2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가.(1) 원고는 1998.1.31. 하남시 ○○동 248-○ 답 10,023㎡(이하 이 사건 토지라 한다) 중 5.065/10,023 지분을 취득하여, 남편인 최○섭(4,958/10,023 지분)과 이 사건 토지를 공유하게 되었다.

(2) 원고와 최○섭은 2005.4.5. 박○순 외 5인에게 이 사건 토지를 대금 3,050,000,000원에 매도하는 매매계약을 체결한 다음, 계약 내용에 따라 같은 날 계약금 300,000,000원, 2005.4.에 1차 중도금 600,000,000원, 2005.7.4.에 2차 중도금 600,000,000원, 2005.10.4.에 3차 중도금 750,000,000원을 각 지급받았고, 2006.4.3. 잔금 800,000,000원을 지급받으면서 소유권이전등기를 넘겨주었다.

(3) (가) 원고와 최○섭은 2005.6.18. 남양주시 ○○동 381-○ 전 6,487㎡, 381-○ 임야 66㎡, 381-○ 임야 15㎡ 중 각 1/2 지분을 대금 합계 510,000,000원에 매수하는 계약을 체결하고, 2005.10.7. 위 토지들에 관하여 소유권이전등기를 경료받았다.

(나) 원고와 최○섭은 2005.11.24. 남양주시 ○○읍 ○○리 125-○ 답 4,179㎡ 중 1/2지분, 125-○ 답 780㎡(단 125-○ 토지는 그 전부를 원고가 매수함)를 대금 합계 225,000,000원에 매수하는 계약을 체결하였다.

원고는 2005.12.10. 중도금 65,000,000원을 지급하고 2006.1.23. 잔금 1억 원을 지급한 후 2006.2.8. ○○리 125-○ 토지 중 1/2 지분과 125-○ 토지(이하 ○○리 토지라고 한다)에 관한 소유권이전등기를 경료하였다.

나. 원고는 이 사건 토지 중 1/2 지분의 양도와 관련하여 2006.6.30. 양도소득세 예정신고를 하면서, 위 토지가 조세특례제한법 제69조에서 정한 8년 이상 직접 경작한 농지에 해당한다는 이유로 같은 법 시행령 제133조에 따라 1억 원을 한도로 하여 양도소득세 감면신청을 하였고, 그에 따라 2006.6.30. 및 2006.8.14. 양도소득세 235,234,442원을 자진납부하였다.

다. 그 후 원고는 2006.7.18. 피고에게, 이 사건 토지는 경작상의 필요에 의하여 남양주시 ○○동 381-○ 전 6,487㎡ 중 1/2 지분에 해당하는 면적 3,245.5㎡과 대토하는 농지에 해당하는바, 2005.12.31. 법률 제7837호로 개정된 소득세법 (이하 개정소득세법이라고 한다) 부칙 제20조에 따라 위 개정 전의 구 소득세법 제89조 제4호(이하 구 소득세법이라고 한다) 같은 법 시행령 (2005.12.31. 대통령령 제19254호로 개정되기전의 것) 제153조 제2항(이하 구 소득세법 시행령이라고 한다)이 적용됨으로써 위 대토로 인해 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세가 비과세되어야 한다고 주장하면서, 전체 양도차익에서 1,821.5/5,065 비율(1,821.5㎡은 이 사건 토지 중 원고 지분에 해당하는 면적 5,065㎡에서 위 ○○동 381-○ 토지 중 원고 지분에 해당하는 면적 3,245.5㎡를 뺀 면적이다)에 해당하는 차익만을 과세대상으로 삼아 양도소득세를 19,700,542원으로 산정한 후, 원고가 자진납부한 양도소득세액 중 215,533,900원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

라. 이에 대하여 피고는 2006.8.7. 원고에 대하여 이 사건 토지의 양도시기는 2006.4.3. 이므로 개정소득세법 부칙 제20조에 따른 구 소득세법의 적용 대상이 아니고 조세특례제한법(2005.12.31. 법률 제7839호 개정된 것) 제70조, 같은 법 시행령 제133조가 적용됨으로써 1억 원을 한도고 하여 양도소득세액이 감면될 뿐이다는 이유로 원고의 경정청구를 거부하는 처분을 하였다(이하 이 사건 처분이라고 한다)

마. 이에 불복하여 원고는 2006.10.20. 국세심판원장에게 국세심판원을 청구하였으나, 2006.12.22. 그 청구가 기각되었고, 2007.2.22. 이 사건 소를 제기하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 2, 4 내지 9, 21, 21호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계법령

3. 쌍방의 주장

가. 원고

1) 원고는 개정 소득세법 시행 전에 이 사건 토지에 대한 양도계약(매매계약)을 체결하였을 뿐만 아니라, ○○동 381-○ 토지 중 1/2 지분 및 ○○리 토지를 대토로 취득하였고, 단지 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기절차 이행(이 사건 토지 양도)만이 개정 소득세법 시행 후에 이루어졌다.

2) 한편 원고는 ○○동 381-○ 토지를 취득한 이후 지금까지 위 토지 위에 설치된 비닐하우스에서 거주하면서 화훼작물을 경작하고 있다.

3) 따라서 원고의 이 사건 토지 양도에 대하여는 개정 소득세법 부칙 제20조, 구 소득세법 제89조 제4항, 같은 법 시행령 제153조 제2항을 적용하여 양도소득세를 과세하지 않아야 함에도 불구하고, 이와 다른 전제에서 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 피고

1) 개정 소득세법 부칙 제3조에 따르면 이 법 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 양도하는 분부터 적용한다는 것인바, 이 사건 토지의 양도는 2006.4.3.에 이루어졌으므로, 구 소득세법을 적용할 것이 아니라 개정된 소득세법을 적용하여야 한다. 따라서 개정 소득세법 부칙 제20조가 적용될 여지가 없으므로 이 사건 토지의 양도는 비과세대상에 해당하지 아니한다.

2) 이 사건 토지의 양도가 구 소득세법의 적용을 받기 위하여 양도한 경우로서 개정 소득세법 부칙 제20조가 적용되는 요건을 갖추었다고 해석한다 하더라도, 일부 대토농지인 ○○리 토지의 취득시기가 2006.2.8. 로서, 개정 소득세법 시행 후이므로, 위 부칙 제20조를 적용할 대상이 아니다. 따라서 이 사건 토지의 양도는 비과세대상에 해당하지 아니한다.

3) 설령 개정 소득세법 부칙 제20조가 적용된다고 보더라도, 구 소득세법, 같은 법 시행령에서 정한 과세요건 중 '새로이 취득한 농지를 3년 이상 새로운 농지 소재지에 거주하면서 경작한 경우' 및 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적 이상이거나 그 가액이 양도하는 농지의 가액의 2분의 1이상인 경우에 해당되지 아니하므로, 이 사건 처분은 적법하다.

4. 판단

가. 부칙 제20조의 해석

부칙 제20조는 농지대토 비과세에 관한 경과조치로서, 이 법 시행 당시 종전의 제89조 제4호의 규정에 의하여 비과세 받았거나 동 규정을 적용받기 위하여 농지를 양도한 경우에는 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다 라고 규정하고 있는데, 부칙 제3조에 양도소득세에 관한 일반 적용례로서 이 법 중 양도소득세에 관한 개정 규정은 이 법 시행후 양도하는 분부터 적용한다고 규정되어 있는 점에 비추어, 부칙 제20조 조항은 부칙 제3조만으로는 납세의무자의 신뢰가 보호되지 아니하는 경우에 그 정당한 신뢰는 보호하기 위해 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용하도록 하는 특별규정이라고 보아야 할 것이다.

이와 같은 취지를 염두에 두고 부칙 제20조의 해석에 관하여 본다

① 부칙 제3조의 일반적인 적용례에 있어 양도의 의미는 시행령 제162조에서 규정하는 양도의 의미와 마찬가지로 고세대상 농지를 양도하여 대금청산이 이루어지거나 소유권이전등기가 된 경우를 의미한다고 할 것이나, 위에서 본 바와 같이 부칙 제20조의 취지에 비추어 보면 특별규정인 부칙 제20조의 양도는 그 규정취지를 고려하여 시행령 제162조의 그것과는 달리 양도의 의미를 보다 넓게 해석함이 상당한 점 (부칙 제3조의 양도와 제20조의 양도를 같은 의미로 보게 되면 부칙 제20조 후단을 부칙 제3조와별개로 규정하는 의미가 없게 된다), ② 부칙 제20조 후단에서 종전 규정을 적용하는 경우로서 동 규정을 적용받기 위하여 농지를 양도한 경우라고만 하고 있고, 대통농지를 취득한 경우는 언급하고 있지 아니하고 있으므로 원칙으로 돌아가 대토농지 취득은 개정 소득세법 시행 전에 이미 갖추고 있을 것을 전제로 하고 있다고 보아야 하는 점(위 ①에서 본 바와 같이 양도의 의미를 넓게 해석하여 납세의무자의 신뢰를 보호하고 있고 취득에 대해서는 별도의 언급이 없는 이상, 비과세요건인 취득은 원칙대로 개정 소득세법 시행 전에 갖출 것을 요한다 할 것이고, 취득의 의미 또한 시행령 제162조 소정의 취득으로서 대통농지에 대한 대금을 청산하거나 소유권이전등기를 마칠 것으로 보는 것이 법문언에 부합하는 해석이라 할 것이다. 부칙 제20조 후단에 따르면 양도농지의 양도계약이 개정 소득세법 시행전에 이루어지고 양도계약에 기한 잔금청산 또는 등기가 시행 후에 이루어진 경우에 종전 규정을 적용한다는 것인데, 대토농지의 취득도 개정 소득세법 시행 후에 이루어진 경우에까지 법문언을 넘어서 부칙 제20조에 적용하여 납세의무자의 신뢰를 보호할 필요는 없다고 보인다)을 아울러 고려하면, 부칙 제20조 개정법률 시행 당시 종전의 제89조 제4호의 규정을 적용받기 위하여 농지를 양도한 경우는 개정법률 시행 전 종전의 제89조 제4호의 규정을 적용받기 위하여 농지를 양도한 경우 개정법률 시행 전 종전의 제89조 제4하의 규정을 적용받기 위하여 고세대상 토지에 관한 양도계약을 체결하였으나, 그 대금청산 또는 소유권이전등기를 마치지 못하고 있다가 개정법률 시행 후 일정 한 기간(대토취득일로부터 1년 이내) 안에 대금청산이 이루어지거나 소유권이전등기가 마쳐진 경우만을 의미한다고 할 것이고, 따라서 부칙 제20조의 적용을 받아 구 소득세법 및 시행령에 따라 비과세대상이 되려면 개정소득세법 시행 전에 이미 대토농지를 취득하였을 것이 요청도니다고 해석함이 상당하다.

나. 이 사건의 경우에는, 앞서 본 바와 같이 2005.4.5. 이 사건 토지에 관한 매매계약이 체결되어 개정법률 시행 전인 2005.10.4.까지 총 매매대금의 70% 이상(이 사건 토지 매매대금 3,050,000,000원 중 2,450,000,000원)이 지급되었고 개정법률 시행 후 4개월여 만에 나머지 매매잔금 전액이 청산되었으므로, 일응 부칙 제20조 소정의 동 규정을 적용받기 위하여 농지를 양도한 경우에 해당한다고 봄이 상당하다.

다. 그렇다면 구 소득세법 및 구 소득세법 시행령 소정의 비과세요건 충족 여부에 대하여 본다.

1) 구 소득세법 및 구 소득세법 시행령에 따라 비과세양도소득에 해당하기 위해서는 ① 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년 내에 다른 농지를 취득하여 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우 또는 새로운 농지의 취득일로부터 1년내에 종전의 농지를 양도하고 새로이 취득한 농지를 3년이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우 및 ② 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 면적 이상이거나 그 가액이 양도하는 농지의 가액의 2분의 1이상인 경우가 각 요건을 모두 충족하여야 한다.

2) 이 사건에서 살피건대, 원고가 당초 경정청구 및 이 사건 소송의 제4차 변론 기일에 이르기까지 이 사건 토지의 대토로 취득하였다고 주장한 ○○동 381-○ 토지는, 원고가 2005.10.7. 소유권이전등기를 경료받아 이를 취득한 사실, ○○동 381-○ 토지 중 원고 지분 해당면적은 3,243.5㎡이고 해당가액은 255,000,000원 가량인 사실, 이 사건 토지 중 원고 지분 해당면적은 5,065㎡이고 해당가액은 1,532,337,040원인 사실은 위 1.항에서 본 바와 같은바, ○○동 381-○토지는 그 면적이 이 사건 토지 면적에 미달하고, 그 가액 또한 이 사건 토지가액의 1/2에 미달하므로, 위 요건을 충족하지 못하였다.

3) 원고는 이 사건 소송 중에 이 사건 토지의 대토로 취득한 농지에는 이패동 381-○ 토지 외에도 ○○리 토지가 포함되므로 대토농지의 면적이 이 사건 토지 중 원고 지분 면적을 상회하여 요건을 충족하였다고 주장을 변경하였으나, 원고가 ○○리 토지들을 취득한 시기는 소득세법 시행령 제162조에서 정하고 있는 바와 같이 대금을 청산한 날로서, 잔금을 완납한 2006.1.23.이라 할 것이다(1.가.(3)(나)참조), 이는 개정 소득세법 시행 후에야 대토농지를 취득한 경우에 해당하여, 위 가.항에서 본 바와 같이 부칙 제20조를 적용할 수 없다고 봄이 상당하므로, 원고의 위 주장은 받아들이지 아니한다.

따라서 결국 이 사건 토지의 양도는 양도소득세 비과세요건을 갖추지 못하였다할 것이므로, 더 이상 구소득세법상 비과세요건 중 원고가 대토로 취득한 남양주 ○○동 381-○ 토지에 3년 이상 거주하면서 경작한 경우에 해당하는지 여부에 대하여는 살펴볼 필요 없이, 이 사건 토지의 양도가 비과세대상이 아님을 전제로 한 이 사건 처분은 적법하다

5. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.