2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고(변경 전 상호 : 주식회사 ○○○○○교역)는 무역업 등을 영위하는 법인으로 2003년 2기분 부가가치세와 2003 사업연도 법인세의 신고· 납부를 함에 있어서 ○○커뮤니케이션 주식회사(이하'○○커뮤니케이션'이라 한다)로부터 교부받은 공급가액 합계 181,000,000원의 세금계산서 2매와 김○경이 운영하던 개인사업체인 ○○○○○엔터프라이즈컴퍼니로부터 교부받은 공급가액 700,000,000원의 세금계산서 1매 등 세금계산서 3매에 기하여 그 세액을 매입세액으로 공제하고 그 매입액을 손금산입하는 등으로 산정된 2003년 2기분 부가가치세와 2003 사업연도 법인세를 신고· 납부하였다.

나. 피고는 위 세금계산서 3매가 실물거래 없이 교부된 사실과 다른 세금계산서라는 이유로 그 세액을 매입세액 불공제하고 그 매입액을 손금불산입하여 2006.3.6. 원고에게 2003년 2기분 부가가치세 (가산세 포함) 137,180,510원 및 2003 사업연도 법인세 (가산세 포함) 282,463,685원을 부과하는 한편, 위 세금계산서상의 금액(공급가액 및 부가가치세액) 합계 969,100,000원과 원고의 2003 사업연도 재무제표에 자산인 임대차보증금채권으로 계상되었음에도 당시 원고의 실제 대표자 김○경 개인의 아파트 임대차 보증금으로 쓰인 250,000,000원 등 합계 1,219,100,000원을 대표자 김○경에 대한 2003년 귀속 상여로 처분하여 2006.2.23. 원고에게 소득금액변동통지를 하였다.

다. 원고는 2006.4.26. 국세청장에게 심사청구를 하였고, 국세청장은 2007.8.29. 위 세금계산서 3매 중 원고가 김○경으로부터 교부받은 공급가액 700,000,000원의 세금계산서 1매는 가공세금계산서가 아닌 것으로 보아 그 매입세액을 공제하여 2003년 2기분 부가가치세 과세표준과 세액을 경정하고, 그 세금계산서상의 금액을 상여처분 대상에서 제외하여 2003 사업연도 법인세 과세표준과 세액을 경정하며, 원고의 나머지 청구를 기각하는 내용의 결정을 하였다.

라. 이에 따라 삼성세무서장(원고에 대한 관할이 2007.6.16. 피고의 관항에서 삼성세무서장의 관할로 변경되었다)은 2007.10.2. 원고에 대한 2003년 2기분 부가가치세 중 108,997,000원 및 2003 사업연도 법인세 중 264,218,916원을 감액하고, 2003년 귀속 상여처분액 중 770,000,000원을 감액하는 결정을 하였다{그 결과 피고가 2006.3.6. 원고에게 한 2003년 2기분 부가가치세 18,244,769원 부분만이 남게 되었고, 피고가 2006.2.23. 원고에게 한 소득금액변동통지는 449,100,000원 부분만이 남게 되었는바, 이를 통틀어'이 사건 처분'이라 한다}.

[인정근거] 갑 제20호증, 을 제2호증의 1,2, 제3호증의 2,3, 제6,10,16,17,21,22호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

첫째, 원고는 ○○커뮤니케이션으로 MRI 장비 부속기기를 대금 181,000,000원에 실제로 매입하여 이를 주식회사 ○○너스(이하'○○너스'라 한다)에 공급하고, ○○커뮤니케이션에 그 대금을 지급하였는바, 원고가 ○○커뮤니케이션으로부터 교부받은 공급가액 합계 181,000,000원의 세금계산서 2매(이하'이 사건 세금계산서'라 한다)는 실물거래의 내용에 부합하는 것이므로, 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 교부된 사실과 다른 세금계산서인 것으로 보아 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

둘째, 원고는 김○경에게 수수료 700,000,000원을 지급할 채무가 있어서 그 채무의 일부변제로 250,000,000원을 지급하였는데, 그 250,000,000원의 원고의 2003 사업연도 재무제표에는 원고 직원의 회계처리상의 실수로 임대차보증금채권으로 잘못 계상되었는바, 위 250,000,000원은 사외유출된 것이 아니어서 상여처분될 수 없는 것이고, 그렇지 않다고 하더라도 당시 김○경이 원고의 운영을 위하여 개인 자금을 제공한 가수금이 454,000,000원에 이르렀고, 위 250,000,000원은 김○경에 대한 가지급금으로 보아 김○경의 위 가수금과 사이에 공제되어야 할 것이므로, 위 250,000,000원을 상여처분 하여 이루어진 이 사건 소득금액변동통지는 위법하다.

나. 인정사실

(1) 김○경은 1993.11.8.경부터 ○○○○○엔터프라이즈컴퍼니를 운영하면서 대한민국 정부가 극빈국가를 지원하기 위하여 실시하는 차관사업인 EDCF사업(대한민국 정부가 외국 정부에 차관계약 형식으로 자금을 대여하되, 외국 정부가 대한민국의 제품 또는 용역을 수입하면 그 대금을 대한민국 정부가 국내 수출업체에 결제하는 방식으로 자금을 대여하는 사업)과 관련하여 국내 수출업체와 외국 정부사이의 제품 또는 용역 공급계약 체결을 알선하고 국내 수출업체로부터 그 보수를 지급받는 사업을 하여 왔는데, 한국수출입은행과 스리랑카공화국 사이에 2001.8.29. MRI 장비 2대 미화 2,600,000불에 과한 차관계약이 체결됨에 따라 국내 수출업체인 ○○너스와 스리랑카 공화국 사이의 MRI 장비 공급계약 체결을 알선하여 2003.5.경 그 공급계약이 체결되도록 하였고, 그 과정에서 2002.11.경 원고를 설립하여 (임○정을 대표이사로 내세웠다) 당초 김○경 자신이 ○○너스와 사이에 체결하였던 MRI 장비 공급계약 알선에 따른 보수 지급 약정상의 지위를 원고에게 승계하였다(그 약정에 의하면 스리랑카공화국이 차관자금이 아닌 자비로 수입하려고 하는 MRI 장비 부속기기에 관하여 원고가 ○○너스에 이를 공급하기로 하고, ○○너스는 한국수출입은행 및 스리랑카공화국으로부터 지급받을 수출대금 중 MRI 장비 2대의 대금을 제외한 나머지를 MRI 장비 부속기기의 대금 및 MRI 장비 공급계약 알선에 \ue3e5른 보수로 원고에게 지급하기로 하였다).

(2) 원고는 ○○너스에 모니터, 서버 등 MRI 장비 부속기기를 공급하였고, ○○너스는 2003.8.경부터 2004.9.경까지 스리랑카공화국에 MRI 장비 부속기기 대금 626,449,000원과 보수 등 합계 2,314,093,900원을 지급받았다.

(3) ○○커뮤니케이션은 2003년 1기 과세기간에 주식회사 ○○○정보통신으로부터 공급가액 합계 13,762,000원의 세금계산서를 교부받고, 2003년 2기 과세기간에 주식회사 ○○○정보통신 및 ○○○시스템으로부터 공급가액 합계 1,176,873,000원의 세금계산서를 교부받는 한편, 2003년 2기 과세기간에 원고에게 공급가액 합계 181,000,000원인 이 사건 세금계산서를 교부하고, ○○○○○엔터프라이즈컴퍼니에 공급가액 합계 940,000,000원의 세금계산서를 교부하였다. 한편, 원고는 강○건의 예금계좌로 2003.8.25. 101,000,000원, 2003.8.26. 11,000,000원을 각 송금하였고, 2003.9.3. ○○커뮤니케이션 대표이사 이○원의 아들인 이○수의 예금계좌로 80,000,000원을 송급하였다.

(4) 수원세무서장은 2005.5.2. ○○커뮤니케이션에 이 사건 세금계산서를 비롯하여 2003년 1기 및 2기 과세기간에 교부받거나 교부한 세금계산서가 실물거래 업시 교부된 사실과 다른 세금계산서라는 이유로 그 세액을 매출세액에서 제외하거나 매입세액 불고제하여 2003년 1기분 부가가치세 2,006,280원, 2003년 2기분 부가가치세 51,844,950원을 부과하였고, 이에 ○○커뮤니케이션이 수원세무서장을 상대로 그 부과처분의 취소를 구하는 소송(수원지방법원 2006구합7806)을 제기하였는데, 그 소송에서 2007.6.27. 이 사건 세금계산서를 비롯하여 ○○커뮤니케이션이 2003년 1기 및 2기 과세기간에 교부받거나 교부한 세금계산서가 전부 실물거래 없이 교부된 사실과 다른 세금계산서로 인정된다는 이유로 ○○커뮤니케이션의 청구를 기각하는 판결이 선고되었고, 그 판결은 항소기간의 경과로 인하여 그대로 확정되었다.

(5) 한편, 김○경은 자신의 명의로 아파트를 임차하면서, 기업은행에 개설된 원고의 예금계좌에서 2003.8.27.과 2003.9.3. 인출된 합계 250,000,000원을 아파트 임대인에게 임대차보증금으로 지급하였는데, 원고는 2003 사업연도 재무제표에는 위 250,000,000원이 원고의 자산인 임대차보증금채권으로 계상되었다.

[인정근거] 갑 제1호증, 제2호증의 2, 제6호증의 1, 2, 제16, 18, 21, 27, 28, 30, 31, 32호증 을 제5, 6, 7, 13호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

다. 판단

(1) 원고의 첫째 주장에 관하여

위 인정사실에서 본 다음과 같은 사정, 즉① 김○경 1인에 의하여 운영되던 원고 및 ○○○○○엔터프라이즈컴퍼니가 2003년 2기 과세기간에 ○○커뮤니케이션으로부터 교부받은 세금계산서의 공급가액은 합계 1,121,000,000원인데, 이에 비하여 원고 및 김○경 ○○커뮤니케이션에 지급한 금액은 원고의 주장에 의하더라도 959,044,176원이고(원고는 그 중 어음으로 지급한 합계 422,644,176원은 ○○커뮤니케이션이 김○경이 추진하던 ○○스의 통신사업에 400,000,000원을 투자하기로 하면서 ○○커뮤니케이션으로부터 이를 다시 회수하였다고 주장하나, 김○경(○○○○○엔터프라이즈컴퍼니)과 ○○커뮤니케이션 사이의 2003.11.12.자 투자계약서(갑 제34호증의 1, 2)에는 김○경이 ○○커뮤니케이션에 지급할 수수료에서 400,000,000원을 공제하는 것으로 되어 있는 점에 비추어 ○○커뮤니케이션이 어음을 돌려주면서 그 어음금액 상당인 400,000,000우너을 투자하였다는 원고의 주장에 관하여도 의문이 든다}, 그 중 금융자료 (갑 제30, 31, 32호증)에 의하여 지급사실이 확인되는 금액은 강○건과 이○수의 예금계좌로 송금된 합계 192,000,000원에 불과하며, ○○커뮤니케이션이 수원세무서장의 부가가치세 부과예고에 대한 과세전적부심사 단계에서 주장하였단 원고 및 김○경의 금원지급 내역(을 제11호증)과 원고가 이 사건 소송에서 주장하는 금원지급 내역이 서로 일치하지 않는 점, ② ○○커뮤니케이션이 수원세무서장을 상대로 제기한 부가가치세 부과처분 취소소송에서 이 사건 세금계산서 등이 실물거래 없이 교부된 사실과 다른 세금꼐산서로 인정된다는 이유로 넷빌커뮤니케이션의 청구를 기각하는 판결이 선고 되어 그대로 확정된 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 세금계산서는 실물거래 없이 교부된 것으로서 사실과 다른 세금계산서로 봄이 상당하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 원고의 둘째 주장에 관하여

위 인정사실에서 본 바와 같이 김○경이 자신의 명의로 아파트를 임차하면서 원고의 예금계좌에서 인출된 회사자금 250,000,000원을 그 아파트의 임대차보증금으로 지급하였음에도, 원고의 2003 사업연도 재무제표에는 위 250,000,000원이 원고의 자산인 임대차 보증금채권으로 계상된 점, 원고가 김○경에게 지급한 250,000,000원이 원고의 김○경에 대한 수수료 700,000,000원 채무의 일부변제로 지급된 것인데도 원고 직원의 회계처리상의 실수로 원고의 재무제표에 자산인 임대차보증금채권으로 잘못 계상되었다거나 위 250,000,000원이 원고의 김○경에 대한 가지급금이라는 원고의 주장을 뒷받침할 만한 자료가 없고, 당시 김○경이 위 250,000,000원을 원고의 운영자금으로 제공된 자신의 개인자금의 회수에 충당하였음을 인정할 만한 자료도 없는 점 등을 종합하여 보면, 위 250,000,000원은 2003.8.27.경과 2003.9.3.경 사외유출되어 당시 원고의 실제 대표자인 김○경에게 귀속되었다고 봄이 상당하므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

심급 사건

참조조문

참조판례