제가 되는 매입세액 공제・환급제도를 악용하여 부당한 이득을 추구하는 행위라고 할 것이므로 그러한 수출업자에게까지 다른 조세수입을 재원으로 삼아 매입세액을 공제・환급해 주는 것은 부정거래로부터 연유하는 이익을 국고에 의하여 보장해 주는 격이 됨은 물론 위에서 본 바와 같은 전반적인 조세체계에 미치는 심각한 폐해를 막을 수도 없다.

따라서 이러한 경우의 수출업자가 매입세액의 공제・환급을 구하는 것은 보편적인 정의관과 윤리관에 비추어 도저히 용납될 수 없다 할 것이므로 이는 국세기본법 제15조 소정의 신의성실의 원칙에 반하는 것으로서 허용될 수 없다고 보아야 한다.이러한 법리는 공평의 관점과 결과의 중대성 및 보편적 정의감에 비추어 수출업자가 중대한 과실로 인하여 그와 같은 부정거래가 있었음을 알지 못한 경우, 즉 악의적 사업자와의 관계로 보아 수출업자가 조금만 주의를 기울였다면 이를 충분히 알 수 있었음에도 불구하고 거의 고의에 가까운 정도로 주의의무를 현저히 위반하여 이를 알지 못한 경우에도 마찬가지로 적용된다고 봄이 상당하고, 그 수출업자와 부정거래를 한 악의적 사업자와 간에 구체적인 공모 또는 공범관계가 있은 경우로 한정할 것은 아니다.

그리고 위와 같은 경우 악의적 사업자와 상호의존 관계에 있는 수출업자가 국가로부터 매입세액을 공제・환급받음으로써 국고의 유출이 현실화되므로 이러한 수출업자에 대한 제재로서 그에 대한 매입세액의 공제・환급을 부인한다고 해서 악의적 사업자의 부가가치세 포탈에 대한 책임을 합리적 이유 없이 수출업자에게 전가하는 것이라고 할 수도 없다(대법원 2011. 1. 20. 선고 2009두13474 전원합의체 판결 참조).

다. 위에서 본 법리에 비추어 살펴보면, 수출업자인 원고가 이 사건 금지금 거래를 함에 있어 그 전에 있은 일련의 거래과정에 매출세액의 포탈을 목적으로 부정거래를 하는 악의적 사업자가 존재하고 그로 인하여 원고에 대한 매입세액 공제・환급이 다른 조세수입의 감소를 초래한다는 사정을 알았거나 중대한 과실로 이를 알지 못하였음에도 불구하고 매입세액의 공제・환급을 구하는 것이라면, 이는 악의적 사업자의 부정거래에 편승한 원고가 매입세액 공제・환급제도를 악용하여 악의적 사업자가 포탈한 매출세액의 일부를 이익으로 분배받고자 하는 것일 뿐만 아니라 전단계세액공제제도를 취하고 있는 부가가치세 제도 및 전반적 조세 정의의 근간을 훼손하는 것이 되므로 국세기본법 제15조가 규정하는 신의성실의 원칙에 반하여 허용될 수 없다.

라. 그렇다면 원심으로서는 원고가 이 사건 금지금 거래를 함에 있어 위와 같은 사정을 알았거나 중대한 과실로 알지 못하였는지 여부에 관하여 충분히 심리하여 원고의 매입세액 공제・환급 주장이 신의성실의 원칙에 반하는지 여부를 판단하였어야 함에도 이러한 심리ㆍ판단을 하지 아니한 채 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않는다는 이유만으로 원고의 매입세액 공제ㆍ환급 주장이 허용되어야 한다고 보아 이 사건 2004년 제1기분 부가가치세 부과처분(신고불성실 가산세와 납부불성실 가산세는 포함하되 세금계산서 합계표 미제출 등 가산세는 신의성실의 원칙과 무관하므로 제외한다), 2004년 제2기분 부가가치세 환급거부처분 및 2004년 제2기분 부가가치세에 대한 신고불성실 가산세 부과처분이 위법하다고 판단하였으니, 이 부분 원심판결에는 국세기본법 제15조 소정의 신의성실의 원칙에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 아니함으로써 판결 결과에 영향을 미친 잘못이 있다.이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.

3. 법인세 부과처분 부분에 관하여

피고는 상고장에 이 부분도 상고대상으로 기재하고 있으나, 상고장이나 상고이유서에 그에 관한 적법한 상고이유의 기재가 없다.

4. 결론

그러므로 원심판결 중 세금계산서 합계표 미제출 등 가산세를 제외한 2004년 제1기분 부가가치세 부과처분, 2004년 제2기분 부가가치세 환급거부처분 및 2004년 제2기분 부가가치세에 대한 신고불성실 가산세 부과처분에 관한 부분을 각 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리・판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하며, 나머지 상고를 기각하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.