사립학교법에 의하여 설립된 학교법인인 원고법인이 타인으로부터 ㅇㅇ ㅇㅇ군 ㅇ면 ㅇㅇ리 ㅇㅇ의 47 과수원 3,324평방미터 외 13필지 도합 29,524평방미터(이하 이를 이 사건 부동산이라 한다)를 무상으로 기부받아 1968. 10. 14. 원고 앞으로 각 그 소유권이전등기를 마친 사실, 그 후 원고가 수익사업용 고정자산인 이 사건 부동산을 처분하여 다른 수익용재산을 취득하기 위하여 1989. 12. 1. 소외 김윤복 등 10인에게 이 사건 부동산의 일부씩을 도합 금379,567,500원에 매도하고 1990. 4. 20. 그 매수인들에게 각 소유권이전등기를 하여 준 사실, 그런데 원고가 이 사건 부동산의 양도일이 속하는 사업연도(1990. 3. 1.부터 1991. 2. 28.까지)의 법인세과세표준과 세액의 신고기간인 1991. 5. 29.까지 피고에게 조세감면규제법 제67조의3 제4항에 따른 특별부가세면제신청서를 제출하지 아니하자, 피고는 이 사건 부동산의 실지양도가액은 위 금379,567,500원임이 분명한 데 반하여 그 취득가액은 원고가 이 사건 부동산을 1976. 12. 31. 이전에 취득하였으므로 1988. 12. 26. 법률 제4020호로 개정된 법인세법 부칙(법률 제2686호) 제13조, 동시행령 부칙(1988. 12. 31. 대통령령 제12565호로 개정된 것) 제7조에 의하여 1977. 1. 1. 현재의 시가로 하여야 하나 1977. 1. 1. 현재의 이 사건 부동산의 시가를 알 수 없어 그 취득가액이 불분명한 경우에 해당한다 하여 법인세법시행령(1989. 12. 30. 대통령령 제12875호로 개정된 것) 제124조의2 제7항 제1호 소정의 산식에 의하여 환산한 가액인 금37,868,587원을 그 취득가액으로 보고 위 각 가액을 토대로 하여 관계법령에 따라 산출한 특별부가세 금97,239,767원(이에는 가산세 금22,439,946원이 포함된 것임)을 1991. 12. 16.자로 원고에 대하여 부과, 고지한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑제1호증의 2, 을제1호증의 2 내지 13, 을제2호증의 1 내지 11, 을제3호증의 1, 2, 을제4호증의 1 내지 10, 을제5호증의 1 내지 5, 을제9, 10호증의 각 기재 및 변론의 전취지에 의하여 인정할 수 있다.

2. Whether the disposition is lawful;

A. The plaintiff's assertion

원고는 주위적으로, 학교법인이 다른 수익용재산을 취득하기 위하여 그 소유의 토지 등을 양도하였더라도 소정의 기간내에 세액면제신청서를 제출하여야만 특별부가세를 면제한다고 규정하고 있는 위 조세감면규제법 제67조의3 제4항 및 같은 법 시행령 제55조의3 제4항은 평등권보장 등에 관한 헌법규정에 반하는 것일 뿐만 아니라 원고는 수익용재산인 이 사건 부동산을 다른 수익용재산으로 대체하기 위하여 사전에 감독관청으로부터 허가를 받아 이 사건 부동산을 처분하고 그 대신 ㅇㅇ ㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ의 16 대지 및 건물을 취득한 다음 이러한 사실을 감독관청에게 보고를 하였지만 위와 같은 특별부가세면제신청의 법규정을 몰라 그 신청을 하지 아니한 것에 불과한데도 단순히 위와 같은 세액면제신청을 하지 아니하였다는 이유만으로 원고에게 특별부가세를 부과한 이 사건 처분은 부당하여 위법하다 할 것이고, 예비적으로 가사 위 주위적 주장이 이유 없다 하더라도 이 사건 특별부가세의 과세표준인 양도차익을 계산함에 있어서 법인세법 부칙 제14조에 따라 1989. 1. 1. 현재 이 사건 부동산의 시가인 금218,479,200원을 그 취득가액으로 삼아야 하므로 그 양도차익은 이 사건 부동산의 실지양도가액에서 위 취득가액 금218,479,200원과 법인세법 제59조의2 제3항 제2호, 제3호 소정의 각 금액을 공제한 금118,588,671원이 되고 이를 과세표준으로 하여 원고가 부담하여야 할 정당한 특별부가세액을 산출하면 금29,647,167원이 되므로 이 사건 과세처분 중 위 금29,647,167원을 초과하는 부분은 위법하다는 취지로 주장한다.

B. Judgment on the main claim

Article 67-3 (1) 2 of the Regulation of Tax Reduction and Exemption Act (amended by Act No. 3796, Dec. 23, 1985; Act No. 4165, Dec. 30, 1989) provides that a school foundation established under the Private School Act shall be exempted from special surtax under the conditions as prescribed by the Presidential Decree for income accruing from the transfer of land, etc. acquired before December 31, 1985 to acquire other profit-making properties, and Article 67-3 (4) of the Enforcement Decree of the same Act provides that the exemption from special surtax shall apply only in cases where it submits the tax base return for the business year to which the transfer date belongs, and that a corporation shall submit an application for exemption from special surtax under the above provisions of Article 67-3 (4) of the Enforcement Decree of the same Act shall not be deemed to have submitted an application for exemption from special surtax within the scope of 15 years prior to the filing of the application for exemption from special surtax under the above provisions of the Private School Act.

C. Determination on the conjunctive claim

Where a corporation disposes of fixed assets used for profit-making business such as the real estate in this case, it imposes corporate tax on the income accrued from the disposal pursuant to Article 1 (1) 6 of the Corporate Tax Act (amended by Act No. 4020, Dec. 26, 1988; hereinafter the same shall apply) considering the income of the business year as income of the business year, and it is separately subject to special surtax pursuant to Article 59-2 of the same Act

However, in calculating the income amount of corporate tax for each business year, transfer margin from the disposal of fixed assets shall be calculated by subtracting the book value at the time of such transfer from the transfer amount of such assets (Article 12(1)3 and (2)1 of the Enforcement Decree of the Corporate Tax Act), and in case of transfer of land, etc. acquired before December 31, 198, it shall be calculated by subtracting the higher amount from the book value at the time of transfer of such assets as at January 1, 1989 the value appraised by the value under Article 9(1) of the Inheritance Tax Act (Article 14 of the Addenda of the Corporate Tax Act). Meanwhile, in applying Article 9(1) of the Enforcement Decree of the Corporate Tax Act, transfer margin, which is the tax base of special surtax, shall be calculated by multiplying the acquisition value and acquisition value of such real estate by the rate and holding period as at the time of such transfer (Article 59-2(1) and (3) of the Corporate Tax Act).

3. Conclusion

If so, the plaintiff's primary and conjunctive claims are without merit, all of them are dismissed, and the costs of the lawsuit are assessed against the plaintiff who has lost. It is so decided as per Disposition.

April 2, 1993