1. 구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조 제1항 제4호 (가)목 , (나)목 은 ‘대통령령이 정하는 중소기업의 주식 등’에 대한 양도소득세율을 양도소득과세표준의 100분의 10으로 정하고 있고, 그 위임에 따른 구 소득세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22034호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제167조의8 은 “ 법 제104조 제1항 제4호 가목 에서 ‘대통령령이 정하는 중소기업’이라 함은 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 중소기업기본법 제2조 의 규정에 의한 중소기업에 해당하는 기업을 말한다.”고 규정하고 있다. 그리고 구 소득세법 시행령 제167조 제5항 , 구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제101조 , 구 상속세 및 증여세법(2010. 1. 1. 법률 제9916호로 개정되기 전의 것) 제63조 제3항 은 양도소득의 부당행위 계산에서 ‘대통령령이 정하는 중소기업’의 주식 시가를 평가할 때 최대주주 할증평가규정을 적용하지 아니하도록 하고 있고, 그 위임에 따른 구 상속세 및 증여세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22042호로 개정되기 전의 것) 제53조 제6항 은 “ 법 제63조 제3항 에서 ‘대통령령이 정하는 중소기업’이라 함은 중소기업기본법 제2조 에 따른 중소기업을 말한다.”고 규정하고 있다.

한편 구 중소기업기본법(2011. 7. 25. 법률 제10952호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항 제2호 의 위임에 따라 ‘중소기업의 소유와 경영의 실질적인 독립성 기준’에 관하여 정하고 있는 구 중소기업기본법 시행령(2009. 3. 25. 대통령령 제21368호로 개정되기 전의 것) 제3조 [별표 2] 제2호는 “ 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제14조 제1항 에 따른 상호출자제한기업집단에 속하지 아니하는 회사일 것”을 규정하고 있다( 2009. 11. 19. 대통령령 제21831호로 개정되기 전의 구 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 (가)목 도 같은 내용을 규정하고 있다. 이하 이들 규정을 아울러 ‘구 중소기업기본법 시행령 규정’이라 한다).

2. 원심은 그 채택 증거를 종합하여 판시와 같은 사실을 인정한 다음, ① 구 중소기업기본법 시행령 규정에서는 중소기업의 요건 중 하나로 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(이하 ‘공정거래법’이라 한다) 제14조 제1항 에 따른 상호출자제한기업집단에 속하지 아니하는 회사일 것을 규정하고 있을 뿐 공정거래법 제14조의3 을 원용하고 있지 아니한 점, ② 구 소득세법 시행령 제167조의8 은 주식양도 후 사정변경에 의하여 적용세율이 달라지는 문제를 방지하고 납세의무자의 예측가능성을 담보하기 위하여 주식양도 시 주식발행기업의 중소기업 해당 여부를 ‘양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일’을 기준으로 판정하도록 정하고 있는 점, ③ 일정한 시기로 소급하여 상호출자제한기업집단으로의 편입이 간주되도록 하는 공정거래법 제14조의3 이 양도소득세에 대하여도 적용된다고 해석하는 것은 조세법률관계의 법적 안정성을 해치고 납세의무자의 예측가능성을 지나치게 침해하는 결과가 되는 점 등을 종합하여 보면, 구 소득세법 제104조 제1항 제4호 (나)목 과 구 소득세법 시행령 제167조 제5항 등에서 정한 ‘중소기업의 주식’에 해당하는지를 판단할 때 공정거래법 제14조의3 이 적용된다고 할 수 없다고 보아, 피고가 이와 달리 원고가 주식회사 태경화성 발행의 이 사건 주식을 양도한 후 공정거래위원회가 공정거래법 제14조의3 에 따라 주식회사 태경화성이 그 설립일에 소급하여 상호출자제한기업집단에 편입되었다고 통보하였다는 이유로 원고의 이 사건 주식양도에 대하여 100분의 20의 양도소득세율과 최대주주 할증평가규정을 적용하여 양도소득세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다고 판단하였다.

원심판결 이유를 앞서 본 규정과 관련 법리 및 기록에 비추어 살펴보면 원심의 판단은 정당하고, 거기에 상고이유의 주장과 같은 조세법률주의나 조세평등주의에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.

3. 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.