2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

원고는 2008. 7. 15. AAA 소유였던 OO시 OO동 894-1 대 244.6㎡, 같은 동 894-2 대 308.6㎡(이하 위 두 필지를 '이 사건 각 토지'라 한다) 지상에 5층 건물(이하 '이 사건 건물'이라 한다)을 신축하고, 2008. 7. 25. AAA로부터 이 사건 각 토지를 0000원에 취득하여 같은 날 이 사건 각 토지 및 건물에 관하여 소유권이전등기 및 소유권보존등기를 마쳤다.

원고는 2009. 11. 23. 이 사건 각 토지 및 건물을 0000원에 주식회사 BBB에 매도하기로 하고, 2009. 12. 9. 그 앞으로 각 소유권이전등기를 마쳐주었다.

그리고 원고는 2010. 1. 11. 이 사건 건물의 취득가액을 환산가액 0000원으로 기재하고 이 사건 각 토지 및 건물에 대한 양도차익을 -0000원으로 산정하여 피고에게 양도소득 과세표준 예정신고를 했다.

그러나 피고는 2012년 5월 원고에 대해 2008년 귀속 양도소득세 조사를 실시한 후 이 사건 건물의 취득가액을 실지거래가액 0000원으로 보고 이 사건 각 토지 및 건물에 대한 양도차익을 0000원으로 파악하여 그에 따라 2012. 8. 1. 원고에게 2008년 귀속 양도소득세 및 가산세를 합계 0000원으로 경정・고지했다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

이에 원고가 이 사건 건물의 취득가액 산정은 환산가액의 방식에 의해야 한다고 주장하면서 2012. 10. 26. 조세심판원에 이 사건 처분에 대한 심판청구를 제기했으나 2013. 12. 6. 기각되었다.

[인정근거] 다툼없는 사실, 갑 제1, 2, 4호증(가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 2, 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 당사자 주장의 요지

가. 원고

피고가 이 사건 건물의 공사대금과 그 밖에 증빙자료가 갖춰진 비용 합계 0000원만을 이 사건 건물의 실지취득가액으로 본 것은 부당하다. 이 사건 건물 중 시공사인 CCC 주식회사가 시공한 부분은 골조 공사뿐이고, 나머지 공사는 원고가 직접시공했으나, 이에 대한 증빙자료를 갖추지 못한 부분이 있기 때문이다.

따라서 이 사건 건물의 공사도급계약서와 그 밖의 증빙자료만으로는 이 사건 건물의 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없으므로, 이 사건 건물의 취득가액은 환산가액에 의해야 한다.

나. 피고

원고는 "DDD"이라는 상호로 건축업을 운영하면서 그 장부에 이 사건 건물에 관한 지출내역을 기재했는데, 그 장부가액 0000원 중 증빙자료에 의해 지출이 확인되는 금액은 0000원이다.

이 사건 건물은 시공사인 CCC 주식회사가 전부 시공한 것이고, 원고가 추가로 공사한 부분이 있다 하더라도 그에 대한 자료가 과세관청이 접근하기 어려운 원고의 지배영역 내에 있는 이상 원고가 그에 대한 입증자료를 제출하지 못하는 한 인정할 수 없는 것이다.

따라서 이 사건 건물에 대한 원고의 장부가액에서 증빙자료를 갖춘 부분만을 이 사건 건물의 취득에 실제로 들어간 비용으로 보고 이를 이 사건 건물의 취득가액으로 인정한 이 사건 처분은 적법하다.

3. 판단

구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제97조 제1항 제1호에 의하면, 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비의 하나인 취득가액은 그 자산의 '취득에 소요된 실지거래가액'으로 하되(가목 본문), 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액에 의하도록 되어 있고, 구 소득세법 시행령(2009. 12. 14. 대통령령 제21881호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제163조 제1항에 의하면 '취득에 든 실지거래가액'에는 구 소득세법 시행령 제89조 제1항을 준용하여 계산한 취득원가 상당액이 포함되는데, 구 소득세법 시행령 제89조 제1항 제2호에서는 자산의 취득가액을 "자기가 행한 제조ㆍ생산 또는 건설등에 의하여 취득한 자산은 원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액"에 의하도록 규정하고 있다.

이 사건에서 피고는 원고가 운영하는 "DDD"의 장부에 기록한 이 사건 건물 관련 지출비용 0000원 중 증빙이 갖춰진 공사대금 0000원과 그 밖의 레미콘 비용 등 0000원의 합계 0000원을 이 사건 건물의 취득에 들어간 실제 거래가액으로 보고 이를 이 사건 건물 취득가액으로 결정했다(을 제2, 3, 5호증).

이는, 이 사건 건물의 실제 신축비용에 관한 자료는 원고의 지배영역에 있는 것이고, 원고가 양도소득세 신고를 할 당시는 이 사건 건물을 신축한 때부터 불과 1년 정도 경과한 시점이어서 신축비용에 대한 자료를 원고가 보관하고 있을 개연성이 크다는 점, 건축업을 운영하면서 그 비용에 대해 장부를 작성해 두는 원고가 이 사건 건물의 신축비용을 장부에 기재하지 않을 합리적인 이유가 없다는 점 등을 고려할 때, 원고가 이 사건 건물의 신축을 위해 실제로 지출한 비용은 장부에 기재된 것 중 별도의 증빙자료가 있는 비용만이라고 본 것이다.

그런데 이 사건 건물에 대한 감정평가서(갑 제3호증)에 의하면, 이 사건 건물에는 내・외장 마감 공사와 창호 공사 및 급・배수설비, 승강기, 소방시설, 전기설비 등의 설치 공사가 마쳐져 있고, 그 중 소방시설은 EEE이, 배수설비는 주식회사 FFF가 시공한 것이지만(갑 제4호증), 이러한 공사내역은 원고와 이 사건 건물의 시공사인 CCC 주식회사와의 공사도급계약서(을 제5호증)에 첨부된 공사내역서에 포함되어 있지 않고, 원고의 장부에도 그 공사비용이 기재되어 있지 않다.

그리고 원고의 장부에 기재된 이 사건 건물의 신축에 관한 비용 합계 0000원은 원고가 2008. 7. 17. 이 사건 건물에 대한 취득세를 신고할 때에 적용한 시가표준액 0000원에 이 사건 건물의 취득세 및 등록세 0000원을 더한 것과 같은 금액인 점, 원고의 장부에 사용처를 알 수 없는 '기타 경비'로 0000원을 지출한 것으로 기재되어 있는 점 등을 고려하면, 원고의 장부에 이 사건 건물의 신축비용으로 기재된 비용들은 이 사건 건물의 시가표준액 0000원에 맞춰 지출내역을 기재한 것으로 보일 뿐이다.

이와 같이 원고의 장부에 기재된 신축비용의 내역을 그대로 신뢰하기 어렵고, 그 외에 이 사건 건물에 대한 신축 당시 기준 감정평가액이 약 00억 원에 이르는 점(갑 제3호증), 피고가 제출한 이 사건 건물에 대한 감정평가서(을 제7호증)상의 평가액 약 00억원은 내벽, 바닥에 마감 공사가 마쳐지지 않은 상태에서 이루어진 것으로서 이 사건 건물에 관한 공사가 완전히 마무리 된 이후의 가치를 평가한 것으로 볼 수 없는 점, GGG사무소에서는 2012년 6월 기준으로 이 사건 건물을 설계도대로 다시 신축할 경우 약 14억 원의 공사비가 소요될 것으로 견적한 점(갑 제4호증) 등의 사정을 감안하면, 원고가 이 사건 건물을 신축하는 데 증빙자료를 갖춰진 것 외에 별도의 비용을 지출했을 것으로 판단되고, 또한 실제 투입된 신축비용의 규모가 장부에 기재된 비용을 상당히 초과하는 수준일 가능성을 쉽게 배제할 수 없다.

피고의 주장과 같이 이 사건 건물의 신축비용에 관한 자료가 원고의 지배영역 내에 있고, 원고가 이 사건 건물을 신축한 후 약 1년 만에 다시 이를 양도하여 그 신축비용에 관한 자료를 수집・보관하기 용이한 상황에 있었다는 점을 감안하더라도, 위에서 본 바와 같이 증빙자료에 의해 인정되는 비용이 실제 투입된 비용과 현격한 차이가 있을 가능성이 상당하고, 과세관청으로서는 양도금액에 기준시가 변동률을 반영하는 방식으로 산정되는 환산가액이 건물의 취득가액을 평가하는 데 부적당한 경우 환산가액 외에 매매사례가액, 감정가액 등의 적용을 고려하는 방식으로 그 불합리를 제거할 수 있는 이상, 원고가 보관하고 있는 증빙자료만으로 이 사건 건물 신축에 든 실지거래가액을 확인할 수 있다고 보기 어렵다.

따라서 이 사건 건물의 취득가액을 실지거래가액 방식으로 산정한 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용한다.