가. 피고가 2008. 3. 15. 원고에 대하여 한 2002 사업연도 법인세 526,954,630원의 부과처분 중 230,032원을 초과하는 부분 및 2008. 5. 3. 원고에 대하여 한 2003 사업연도 법인세 1,187,090,740원의 부과처분 중 5,913,221원을 초과하는 부분, 2004 사업연도 법인세 2,591,702,340원의 부과처분 중 177,693,551원을 초과하는 부분, 2005 사업연도 법인세 1,379,000,810원의 부과처분 중 9,111,998원을 초과하는 부분, 2006 사업연도 법인세 798,968,360원의 부과처분 중 5,637,418원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송총비용 중 5%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

피고가 2008. 3. 15. 원고에 대하여 한 2002 사업연도 법인세 526,954,630원의 부과처분 및 2008. 5. 3. 원고에 대하여 한 2003 사업연도 법인세 1,187,090,740원의 부과처분, 2004 사업연도 법인세 2,591,702,340원의 부과처분, 2005 사업연도 법인세 1,379,000,810원의 부과처분, 2006 사업연도 법인세 798,968,360원의 부과처분을 각 취소한다.

2. 항소취지

가. 원고 : 제1심 판결을 청구취지 기재와 같이 변경한다.

나. 피고 : 제1심 판결 중 피고 패소 부분을 취소하고, 그 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.

가. 남해화학 주식회사(이하 ‘남해화학’이라고만 한다)는 2002. 6. 25. 이사회에서 그 사업 중 정밀화학 사업부문을 별도로 분할, 설립되는 법인으로 하여금 영위하도록 하는 내용으로 결의하였고, 이에 따라 2002. 9. 15. 정밀화학제품 등의 제조 및 판매를 사업목적으로 하는 원고가 설립되어 남해화학으로부터 정밀화학 사업부문의 자산 및 부채를 분할기준일 전일인 2002. 9. 14. 당시의 장부가액 그대로 각 승계받았다(이하 ‘이 사건 분할’이라 한다).

나. 원고는 2003. 3. 31. 피고에게 감가상각방법 및 내용연수를 각 신고(이하 ‘이 사건 내용연수 신고’라 한다)하였는데, 이 사건 내용연수 신고서에 기재된 내용연수범위, 신고내용연수 및 신고상각방법은 남해화학이 이전에 피고에게 신고한 그것과 모두 동일하였다.

다. 원고는 2003. 3.경부터 2007. 3.경까지 피고에게 2002 사업연도 내지 2006 사업연도의 각 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 신고함에 있어, 감가상각자산의 취득가액은 남해화학의 당초 취득가액을 기준으로, 내용연수는 남해화학에서 상각되고 남은 잔여내용연수를 기준으로 각 감가상각범위액을 산정하여 감가상각비를 각 해당 사업연도의 손금으로 계상하였다.

라. 그러나 피고는 원고의 2002 사업연도 내지 2006 사업연도의 각 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 계산함에 있어, 감가상각자산의 취득가액은 남해화학의 당초 취득가액에서 감가상각누계액을 차감한 가액을 기준으로, 내용연수는 남해화학이 기왕에 상각한 기간을 공제하지 않고 이 사건 내용연수 신고서에 기재된 내용연수 전체기간을 기준으로 각 감가상각범위액을 산정한 다음, 원고가 손금으로 각 계상한 감가상각비 중 2002 사업연도 감가상각비 1,190,404,531원, 2003 사업연도 감가상각비 4,876,821,156원, 2004 사업연도 감가상각비 4,677,346,294원, 2005 사업연도 감가상각비 4,161,333,628원, 2006 사업연도 감가상각비 2,603,916,936원을 각 손금에 불산입하는 등 각 해당 사업연도의 소득에 대한 법인세를 각 증액·경정한 후 각 기납부세액 등을 공제한 나머지 세액으로, 원고에 대하여 2008. 3. 5. 2002 사업연도 법인세 526,954,630원을 부과하고, 2008. 5. 3. 2003 사업연도 법인세 1,187,090,740원, 2004 사업연도 법인세 2,591,702,340원, 2005 사업연도 법인세 1,379,000,810원, 2006 사업연도 법인세 798,968,360원을 부과하는 이 사건 각 부과처분을 하였다.

마. 원고는 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2010. 5. 24. 기각되었다.

[인정 근거] 다툼이 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 6, 갑 제2호증, 갑 제3호증의 1 내지 5, 갑 제4호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지.

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 분할에 의하여 취득한 자산의 취득가액

다음과 같은 구 법인세법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17826호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 등 관련 규정의 문리해석, 인적분할의 법적 성질에 관한 법인세법 등의 규정 내용, 그리고 정액법과 정률법의 비교를 통한 과세형평의 원칙에 비추어 보면, 분할에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 감가상각누계액을 차감하지 아니한 당초의 취득가액을 의미하므로, 이와 다른 전제에 선 이 사건 각 부과처분은 위법하다.

가) 구 법인세법 시행령 제26조 제2항 은 당해 감가상각자산의 취득가액을 ‘ 제72조 의 규정에 의한 취득가액’이라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제72조 는 현물출자·합병 또는 분할에 의하여 취득한 자산의 취득가액을 ‘장부에 계상한 출자가액 또는 승계가액’이라고 규정하고 있는바, 이와 같은 관련 법령의 규정에 의하면 분할에 의하여 취득한 감가상각자산의 취득가액은 분할신설법인이 분할법인으로부터 승계한 장부가액이지 승계한 장부가액에서 세무조정사항을 가감한 가액이 아니다.

나) 이 사건 분할은 분할법인인 남해화학의 기존 주주가 분할신설법인인 원고의 주식을 그 주식의 보유비율에 따라 교부받은 이른바 ‘비례적 인적 분할’에 해당하고, 당시 법인세법 등의 관련 법령은 이와 같은 인적 분할을 물적 분할과는 달리 자본거래로 취급한 결과 비례적 인적 분할의 경우에 있어서는 분할평가차익이 발생하지 않음에도 불구하고, 이 사건 분할로 원고가 승계받은 자산의 취득가액을 분할법인의 당초 취득가액으로 보지 아니한 이 사건 각 부과처분은 비례적 인적 분할을 자산의 유상양도로 보지 아니한 당시의 관련 법령의 내용에 반하는 위법한 처분이다.

다) 구 법인세법 시행령 제26조 제2항 제2호 는 ‘정률법’에 의한 상각방법을 ‘당해 감가상각자산의 취득가액에서 이미 감가상각비로 손금에 산입한 금액을 공제한 잔액에 당해 자산의 내용연수에 따른 상각률을 곱하여 계산한 각 사업연도의 상각범위액이 매년 체감되는 상각방법’으로 규정하고 있다. 따라서 만약 남해화학이 정액법이 아닌 정률법에 의하여 감가상각범위액을 계산한 후 감가상각비를 계상하였다면, 피고는 남해화학의 당초 (감가상각누계액을 차감하지 아니한) 취득가액을 원고가 분할에 의하여 이전받은 감가상각자산의 취득가액으로 보고 그 감가상각범위액을 계산하였을 것임에도, 정액법에 의하여 감가상각범위액을 계산하는 경우 이와 달리 그 취득가액을 당초의 취득가액에서 감가상각누계액을 차감한 가액이라고 해석한 이 사건 각 부과처분은 조세법의 체계적 해석이나 과세형평의 원칙에 반하는 위법한 처분이다.

라) 2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정된 법인세법 시행령은 제29조의2 제2항 의 개정을 통하여 적격합병·적격분할 등에 의하여 자산이 승계된 경우 합병·분할 등 전후에 동일한 감가상각한도가 적용될 수 있는 규정을 신설하였다. 이와 같은 법인세법 시행령 제29조의2 제2항 의 규정은 인적 분할의 경우 분할신설법인이 분할법인의 신고상각방법 및 신고내용연수, 취득가액, 미상각잔액 등을 그대로 사용하여 상각범위액을 계산할 수 있다는 법리를 확인한 규정에 불과하므로, 이는 이 사건에 있어서 그대로 적용되어야 한다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 각 부과처분은 위법하다.

2) 원고의 이 사건 내용연수 신고의 의미

원고가 2003. 3. 31. 피고에게 제출한 이 사건 내용연수 신고서는 원고가 남해화학과 달리 새로운 내용연수를 적용받기 위하여 내용연수를 연장하여 달라고 신고한 것이 아니라, 남해화학이 신고한 내용연수 중 잔존 내용연수를 적용받기 위하여 신고한 것임에도, 이 사건 내용연수 신고서를 원고가 남해화학과 달리 새로운 내용연수를 적용받고자 신고한 것으로 오인한 나머지 내린 이 사건 각 부과처분은 실질과세의 원칙에 반하는 위법한 처분이다.

3) 가산세 부분

설사 이 사건 각 부과처분이 적법하다고 하더라도, 구 법인세법 시행령 제72조 제1항 제3호 소정의 ‘장부에 계산한 승계가액’에 관한 명백한 정의규정이 없어 세법해석상 의의(의의)로 인한 견해의 대립이 있는 점, 피고도 원고의 신고내역을 당초의 사업연도에 이를 경정함이 없이 신고를 그대로 받아들였다가 일시에 5개 사업연도의 법인세를 전부 경정함으로써 원고에게 스스로 이를 경정할 수 있는 기회를 전혀 부여하지 않은 점, 회사 분할에 있어서의 감가상각처리방법에 관하여 구체적 지침이 없어 피고 또한 2008. 4. 8. 기획재정부로부터 질의회신을 받아 이를 기초로 이 사건 각 부과처분을 한 점, 이 사건 각 부과처분과 관련된 감가상각비의 총액은 동일하고, 다만 그 손금의 산입시기에 차이가 있는 것에 불과한 점 등에 비추어 보면, 원고가 2002 사업연도 내지 2006 사업연도 각 소득에 대한 법인세 과세표준과 세액을 과소신고 하였다고 하더라도 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있으므로, 이 사건 각 부과처분 중 가산세 부분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 건물, 기계장치, 차량 및 비품 등의 고정자산은 사용하거나 시간이 경과함에 따라 노후화되어 그 가치가 감소하게 되고, 새로운 제품의 출현에 따라 부적당하게 된다. 이러한 고정자산의 물리적·경제적인 감손을 비용배분의 방법에 따라 그 용역을 제공받는 동안의 손비로 배분함으로써 수익·비용을 대응시키는 제도가 감가상각이다. 즉, 감가상각이란 기간손익계산을 정확히 하기 위하여 수익·비용 대응의 원칙에 따라 특정기간 내에 사용된 고정자산의 취득원가를 그 자산의 이용에 의하여 창출된 수익에 대응시키는 원가배분절차이다.

감가상각비는 자산의 기초가액(취득가액), 내용연수, 상각률 및 잔존가액의 결정에 의하여 계산하게 되고, 감가상각의 계산요소가 되는 내용연수는 감가상각자산의 영업활동에 사용할 수 있는 기간으로서 그 자산의 경제적 효익이 감소하게 되는 물리적·경제적 원인을 고려하여 추정하게 되는데, 세법은 과세소득 계산의 자의성 배제 및 과세의 형평을 달성하기 위하여 내용연수를 구조 또는 자산별·업종별로 법정함으로써 법인이 임의로 내용연수를 결정하여 감가상각비를 계상할 수 없도록 하였다. 다만, 내용연수를 법정하면서도 법인의 특수한 사정을 반영할 수 있도록 기준내용연수 제도를 채택하고 기준내용연수의 25%를 가감한 내용연수범위 안에서 법인이 신고한 내용연수(신고내용연수)를 적용하고( 구 법인세법 시행령 제28조 제1항 제2호 ), 이처럼 자산별·업종별로 적용한 신고내용연수 또는 기준내용연수는 그 후의 사업연도에 있어서도 계속하여 그 내용연수를 적용하도록 하고 있다( 구 법인세법 시행령 제28조 제4항 ).

위와 같이 고정자산의 구조 또는 자산별·업종별로 내용연수를 법정한 것은, 앞서 본 바와 같이 특정기간 내에 사용된 고정자산의 취득원가를 그 자산의 이용에 의하여 창출된 수익에 대응시켜 기간손익계산을 정확히 하기 위한 감가상각제도의 본질에서 비롯된 것으로 보이고, 고정자산의 물리적·경제적인 감손을 비용배분의 방법에 따라 그 사용기간 동안의 손비로 배분함으로써 수익·비용을 대응시키는 감가상각제도의 본질에 비추어, 법정된 내용연수는 신규자산을 기초로 하여 정하여진 것으로 봄이 상당하다 할 것이므로, 법인이 중고자산을 취득하거나 합병법인·분할신설법인이 피합병법인·분할법인의 중고자산을 승계함으로써 합병법인·분할신설법인 등이 기준내용연수의 25%를 가감한 내용연수범위 안에서 새로이 신고한 내용연수는 당해 자산이 신규자산임을 전제로 한 법정 내용연수( 구 법인세법 시행령 제28조 제1항 제2호 의 감가상각자산의 경우에는 신고내용연수)를 의미하고, 따라서 승계취득한 자에게 적용되는 내용연수는 이미 기간이 경과하여 상각된 내용연수를 공제한 잔존 내용연수라고 보아야 할 것이다. 만약 이와 같이 해석하지 않고 피고의 해석과 같이 승계취득자의 내용연수신고를 신규자산의 내용연수신고와 마찬가지로 취급하여 내용연수가 새로이 기산된다면, 중고자산이 합병·분할 등에 의하여 양도되었다는 사정만으로 합병법인·분할신설법인 등이 새로이 내용연수를 신고함으로써 결과적으로 법정된 내용연수, 즉 내용연수범위를 초과하는 내용연수를 적용받을 수 있게 되어, 승계취득의 경우에는 내용연수를 법정하고 일정한 범위 내에서만 내용연수를 신고하여 그 신고내용연수를 적용받을 수 있도록 한 세법 규정에 반하는 결과를 초래한다 할 것이며(예컨대, 내용연수가 20년인 자산에 대하여 19년간 감가상각이 이루어진 후 나머지 1년 사이에 위와 같은 승계취득이 이루어지면 최대 25년을 추가로 내용연수를 인정받을 수 있게 되는 한편, 최소한 15년 이상을 내용연수로 신고하여야만 하는 불합리가 발생하며, 승계취득자는 당초 세법이 당해 자산에 대하여 예정하고 있던 잔존 감가상각기간 1년만을 내용연수로 인정받는 것이 불가능하다는 매우 이상한 결론에 이르게 된다), 중고자산에 대한 감가상각을 완료하기 전에 물리적 내용연수가 다해 폐기되는 경우가 발생할 수 있고, 이러한 경우 일시에 미상각잔액이 비용화됨으로써 자산의 원가가 적정기간에 배분되지 못하는 문제가 발생할 수 있으며(결과적으로 분식회계를 조장하는 해석이 될 것이다), 중고자산의 내용연수를 신규자산의 내용연수와 동일하게 적용하는 것은 경제적 실질에도 맞지 않는다 할 것이다.

한편, 2000. 12. 29. 대통령령 제17033호로 개정된 법인세법 시행령은 제29조의2 에서 내국법인이 합병·분할에 의하여 자산을 승계한 경우 또는 다른 법인 등으로부터 중고자산을 취득하는 경우 그 자산의 기준내용연수의 100분의 50에 상당하는 연수와 기준내용연수의 범위 내에서 선택하여 납세지 관할세무서장에게 내용연수변경신고서를 제출하여 신고한 연수(수정내용연수)를 내용연수로 할 수 있다는 규정을 신설하였으나, 이 규정은 법인이 합병·분할 등에 의하여 중고자산을 승계 또는 취득하는 경우 당해 법인의 특수한 사정을 반영할 수 있도록 그 자산의 기준내용연수의 100분의 50에 상당하는 연수와 기준내용연수의 범위 내에서 선택하여 신고한 수정내용연수를 내용연수로 할 수 있도록 하여 그 법인에게 좀 더 넓은 범위의 내용연수 선택권을 부여한 특례규정이라 봄이 상당하고, 이와 달리 법인이 합병·분할 등으로 자산을 승계 또는 취득하는 경우 중고자산임에도 신규자산에 적용되는 내용연수로 인하여 감가상각기간이 장기화되는 등 물리적 내용연수와의 괴리가 발생하고 자산의 원가 배분이 적절히 이루어지지 않는 문제점이 발생한다는 반성적 고려 하에 단축된 내용연수를 적용할 수 있도록 허용하기 위하여 도입된 규정이라고 단정할 수는 없다 할 것이다.

위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 원고는 이 사건 내용연수 신고서를 작성·제출함에 있어 ‘신고내용연수’란에 남해화학이 종전에 신고한 내용연수와 동일한 기간(4년 ~ 30년)을 기재하였는바, 원고가 신고한 내용연수에서 남해화학이 종전에 신고한 내용연수 중 기왕에 상각된 기간을 공제한 잔존 내용연수가 적용되어 할 것인바, 이와 달리 원고가 신고한 내용연수 전체를 새로이 적용하여야 한다는 전제에서 한 이 사건 각 부과처분은 원고의 나머지 주장에 대하여 더 나아가 살펴볼 필요 없이 위법하다(원고는 이 사건 감가상각자산의 취득가액은 장부에 계상한 승계가액으로서 남해화학의 당초 취득가액이라고 주장하나, 일반적으로 장부가액은 취득가액에 자본적 지출·자산평가증 등을 가산하고 감가상각·평가손실 등을 차감한 당해 자산의 대차잔액을 가리키는 것으로 이해될 뿐만 아니라, 위에서 본 바와 같이 합병·분할 등으로 인한 자산의 승계 또는 취득의 경우 새로이 신고한 내용연수를 이미 상각된 내용연수를 공제한 나머지 잔존 내용연수로 해석하는 한 그 감가상각의 계산요소가 되는 기초가액은 당초 취득가액에서 감가상각누계액을 차감한 가액을 기준으로 함이 상당하다).

2) 다만, 을 제1호증의 4, 을 제2호증의 5, 을 제3호증의 5, 을 제4호증의 4, 을 제5호증의 4의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 각 부과처분 중 2002 사업연도 가산세 230,032원, 2003 사업연도 가산세 5,913,221원, 2004 사업연도 가산세 177,693,551원, 2005 사업연도 가산세 9,111,998원, 2006 사업연도 가산세 5,637,418원 부분은 원고가 당초 신고한 가산세로서 이 사건 감가상각비의 손금 불산입과는 아무런 관계가 없는 사실이 인정되므로, 이 사건 각 부과처분 중 위 가산세 부분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 피고가 2008. 3. 15. 원고에 대하여 한 2002 사업연도 법인세 526,954,630원의 부과처분 중 230,032원을 초과하는 부분 및 2008. 5. 3. 원고에 대하여 한 2003 사업연도 법인세 1,187,090,740원의 부과처분 중 5,913,221원을 초과하는 부분, 2004 사업연도 법인세 2,591,702,340원의 부과처분 중 177,693,551원을 초과하는 부분, 2005 사업연도 법인세 1,379,000,810원의 부과처분 중 9,111,998원을 초과하는 부분, 2006 사업연도 법인세 798,968,360원의 부과처분 중 5,637,418원을 초과하는 부분에 한하여 위법하므로, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 원고의 항소를 일부 받아들여 제1심 판결을 위와 같이 변경하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

[별지 관계 법령 생략]