2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 7/10은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

가. 원고는 2003. 8. 29. 포항시 북구 홍해읍 XX리 000-00 하천 13,475㎡(그 중 7,200㎡는 2004. 5. 20. 같은 리 000-00로 분할되었다)를 3억8000만 원에 취득하였고, 2004. 8. 20. 위 토지 중 분할되고 남은 000-00토지에 대하여 성토, 절토 등 토지형질 변경공사를 하여 지목을 '대'로 변경한 다음 그 지상에 1층 경량철골구조 소매점 54㎡' 1층 경량철골구조 사무실 32.4㎡, 1층 경량철골구조(콘테이너) 창고 33㎡(이하 분할된 양 토지 및 건물을 통틀어 '이 사건 토지 및 건물'이라 한다)를 신축하여 2005. 7. 29. 소유권보존등기를 경료하였다.

나. 원고는 2007. 1. 18. 소외 주식회사 XX산업개발에게 이 사건 토지 및 건물을 7억3천만 원에 양도하였다.

다. 피고는 2009. 12. 1. 원고에게 나. 항 기재 양도로 인한 2007년 귀속 양도소득세 219,121,620원의 부과처분을 하였다(이하 '당초처분'이라 한다).

라. 원고는 2010. 2. 11. 피고 담당직원인 소외 박AA에게 당초처분에 대한 해명자료를 제출하였고, 이에 피고는 2010. 6. 22. 원고의 주장을 일부 받아들여 당초처분을 119,609,460원으로 감액경정하였다(이하 당초처분 중 감액되고 남은 처분을 '이 사건 처분'이라 한다).

마. 원고는 2010. 9. 15. 피고에게 이의신청을 제기하였으나 각하되었고, 같은 날 조세심판원에 심판청구하였으나, 2010. 12. 29. 심판청구기간을 도과하였다는 이유로 각하되었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제3호증의 1, 2, 갑 제14호증의 1, 을 제1호증, 을 제3호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장은 다음과 같다.

원고는 이 사건 토지 및 건물을 취득하기 위하여 상수도시설비 및 전기신설공급비, 토지개발행위 인 ・ 허가 용역비, 설계비, 분할측량비, 토지개발행위공사비 등을 필요경비로 지출하고, 이 사건 토지 및 건물을 양도하기 위하여 부동산중개비를 지출하였음에도 이를 반영하지 않은 이 사건 처분은 위법하다.

3. 관계법령

별지 '관계법령' 기재와 같다.

4. 피고의 본안전 항변에 대한 판단

가. 피고의 본안전 항변

피고는 원고가 적법한 전심절차를 거치지 아니한 채 이 사건 처분의 취소를 구하는 이 사건 소를 제기하였으므로 이 사건 소는 부적법하다고 항변한다.

나. 판단

(1) 조세부과처분에 대한 행정소송은 적법한 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니하면 제기할 수 없는데(국세기본법 제56조 제2항), 이의신청은 당해 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 하고(같은 법 제66조, 제6항, 제61조 제1항), 이의신청을 거친 후 심사청구를 하고자 할 때에는 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기하여야 한다(같은 법 제61조 제2항).

행정소송의 전심절차로서 요구되는 행정심판은 위법 또는 부당한 행정처분으로 인하여 권리 또는 이익을 침해당한 자를 구제하기 위한 불복제도라는 근본취지에 비추어 볼 때 그 제기에 엄격한 형식을 요구하지 않는다 할 것이므로 과세처분에 대한 이의신청기간 내에 과세관청에 대하여 이의를 제기하였다면 이는 국세기본법 소정의 이의신청서의 명칭과 서식이 아니라 하더라도 그 내용이 당초처분의 취소를 구하는 불복임이 명백하다면 그 서면의 제출은 국세기본법 제66조의 이의신청으로 봄이 타당하다(대법원 1997. 11. 28. 선고 97누13627 판결 참조).

(2) 갑 제16호증, 갑 제17호증의 1의 각 기재, 증인 박AA의 일부 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2010. 2. 11. 피고 담당직원인 소외 박AA에게 원고가 작성한 이의신청서와 취득가액자료 및 토지용도개발에 지출한 자본적 지출증빙자료 등을 제출한 사실, 박AA은 위 자료들을 살펴본 후 필요한 자료들을 선별하여 복사한 다음 원본은 원고에게 돌려준 사실, 원고가 작성한 위 이의신청서에는 이 사건 부동산의 소재지, 원고의 성명와 주민등록번호가 기재되어 있고, 그 아래에 '이 사건 부동산에 대하여 양도소득세가 부과되었으나 원고는 양도이익금이 발생하지 아니하여 이의신청서를 제출한다'는 취지가 기재되어 있는 사실을 인정할 수 있다.

위 인정사실에 의하면, 원고는 위 이의신청서를 제출함으로써 당초처분에 불복하는 의사를 표현한 것이 명백하므로 비록 박AA이 일단 이의신청서를 수령하여 그에 첨부된 증빙자료를 복사한 후 이의신청서 원본과 증빙자료를 원고에게 반환하였다 하더라도 원고는 국세기본법 제66조 소정의 이의신청을 한 것으로 볼 것이니, 이 사건 처분은 원고의 이의신청에 대한 결정에 해당한다. 따라서 원고는 적법한 이의신청을 거쳐 그로부터 90일 이내에 조세심판원에 심판청구를 하고, 조세심판원의 결정일로부터 90일 이내에 이 사건 소를 제기하였으므로 피고의 본안전 항변은 이유 없다.

5. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 인정사실

(1) 원고는 이 사건 토지 및 건물의 용도변경 ・ 개량 또는 이용편의를 위하여 ① 급수공사비로 1,865,100원을, 전기신설공급비로 2,644,400원을 지출하고(갑 제5, 7호증), ② 토지개발행위 인 ・ 허가 용역비 설계비로 567,600원을, 철근콘크리트 일반측량 및 설계비로 2,500,000원을, 건축설계비로 880,000원을 지출하였으며(갑 제6호증, 갑 제22호증의 1, 2), ③ 이 사건 토지 및 건물을 양도하기 위하여 부동산중개비로 6,5000,000원을 지출하였다(갑 제9호증의 1)

(2) 원고는 2004. 6. 10. 포항시 북구청장에게 이 사건 토지에 대한 개발행위신청을 하면서 예상개발비용으로 62,000,000원을 기재하여 위 금액의 20%인 12,400,000원을 공사이행보증금으로 납부하였는데, 원고는 적어도 62,000,000원을 이 사건 토지의 형질변경공사비로 지출하였다.

(3) 원고가 지출한 위 (1)항 기재 비용들과 위 (2) 항 기재 이 사건 토지 개발비용을 모두 필요경비로 인정할 경우 원고에 대하여 이 사건 토지 및 건물 양도로 인한 2007년 귀속 양도소득세의 정당한 결정세액은 85,565,474원이다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제5 내지 7호증, 갑 제9호증의 1, 갑 제22호증의 1, 2의 각 기재, 이 법원의 포항시 북구청에 대한 사실조회 결과, 변론 전체의 취지

나. 판단

(1) 구 소득세법(2007. 12. 31. 법률 제8825호로 개정되기 전의 것) 제97조 제1항, 구 소득세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19890호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 소득세법 시행령'이라 한다) 제163조 제3항에 의하면, 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 ① 취득가액, ② 양도자산의 용도변경 ・ 개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용 등의 자본적지출액, ③ 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로 한다. 한편, 구 소득세법 시행령 제89조 제1항에 의하면, 타인으로 부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세 ・ 등록세 기타 부대비용을 가산한 금액을 취득 가액으로 한다.

과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 과세관청에 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담한다. 그러나 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐만 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 입증의 필요는 납세의무자에게 돌아간다고 할 것이다(대법원 1992. 7. 28. 선고 91누10909 판결 등).

(2) 살피건대, 원고가 지출한 ① 급수공사비, 전기신설공급비, 토지개발행위 인 ・ 허가 용역비 설계비, 철근콘크리트 일반측량 및 설계비, 건축설계비 및 이 사건 토지 형질변경공사비는 양도자산의 용도변경 ・ 개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용 등 자본적 지출액으로서 필요경비에 해당하고, ② 부동산중개비는 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 필요경비에 해당한다. 따라서 원고가 위와 같이 지출한 필요경비들의 합계 135,457,100원(= 급수공사비 1,865,100원 + 전기신설공급비로 2,644,400원 + 토지개발행위 인 ・ 허가 용역비 설계비로 567,600원 + 철근콘크리트 일반측량 및 설계비로 2,500,000원 + 건축설계비로 880,000원 + 이 사건 토지 형질변경 공사비 62,000,000원 + 부동산중개비 6,5000,000원)을 양도가액에서 공제하면 원고에 대하여 이 사건 토지 및 건물 양도로 인한 2007년 귀속 양도소득세의 정당한 결정세액은 85,565,474원이므로 이 사건 처분 중 85,565,474원을 초과하는 부분은 위법하다 할 것이니, 원고의 주장은 일부 이유 있다(원고는 이 사건 토지 형질변경공사비로 62,000,000원 외에 145,780,000원을 추가로 지출하였다고 주장하나, 갑 제23호증의 1 내지 364의 각 기재, 증인 최BB의 증언만으로는 이를 인정하기 부족하고 달리 이를 인정한 증거가 없으므로 이유 없다).

6. 결론

그렇다면, 원고의 주장은 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

심급 사건

참조조문

참조판례