2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 2003. 11. 20. 인천 서구 신현동 CC아파트 0동 00호(이하, '이 사건 주택'이라 한다)를 취득하여 보유하던 중, 이 사건 주택 등에 대한 주택재건축사업이 시행되어 2005. 12. 30. 관리처분계획이 인가되었다.

나. 원고는 이 사건 주택에 대한 조합원입주권(이하, '이 사건 입주권'이라 한다)을 취득하였고, 2007. 9. 29. 이 사건 입주권을 320,000,000원에 양도하였으나 양도소득세를 신고하지는 않았다.

다. 피고는 2015. 2. 1. 이 사건 주택의 보유기간이 3년에 이르지 아니하여 이 사건 입주권이 1세대 1주택의 양도소득세 비과세대상에 해당하지 않는다고 보아, 원고에게 2007년 귀속 양도소득세 42,382,380원을 부과하였다(이하, '이 사건 처분'이라 한다).

라. 원고는 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2015. 10. 5. 기각되었다. 한편 원고는 2005. 12. 30. 위 재건축사업에 대한 관리처분계획이 인가되고 나서 2006. 3. 3. 주민등록을 다른 곳으로 옮겼고, 이 사건 주택은 2006. 10. 25. 철거되었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제6호증, 을 제1 내지 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 1세대 1주택의 양도소득세 비과세대상인 보유기간 3년은 관리처분계획인가일이 아니라 이 사건 입주권의 양도일이 기준이므로, 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 이 사건 주택은 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 협매수・수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우에 해당하여 그 보유기간에 관계없이 비과세된다 할 것이므로, 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관련 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 보유기간 3년을 충족하였다는 주장에 대한 판단

구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 소득세법'이라 한다) 제89조 제1항 제3호는 대통령령이 정하는 일세대 일주택의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니하도록 규정하고 있고, 구 소득세법 시행령(2008. 7. 24. 대통령령 제20931호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 소득세법 시행령'이라 한다) 제154조 제1항은 1세대 1주택이라 함은 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상을 말한다고 규정하고 있다. 구 소득세법 시행령 제155조 제17호는 법 제89조 제2항 본문의 규정 따른 조합원입주권을 1개 소유한 1세대 [도시 및 주거환경정비법 제48조의 규정에 따른 관리처분계획의 인가일(인가일 전에 기존 주택이 철거되는 때에는 기존주택 철거일) 현재 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대에 한한다]가 당해 조합원입주권을 양도하는 경우로서 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조 제1항의 규정에 따른 1세대 1주택으로 본다고 규정하고 있다. 이는 종래 과세관청이 분양권은 주택이 아니라는 이유로 분양권 양도 당시 다른 주택이 없고 보유기간의 요건을 갖춘 경우에도 양도소득세를 비과세할 수 없다는 입장을 취한 반면, 대법원 판례는 분양권은 종전 주택의 연장 또는 변형물과 다름없으므로 분양권의 양도에 관하여도 1세대 1주택에 관한 비과세 규정을 적용하여야 한다는 태도(종전주택의 보유기간과 분양권의 보유기간을 합산하여 3년 이상 보유의 요건을 갖추면 비과세된다고 보았다)를 취함에 따라, 판례의 태도를 수용하여 주택의 양도와 형평성을 유지할 목적으로 신설된 것으로, 분양권 양도의 경우에는 양도 당시 다른 주택이 없고, 관리처분계획인가일 현재 3년 이상의 보유요건을 갖춘 경우에는 1세대 1주택의 양도의 경우와 마찬가지로 취급하여 양도소득세를 비과세하겠다는 취지이다.

따라서 다른 주택이 있는지 여부는 양도일 현재를 기준으로 판정하게 되고, 보유기간은 분양권 양도일이 아니라 관리처분계획인가일을 기준으로 판정하도록 규정함으로써 분양권 자체의 보유기간은 1세대 1주택의 해당 여부의 기준이 되는 보유기간에서 제외되게 되었다.

이 사건에 관하여 보건대, 원고가 이 사건 입주권의 양도 당시 다른 주택이 없었던 것으로는 보이나, 관리처분계획인가일인 2005. 12. 30.까지 이 사건 주택에 대한 보유기간이 3년에 이르지 못한 사실은 역수상 명백하다 할 것이므로, 이 사건 입주권이 비과세 대상이 되는 1세대 1주택이 아님을 전제로 한 이 사건 처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 보유기간의 제한을 받지 않는다는 주장에 대한 판단

이 사건 주택이 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 협의매수・수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우에 해당하지 아니하므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

심급 사건

참조조문